View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11353_low_2 (Length: 785)

Name: NF11353_low_2
Description: NF11353
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11353_low_2
NF11353_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-780)||(30744469-30745238)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 702; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 702; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 30745238 - 30744469
Alignment:
Q  20 catggaaactgggttaactctgtttttacccttccatcatatacgtctaatatgaatgaatgattctctcagtgaacatttatatttatatatata---- 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  30745238 catggaaactgggttaactctgtttttacccttccatcatatacgtctaatatgaatgaatgattctctcagtgaacatttatatttatatatatatata 30745139  T
Q  116 ------gctgttaactgctaatttatgtatgattttactgttgctgctgtacttttgcatgaatttaagt-ccaatttcaattagctttaagctcatgag 208  Q
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30745138 tatatagctgttaactgctaatttatgtatgattttactgttgctgctgtacttttgcatgaatttaagttccaatttcaattagctttaagctcatgag 30745039  T
Q  209 atcttatcggttaaattatctataattgagatggataaactaagtttaacttactcaattcacaaacttgttattccgaaattccaaaattggctctttc 308  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30745038 atcttatcggttaaagtatctataattgagatggataaactaagtttaacttactcaattcacaaacttgttattccgaaattccaaaattggctctttc 30744939  T
Q  309 gactttagtttttctctgtcctgcattttacgtttacttgatgtttctggggttacatttaaaaacaagtgacttaatgttgctttcgattacagataat 408  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30744938 gactttagtttttct--gtcctgcattttacgtttacttgatgtttctgcggttacatttaaaaacaagtgacttaatgttgctttcgattacagataat 30744841  T
Q  409 gaagaaccgatgatcatagccggaacaattaatgaactgccgtttaacaattacaagcgatggcaatggtggtttctggtgggactcagcataatgtttc 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30744840 gaagaaccgatgatcatagccggaacaattaatgaactaccgtttaacaaatacaagcgatggcaatggtggtttctggtgggactcagcataatgtttc 30744741  T
Q  509 tcatcgttggacaatctgctgcagttatccttggaaggttttactatgatcaaggtggaaatagtacatggatggctactttagtccaaactattgcctt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30744740 tcatcgttggacaatctgctgcagttatccttggaaggttttactatgatcaaggtggaaatagtacatggatggctactttagtccaaactattgcctt 30744641  T
Q  609 cccagtcttgctcattccgttattcacaattccttcttcttcttcagaggtttcagcttcttatgttcctccttccatcaaactcatcgctttgatatat 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30744640 cccagtcttgctcattccgttattcacaattccttcttcttcttcagaggtttcagcttcttatgttcctccttccatcaaactcatcgctttgatatat 30744541  T
Q  709 tttgttcttggaatcatgattgctgctgacaatatgatgtattcacaaggacttttgtacctctctgcttct 780  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30744540 tttgttcttggaatcatgattgctgctgacaatatgatgtattcacaaggacttttgtacctctctgcttct 30744469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University