View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1133_low_1 (Length: 727)

Name: NF1133_low_1
Description: NF1133
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1133_low_1
NF1133_low_1
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (9-393)||(41381971-41382355)
chr2 (478-698)||(41381663-41381883)
chr2 (601-695)||(43854448-43854542)
chr2 (25-92)||(43853134-43853201)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (12-375)||(8041735-8042098)
chr6 (12-375)||(7971590-7971953)
chr6 (12-386)||(8031856-8032230)
chr6 (478-698)||(7971226-7971446)
chr6 (478-698)||(8042267-8042487)
chr6 (478-695)||(8032363-8032580)
chr6 (22-230)||(7979303-7979511)
chr6 (563-695)||(7978162-7978294)
[»] scaffold0531 (2 HSPs)
scaffold0531 (12-386)||(3102-3476)
scaffold0531 (478-695)||(2527-2744)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (20-316)||(14198614-14198910)
chr7 (547-695)||(14198113-14198261)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 41382355 - 41381971
Alignment:
Q  9 gattatacttatcctttcatggatcatcactctctacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacgtcttgatacatataat 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41382355 gattatacttatcctttcatggatcatcactctctacaccctgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacgtcttgatacatataat 41382256  T
Q  109 gaattgggccaacatgcgtttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaagttggggtggacattgtctacatggtca 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41382255 gaattgggccaacatgcgtttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaagttggggtggacattgtctacatggtca 41382156  T
Q  209 ccggaggtgcatcattgcaaaaatttcacaatacactgtgtccaagttgcaaaccaatcaaattgaattttttcattatgatctttgcctctgctcaatt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41382155 ccggaggtgcatcattgcaaaaatttcacaatacagtttgtccaagttgcaaaccaatcaaattgagctttttcattatgatctttgcctctgctcaatt 41382056  T
Q  309 tgtattgtgtcatctaccaaacctcaactccctttctagtgtatcttttgttgcagcagttatgtccttttggtatatatgtcaa 393  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41382055 tgtattgtgtcatctacccaacctcaactccctttctagtgtatcttttgttgcagcagttatgtccttttggtatatatgtcaa 41381971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 478 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 41381883 - 41381663
Alignment:
Q  478 cagttactctgcaattgcttgggctggtagtgtacacaagggagtacaagcaaatgtagaatatactagcaaagccacgactagtgcaggatctgtcttt 577  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41381883 cagttactctgcaattgcttgggttggtagtgtacacaagggagtacaagcaaatgtacaatatactagcaaagccacgactagtgcaggatctgtcttt 41381784  T
Q  578 aatttctttaatgcacttggttctgttgcttttgcctatgcaggtcacaatgtggtgttggaaattcaatctacaatcccatctacacctgagaaaccat 677  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41381783 aatttctttaatgcacttggttctgttgcttttgcctatgcaggacacaatgtggtgttggaaattcaatctacaatcccatctacacctgagaaaccat 41381684  T
Q  678 ctaagggtccaatgtggaaag 698  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  41381683 ctaagggtccaatgtggaaag 41381663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 601 - 695
Target Start/End: Original strand, 43854448 - 43854542
Alignment:
Q  601 tgttgcttttgcctatgcaggtcacaatgtggtgttggaaattcaatctacaatcccatctacacctgagaaaccatctaagggtccaatgtgga 695  Q
    |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| | |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43854448 tgttgcatttgcctatgctggacacaatgtggtgttggagattcaagcaacaatcccttccacaccagagaaaccatccaagggtccaatgtgga 43854542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 25 - 92
Target Start/End: Original strand, 43853134 - 43853201
Alignment:
Q  25 tcatggatcatcactctctacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacg 92  Q
    |||||||| ||||| ||||||||  | |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  43853134 tcatggataatcaccctctacactctatggcaaatggttgaaatgcatgaaatggttccaggaaaacg 43853201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 260; Significance: 1e-144; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 12 - 375
Target Start/End: Original strand, 8041735 - 8042098
Alignment:
Q  12 tatacttatcctttcatggatcatcactctctacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacgtcttgatacatataatgaa 111  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8041735 tatacttgtcctttcatggatcatcacactgtacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccaggaaaacgtcttgatacatataatgaa 8041834  T
Q  112 ttgggccaacatgcgtttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaagttggggtggacattgtctacatggtcaccg 211  Q
    || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||||||||||||    
T  8041835 ttagggcaacatgcttttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaggtcgggtcggacattgtctacatggtcaccg 8041934  T
Q  212 gaggtgcatcattgcaaaaatttcacaatacactgtgtccaagttgcaaaccaatcaaattgaattttttcattatgatctttgcctctgctcaatttgt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8041935 gaggtgcatcattgcaaaaatttcacaatacagtctgtccaagttgcaaaccaatcaaattgagctttttcattatgatctttgcctctgctcattttgt 8042034  T
Q  312 attgtgtcatctaccaaacctcaactccctttctagtgtatcttttgttgcagcagttatgtcc 375  Q
    ||||| ||||||||||||| | |||||| ||||  |||||||||| || ||||| || ||||||    
T  8042035 attgtctcatctaccaaacttgaactccatttccggtgtatctttggtggcagccgtcatgtcc 8042098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 12 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 7971953 - 7971590
Alignment:
Q  12 tatacttatcctttcatggatcatcactctctacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacgtcttgatacatataatgaa 111  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7971953 tatacttgttctttcatggatcatcacactgtacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccaggaaaacgtcttgatacatataatgaa 7971854  T
Q  112 ttgggccaacatgcgtttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaagttggggtggacattgtctacatggtcaccg 211  Q
    || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||||||||||||    
T  7971853 ttagggcaacatgcttttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaggtcgggtcggacattgtctacatggtcaccg 7971754  T
Q  212 gaggtgcatcattgcaaaaatttcacaatacactgtgtccaagttgcaaaccaatcaaattgaattttttcattatgatctttgcctctgctcaatttgt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7971753 gaggtgcatcattgcaaaaatttcacaatacagtctgtccaagttgcaaaccaatcaaattgagctttttcattatgatctttgcctctgctcattttgt 7971654  T
Q  312 attgtgtcatctaccaaacctcaactccctttctagtgtatcttttgttgcagcagttatgtcc 375  Q
    ||||| ||||||||||||| | |||||| ||||  |||||||||| || ||||| || ||||||    
T  7971653 attgtctcatctaccaaacttgaactccatttccggtgtatctttggtggcagccgtcatgtcc 7971590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 12 - 386
Target Start/End: Original strand, 8031856 - 8032230
Alignment:
Q  12 tatacttatcctttcatggatcatcactctctacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacgtcttgatacatataatgaa 111  Q
    ||||||| || | ||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| |||  |||||    
T  8031856 tatacttctcttatcatggaccatcactctgtatacattgtggcaaatggttgagatgcatgaaatgattccgggaaaacgttttgatagataccatgaa 8031955  T
Q  112 ttgggccaacatgcgtttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaagttggggtggacattgtctacatggtcaccg 211  Q
    || || |||||||||||||| |||||||||||  | |  |||||| | |||||||||||| | ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  8031956 ttaggtcaacatgcgtttggcgaaaagttaggcctttatattgtggttcctcaacaacttatagtagaagttgggggcgacattgtctacatggtcaccg 8032055  T
Q  212 gaggtgcatcattgcaaaaatttcacaatacactgtgtccaagttgcaaaccaatcaaattgaattttttcattatgatctttgcctctgctcaatttgt 311  Q
    |||||||||||||||  || || ||||||||| ||||| |||||||||||   ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8032056 gaggtgcatcattgcggaagttccacaatacagtgtgttcaagttgcaaaaatatcaaattgacctatttcattatgatctttgcctctgctcaatttgt 8032155  T
Q  312 attgtgtcatctaccaaacctcaactccctttctagtgtatcttttgttgcagcagttatgtccttttggtatat 386  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||| ||||  ||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  8032156 attgtgtcatctaccaaacttgaactccatttccggtgtatccttggttgcagcagtcatgtccatttggtatat 8032230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 478 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 7971446 - 7971226
Alignment:
Q  478 cagttactctgcaattgcttgggctggtagtgtacacaagggagtacaagcaaatgtagaatatactagcaaagccacgactagtgcaggatctgtcttt 577  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||    
