View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11309_low_5 (Length: 593)

Name: NF11309_low_5
Description: NF11309
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11309_low_5
NF11309_low_5
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (1-471)||(38456248-38456718)
chr5 (1-471)||(38180888-38181357)
chr5 (1-471)||(38189774-38190243)
chr5 (1-471)||(38208112-38208581)
chr5 (1-471)||(38216999-38217468)
chr5 (2-447)||(26032886-26033324)
chr5 (327-446)||(38447447-38447566)
chr5 (528-575)||(38180761-38180808)
chr5 (528-575)||(38190323-38190370)
chr5 (528-575)||(38207985-38208032)
chr5 (528-575)||(38217548-38217595)
chr5 (528-575)||(38456121-38456168)
chr5 (528-575)||(26033448-26033495)
chr5 (181-214)||(38447655-38447688)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (181-299)||(6067743-6067860)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (266-437)||(53351249-53351429)
chr4 (529-564)||(53351852-53351887)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (350-437)||(38342739-38342826)
chr1 (350-437)||(38446932-38447019)
chr1 (131-186)||(38343008-38343063)
chr1 (131-186)||(38447201-38447256)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (362-428)||(4121643-4121709)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 455; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 38456718 - 38456248
Alignment:
Q  1 agtggaaggtatgaacatggtgagggtagagctataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctacccctgaaattgatgaaagtaactgtaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38456718 agtggaaggtatgaacatggtgagggtagagctataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctacccctgaaattgatgaaagtaactgtaa 38456619  T
Q  101 atttaacacactcatataaacaattttaacatataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattatt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38456618 atttaacacactcatataaacaattttaacatataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattatt 38456519  T
Q  201 gtagaacatgtttggaacatctaaaagtttttcatttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38456518 gtagaacatgtttggaacatctaaaagtttttcatttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttct 38456419  T
Q  301 tgtgaatcctcaacttgttggctactattcaactcatgatcaggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  38456418 tgtgaatcctcaacttgttggctactattcaacttatgatccggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccgagcttttcaagttttctttttctcg 38456319  T
Q  401 cattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38456318 cattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 38456248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 38181357 - 38180888
Alignment:
Q  1 agtggaaggtatgaacatggtgagggtagagctataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctacccctgaaattgatgaaagtaactgtaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38181357 agtggaaggtatgaacatggtgagggtagagctataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctaaccctgaaattgatgaaagtaactgtaa 38181258  T
Q  101 atttaacacactcatataaacaattttaacatataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattatt 200  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38181257 atataacac-ctcatataaacaattttaacatataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattatt 38181159  T
Q  201 gtagaacatgtttggaacatctaaaagtttttcatttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38181158 gtagaacatgtttggaacatctaaaagtttttcatttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttct 38181059  T
Q  301 tgtgaatcctcaacttgttggctactattcaactcatgatcaggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  38181058 tgtgaatcctcaacttgttggctactattcaacttatgatccggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccgagcttttcaagttttctttttctcg 38180959  T
Q  401 cattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38180958 cattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 38180888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 471
Target Start/End: Original strand, 38189774 - 38190243
Alignment:
Q  1 agtggaaggtatgaacatggtgagggtagagctataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctacccctgaaattgatgaaagtaactgtaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38189774 agtggaaggtatgaacatggtgagggtagagctataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctaaccctgaaattgatgaaagtaactgtaa 38189873  T
Q  101 atttaacacactcatataaacaattttaacatataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattatt 200  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38189874 atataacac-ctcatataaacaattttaacatataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattatt 38189972  T
Q  201 gtagaacatgtttggaacatctaaaagtttttcatttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38189973 gtagaacatgtttggaacatctaaaagtttttcatttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttct 38190072  T
Q  301 tgtgaatcctcaacttgttggctactattcaactcatgatcaggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  38190073 tgtgaatcctcaacttgttggctactattcaacttatgatccggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccgagcttttcaagttttctttttctcg 38190172  T
Q  401 cattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38190173 cattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 38190243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 38208581 - 38208112
Alignment:
Q  1 agtggaaggtatgaacatggtgagggtagagctataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctacccctgaaattgatgaaagtaactgtaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38208581 agtggaaggtatgaacatggtgagggtagagctataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctaaccctgaaattgatgaaagtaactgtaa 38208482  T
Q  101 atttaacacactcatataaacaattttaacatataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattatt 200  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38208481 atataacac-ctcatataaacaattttaacatataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattatt 38208383  T
Q  201 gtagaacatgtttggaacatctaaaagtttttcatttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38208382 gtagaacatgtttggaacatctaaaagtttttcatttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttct 38208283  T
Q  301 tgtgaatcctcaacttgttggctactattcaactcatgatcaggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  38208282 tgtgaatcctcaacttgttggctactattcaacttatgatccggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccgagcttttcaagttttctttttctcg 38208183  T
Q  401 cattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38208182 cattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 38208112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 439; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 471
Target Start/End: Original strand, 38216999 - 38217468
Alignment:
Q  1 agtggaaggtatgaacatggtgagggtagagctataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctacccctgaaattgatgaaagtaactgtaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38216999 agtggaaggtatgaacatggtgagggtagagctataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctaaccctgaaattgatgaaagtaactgtaa 38217098  T
Q  101 atttaacacactcatataaacaattttaacatataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattatt 200  Q
    || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38217099 atataacac-ctcatataaacaattttaacatataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacattatt 38217197  T
Q  201 gtagaacatgtttggaacatctaaaagtttttcatttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38217198 gtagaacatgtttggaacatctaaaagtttttcatttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatcttct 38217297  T
Q  301 tgtgaatcctcaacttgttggctactattcaactcatgatcaggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  38217298 tgtgaatcctcaacttgttggctactattcaacttatgatccggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccgagcttttcaagttttctttttctcg 38217397  T
Q  401 cattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38217398 cattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcccggtaactgaatacaaattaatgacatgatcaac 38217468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 2 - 447
Target Start/End: Original strand, 26032886 - 26033324
Alignment:
Q  2 gtggaaggtatgaacatggtgagggtagagctataggtatatgaatatgagaagttccaataatgctgctacccctgaaattgatgaaagtaactgtaaa 101  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| |      ||||||||||||||||| |   |||||||||| ||||||||||| |||||    
T  26032886 gtggaaggtatgaacatggtgggggtggagccataggtatataa------gaagttccaataatgcttc---ccctgaaattaatgaaagtaacagtaaa 26032976  T
Q  102 tttaacacactcatataaacaattttaacatataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccaca---tta 198  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||    
T  26032977 tttaacac-ctcgtataaacaattttaacatataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagtacttcccacaatatta 26033075  T
Q  199 ttgtagaacatgtttggaacatctaaaagtttttcatttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatattaaattcatctt 298  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26033076 ttgtagaacatgtttgggacatctaaaagtttttcatttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtggtatatgaaattcatctt 26033175  T
Q  299 cttgtgaatcctcaacttgttggctactattcaactcatgatcaggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttct 398  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26033176 cttgtgaatcctcaatttgttggctactattcagctcatcatccagttccatgttgtcagggaagggtgacaagccacgcctttcaagttttctttttct 26033275  T
Q  399 cgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcccggtaactga 447  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26033276 cgcgttccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcccggtaactga 26033324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 327 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 38447566 - 38447447
Alignment:
Q  327 attcaactcatgatcaggttccatgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcatta 426  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38447566 attcaactcatcatccagttccatgttgtcagggaagggtgacaagccacactttttatgttttctctttctcgcattccaaaagttcttgatgtcatta 38447467  T
Q  427 tcgcttcttcccggtaactg 446  Q
    ||| ||||||| || |||||    
T  38447466 tcggttcttccaggcaactg 38447447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 528 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 38180808 - 38180761
Alignment:
Q  528 tacctcatgagccagcttagaccatttgaattcaccatactttatata 575  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38180808 tacctcatgagccagcttagaccatttgaattcaccatactttatata 38180761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 528 - 575
Target Start/End: Original strand, 38190323 - 38190370
Alignment:
Q  528 tacctcatgagccagcttagaccatttgaattcaccatactttatata 575  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38190323 tacctcatgagccagcttagaccatttgaattcaccatactttatata 38190370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 528 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 38208032 - 38207985
Alignment:
Q  528 tacctcatgagccagcttagaccatttgaattcaccatactttatata 575  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38208032 tacctcatgagccagcttagaccatttgaattcaccatactttatata 38207985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 528 - 575
Target Start/End: Original strand, 38217548 - 38217595
Alignment:
Q  528 tacctcatgagccagcttagaccatttgaattcaccatactttatata 575  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38217548 tacctcatgagccagcttagaccatttgaattcaccatactttatata 38217595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 528 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 38456168 - 38456121
Alignment:
Q  528 tacctcatgagccagcttagaccatttgaattcaccatactttatata 575  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38456168 tacctcatgagccagcttagaccatttgaattcaccatactttatata 38456121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 528 - 575
Target Start/End: Original strand, 26033448 - 26033495
Alignment:
Q  528 tacctcatgagccagcttagaccatttgaattcaccatactttatata 575  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26033448 tacctcctcagccagcttagaccatttgaattcaccatactttttata 26033495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 38447688 - 38447655
Alignment:
Q  181 gaagtacttcccacattattgtagaacatgtttg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38447688 gaagtacttcccacattattgtagaacatatttg 38447655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 91; Significance: 8e-44; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 181 - 299
Target Start/End: Original strand, 6067743 - 6067860
Alignment:
Q  181 gaagtacttcccacattattgtagaacatgtttggaacatctaaaagtttttcatttatctcatcaaaaattgatggatattttctaaatttcaattgtg 280  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6067743 gaagtacttcccacgttattgtagaacatgtttgggacatctaaaagtgtttcatttatctcataaaaaatttatggatattttctaaatttcaattgtg 6067842  T
Q  281 gtatattaaattcatcttc 299  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  6067843 gtata-taaattcatcttc 6067860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 266 - 437
Target Start/End: Original strand, 53351249 - 53351429
Alignment:
Q  266 taaatttcaattgtggtatattaaattcatcttcttgtgaatcctcaacttgttggctact------------attcaactcatgatcaggttccatgtt 353  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |            ||||||||||| ||   ||||||| ||    
T  53351249 taaatttcacttgcggtatattaaattcatcatcttgtgaatccttaacttgttggctatttgaaccacttttattcaactcatcattcagttccatctt 53351348  T
Q  354 gtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcc 437  Q
    ||| || ||||||||||    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  53351349 gtcaggaaagggtgacat---acgcttttcaagttttctttttcttgcattccaaaaattcttgatgtcattatcgcttcttcc 53351429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 529 - 564
Target Start/End: Original strand, 53351852 - 53351887
Alignment:
Q  529 acctcatgagccagcttagaccatttgaattcacca 564  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53351852 acctcttgagccagcttagaccatttgaattcacca 53351887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 48; Significance: 4e-18; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 350 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 38342826 - 38342739
Alignment:
Q  350 tgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcc 437  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | |  ||| | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38342826 tgttgtcagggaagggtgacaagcaatgtctttgatgttttctttttcttgcgttccaaaagttcttgatgtcattatcggttcttcc 38342739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 350 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 38447019 - 38446932
Alignment:
Q  350 tgttgtcggggaagggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatcgcttcttcc 437  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | |  ||| | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38447019 tgttgtcagggaagggtgacaagcaatgtctttgatgttttctttttcttgcgttccaaaagttcttgatgtcattatcggttcttcc 38446932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 131 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 38343063 - 38343008
Alignment:
Q  131 atataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagta 186  Q
    |||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  38343063 atataaaagagaatggcattgcataatcaactcacctatcaatcaatgtagaagta 38343008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 131 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 38447256 - 38447201
Alignment:
Q  131 atataaaagaaaatggaattacataatctactcacctatcaatcaatgttgaagta 186  Q
    |||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  38447256 atataaaagagaatggcattgcataatcaactcacctatcaatcaatgtagaagta 38447201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 362 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 4121709 - 4121643
Alignment:
Q  362 agggtgacaagccacgcttttcaagttttctttttctcgcattccaaaagttcttgatgtcattatc 428  Q
    ||||||| | ||||| ||||| |  |||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  4121709 agggtgataggccactctttttatattttctttttcttgcattccaaaagttcttgatagcattatc 4121643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University