View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11346_low_9 (Length: 250)

Name: NF11346_low_9
Description: NF11346
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11346_low_9
NF11346_low_9
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (1-240)||(35981775-35982014)
chr7 (1-240)||(36003187-36003426)
chr7 (1-240)||(35977209-35977448)
chr7 (1-240)||(35998621-35998860)
chr7 (1-240)||(35946546-35946785)
chr7 (1-240)||(36217678-36217917)
chr7 (18-240)||(35957754-35957976)
chr7 (1-237)||(32727340-32727576)
chr7 (82-237)||(35952173-35952328)
chr7 (1-218)||(36221669-36221886)
chr7 (30-126)||(35939206-35939306)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (33-239)||(18125475-18125681)
chr1 (1-219)||(18117842-18118060)
chr1 (43-88)||(35157687-35157732)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-185)||(26328728-26328895)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (44-171)||(49352178-49352305)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 35982014 - 35981775
Alignment:
Q  1 attgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35982014 attgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgcggaatgatgatcgtgcaaaatggattg 35981915  T
Q  101 agttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35981914 agttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgta 35981815  T
Q  201 tcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35981814 tcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 35981775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 36003426 - 36003187
Alignment:
Q  1 attgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36003426 attgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgcggaatgatgatcgtgcaaaatggattg 36003327  T
Q  101 agttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36003326 agttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgta 36003227  T
Q  201 tcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36003226 tcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 36003187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 35977448 - 35977209
Alignment:
Q  1 attgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattg 100  Q
    |||| |||||||  || |||||| ||||| ||||||||  | |||||||||||| | ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||    
T  35977448 attgtgcaactagtaagtcgtctcagacaaaaactttctggtcaaaagtttttagtcgtgttagatgacgtatggaatgatgatcgtgcaaagtggcttg 35977349  T
Q  101 agttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgta 200  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35977348 aattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatcgtgacaacacgtagtaactcaattgcttcgatgatgggtgatgttcctccata 35977249  T
Q  201 tcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35977248 tcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 35977209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 35998860 - 35998621
Alignment:
Q  1 attgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattg 100  Q
    |||| |||||||  || |||||| ||||| ||||||||  | |||||||||||| | ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||    
T  35998860 attgtgcaactagtaagtcgtctcagacaaaaactttctggtcaaaagtttttagtcgtgttagatgacgtatggaatgatgatcgtgcaaagtggcttg 35998761  T
Q  101 agttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgta 200  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35998760 aattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatcgtgacaacacgtagtaactcaattgcttcgatgatgggtgatgttcctccata 35998661  T
Q  201 tcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35998660 tcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 35998621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 35946785 - 35946546
Alignment:
Q  1 attgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattg 100  Q
    |||| |||||||  || |||||||||||| ||||||||  | |||||||||||| | ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||    
T  35946785 attgtgcaactagtaagtcgtctaagacaaaaactttctggtcaaaagtttttagtcgtgttagatgacgtatggaatgatgatcgtgcaaagtggcttg 35946686  T
Q  101 agttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgta 200  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||| ||||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35946685 aattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatggtgacaacacgcagtaacgcaattgcttcgatgatgggtgatgttcctccata 35946586  T
Q  201 tcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 240  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  35946585 tattttggaaggtctttctccaaagaattgtttgtctctg 35946546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Original strand, 36217678 - 36217917
Alignment:
Q  1 attgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattg 100  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||  | ||||||||| | || ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36217678 attgagcaactacaaattcatctaagacgtaaactatctggccaaaagtttatcctcgtgctagatgatgtatggaatgatgatcgtgcaaaatggattg 36217777  T
Q  101 agttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgta 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||| | ||||| |||||||| |||||| || |||| |||||||||  ||||||| ||||    
T  36217778 agttggaagatttgatcaaagttggtgcagtaggaagtaaaattatagtgaccacacgtagcaactcagttgcttccatgatgggtactgttccttcgta 36217877  T
Q  201 tcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatctctg 240  Q
    | ||||| ||||||||||   | |||||||||| ||||||    
T  36217878 tgttttggaaggtctttcgttagaggattgtttgtctctg 36217917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 35957976 - 35957754
Alignment:
Q  18 tcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatc 117  Q
    |||||| | ||| ||||||||  | |||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||  || |||||     
T  35957976 tcgtctcaaacaaaaactttctggtcaaaagtttttagttgtgttagatgacgtatggaatgatgatcgtgcaaagtggcttgaattgatcgaattgata 35957877  T
Q  118 aaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgtatcttttgaaaggtcttt 217  Q
    |||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||  ||| ||| |||| ||||||||||    
T  35957876 aaagttggtgcaccaggaagcaaaattatcgtgacaacacgcagtaactcaattgcttcaatgatgggtgatgtttttccttatgttttaaaaggtcttt 35957777  T
Q  218 ctccaaaggattgtttatctctg 240  Q
    |||||||||||||| ||||||||    
T  35957776 ctccaaaggattgtatatctctg 35957754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 32727576 - 32727340
Alignment:
