View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11324A_low_29 (Length: 428)

Name: NF11324A_low_29
Description: NF11324A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11324A_low_29
NF11324A_low_29
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-411)||(36314413-36314808)
[»] chr8 (28 HSPs)
chr8 (19-363)||(19345129-19345458)
chr8 (31-363)||(19503885-19504202)
chr8 (19-337)||(19390543-19390864)
chr8 (19-366)||(19410740-19411072)
chr8 (19-366)||(19457759-19458091)
chr8 (19-366)||(19522987-19523319)
chr8 (19-363)||(19592090-19592416)
chr8 (19-366)||(19469355-19469684)
chr8 (19-366)||(19540279-19540608)
chr8 (33-188)||(19337427-19337582)
chr8 (251-363)||(19337681-19337793)
chr8 (264-363)||(19355714-19355813)
chr8 (240-363)||(19468410-19468533)
chr8 (240-363)||(19555331-19555454)
chr8 (31-188)||(19355445-19355602)
chr8 (240-345)||(19404923-19405028)
chr8 (20-157)||(19468610-19468747)
chr8 (20-157)||(19555531-19555668)
chr8 (246-343)||(19376801-19376898)
chr8 (19-145)||(19172846-19172972)
chr8 (19-175)||(19376577-19376733)
chr8 (19-145)||(19287674-19287800)
chr8 (255-337)||(19172660-19172742)
chr8 (252-350)||(19287901-19287999)
chr8 (19-157)||(19404708-19404846)
chr8 (33-145)||(19370934-19371046)
chr8 (33-145)||(19341154-19341266)
chr8 (274-321)||(19371145-19371192)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (240-336)||(19543241-19543337)
chr6 (16-146)||(19543023-19543153)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 36314808 - 36314413
Alignment:
Q  19 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 118  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36314808 acatcaaaaaacgcgggaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccagtgaatgttcaacatatgtatcagta 36314709  T
Q  119 cattattgtttctaacaagaatgaagatcctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314708 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatatgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 36314609  T
Q  219 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 318  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314608 ggtgttgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 36314509  T
Q  319 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacacc---aagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatagaatgtaatttatggtt 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36314508 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaaaaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatggtt 36314413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 150; Significance: 4e-79; HSPs: 28)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 19 - 363
Target Start/End: Original strand, 19345129 - 19345458
Alignment:
Q  19 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 118  Q
    ||||||| ||| |||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| | ||| ||||||| ||| ||||||||    
T  19345129 acatcaagaaaagcggcatagcgtattggaaaagcggaaaacttaatagcaatggaatattcgagaacattcccacgaaagttcaacgtatatatcagta 19345228  T
Q  119 cattattgtttctaacaagaatgaagatcctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 218  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| | ||| ||||||| || | ||||  |       
T  19345229 cattattgtctctaacaagaatgaagattctttcgctttcgaagttaaagatgggaagtttgcacgatggcaactaacctcgaacgggaggttagta--- 19345325  T
Q  219 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 318  Q
    ||| ||||            |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  19345326 ggtcatga------------tggagatattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaatt 19345413  T
Q  319 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 363  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19345414 gtagggaaaatggtgaggtttttcagaaaatggtgggaacaccaa 19345458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 31 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 19504202 - 19503885
Alignment:
Q  31 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 130  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |  || ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||    
T  19504202 gcggcaaagtgcattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggaatattcgagaacattcccacaaaagttcaacgtatatatcagtacattattgtctc 19504103  T
Q  131 taacaagaatgaagatcctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagac 230  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| | ||| |||||||||| | ||||  |   ||| ||||        
T  19504102 taacaagaatgaagattctttcgctttcgaagttaaagatgggaagtttgcacgatggcaactaacctcgaaggggaggttagta---ggtcatga---- 19504010  T
Q  231 aatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctg 330  Q
            |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||    
T  19504009 --------tggagagattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaaaatg 19503918  T
Q  331 gtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 363  Q
    ||||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  19503917 gtgaggtttttcagaaaattgcgggaacaccaa 19503885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 337
Target Start/End: Original strand, 19390543 - 19390864
Alignment:
Q  19 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 118  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||| ||    
T  19390543 acatcaagaaacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggtttattcgagaacattccggtgaatgttcaacgtatatatcaata 19390642  T
Q  119 cattattgtttctaacaagaatgaagatcctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 218  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    |  |||||||||| | ||||| ||||    
T  19390643 cattattgtctctaacaaggatgaagattcttttgctttcgaagttaaagatgggaagtttatacgatggttcattacctcgaaggggaggttaataagt 19390742  T
Q  219 ggtgatga---agacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaa 315  Q
    | ||||||   ||| | |  ||||| ||| ||||  ||||||||||  |||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19390743 gctgatgagggagagatttatagtgcagacattgctaatgcagataagtgttatggatataatagtgatgccgggtgccaaaaatgggaggatataccaa 19390842  T
Q  316 cttgtagggaacctggtgaggt 337  Q
    |||| ||||| ||| |||||||    
T  19390843 cttgcagggaccctcgtgaggt 19390864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 366
Target Start/End: Original strand, 19410740 - 19411072
Alignment:
Q  19 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 118  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||    
T  19410740 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagta 19410839  T
Q  119 cattattgtttctaacaagaatgaagatcctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 218  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |       
T  19410840 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta--- 19410936  T
Q  219 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 318  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19410937 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 19411024  T
Q  319 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 366  Q
    | ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19411025 gcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19411072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 366
Target Start/End: Original strand, 19457759 - 19458091
Alignment:
Q  19 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 118  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||    
T  19457759 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagta 19457858  T
Q  119 cattattgtttctaacaagaatgaagatcctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 218  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |       
