View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11367_low_14 (Length: 254)

Name: NF11367_low_14
Description: NF11367
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11367_low_14
NF11367_low_14
[»] chr6 (37 HSPs)
chr6 (1-226)||(24890104-24890329)
chr6 (1-184)||(30999838-31000021)
chr6 (1-237)||(28926393-28926630)
chr6 (1-226)||(24730771-24730996)
chr6 (1-237)||(29357825-29358062)
chr6 (1-237)||(29887213-29887450)
chr6 (1-237)||(29073679-29073916)
chr6 (1-237)||(29078443-29078680)
chr6 (1-237)||(29106252-29106489)
chr6 (1-237)||(29835131-29835368)
chr6 (1-237)||(29894469-29894706)
chr6 (1-237)||(29866565-29866802)
chr6 (34-237)||(29211239-29211443)
chr6 (1-226)||(29905555-29905780)
chr6 (1-226)||(30118599-30118824)
chr6 (1-160)||(29897993-29898152)
chr6 (8-237)||(30061841-30062071)
chr6 (1-226)||(30060020-30060245)
chr6 (1-160)||(29366345-29366504)
chr6 (1-237)||(30126901-30127138)
chr6 (1-160)||(29348522-29348681)
chr6 (2-148)||(25451035-25451181)
chr6 (2-237)||(29882352-29882588)
chr6 (2-237)||(29909508-29909744)
chr6 (2-237)||(29929190-29929426)
chr6 (1-226)||(29116177-29116402)
chr6 (2-191)||(29946354-29946543)
chr6 (2-237)||(24263598-24263834)
chr6 (1-188)||(29099259-29099446)
chr6 (88-236)||(24886413-24886561)
chr6 (1-237)||(29084934-29085171)
chr6 (79-222)||(29903240-29903383)
chr6 (1-160)||(29889646-29889805)
chr6 (17-154)||(29876757-29876894)
chr6 (2-160)||(24271871-24272029)
chr6 (82-160)||(30135122-30135200)
chr6 (86-182)||(16702057-16702153)
[»] scaffold0573 (1 HSPs)
scaffold0573 (1-237)||(4053-4290)
[»] scaffold0054 (1 HSPs)
scaffold0054 (1-148)||(53532-53679)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (27-191)||(24219128-24219292)
chr3 (34-183)||(11991261-11991410)
chr3 (84-160)||(24226819-24226895)
[»] scaffold0237 (1 HSPs)
scaffold0237 (2-222)||(22260-22480)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (2-191)||(15062769-15062958)
[»] scaffold0014 (3 HSPs)
scaffold0014 (14-156)||(104666-104808)
scaffold0014 (34-156)||(137323-137445)
scaffold0014 (14-107)||(121457-121550)
[»] scaffold0572 (1 HSPs)
scaffold0572 (34-183)||(3182-3331)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (27-159)||(4260242-4260374)
chr1 (27-159)||(4263864-4263996)
chr1 (14-149)||(10130066-10130201)
chr1 (82-114)||(17251310-17251342)
[»] scaffold0429 (1 HSPs)
scaffold0429 (14-165)||(6125-6276)
[»] scaffold0051 (1 HSPs)
scaffold0051 (14-170)||(43199-43355)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 162; Significance: 1e-86; HSPs: 37)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 24890329 - 24890104
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24890329 attcctaatgtggtaacttacagttcccttattgatggtttgtgtaaattggggagaatcttttatgctttgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 24890230  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24890229 gtcagccacctaatatagttacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggcaattgcattattaacaaatttgaaaga 24890130  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca 226  Q
    ||| |||||| ||||| |||||||||    
T  24890129 ccagggtattcgaccagatatgtaca 24890104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 31000021 - 30999838
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31000021 attcgtaatgtgttaatttacagtttccttattgatggtttgtgtaaatcggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 30999922  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattat 184  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  30999921 gtcaaccacctaatatagttatttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcgtgttgaccaggcaattgcattat 30999838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 28926630 - 28926393
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28926630 attcctaatgtggtaacttacaattcccttatcgatggtttgtgtaaatcggggaaaatctcttatgctttgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 28926531  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||| || | |||||||||||||||||||| |||||| |    
T  28926530 gtcaaccacctgatataattacttacagttctctattggatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggcaattgcattattaacaaaattgaaaga 28926431  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca-atacactattc 237  Q
    ||| ||| ||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  28926430 ccagggtcttcaaccaaatatgtacacatacactattc 28926393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 24730771 - 24730996
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24730771 attcctaatgtggtaacttacaattcccttattgatggtttgggtaaattggggaaaatctcttgtgtgttgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 24730870  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    |||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24730871 gtcaaccacctaatataataacttacaattctatattggatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggcaattgcattattaacaaatttgaaaga 24730970  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca 226  Q