Q  1 attgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattg 100  Q
    |||||||| ||||||| ||||  ||||||||||||| |  | || |||||||| |||||  | || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32727576 attgagcagctacaaagtcgttaaagacataaacttgctggtcagaagtttttgcttgtcctagacgatatatggaatgatgatcgtgcaaaatggattg 32727477  T
Q  101 agttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgta 200  Q
    |||||| ||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||  | ||||| |||||||| |||||| || |||| |||||||||  | ||||  ||||    
T  32727476 agttgatagatttgataaaagtcggtgcagcaggaagcaaaatcatagtgacgacacgtagcaactcatttgcttcaatgatgggtactattccctcgta 32727377  T
Q  201 tcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatct 237  Q
      ||||| |||||||||||| |   ||||||||||||    
T  32727376 cgttttggaaggtctttctctaggagattgtttatct 32727340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 82 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 35952328 - 35952173
Alignment:
Q  82 gatcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatga 181  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||| ||||| |  ||||||| ||| | | |||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||| ||| |||||    
T  35952328 gatcgtgcaaagtggattgaattgaaatatttgctagaagttggtgcaccagaaagcaaaattatggtgacaacacgtagtagttcaattgcttggatga 35952229  T
Q  182 tgggtgatgttcctccgtatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtttatct 237  Q
    ||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35952228 tgggtaatgttccctcgtatgttttgaaaggtctttctccaaagaattgtttatct 35952173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 36221669 - 36221886
Alignment:
Q  1 attgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattg 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||| | ||  |  | |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36221669 attgagcaactacaaattcgtctaagacataaactttctggtcaaaagtttatcctcatcctagatgatatatggaatgatgaccgtgcaaaatggattg 36221768  T
Q  101 agttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgta 200  Q
    |||||  | |||||||||||||||| | ||  | ||| ||| |  | ||||| ||| |||||||||||||| |||| |||||| ||  ||||||| ||||    
T  36221769 agttgttaaatttgatcaaagttggtggagaagaaagtaaagtcatagtgacgacatgtagtaactcaattgcttccatgatgagtactgttccttcgta 36221868  T
Q  201 tcttttgaaaggtctttc 218  Q
    | ||||| ||||||||||    
T  36221869 tattttggaaggtctttc 36221886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 30 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 35939306 - 35939206
Alignment:
Q  30 taaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatg----atcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatcaaagttgg 125  Q
    |||||||||  | |||||||||||||| ||||| |||||  | ||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35939306 taaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaatgatggatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttgataaaagttgg 35939207  T
Q  126 c 126  Q
    |    
T  35939206 c 35939206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 111; Significance: 4e-56; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 33 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 18125681 - 18125475
Alignment:
Q  33 actttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagct 132  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||       
T  18125681 actttcaagtcaaaagtttttacttgtgttagatgatgtatggaatgatgatcgtgcaaagtggatcgagttgaaagatttgataaaagttggcacaaga 18125582  T
Q  133 ggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgtatcttttgaaaggtctttctccaaaggattgtt 232  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||  | ||| ||||| |||||||||||   ||||||||||    
T  18125581 ggaagcaaaattatggtgacaacacgtaataactcaattgcttcgatgatgggtaatgttccctcatatgttttgcaaggtctttctttgaaggattgtt 18125482  T
Q  233 tatctct 239  Q
    |||||||    
T  18125481 tatctct 18125475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 18118060 - 18117842
Alignment:
Q  1 attgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattg 100  Q
    |||||||| ||||||| |||||| |||| ||||||||   |  ||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||| ||| ||||||||| |    
T  18118060 attgagcagctacaaagtcgtctgagacgtaaactttatggtaaaaggtttttacttgtgttagatgatatatggaatgatgattgtgtaaaatggatcg 18117961  T
Q  101 agttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctccgta 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||||| |  ||| ||| ||||| || ||||||||| | ||||||||||||  ||||||  | ||    
T  18117960 agttgaaagatttgattaaagttggcacagtaggaagcaaagtcatggcgacaacacgcagcaactcaattgcatcgatgatgggtactgttccctccta 18117861  T
Q  201 tcttttgaaaggtctttct 219  Q
    | |||| ||||| ||||||    
T  18117860 tgttttaaaaggcctttct 18117842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 43 - 88
Target Start/End: Original strand, 35157687 - 35157732
Alignment:
Q  43 caaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtg 88  Q
    |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  35157687 caaaagttcttacttgttttggacgatgtgtggaatgaggatcgtg 35157732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 185
Target Start/End: Original strand, 26328728 - 26328895
Alignment:
Q  18 tcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatc 117  Q
    |||||| |||||||| |||||  |  |||||||| |||| || || |||||| | ||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||     
T  26328728 tcgtcttagacataagctttcaggtaaaaagtttgtactcgtcttagatgatatatgggatgataaccgttcaaaatggattgagttgaaagatctgata 26328827  T
Q  118 aaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatggg 185  Q
    |||||||| ||||  | ||||||||| || ||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||    
T  26328828 aaagttggtgcagtagaaagcaaaatcttagtgacaacacgtagtaacttgattgcttcgatgatggg 26328895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 44 - 171
Target Start/End: Original strand, 49352178 - 49352305
Alignment:
Q  44 aaaagtttttacttgtgttggatgatgtgtggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaat 143  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| |||||||  |||||| ||||||||||  |||| ||  |||| ||||| |  | ||| ||| |    
T  49352178 aaaagttcttactcgtcttggacgatgtatggaatgaggatcgtgtcaaatgggttgagttgaagtatttaatacaagtaggcgctgaagaaagtaaagt 49352277  T
Q  144 tttggtgactacacgtagtaactcaatt 171  Q
     |||||||||||||||||  ||||||||    
T  49352278 cttggtgactacacgtagccactcaatt 49352305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University