View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11356_low_5 (Length: 728)

Name: NF11356_low_5
Description: NF11356
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11356_low_5
NF11356_low_5
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (22-709)||(36376818-36377492)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 571; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 571; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 709
Target Start/End: Original strand, 36376818 - 36377492
Alignment:
Q  22 gcataagcagaaaagcataa---ccattaatatacatatataaggtagctaactactaaggtagcaactagttgttattcttttgattaagcctagctgc 118  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36376818 gcataagcagaaaagcataataaccattaatatacatatataaggtagctaactacttaggtagcaactagttgttattcttttggttaagcctagctgc 36376917  T
Q  119 ggctgccattgatgcagacactcctccaggatgagtagtgagatatggatcatttctcatttctgcacccgtcaccccttcagcgtctctccttgtcgct 218  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  36376918 ggctgccattgatgctgacactcctccaggatgagtagtgagatatggatcatttctcatttctgcacccgtcaccccttcggcatctctccttgtcgct 36377017  T
Q  219 gctctatctgccggtaactttgtagtcgcgtcctgcatcattataacaattcaaatatattagcaacctaaaattcttgtatgtgcagatagtaaaaaat 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36377018 gctctatctgccggtaactttgtagtcgcgtcctgcatcattataacaattcaaatata------acctaaaattcttgtatgtgcggatagtaaaaaat 36377111  T
Q  319 aactgcaaagatgtttgatgttggagcgcagatttaaatctgcaattctgcactttcaagtatttagtgtgtataacttttgtagcaagactctttaaat 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36377112 aactgcaaagatgtttgatgttggagagcggatttaaatctgcaactctgcactttcaagtatttagtgtgtataacttttgttgcaagactctttaaat 36377211  T
Q  419 gtnnnnnnntgtctggtatgtaccgcaagaatatcaccaagtttggtcttgtcctcttcctttgtggttcgagcattgagagttgcggctgattgtgctg 518  Q
    ||          |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36377212 gt----------ctggtatgtaccgcaagaatatcaccgagtttggtcttgtcctcttcctttgtggttcgagcattgagagttgcagctgattgtgctg 36377301  T
Q  519 ccgcggcaacacctccagggacgatgttagtgcgccctgtggctctgacttctgctgcttgaatagcagctgcatcgctccactcaacaggtttctgccc 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36377302 ccgcggcaacacctccagggacgatgttagtgcgccctgtggctctgacttctgctgcttgaatagcagctgcatcgctccactcaacaggtttctgccc 36377401  T
Q  619 tgctgtcaaagcagtggcttcaagtgcttctcctatggttacccctccatcagctccagcgctcatgtctttaactagagaagctggtgtc 709  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36377402 tgctgtcaaagcagtggcttcaagtgcttctcctatggttacccctccatcagctccagcgctcatgtctttaactagagaagctggtgtc 36377492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University