    ||| |||||| ||||| |||||||||    
T  24730971 ccagggtattcgaccagatatgtaca 24730996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 29358062 - 29357825
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29358062 attcctaacgtggtaacttacagttcccttattgatggtttatgtaaatcggggaaaatctcttatgctttgaagctagtggatgagatgcatgatagag 29357963  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| || | |||||||| ||||||||| |  ||||| |    
T  29357962 gtcaaccacctaatatagttacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaatgcaattgcgttattaacacagatgaaaaa 29357863  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca-atacactattc 237  Q
    ||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  29357862 ccagggtattcaaccaaatatgtacacatacactattc 29357825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 29887213 - 29887450
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||| ||||| ||||||||| || ||||||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29887213 attcctgatgtggtaacttacaattcccttatcaatggtttgtgcaaatcggggaaaatctcttatgctttgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 29887312  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||  ||| || | |||||||| |||||||||||||||||| |    
T  29887313 gtcaaccacctgatataattacttacagttctttattagatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttattaacaaatttgaaaga 29887412  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca-atacactattc 237  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  29887413 ccagggtattcgaccaaatatgtacacatacactattc 29887450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 29073679 - 29073916
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||||||||| | ||||||| ||  ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29073679 attcctaatgtggtgacttacacttctcttattgatggtttgtgtaaatcggggaaaatctcttatgctttgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 29073778  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    ||  ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| || | |||||||||||||||||||| |||||| |    
T  29073779 gtgtaccacctgatataattacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcattattaacaaaattgaaaga 29073878  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca-atacactattc 237  Q
    ||| |||||| |||||| |||| ||| |||||||||||    
T  29073879 ccaaggtattcgaccaactatgcacacatacactattc 29073916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 29078443 - 29078680
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||||||||| | ||||||| ||  ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29078443 attcctaatgtggtgacttacacttctcttattgatggtttgtgtaaatcggggaaaatctcttatgctttgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 29078542  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    ||  ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| || | |||||||||||||||||||| |||||| |    
T  29078543 gtgtaccacctgatataattacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcattattaacaaaattgaaaga 29078642  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca-atacactattc 237  Q
    ||| |||||| |||||| |||| ||| |||||||||||    
T  29078643 ccaaggtattcgaccaactatgcacacatacactattc 29078680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 29106252 - 29106489
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||||||||| | ||||||| ||  ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29106252 attcctaatgtggtgacttacacttctcttattgatggtttgtgtaaatcggggaaaatctcttatgctttgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 29106351  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    ||  ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| || | |||||||||||||||||||| |||||| |    
T  29106352 gtgtaccacctgatataattacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcattattaacaaaattgaaaga 29106451  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca-atacactattc 237  Q
    ||| |||||| |||||| |||| ||| |||||||||||    
T  29106452 ccaaggtattcgaccaactatgcacacatacactattc 29106489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 29835131 - 29835368
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||| ||||| ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| | |    
T  29835131 attcctgatgtggtaacttacaattcccttattgatggtttgtgtaaattggggaaaatctcttatgctttgaagctagttgatgagatgcatgatcggg 29835230  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    ||  ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| || | |||||||| ||||||||||| |||||| |    
T  29835231 gtgtaccacctgatataattacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttattaacaaaattgaaaga 29835330  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca-atacactattc 237  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  29835331 ccagggtattcgaccaaatatgtacacatacactattc 29835368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 29894469 - 29894706
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||| ||||| ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| | |    
T  29894469 attcctgatgtggtaacttacaattcccttattgatggtttgtgtaaattggggaaaatctcttatgctttgaagctagttgatgagatgcatgatcggg 29894568  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    ||  ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| || | |||||||| ||||||||||| |||||| |    
T  29894569 gtgtaccacctgatataattacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttattaacaaaattgaaaga 29894668  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca-atacactattc 237  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  29894669 ccagggtattcgaccaaatatgtacacatacactattc 29894706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 29866565 - 29866802
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||| ||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| | |    
T  29866565 attcctgatgtggtaacttacaattcccttattgatggtttgtgcaaatcggggaaaatctcttatgctttgaagctagttgatgagatgcatgatcggg 29866664  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    ||  ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| || | |||||||| |||||||||||||||||| |    
T  29866665 gtgtaccacctgatataattacttacagttctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcgttattaacaaatttgaaaga 29866764  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca-atacactattc 237  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  29866765 ccagggtattcgaccaaatatgtacacatacactattc 29866802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 34 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 29211443 - 29211239
Alignment:
Q  34 gatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatatagatacttacagttcta 133  Q
    |||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29211443 gatgttttttgtaaatcggggaaaatctcttatgctttgaagctagtggatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatatagttacttacagttcta 29211344  T
Q  134 tattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaataccacggtatttgaccaaatatgtaca-atacac 232  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||| ||| || | ||| |||||||||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  29211343 tattggatgctttatgcaaaacccatcgggttgacaaggcagttgcattattaacaaaattgaaagaccaaggtattcgaccaaatatgcacacatacac 29211244  T
Q  233 tattc 237  Q
    |||||    
T  29211243 tattc 29211239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 29905555 - 29905780
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||| ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||  || | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29905555 attcctgatgtggtaacttacaattcccttatcgatggtttgtgtaaatctggaaaaatctcttatgctttgaagctagttgatgagatgcatgatagag 29905654  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    |||| |||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||| || | |||||  ||||||||||||| |||||| |    
T  29905655 gtcagccacctgatataattacttagagttctatattggatgctttatgcaaaaactatcaggttgacaaggcaatcacattattaacaaaattgaaaga 29905754  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca 226  Q
    ||  ||||||  ||||||||||||||    
T  29905755 cctgggtattcaaccaaatatgtaca 29905780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 30118824 - 30118599
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||| ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||  || | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30118824 attcctgatgtggtaacttacaattcccttatcgatggtttgtgtaaatctggaaaaatctcttatgctttgaagctagttgatgagatgcatgatagag 30118725  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    |||| |||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||  ||| || | |||||  ||||||||||||| |||||| |    
T  30118724 gtcagccacctgatataattacttagagttctatattggatgctttatgcaaaaactatcaggttgacaaggcaatcacattattaacaaaattgaaaga 30118625  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca 226  Q
    ||  || |||  ||||||||||||||    
T  30118624 cctgggaattcaaccaaatatgtaca 30118599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Original strand, 29897993 - 29898152
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||| ||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29897993 attcctgatgtggtaacttacaattctcttatcgatggtttgtgtaaattggggaaattctcttacgcgttgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 29898092  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatc 160  Q
