View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11358_high_3 (Length: 490)

Name: NF11358_high_3
Description: NF11358
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11358_high_3
NF11358_high_3
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (41-461)||(36938129-36938549)
chr4 (41-461)||(36948376-36948793)
chr4 (41-461)||(36958510-36958927)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 421; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 36938549 - 36938129
Alignment:
Q  41 aacctgtgaaggtgacacttaaattgtttgaactagaattgtaactaatatcaacatcatatcctctttcgtccaagctagtgaaccattgggttgtgta 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36938549 aacctgtgaaggtgacacttaaattgtttgaactagaattgtaactaatatcaacatcatatcctctttcgtccaagctagtgaaccattgggttgtgta 36938450  T
Q  141 agaagtactgattgaattaacatcaatccccacatgatcatatgtaggatcccatgtattgacaaatgtatcaaattccacagccacaaagggattttct 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36938449 agaagtactgattgaattaacatcaatccccacatgatcatatgtaggatcccatgtattgacaaatgtatcaaattccacagccacaaagggattttct 36938350  T
Q  241 tttgtgtaatttggagtagctaattgaacgctgctcatgagaccaataccacttccatctcttggaacaggtagtggaaaattggggtgtgccaaataga 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36938349 tttgtgtaatttggagtagctaattgaacgctgctcatgagaccaataccacttccatctcttggaacaggtagtggaaaattggggtgtgccaaataga 36938250  T
Q  341 aggtgattccatctgaatgatcggttttgttgagggtgttgatagtaaatgagaaacgagtagtaaaatccgtgacttcactcgtgtttatgttccaaag 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36938249 aggtgattccatctgaatgatcggttttgttgagggtgttgatagtaaatgagaaacgagtagtaaaatccgtgacttcactcgtgtttatgttccaaag 36938150  T
Q  441 atgaaatagttttgaatatgt 461  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  36938149 atgaaatagttttgaatatgt 36938129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 41 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 36948793 - 36948376
Alignment:
Q  41 aacctgtgaaggtgacacttaaattgtttgaactagaattgtaactaatatcaacatcatatcctctttcgtccaagctagtgaaccattgggttgtgta 140  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||  ||||| |  ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||     
T  36948793 aacctgtgaatgtgacagttaaattgtttgaacttgaatcataactcacttcagcatcatatcctctttcatccatgctagtgaaccattgtgtagtgtg 36948694  T
Q  141 agaagtactgattgaattaacatcaatccccacatgatcatatgtaggatcccatgtattgacaaatgtatcaaattccacagccacaaagggattttct 240  Q
    |  ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  36948693 attagtgctgatagaattaacatcaatcccaacatgatcatatttaggatcccagtcattaacaaatgtatcaaattccacagctacaaatggattttct 36948594  T
Q  241 tttgtgtaatttggagtagctaattgaacgctgctcatgagaccaataccacttccatct-cttggaacaggtagtggaaaattggggtgtgccaaatag 339  Q
    ||||||||||||||| ||   |||||||| | ||||   ||||| |||||||||||||||  |||| |||  ||  |||||||||||| |||||||||||    
T  36948593 tttgtgtaatttggattactcaattgaacacggctcgctagaccgataccacttccatctatttgggaca--ta--ggaaaattggggcgtgccaaatag 36948498  T
Q  340 aaggtgattccatctgaatgatcggttttgttgagggtgttgatagtaaatgagaaacgagtagtaaaatccgtgacttcactcgtgtttatgttccaaa 439  Q
    |||||||| ||||||  |||||   |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  36948497 aaggtgatgccatctccatgataacttttgttgggggtgttgatagaaaatgagaaacgagtagtgaaatctgtgacttcacttgtgttaatgttccaaa 36948398  T
Q  440 gatgaaatagttttgaatatgt 461  Q
    ||||||| | ||||||||||||    
T  36948397 gatgaaacaattttgaatatgt 36948376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 41 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 36958927 - 36958510
Alignment:
Q  41 aacctgtgaaggtgacacttaaattgtttgaactagaattgtaactaatatcaacatcatatcctctttcgtccaagctagtgaaccattgggttgtgta 140  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||||||||| |||| |||||| |  ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || | ||     
T  36958927 aacctgtaaatgtgacagttaaattgtttgaacttgaatcgtaactgacttcagcatcatatcctctttcatccatgctagtgaaccattgtgtagcgtg 36958828  T
Q  141 agaagtactgattgaattaacatcaatccccacatgatcatatgtaggatcccatgtattgacaaatgtatcaaattccacagccacaaagggattttct 240  Q
    |  ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  36958827 attagtgctgatagaattaacatcaatcccaacatgatcatagttaggatcccattcattaacaaatgtatcaaattccacagctacaaatggattttct 36958728  T
Q  241 tttgtgtaatttggagtagctaattgaacgctgctcatgagaccaataccacttccatct-cttggaacaggtagtggaaaattggggtgtgccaaatag 339  Q
    |||||||||| |||| ||   ||||||||   ||||   ||||| || || | ||||| |  |||| ||| |    ||||||||||||||||||||||||    
T  36958727 tttgtgtaatctggattactcaattgaacaaggctcgcaagaccgattccgcctccatatatttgggacatg----ggaaaattggggtgtgccaaatag 36958632  T
Q  340 aaggtgattccatctgaatgatcggttttgttgagggtgttgatagtaaatgagaaacgagtagtaaaatccgtgacttcactcgtgtttatgttccaaa 439  Q
    ||||| || ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| || || ||||||| |||||    
T  36958631 aaggtcatgccatctgcatgatgggttttgttgggggtgttgatagtaaatgagaaacgagtattgaaatctgtgacttcgcttgtttttatgtcccaaa 36958532  T
Q  440 gatgaaatagttttgaatatgt 461  Q
    ||||||| | ||||||||||||    
T  36958531 gatgaaacaattttgaatatgt 36958510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University