View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11324A_low_468 (Length: 214)

Name: NF11324A_low_468
Description: NF11324A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11324A_low_468
NF11324A_low_468
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (13-206)||(37307433-37307626)
chr2 (17-194)||(13186680-13186858)
chr2 (17-194)||(7305311-7305488)
chr2 (92-187)||(40190655-40190750)
chr2 (14-83)||(40196727-40196797)
chr2 (97-177)||(26381517-26381597)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (17-183)||(34080978-34081145)
chr5 (17-194)||(18259368-18259545)
chr5 (116-183)||(4560554-4560621)
chr5 (97-187)||(32216661-32216751)
chr5 (116-194)||(18883272-18883350)
chr5 (145-194)||(18933974-18934023)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (17-194)||(54346527-54346705)
chr3 (17-194)||(27156396-27156573)
chr3 (32-194)||(46428363-46428526)
chr3 (32-194)||(42794293-42794456)
chr3 (32-194)||(54812477-54812640)
chr3 (114-194)||(34265159-34265239)
chr3 (106-194)||(43912481-43912569)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (17-194)||(23949490-23949668)
chr1 (17-194)||(23085139-23085318)
chr1 (17-194)||(5308434-5308612)
chr1 (17-194)||(50952796-50952975)
chr1 (32-196)||(22065428-22065593)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (17-196)||(26616951-26617131)
chr8 (17-194)||(1635790-1635968)
chr8 (17-194)||(456584-456762)
chr8 (32-194)||(44145512-44145675)
chr8 (139-194)||(38560847-38560902)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (17-194)||(8019973-8020151)
chr7 (17-194)||(48618726-48618904)
chr7 (20-182)||(29213969-29214132)
chr7 (17-118)||(25713258-25713360)
chr7 (116-194)||(24473340-24473418)
chr7 (115-194)||(29760073-29760152)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (20-194)||(34390034-34390209)
chr4 (21-194)||(36894645-36894820)
chr4 (14-194)||(47597819-47598000)
chr4 (114-194)||(43271019-43271099)
chr4 (131-163)||(28561506-28561538)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (32-194)||(1223191-1223354)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 182; Significance: 1e-98; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 13 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 37307626 - 37307433
Alignment:
Q  13 ggacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacatgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcg 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37307626 ggacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacatgatggtgcttgcaaagatacgagggttattgctggatgtggcg 37307527  T
Q  113 atctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagattttcttcgacat 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  37307526 atctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagattttgatcgacat 37307433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Original strand, 13186680 - 13186858
Alignment:
Q  17 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  13186680 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggtttgatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 13186779  T
Q  116 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  13186780 tttttcgtgatttagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 13186858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 7305488 - 7305311
Alignment:
Q  17 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 115  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| |  |    
T  7305488 atcatctatata-gttggtagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggagttattgctggatgtggtggcc 7305390  T
Q  116 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  7305389 tttttcatgattcagacggtagatggatcaaagactacactaaaaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 7305311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 92 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 40190750 - 40190655
Alignment:
Q  92 gggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 187  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40190750 gggttatttctggatgtggcgttctttttcgtgattcagacgttagatggatcaaaggctacattaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 40190655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 14 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 40196797 - 40196727
Alignment:
Q  14 gacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaac-atgatggtgcttgcaa 83  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||    
T  40196797 gacatcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagctcaacaatggtggtgcttgcaa 40196727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 26381597 - 26381517
Alignment:
Q  97 attgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgat 177  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||    
T  26381597 attgctggatgtgcgaatctctttcgtgactcagaaggtagatggattaaagactacactaagaagattggtgcgtgtgat 26381517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 128; Significance: 2e-66; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 17 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 34081145 - 34080978
Alignment:
Q  17 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  34081145 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggtc 34081046  T
Q  116 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34081045 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 34080978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 18259545 - 18259368
Alignment:
Q  17 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | |||| |||||||||| |||||| ||||||||| || ||||||||  |    
T  18259545 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatagtgcttgcaaggatatgggggttattgttg-atgtggcggcc 18259447  T
Q  116 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18259446 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaagactacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 18259368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 116 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 4560621 - 4560554
Alignment:
Q  116 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 183  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4560621 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctta 4560554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 97 - 187
Target Start/End: Original strand, 32216661 - 32216751
Alignment:
Q  97 attgctggatgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatg 187  Q
    |||| ||||||||| | |||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |  ||| ||||||||||||    
T  32216661 attgttggatgtgggggtctttttcgtgacttggacggtagatggattaaaggctacaataagaagattggtgtgtgtcatgccttatatg 32216751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 116 - 194
Target Start/End: Original strand, 18883272 - 18883350
Alignment:
Q  116 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    |||||| |||| |||| |||| |||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  18883272 tttttcatgatgcagatggtaaatggattaaaggctgcactaataagattggaacttgtgatgccttacttgttgagat 18883350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 145 - 194
Target Start/End: Original strand, 18933974 - 18934023
Alignment:
Q  145 aaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18933974 aaaggctacactaaaaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 18934023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 127; Significance: 9e-66; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Original strand, 54346527 - 54346705
Alignment:
Q  17 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  54346527 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 54346626  T
Q  116 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  54346627 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 54346705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 27156573 - 27156396
Alignment:
Q  17 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||  |    
T  27156573 atcatctatataggttggaagcggcctcgaaaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttatt-ctggatgtggcggcc 27156475  T
Q  116 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  27156474 tttttcatgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattagagcttgtgatgccttacatgctgagat 27156396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 32 - 194
Target Start/End: Original strand, 46428363 - 46428526
Alignment:
Q  32 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 130  Q
    ||||| || ||||| |||||||| | |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  46428363 tggaaacgacctcaggaaggttgaatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 46428462  T
Q  131 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  46428463 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgttgagat 46428526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 32 - 194
Target Start/End: Original strand, 42794293 - 42794456
Alignment:
Q  32 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 130  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||| ||| |||    
T  42794293 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgcgatgcag 42794392  T
Q  131 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    | |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  42794393 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgtcttacatgctgagat 42794456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 32 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 54812640 - 54812477
Alignment:
Q  32 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 130  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||   || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  54812640 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacggcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 54812541  T
Q  131 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    | |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  54812540 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattgaagcttgtgatgccttacatgctgagat 54812477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 114 - 194
Target Start/End: Original strand, 34265159 - 34265239
Alignment:
Q  114 tctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    |||| ||||||||||||| |||| |||||| ||| | |||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  34265159 tcttattcgtgattcagatggtaaatggattaaatgttacactaaaaagattgaagcttgtgatgtcttacatgctgagat 34265239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 43912569 - 43912481
Alignment:
Q  106 tgtggcgatctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    ||||| ||| |||||||||||  ||| | || |||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  43912569 tgtggtgatatttttcgtgatgtagatgataaatggattaaaggctacgttaagaagatttgagcttgtgataccttacatgatgagat 43912481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 127; Significance: 9e-66; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Original strand, 23949490 - 23949668
Alignment:
Q  17 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  23949490 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 23949589  T
Q  116 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  23949590 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 23949668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 23085318 - 23085139
Alignment:
Q  17 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgaggg-ttattgctggatgtggcgat 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||      
T  23085318 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatggggggttattgctggatgaggcggc 23085219  T
Q  115 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  23085218 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 23085139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Original strand, 5308434 - 5308612
Alignment:
Q  17 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||   |    
T  5308434 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggctgcc 5308533  T
Q  116 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  5308534 tttttcgtgattcaaacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 5308612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 50952975 - 50952796
Alignment:
Q  17 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  50952975 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 50952876  T
Q  116 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggc-tacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  50952875 tttttcgtgattcagacggtagatagatcaaaggcttacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 50952796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 32 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 22065593 - 22065428
Alignment:
Q  32 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 130  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||| |   ||||   || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  22065593 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagtgacggtgcctgcaaggatatgggtcatattttcggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 22065494  T
Q  131 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagattt 196  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  22065493 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagattt 22065428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 125; Significance: 1e-64; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 17 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 26617131 - 26616951
Alignment:
Q  17 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||  |    
T  26617131 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgagggttattgcttcatgtggcggcc 26617032  T
Q  116 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagattt 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  26617031 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagattt 26616951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Original strand, 1635790 - 1635968
Alignment:
Q  17 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||  |    
T  1635790 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatataggggttattgctggatgtggcggcc 1635889  T
Q  116 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  1635890 tttttcgtgattcagacggtaaatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 1635968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 456762 - 456584
Alignment:
Q  17 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| || ||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  456762 atcatctatataggttggaagcggcctcgagagggttggatcaggcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggcc 456663  T