    |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  29898093 gtcaaccacctaatataattacgtacagttctatattgaatgctttatgcaaaaaccatc 29898152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 8 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 30062071 - 30061841
Alignment:
Q  8 atgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagaggtcaacc 107  Q
    ||||| || |||||| || |||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30062071 atgtggtagcttacaattcccttattgatggtttttgtaaatcggggaaaatctcttatgctttgaagctagtcgatgagatgcatgatagaggtcaacc 30061972  T
Q  108 acctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaataccacggt 207  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||| | || || | |||||  |||||||| |||| |||||| | || |||    
T  30061971 acctaatataattacttacaattctatattggatgctttatgcaaacgccatcatcttgacaaggcaatcacattattatcaaaattgaaagatcagggt 30061872  T
Q  208 atttgaccaaatatgtaca-atacactattc 237  Q
    |||  ||| ||||| |||| |||||||||||    
T  30061871 attcaaccgaatatttacacatacactattc 30061841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 30060245 - 30060020
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||| ||||| |||| |||| || |||||| |||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  30060245 attcctgatgtggtaacatacaattcccttattgatggtatctgtaaatcggggaaaatctcttatgctttaaagctagtcgatgagatgaatgatagag 30060146  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    |||||| |||| |||||  |||||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||  ||| || | |||||||||||||||||||| |||||| |    
T  30060145 gtcaactacctgatataattacttacaattctatattaaatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaggcaattgcattattaacaaaattgaaaga 30060046  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca 226  Q
    ||| |||||  |||||||||| ||||    
T  30060045 ccagggtatccgaccaaatatttaca 30060020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 29366504 - 29366345
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||| ||||| ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29366504 attcctgatgtggtaacttacaattcccttattgatggtttgtgtaaattggggaaaatctcttatgctttgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 29366405  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatc 160  Q
    ||  ||||| | ||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29366404 gtgtaccacatgataaaattacttacaattctatattggatgctttatgcaaaaaccatc 29366345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 30127138 - 30126901
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||| |||||| |||||||| ||||||| || || ||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  30127138 attcctgatgtggtaacttatagttcccttattgatggtttctgtaaatcggagaaaatctctcatgctttgaatctagtcaatgagatgcatgatagag 30127039  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    ||||||||||| |||||  || ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| || | ||||||||||| ||||| || || ||| |    
T  30127038 gtcaaccacctgatataattatttacaattctatattggatgctttatgcaaaaaccatcaggttgacaaagcaattgcattgttaacgaaatttaaaaa 30126939  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca-atacactattc 237  Q
    ||| ||||||  ||||| | |||||| |||||||||||    
T  30126938 ccagggtattcaaccaagtgtgtacacatacactattc 30126901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 29348681 - 29348522
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||| ||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29348681 attcctgatgtggtaacttacaattcccttattgatggtttgtgtaaatcagggaaaatctcttatgctttgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 29348582  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatc 160  Q
    ||  ||||| | ||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29348581 gtgtaccacatgataaaattacttacaattctatattggatgctttatgcaaaaaccatc 29348522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 2 - 148
Target Start/End: Original strand, 25451035 - 25451181
Alignment:
Q  2 ttcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagagg 101  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| |||| | ||||||||||| |||| || ||||||  || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25451035 ttcctgatgtggtaacttacagttcccttgttgatggtttgtgcaaatcggagagaattcctaatgctttgaagcttgtcgatgagatgcatgatagagg 25451134  T
Q  102 tcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttat 148  Q
    ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25451135 tcaaccaccaaatatatttacttacagttctatattggatgctttat 25451181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 2 - 237
Target Start/End: Original strand, 29882352 - 29882588
Alignment:
Q  2 ttcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagagg 101  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||  |||||||||||| ||||| ||||  || ||||| || |||||| || | || |||||||||||||||||| ||||    
