View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11334_low_1 (Length: 1110)
Name: NF11334_low_1
Description: NF11334
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11334_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 622; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 622; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 931313 - 930603
Alignment:
| Q |
16 |
gacatcatttcccggacacaatcatcagcctcaccgttttccataggctcaagaacatttagttccgaaaatgcaggggcgtttatattctccaattggc |
115 |
Q |
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| T |
931313 |
gacatcatttcccgggcacaatcatcagcctcaccgttttccctaggctcaagaacatttagttccgaaaatgcaggggcgtttatattctccaattggc |
931214 |
T |
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| Q |
116 |
tctttatctccaagtcaggggacattttcacaaatcatgcaaaccttcactgctcagaaatcatgcaaaaaccacaatatcatcatgaaaaacatgagtc |
215 |
Q |
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| T |
931213 |
tctttatctccaagtcaggggacattttcacaaatcatgcaaaccttcactgctcagaaatcatgcaaaaaccacaatatcatcatgaaaaacatgagtc |
931114 |
T |
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| Q |
216 |
acaggttgacgaaagnnnnnnntagatgcataataaaccaagactacagaacaaattgcaaaacgtcaccttgatccaannnnnnnactattataaagga |
315 |
Q |
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| T |
931113 |
acaggttgaccaaagaaaaaaatagatgcataataaaccaagactacagaacaaattgcaaaacgtcaccttgatccaatctttttactattataaagga |
931014 |
T |
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| Q |
316 |
aaatacataactaaaactactacattcttcataataatggtaaacacattcatatcttgaagggctgtctggtcactcatgagtcatgacctaccaattt |
415 |
Q |
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| T |
931013 |
aaatacataactaaaactactacattcttcataataatggtaaacacattcatatcttgaagggctgtctggtcactcatgagtcatgacctaacaattt |
930914 |
T |
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| Q |
416 |
atcgaacacgataaccattggcataacacaatttttgatacatcatgagatacgtaaaacatctcatttaaagttcttgaattaccgctcaattatgaca |
515 |
Q |
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| T |
930913 |
atcgaacacgataaccactggcataacacaatttttgatacatcatgagatacgtaaaacatctcatttaaagttcttgaattaccgctcaattatgaca |
930814 |
T |
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| Q |
516 |
taagaaacagttttcattgatgtatgatcatggtattcagtggagttatgtaatcaacaattccaaaactgacgaaccttcctcctctcaaaattatcgc |
615 |
Q |
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| T |
930813 |
taagaaacagttttcattgatgtatgatcatggtattcagtggagttatgtaatcaacaattccaaaactgacgaaccttcctccactcaaaattatc-c |
930715 |
T |
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| Q |
616 |
tttttcttcttcttttcatatagttcaatatcctcaaatcaggtgcatcaatacacacgaaaaacattgcaaacatcatcaaagattcagtttcctctac |
715 |
Q |
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| T |
930714 |
ttttttttcttcttttcatatagttcaatatcctcaaatcaggtgcatcaatacacacaaaaaacattgcaaacatcatcgcagattcagtttcctctac |
930615 |
T |
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| Q |
716 |
tcaaaatcagaa |
727 |
Q |
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| T |
930614 |
tcaaaatcagaa |
930603 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 767 - 1109
Target Start/End: Complemental strand, 930570 - 930228
Alignment:
| Q |
767 |
ttatccactcttatccaaaaatcagactttgaaataataatttagaaagatatatacaaagataaacggatttaaacaaatgttggcccctgttcgaggt |
866 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
930570 |
ttatccactcttatccaaaaatcagactttgaaacaataatttagaaagatatatacaaagataaacggatttaaacaaatgttggcccctgttcgaggt |
930471 |
T |
|
| Q |
867 |
ggtttttgtgttatattttgaaattttcataatgtaacaacctcagatatagnnnnnnnngtcaaaattaacaagaaacataacagcagcaatattgatt |
966 |
Q |
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| T |
930470 |
ggtttttgtgttatattttgaaattttcataatgtaacaacctcggatatagttttttttgtcaaaattaacaagaaacataacagcagcaatattgatt |
930371 |
T |
|
| Q |
967 |
gcacaaagctaaaaatcgtttgtggataatatgattacctgagaacaaacaacaatatgaactggattgatcacttggaatggccgatacacgaatggtg |
1066 |
Q |
| |
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| T |
930370 |
gcacaaagctaaaaaccgtttgtggataatatgattacctgagaacaaacaacaatatgaactggattgatcacttggaatggccgatacacgaatggtg |
930271 |
T |
|
| Q |
1067 |
acgcacacaggaacaacctcgtgagatgaaacttgaaagtagt |
1109 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
930270 |
acgcacacaggaacaacctcgtgagatgaaacttgaaagtagt |
930228 |
T |
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