Q  116 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  456662 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagtttgtgatgtcttatatgctgagat 456584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 32 - 194
Target Start/End: Original strand, 44145512 - 44145675
Alignment:
Q  32 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 130  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| | | ||||||||||| |||    
T  44145512 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtggtatttttcgtgatgcag 44145611  T
Q  131 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  44145612 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 44145675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 139 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 38560902 - 38560847
Alignment:
Q  139 tggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    ||||| |||||||||||| |||| || |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  38560902 tggattaaaggctacactgagaatatcggagtttgtgatgccttacatgttgagat 38560847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 123; Significance: 2e-63; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 8020151 - 8019973
Alignment:
Q  17 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||  |    
T  8020151 atcatctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgttggatgtggcggcc 8020052  T
Q  116 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  8020051 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 8019973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Original strand, 48618726 - 48618904
Alignment:
Q  17 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||||  |    
T  48618726 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggttatgggggttattgccggatgtggcggcc 48618825  T
Q  116 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  48618826 ttttttgtgattcagatggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 48618904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 29214132 - 29213969
Alignment:
Q  20 atctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 118  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||  ||||| || |||||  |||||||||||  ||||    
T  29214132 atctatataggttggaagcggtctcatgaaggttggatcaagctcaatagtgatggtgcttgcaagaatatggggattatttttggatgtggcggccttt 29214033  T
Q  119 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgcctt 182  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29214032 ttcgtgatttagacggtagatgggtcaaatgctacactaagaagattagagcttgtgatgcctt 29213969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 17 - 118
Target Start/End: Original strand, 25713258 - 25713360
Alignment:
Q  17 atcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatc 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  25713258 atcatctatataggttggaagcggcctcaagaaggttggatcaagctcaacagtgatgatgcttgcaaggacatgggggttattgttggatgtggcggtc 25713357  T
Q  116 ttt 118  Q
    |||    
T  25713358 ttt 25713360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 116 - 194
Target Start/End: Original strand, 24473340 - 24473418
Alignment:
Q  116 tttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  24473340 tttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggttacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 24473418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 115 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 29760152 - 29760073
Alignment:
Q  115 ctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    |||||| ||||| || |||| | ||||||||| || ||  ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||    
T  29760152 cttttttgtgatacaaacggaaaatggatcaatggttatgctaagaagattggagtttgtgatgctttacatgttgagat 29760073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 116; Significance: 3e-59; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 34390209 - 34390034
Alignment:
Q  20 atctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaaca-tgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 118  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||    
T  34390209 atctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagcttaatagtgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggccttt 34390110  T
Q  119 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  34390109 ttcgtgattcaaacggtagatggatcaaaggctatactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 34390034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 21 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 36894820 - 36894645
Alignment:
Q  21 tctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaac--atgatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatcttt 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |   |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||   |||    
T  36894820 tctatataggttggaagcggcctcgagaaggttggatcaagctttaataatgatggtgcttgcaaggatatgggggttattgctggatgtggcggctttt 36894721  T
Q  119 ttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  36894720 ttcatgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 36894645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 14 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 47598000 - 47597819
Alignment:
Q  14 gacatcatctatataagttggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcg 112  Q
    ||||| ||||| ||| | ||||| || |||||||||||||||| ||| |||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | || ||||| |    
T  47598000 gacattatctacataggatggaaacgacctcaagaaggttggatcaaactcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccggttgtggtg 47597901  T
Q  113 atctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
     | ||||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  47597900 gtatttttcgtgatgcagatggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 47597819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 114 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 43271099 - 43271019
Alignment:
Q  114 tctttttcgtgattcagacggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    |||||||||| ||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  43271099 tctttttcgtaattcagatggtaaattgattaaaggctacactaagaagatgtgagcttgtgatgccttacatgctgagat 43271019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 131 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 28561538 - 28561506
Alignment:
Q  131 acggtagatggatcaaaggctacactaagaaga 163  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28561538 acggtagatggattaaaggctacactaagaaga 28561506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 48; Significance: 1e-18; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 32 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 1223354 - 1223191
Alignment:
Q  32 tggaagcggcctcaagaaggttggaccaagctcaacat-gatggtgcttgcaaagatatgagggttattgctggatgtggcgatctttttcgtgattcag 130  Q
    ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||| |   |||| | |  ||||| | | ||||||||||  ||     
T  1223354 tggaaacgacctcaggaaggttggatcaagctcaacagcgacggtgcctgcaaggatatgggtcatatttccgattgtggtggtatttttcgtgacgcat 1223255  T
Q  131 acggtagatggatcaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttatatgttgagat 194  Q
    | |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  1223254 atggtaaatggattaaaggctacactaagaagattggagcttgtgatgccttacatgctgagat 1223191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University