T  7971446 cagttactctacaattgcttgggctggtagtatacacaagggagtactagaaaatgtacaatatagtagcaaagctacaactactgcaggatctgtcttt 7971347  T
Q  578 aatttctttaatgcacttggttctgttgcttttgcctatgcaggtcacaatgtggtgttggaaattcaatctacaatcccatctacacctgagaaaccat 677  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| || ||||| |||||| |||| || ||| | ||||| || |||||||||||||||||||    
T  7971346 aatttctttaatgcacttggctctgttgcatttgcctttgccggacacaacgtggtgctggagatccaagcaacaattccgtctacacctgagaaaccat 7971247  T
Q  678 ctaagggtccaatgtggaaag 698  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  7971246 ctaagggtccaatgtggaaag 7971226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 478 - 698
Target Start/End: Original strand, 8042267 - 8042487
Alignment:
Q  478 cagttactctgcaattgcttgggctggtagtgtacacaagggagtacaagcaaatgtagaatatactagcaaagccacgactagtgcaggatctgtcttt 577  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||    
T  8042267 cagttactctacaattgcttgggctggtagtatacacaagggagtactagaaaatgtacaatatagtagcaaagctacaactactgcaggatctgtcttt 8042366  T
Q  578 aatttctttaatgcacttggttctgttgcttttgcctatgcaggtcacaatgtggtgttggaaattcaatctacaatcccatctacacctgagaaaccat 677  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| || |||| ||||||| |||| || ||| | ||||| || |||||||| ||||||||||    
T  8042367 tatttctttaatgcacttggctctgttgcatttgcctttgctggacacattgtggtgctggagatccaagcaacaattccgtctacaccggagaaaccat 8042466  T
Q  678 ctaagggtccaatgtggaaag 698  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  8042467 ctaagggtccaatgtggaaag 8042487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 478 - 695
Target Start/End: Original strand, 8032363 - 8032580
Alignment:
Q  478 cagttactctgcaattgcttgggctggtagtgtacacaagggagtacaagcaaatgtagaatatactagcaaagccacgactagtgcaggatctgtcttt 577  Q
    |||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| || || | || ||||| ||| ||||||    
T  8032363 cagttattctacaattgcttggactactagtgtacacaagggagtacaagaaaatgtacaatatagtagcaaggctacaaatactgcagaatcagtcttt 8032462  T
Q  578 aatttctttaatgcacttggttctgttgcttttgcctatgcaggtcacaatgtggtgttggaaattcaatctacaatcccatctacacctgagaaaccat 677  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| || || ||||||||| | || || ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8032463 aatttctttaatgcactcggctctgttgcatttgcctatgctggacataatgtggtgctcgagatccaagcaacaattccatctacacctgagaaaccat 8032562  T
Q  678 ctaagggtccaatgtgga 695  Q
    ||||||||||||||||||    
T  8032563 ctaagggtccaatgtgga 8032580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 7979511 - 7979303
Alignment:
Q  22 ctttcatggatcatcactctctacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacgtcttgatacatataatgaattgggccaac 121  Q
    |||||||||||||||||  |||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| |||  ||||||| || ||||    
T  7979511 ctttcatggatcatcacattctacacactttggcaaatggttgagatgcatgaaatggttccgggaaaacgctttgatagataccatgaattaggtcaac 7979412  T
Q  122 atgcgtttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaagttggggtggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatc 221  Q
    |||| |||||  |||| |||||  | |  |||||| |||||||||||||||||||| || |||| ||  ||||||| || |||||||| || ||  ||||    
T  7979411 atgcttttgggaaaaaattaggtctttatattgtggtgcctcaacaacttgtggtagaaattggtgttaacattgtttatatggtcactgggggaacatc 7979312  T
Q  222 attgcaaaa 230  Q
    |||||||||    
T  7979311 attgcaaaa 7979303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 563 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 7978294 - 7978162
Alignment:
Q  563 gcaggatctgtctttaatttctttaatgcacttggttctgttgcttttgcctatgcaggtcacaatgtggtgttggaaattcaatctacaatcccatcta 662  Q
    |||||| | |||||| | |||||||||||||||||  || |||||||||||||||| || |||||||||||||| || || ||| | ||||| || || |    
T  7978294 gcaggaacagtctttgacttctttaatgcacttggcactattgcttttgcctatgctggacacaatgtggtgttagagatccaagcaacaattccgtcga 7978195  T
Q  663 cacctgagaaaccatctaagggtccaatgtgga 695  Q
    |||| ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  7978194 caccggagaaaccatccaaggttccaatgtgga 7978162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0531 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 2)
Name: scaffold0531
Description:

Target: scaffold0531; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 12 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 3476 - 3102
