View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11331_low_1 (Length: 955)
Name: NF11331_low_1
Description: NF11331
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11331_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 471; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 471; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 931154 - 930603
Alignment:
| Q |
20 |
atcatgcaaaaaccacaatatcatcatgaaaaacatgagtcacaggttgacgaaagnnnnnnntagatgcataataaaccaagactacagaacaaattgc |
119 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
931154 |
atcatgcaaaaaccacaatatcatcatgaaaaacatgagtcacaggttgaccaaagaaaaaaatagatgcataataaaccaagactacagaacaaattgc |
931055 |
T |
|
| Q |
120 |
aaaacgtcaccttgatccaannnnnnnactattataaaggaaaatacataactaaaactactacattcttcataataatggtaaacacattcatatcttg |
219 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
931054 |
aaaacgtcaccttgatccaatctttttactattataaaggaaaatacataactaaaactactacattcttcataataatggtaaacacattcatatcttg |
930955 |
T |
|
| Q |
220 |
aagggctgtctggtcactcatgagtcatgacctaccaatttatcgaacacgataaccattggcataacacaatttttgatacatcatgagatacgtaaaa |
319 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
930954 |
aagggctgtctggtcactcatgagtcatgacctaacaatttatcgaacacgataaccactggcataacacaatttttgatacatcatgagatacgtaaaa |
930855 |
T |
|
| Q |
320 |
catctcatttaaagttcttgaattaccgctcaattatgacataagaaacagttttcattgatgtatgatcatggtattcagtggagttatgtaatcaaca |
419 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
930854 |
catctcatttaaagttcttgaattaccgctcaattatgacataagaaacagttttcattgatgtatgatcatggtattcagtggagttatgtaatcaaca |
930755 |
T |
|
| Q |
420 |
attccaaaactgacgaaccttcctcctctcaaaattatcgctttttcttcttcttttcatatagttcaatatcctcaaatcaggtgcatcaatacacacg |
519 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
930754 |
attccaaaactgacgaaccttcctccactcaaaattatc-cttttttttcttcttttcatatagttcaatatcctcaaatcaggtgcatcaatacacaca |
930656 |
T |
|
| Q |
520 |
aaaaacattgcaaacatcatcaaagattcagtttcctctactcaaaatcagaa |
572 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
930655 |
aaaaacattgcaaacatcatcgcagattcagtttcctctactcaaaatcagaa |
930603 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 612 - 954
Target Start/End: Complemental strand, 930570 - 930228
Alignment:
| Q |
612 |
ttatccactcttatccaaaaatcagactttgaaataataatttagaaagatatatacaaagataaacggatttaaacaaatgttggcccctgttcgaggt |
711 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
930570 |
ttatccactcttatccaaaaatcagactttgaaacaataatttagaaagatatatacaaagataaacggatttaaacaaatgttggcccctgttcgaggt |
930471 |
T |
|
| Q |
712 |
ggtttttgtgttatattttgaaattttcataatgtaacaacctcagatatagnnnnnnnngtcaaaattaacaagaaacataacagcagcaatattgatt |
811 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
930470 |
ggtttttgtgttatattttgaaattttcataatgtaacaacctcggatatagttttttttgtcaaaattaacaagaaacataacagcagcaatattgatt |
930371 |
T |
|
| Q |
812 |
gcacaaagctaaaaatcgtttgtggataatatgattacctgagaacaaacaacaatatgaactggattgatcacttggaatggccgatacacgaatggtg |
911 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
930370 |
gcacaaagctaaaaaccgtttgtggataatatgattacctgagaacaaacaacaatatgaactggattgatcacttggaatggccgatacacgaatggtg |
930271 |
T |
|
| Q |
912 |
acgcacacaggaacaacctcgtgagatgaaacttgaaagtagt |
954 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
930270 |
acgcacacaggaacaacctcgtgagatgaaacttgaaagtagt |
930228 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University