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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11329_low_1 (Length: 1221)
Name: NF11329_low_1
Description: NF11329
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11329_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 734; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 734; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 838
Target Start/End: Complemental strand, 931425 - 930603
Alignment:
| Q |
15 |
gacatcatcctcaccgaaatctaacaccatcaaagctttgccagaatttttgcactcagtgatattaacttctacatccttatctcccttacacagagga |
114 |
Q |
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| T |
931425 |
gacatcatcctcaccgaaatctaacaccatcaaagctttgccagaatttttgcactcagtgatattaacttctacatccttatctcccttacacagagga |
931326 |
T |
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| Q |
115 |
gtttgttcaattgacatcatttcccggacacaatcatcagcctcaccgttttccataggctcaagaacatttagttccgaaaatgcaggggcgtttatat |
214 |
Q |
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| T |
931325 |
gtttgttcaattgacatcatttcccgggcacaatcatcagcctcaccgttttccctaggctcaagaacatttagttccgaaaatgcaggggcgtttatat |
931226 |
T |
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| Q |
215 |
tctccaattggctctttatctccaagtcaggggacattttcacaaatcatgcaaaccttcactgctcagaaatcatgcaaaaaccacaatatcatcatga |
314 |
Q |
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| T |
931225 |
tctccaattggctctttatctccaagtcaggggacattttcacaaatcatgcaaaccttcactgctcagaaatcatgcaaaaaccacaatatcatcatga |
931126 |
T |
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| Q |
315 |
aaaacatgagtcacaggttgacgaaagnnnnnnntagatgcataataaaccaagactacagaacaaattgcaaaacgtcaccttgatccaannnnnnnac |
414 |
Q |
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| T |
931125 |
aaaacatgagtcacaggttgaccaaagaaaaaaatagatgcataataaaccaagactacagaacaaattgcaaaacgtcaccttgatccaatctttttac |
931026 |
T |
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| Q |
415 |
tattataaaggaaaatacataactaaaactactacattcttcataataatggtaaacacattcatatcttgaagggctgtctggtcactcatgagtcatg |
514 |
Q |
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| T |
931025 |
tattataaaggaaaatacataactaaaactactacattcttcataataatggtaaacacattcatatcttgaagggctgtctggtcactcatgagtcatg |
930926 |
T |
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| Q |
515 |
acctaccaatttatcgaacacgataaccattggcataacacaatttttgatacatcatgagatacgtaaaacatctcatttaaagttcttgaattaccgc |
614 |
Q |
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| T |
930925 |
acctaacaatttatcgaacacgataaccactggcataacacaatttttgatacatcatgagatacgtaaaacatctcatttaaagttcttgaattaccgc |
930826 |
T |
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| Q |
615 |
tcaattatgacataagaaacagttttcattgatgtatgatcatggtattcagtggagttatgtaatcaacaattccaaaactgacgaaccttcctcctct |
714 |
Q |
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| T |
930825 |
tcaattatgacataagaaacagttttcattgatgtatgatcatggtattcagtggagttatgtaatcaacaattccaaaactgacgaaccttcctccact |
930726 |
T |
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| Q |
715 |
caaaattatcgctttttcttcttcttttcatatagttcaatatcctcaaatcaggtgcatcaatacacacgaaaaacattgcaaacatcatcaaagattc |
814 |
Q |
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| T |
930725 |
caaaattatc-cttttttttcttcttttcatatagttcaatatcctcaaatcaggtgcatcaatacacacaaaaaacattgcaaacatcatcgcagattc |
930627 |
T |
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| Q |
815 |
agtttcctctactcaaaatcagaa |
838 |
Q |
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| T |
930626 |
agtttcctctactcaaaatcagaa |
930603 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 878 - 1220
Target Start/End: Complemental strand, 930570 - 930228
Alignment:
| Q |
878 |
ttatccactcttatccaaaaatcagactttgaaataataatttagaaagatatatacaaagataaacggatttaaacaaatgttggcccctgttcgaggt |
977 |
Q |
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|
| T |
930570 |
ttatccactcttatccaaaaatcagactttgaaacaataatttagaaagatatatacaaagataaacggatttaaacaaatgttggcccctgttcgaggt |
930471 |
T |
|
| Q |
978 |
ggtttttgtgttatattttgaaattttcataatgtaacaacctcagatatagnnnnnnnngtcaaaattaacaagaaacataacagcagcaatattgatt |
1077 |
Q |
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| T |
930470 |
ggtttttgtgttatattttgaaattttcataatgtaacaacctcggatatagttttttttgtcaaaattaacaagaaacataacagcagcaatattgatt |
930371 |
T |
|
| Q |
1078 |
gcacaaagctaaaaatcgtttgtggataatatgattacctgagaacaaacaacaatatgaactggattgatcacttggaatggccgatacacgaatggtg |
1177 |
Q |
| |
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| T |
930370 |
gcacaaagctaaaaaccgtttgtggataatatgattacctgagaacaaacaacaatatgaactggattgatcacttggaatggccgatacacgaatggtg |
930271 |
T |
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| Q |
1178 |
acgcacacaggaacaacctcgtgagatgaaacttgaaagtagt |
1220 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
930270 |
acgcacacaggaacaacctcgtgagatgaaacttgaaagtagt |
930228 |
T |
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