Alignment:
Q  12 tatacttatcctttcatggatcatcactctctacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacgtcttgatacatataatgaa 111  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||  ||  |||||    
T  3476 tatacttatcttatcatggatcatcactctgtatacattgtggcaaatggttgagatgcatgaaatggttcctggaaaacgttttgataggtaccatgaa 3377  T
Q  112 ttgggccaacatgcgtttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaagttggggtggacattgtctacatggtcaccg 211  Q
     |||| ||||| |||||||| |||||||||||  | |  |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  3376 ctgggacaacacgcgtttggcgaaaagttaggcctttatattgtggtgcctcaacaacttgtagtagaagttggggtgaacattgtttacatggtcaccg 3277  T
Q  212 gaggtgcatcattgcaaaaatttcacaatacactgtgtccaagttgcaaaccaatcaaattgaattttttcattatgatctttgcctctgctcaatttgt 311  Q
    ||||||||||| ||| ||| || ||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3276 gaggtgcatcactgcgaaagttccacaatacagtgtgtccaagttgcaaaaatatcaaattgacatatttcattatgatctttgcctctgctcaatttgt 3177  T
Q  312 attgtgtcatctaccaaacctcaactccctttctagtgtatcttttgttgcagcagttatgtccttttggtatat 386  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||    
T  3176 attgtgtcatctaccaaacttgaactccatttctggtgtatctttggtggcagcagtcatgtccatttggtatat 3102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0531; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 478 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 2744 - 2527
Alignment:
Q  478 cagttactctgcaattgcttgggctggtagtgtacacaagggagtacaagcaaatgtagaatatactagcaaagccacgactagtgcaggatctgtcttt 577  Q
    |||||||||| | ||||||||| |||   ||| |||||||||||||  || ||||||| |||||| ||| || || |||||    |||| ||| ||||||    
T  2744 cagttactctactattgcttggactgccggtgcacacaagggagtaatagaaaatgtacaatatagtagaaacgctacgacggccgcagaatcagtcttt 2645  T
Q  578 aatttctttaatgcacttggttctgttgcttttgcctatgcaggtcacaatgtggtgttggaaattcaatctacaatcccatctacacctgagaaaccat 677  Q
    |||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| || |||||||||||  |||| || ||| | ||||| || |||||||||||||||||||    
T  2644 aatttctttaatgcacttggctctatcgcgtttgcctatgccggacacaatgtggtactggagatccaagcaacaattccgtctacacctgagaaaccat 2545  T
Q  678 ctaagggtccaatgtgga 695  Q
    ||||||||||||||||||    
T  2544 ctaagggtccaatgtgga 2527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 20 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 14198910 - 14198614
Alignment:
Q  20 tcctttcatggatcatcactctctacaccttgtggcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacgtcttgatacatataatgaattgggcca 119  Q
    |||| |||||| |||||||  | ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||| | |||| |||| ||||| |||| ||    
T  14198910 tcctctcatggttcatcacattatacacgttatggcaaatggttgagatgcatgaaatggtacccgggaaacgtttcgatagatatcatgaactgggtca 14198811  T
Q  120 acatgcgtttggtgaaaagttagggttgtggattgtgatgcctcaacaacttgtggtacaagttggggtggacattgtctacatggtcaccggaggtgca 219  Q
    | |||| |||||||||||||| ||  |||  |||||  |||| ||||||||| | ||  |||| || ||  |||||||||||||||| ||||||||   |    
T  14198810 atatgcttttggtgaaaagttgggtctgtatattgttgtgccacaacaacttattgttgaagtcggcgttaacattgtctacatggtaaccggaggaaaa 14198711  T
Q  220 tcattgcaaaaatttcacaatacactgtgtccaagttgcaaaccaatcaaattgaattttttcattatgatctttgcctctgctcaatttgtattgt 316  Q
    || ||||| || |||||  ||||  ||||| |   |||||||  ||||||||||| || ||| || ||||| |||||||||| ||| ||||| ||||    
T  14198710 tctttgcagaagtttcatgataccgtgtgttccgattgcaaaaaaatcaaattgacttattttataatgatttttgcctctgttcactttgtcttgt 14198614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 547 - 695
Target Start/End: Complemental strand, 14198261 - 14198113
Alignment:
Q  547 caaagccacgactagtgcaggatctgtctttaatttctttaatgcacttggttctgttgcttttgcctatgcaggtcacaatgtggtgttggaaattcaa 646  Q
    |||||| |||||||   ||||| ||||||||  |||||| ||||| |||||   ||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| |||    
T  14198261 caaagctacgactaccccaggaactgtctttggtttcttcaatgcccttggagatgtggcttttgcttatgccggacacaacgtggtgttagaaatccaa 14198162  T
Q  647 tctacaatcccatctacacctgagaaaccatctaagggtccaatgtgga 695  Q
     | ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  14198161 gcaacaattccatctacaccggaaaaaccatctaagggtccaatgtgga 14198113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University