T  19457859 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta--- 19457955  T
Q  219 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 318  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19457956 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 19458043  T
Q  319 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 366  Q
    | ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19458044 gcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19458091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 19523319 - 19522987
Alignment:
Q  19 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 118  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||    
T  19523319 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagta 19523220  T
Q  119 cattattgtttctaacaagaatgaagatcctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 218  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |       
T  19523219 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta--- 19523123  T
Q  219 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 318  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19523122 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 19523035  T
Q  319 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 366  Q
    | ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19523034 gcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19522987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 363
Target Start/End: Original strand, 19592090 - 19592416
Alignment:
Q  19 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 118  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||    
T  19592090 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagta 19592189  T
Q  119 cattattgtttctaacaagaatgaagatcctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 218  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |       
T  19592190 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta--- 19592286  T
Q  219 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 318  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19592287 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaactt 19592371  T
Q  319 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 363  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19592372 gcagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggcgggaacaccaa 19592416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 19469684 - 19469355
Alignment:
Q  19 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 118  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||    
T  19469684 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagta 19469585  T
Q  119 cattattgtttctaacaagaatgaagatcctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 218  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |       
T  19469584 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta--- 19469488  T
Q  219 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 318  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19469487 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaactt 19469403  T
Q  319 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 366  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19469402 gcagggaacctggtgaggtgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19469355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 19540608 - 19540279
Alignment:
Q  19 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 118  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||    
T  19540608 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagta 19540509  T
Q  119 cattattgtttctaacaagaatgaagatcctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 218  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |       
T  19540508 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta--- 19540412  T
Q  219 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 318  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19540411 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaactt 19540327  T
Q  319 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 366  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19540326 gcagggaacctggtgaggtgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19540279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 33 - 188
Target Start/End: Original strand, 19337427 - 19337582
Alignment:
Q  33 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 132  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||   ||| ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||    
T  19337427 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaactcaaaagcaatggaatgttcgagaacattcctgcgaaagttcaacgtatataccagtacattattgtgtcta 19337526  T
Q  133 acaagaatgaagatcctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgg 188  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19337527 acaaggatgaagattcttttgcttttgaagttaaagatgggaaatttatacgatgg 19337582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 251 - 363
Target Start/End: Original strand, 19337681 - 19337793
Alignment:
Q  251 aaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 350  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  19337681 aaatgcagacatgtgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaatg 19337780  T
Q  351 gtgggaacaccaa 363  Q
    ||||||| |||||    
T  19337781 gtgggaagaccaa 19337793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 264 - 363
Target Start/End: Original strand, 19355714 - 19355813
Alignment:
Q  264 tgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 363  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  19355714 tgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaaaggtgggaagaccaa 19355813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 240 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 19468533 - 19468410
Alignment:
Q  240 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 339  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  19468533 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19468434  T
Q  340 ttcagaaaaaggtgggaacaccaa 363  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
T  19468433 ttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19468410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 240 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 19555454 - 19555331
Alignment:
Q  240 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 339  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  19555454 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19555355  T
Q  340 ttcagaaaaaggtgggaacaccaa 363  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
T  19555354 ttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19555331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 31 - 188
Target Start/End: Original strand, 19355445 - 19355602
Alignment:
Q  31 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 130  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||| |||||||  |||||||||||||||  ||| ||||||  ||| |||| |||||||||||| ||    
T  19355445 gcggcaaagtgcattggaaaagcggaaaacttagaagtaatggaatattcgagaacattccagcgaaagttcaaagtatatatcggtacattattgtgtc 19355544  T
Q  131 taacaagaatgaagatcctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgg 188  Q
    ||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  19355545 taacaaggatgaagattcttttgctttcgaagttaatgatgggaattttatacgatgg 19355602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 240 - 345
Target Start/End: Original strand, 19404923 - 19405028
Alignment:
Q  240 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 339  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  19404923 ggagatattggaaatgcagatatgtgttatggatataatagggacggagggtgccaaaagtgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtgt 19405022  T
Q  340 ttcaga 345  Q
    ||||||    
T  19405023 ttcaga 19405028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 20 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 19468747 - 19468610
Alignment:
Q  20 catcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtac 119  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  19468747 catcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggtgaatgttcaacatatgtatcagtac 19468648  T
Q  120 attattgtttctaacaagaatgaagatcctttcgcttt 157  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||| ||||| ||||    
T  19468647 attattgtctctaacaaagacgaagattctttcacttt 19468610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 20 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 19555668 - 19555531
Alignment:
Q  20 catcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtac 119  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  19555668 catcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggtgaatgttcaacatatgtatcagtac 19555569  T
Q  120 attattgtttctaacaagaatgaagatcctttcgcttt 157  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||| ||||| ||||    
T  19555568 attattgtctctaacaaagacgaagattctttcacttt 19555531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 246 - 343
Target Start/End: Original strand, 19376801 - 19376898
Alignment:
Q  246 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttca 343  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  19376801 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagtgatcgagggtgccaaaaatgggaggatataccagcttgcagggaacctggtgaggtgtttca 19376898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 19 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 19172972 - 19172846
Alignment:
Q  19 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 118  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||   ||| ||||||||| | |||| ||||||||| ||||||| ||    
T  19172972 acatcaagcaacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaacagcaatggattattcaagaacattctagtgaaagttcaacatgtgtatcaata 19172873  T
Q  119 cattattgtttctaacaagaatgaaga 145  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  19172872 cattattgtctctaacaaggatgaaga 19172846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 19 - 175
Target Start/End: Original strand, 19376577 - 19376733
Alignment:
Q  19 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 118  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||| |||||    ||||||||| ||||||||| |||    
T  19376577 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaatatgtatcggta 19376676  T
Q  119 cattattgtttctaacaagaatgaaga-tcctttcgcttttgaagttaaagatgggaa 175  Q
    ||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||| | ||||||| |||||||| ||||    
T  19376677 catcattgtctctaacaaggatgaagattcctttag-ttttgaaattaaagatcggaa 19376733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 19 - 145
Target Start/End: Original strand, 19287674 - 19287800
Alignment:
Q  19 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 118  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||    ||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||| ||    
T  19287674 acatcaagcaacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacgtagacgcaatggtttattcgagaacattccagtgaaagttcaacgtgtgtatcaata 19287773  T
Q  119 cattattgtttctaacaagaatgaaga 145  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  19287774 cattattgtctctaacaaggatgaaga 19287800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 255 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 19172742 - 19172660
Alignment:
Q  255 gcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggt 337  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  19172742 gcagatatgtgttatggctataataccgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacctgcagggaacccggtgaggt 19172660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 252 - 350
Target Start/End: Original strand, 19287901 - 19287999
Alignment:
Q  252 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 350  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  19287901 aatgcagataagtgttatggatataataatgatgaagggtgccaaaaatgggaggatatgccaacttgcagggaacgtggtgaggtctttcaaaaaaag 19287999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 157
Target Start/End: Original strand, 19404708 - 19404846
Alignment:
Q  19 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 118  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||   |||||||| |||||    |||||||||  ||||||||| ||    
T  19404708 acatcaagaaaagaggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcgatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaactatgtatcaata 19404807  T
Q  119 cattattgtttctaacaagaatgaagatcctttcgcttt 157  Q
    || |||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  19404808 cactattgtctctaacaaggatgaagattctttcacttt 19404846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 33 - 145
Target Start/End: Original strand, 19370934 - 19371046
Alignment:
Q  33 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 132  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||  ||||| ||||| ||||    
T  19370934 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaacttagaagcaatggattattcgagaacattccagagaatgtccaacatgtgtatcgatacatgattgtctcta 19371033  T
Q  133 acaagaatgaaga 145  Q
    ||||  |||||||    
T  19371034 acaaagatgaaga 19371046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 33 - 145
Target Start/End: Original strand, 19341154 - 19341266
Alignment:
Q  33 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 132  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||   ||||||||||||| |  |||||| |||||| ||||||  ||||| ||||| ||||    
T  19341154 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaacttggaagcaatggattattcgagaacattctagagaatgtccaacatgtgtatcgatacatgattgtctcta 19341253  T
Q  133 acaagaatgaaga 145  Q
    ||||  |||||||    
T  19341254 acaaagatgaaga 19341266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 274 - 321
Target Start/End: Original strand, 19371145 - 19371192
Alignment:
Q  274 ataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgta 321  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19371145 ataatagtaatggtggatgccaaaaatgggagtatataccaacttgta 19371192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 69; Significance: 8e-31; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 240 - 336
Target Start/End: Original strand, 19543241 - 19543337
Alignment:
Q  240 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgagg 336  Q
    ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19543241 ggagatattggaaatgcagacttgtgttatggatataatatcaacggagggtgccaaaaatgggaggatataccaagttgtagggaacctggtgagg 19543337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 146
Target Start/End: Original strand, 19543023 - 19543153
Alignment:
Q  16 tggacatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaacgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatca 115  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||    |||| |||||| ||   ||||||||||| | ||||| |    
T  19543023 tggaaatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttagaagaaatgggttattcgtgaacataccggcgaatgttcaacgtgtgtatga 19543122  T
Q  116 gtacattattgtttctaacaagaatgaagat 146  Q
     ||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  19543123 atacattattgtttctaagaaagatgaagat 19543153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University