View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11324A_low_319 (Length: 243)

Name: NF11324A_low_319
Description: NF11324A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11324A_low_319
NF11324A_low_319
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (13-224)||(33064483-33064694)
chr5 (13-224)||(33066643-33066854)
chr5 (13-224)||(33067729-33067940)
chr5 (13-224)||(33063389-33063600)
chr5 (13-224)||(33065570-33065781)
chr5 (13-224)||(33068781-33068992)
chr5 (87-224)||(33069868-33070005)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 13 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 33064694 - 33064483
Alignment:
Q  13 ttggagtttggcgagagaaaggttgatttgaaaggagatgcaatgtttgtgcataacaacccagttgagctggtttgtcatggtagacatgatgccaagg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33064694 ttggagtttggcgagagaaaggttgatttgaaaggagatgcgatgtttgtgcataacaacccagttgagctggtttgtcatggtagacatgatgccaagg 33064595  T
Q  113 tgaaagccagctatggaggtatactttacaatactccttacaagttatggctcatgaatgaaaatagaagttcatctttcttatctgaatttgtgattga 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33064594 tgaaagccagctatggaggtatactttacaatactccttacaagttatggctcatgaatgaaaatagaagtttatctttcttatctgaatttgtgattga 33064495  T
Q  213 aattgttgttcc 224  Q
    ||||||||||||    
T  33064494 aattgttgttcc 33064483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 13 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 33066854 - 33066643
Alignment:
Q  13 ttggagtttggcgagagaaaggttgatttgaaaggagatgcaatgtttgtgcataacaacccagttgagctggtttgtcatggtagacatgatgccaagg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33066854 ttggagtttggcgagagaaaggttgatttgaaaggagatgcgatgtttgtgcataacaacccagttgagctggtttgtcatggtagacatgatgccaagg 33066755  T
Q  113 tgaaagccagctatggaggtatactttacaatactccttacaagttatggctcatgaatgaaaatagaagttcatctttcttatctgaatttgtgattga 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33066754 tgaaagccagctatggaggtatactttacaatactccttacaagttatggctcatgaatgaaaatagaagtttatctttcttatctgaatttgtgattga 33066655  T
Q  213 aattgttgttcc 224  Q
    ||||||||||||    
T  33066654 aattgttgttcc 33066643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 13 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 33067940 - 33067729
Alignment:
Q  13 ttggagtttggcgagagaaaggttgatttgaaaggagatgcaatgtttgtgcataacaacccagttgagctggtttgtcatggtagacatgatgccaagg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33067940 ttggagtttggcgagagaaaggttgatttgaaaggagatgcgatgtttgtgcataacaacccagttgagctggtttgtcatggtagacatgatgccaagg 33067841  T
Q  113 tgaaagccagctatggaggtatactttacaatactccttacaagttatggctcatgaatgaaaatagaagttcatctttcttatctgaatttgtgattga 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33067840 tgaaagccagctatggaggtatactttacaatactccttacaagttatggctcatgaatgaaaatagaagtttatctttcttatctgaatttgtgattga 33067741  T
Q  213 aattgttgttcc 224  Q
    ||||||||||||    
T  33067740 aattgttgttcc 33067729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 13 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 33063600 - 33063389
Alignment:
Q  13 ttggagtttggcgagagaaaggttgatttgaaaggagatgcaatgtttgtgcataacaacccagttgagctggtttgtcatggtagacatgatgccaagg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33063600 ttggagtttggcgagagaaaggttgatttgaatggagatgcgatgtttgtgcataacaacccagttgagctggtttgtcatggtagacatgatgccaagg 33063501  T
Q  113 tgaaagccagctatggaggtatactttacaatactccttacaagttatggctcatgaatgaaaatagaagttcatctttcttatctgaatttgtgattga 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33063500 tgaaagccagctatggaggtatactttacaatactccttacaagttatggctcatgaatgaaaatagaagtttatctttcttatctgaatttgtgattga 33063401  T
Q  213 aattgttgttcc 224  Q
    ||||||||||||    
T  33063400 aattgttgttcc 33063389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 13 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 33065781 - 33065570
Alignment:
Q  13 ttggagtttggcgagagaaaggttgatttgaaaggagatgcaatgtttgtgcataacaacccagttgagctggtttgtcatggtagacatgatgccaagg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33065781 ttggagtttggcgagagaaaggttgatttgaatggagatgcgatgtttgtgcataacaacccagttgagctggtttgtcatggtagacatgatgccaagg 33065682  T
Q  113 tgaaagccagctatggaggtatactttacaatactccttacaagttatggctcatgaatgaaaatagaagttcatctttcttatctgaatttgtgattga 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33065681 tgaaagccagctatggaggtatactttacaatactccttacaagttatggctcatgaatgaaaatagaagtttatctttcttatctgaatttgtgattga 33065582  T
Q  213 aattgttgttcc 224  Q
    ||||||||||||    
T  33065581 aattgttgttcc 33065570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 13 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 33068992 - 33068781
Alignment:
Q  13 ttggagtttggcgagagaaaggttgatttgaaaggagatgcaatgtttgtgcataacaacccagttgagctggtttgtcatggtagacatgatgccaagg 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33068992 ttggagtttggcgagagaaaggttgatttgaaaggagatgcgatgtttgtgcataacaacccagttgagttggtttgtcatggtagacatgatgccaagg 33068893  T
Q  113 tgaaagccagctatggaggtatactttacaatactccttacaagttatggctcatgaatgaaaatagaagttcatctttcttatctgaatttgtgattga 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33068892 tgaaagccagctatggaggtatactttacaatactccttacaagttatggctcatgaatgaaaatagaagtttatctttcttatctgaatttgtgattga 33068793  T
Q  213 aattgttgttcc 224  Q
    ||||||||||||    
T  33068792 aattgttgttcc 33068781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 87 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 33070005 - 33069868
Alignment:
Q  87 ttgtcatggtagacatgatgccaaggtgaaagccagctatggaggtatactttacaatactccttacaagttatggctcatgaatgaaaatagaagttca 186  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  33070005 ttgttatggtagatatgatgccaaggtgaaagccagctatggaggtatactttacaatactccttacaagttatggctcatgaatgaaaatagaagttta 33069906  T
Q  187 tctttcttatctgaatttgtgattgaaattgttgttcc 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33069905 tctttcttatctgaatttgtgattgaaattgttgttcc 33069868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University