T  29882352 ttcctgatgtgataacttatagtgcccttatcgatggattgtgcaaatctggaagaatatcatatgctttggaacttgtcgatgagatgcatgatcgagg 29882451  T
Q  102 tcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaatac 201  Q
     |||| |||| |||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| || | |||||||||||||||||||| ||||||  |    
T  29882452 gcaacaacctgatataattacctacaattctatattggatgctttatgcaaaaaacatcatgttgacaaagcaattgcattattaacaaaattgaaaggc 29882551  T
Q  202 cacggtatttgaccaaatatgtaca-atacactattc 237  Q
    || |||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||    
T  29882552 caaggtattcgaccagatatgaacacatacactattc 29882588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 2 - 237
Target Start/End: Original strand, 29909508 - 29909744
Alignment:
Q  2 ttcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagagg 101  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||  |||||||||||| ||||| ||||  || ||||| || |||||| || | || |||||||||||||||||| ||||    
T  29909508 ttcctgatgtgataacttatagtgcccttatcgatggattgtgcaaatctggaagaatatcatatgctttggaacttgtcgatgagatgcatgatcgagg 29909607  T
Q  102 tcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaatac 201  Q
     |||| |||| |||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| || | |||||||||||||||||||| ||||||  |    
T  29909608 gcaacaacctgatataattacctacaattctatattggatgctttatgcaaaaaacatcatgttgacaaagcaattgcattattaacaaaattgaaaggc 29909707  T
Q  202 cacggtatttgaccaaatatgtaca-atacactattc 237  Q
    || |||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||    
T  29909708 caaggtattcgaccagatatgaacacatacactattc 29909744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 2 - 237
Target Start/End: Original strand, 29929190 - 29929426
Alignment:
Q  2 ttcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagagg 101  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||  |||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||| |||||| || |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  29929190 ttcctgatgtgataacttatagtgcccttatcgatggattgtgcaaatcagggagaatctcatatgctttgcagcttgtcgatcagatgcatgatagagg 29929289  T
Q  102 tcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaatac 201  Q
    |  | |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||  ||| || | ||||||||||| ||||| || || ||| ||    
T  29929290 tgtagcacctaatatagttacttacaattctatattagatgctttatgcaaaacccatcaggttgacaaagcaattgcattgttaacgaaattcaaagac 29929389  T
Q  202 cacggtatttgaccaaatatgtaca-atacactattc 237  Q
    || ||||||  ||||| | |||||| |||||||||||    
T  29929390 cagggtattcaaccaagtgtgtacacatacactattc 29929426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Original strand, 29116177 - 29116402
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||| ||||  |||||||||||| |||||| ||||||||  | ||||  ||||||||||| |||||| || |||| |||||| |||||||||||||||    
T  29116177 attcctgatgtcgtaacttacagttcccttattgatggtttaagcaaatcagggagaatctcatatgctttgcagcttgtcgatcagatgcatgatagag 29116276  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    ||  |||||||| ||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||  ||| || | ||||||||||| ||||| || |||||| |    
T  29116277 gtgtaccacctactatacgtacttacaattctatattagatgctttatgcaaaatccatcaagttgacaaagcaattgcattgttaacgaaattgaaaga 29116376  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca 226  Q
    | | ||||||  ||||||||||||||    
T  29116377 caagggtattcaaccaaatatgtaca 29116402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 2 - 191
Target Start/End: Original strand, 29946354 - 29946543
Alignment:
Q  2 ttcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagagg 101  Q
    ||||||||||| ||||||||| || ||||||  |||||||||| | || |||||||||||| |||||| || |||| |||||||| ||||||||||||||    
T  29946354 ttcctaatgtggtaacttacaattcccttattaatggtttgtgcagatcggggagaatctcatatgctttggagcttgtcgatgaaatgcatgatagagg 29946453  T
Q  102 tcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaa 191  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||| |||||| || ||| ||  |||| || | ||||||| ||| ||||||||    
T  29946454 tcaaccacctaatataattacttacaactctatattggatgttttatgcaagaactatgatgttgacaaggcaattgtatttttaacaaa 29946543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 2 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 24263834 - 24263598
Alignment:
Q  2 ttcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagagg 101  Q
    ||||||||||| ||||||| | || |||||| ||||| ||||| ||||  || ||||| || |||||| || | ||  |||||  |||||||||| ||||    
T  24263834 ttcctaatgtgataacttataattcccttattgatggattgtgcaaatctggaagaatatcatatgctttggaacttatcgatttgatgcatgatcgagg 24263735  T
Q  102 tcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaatac 201  Q
     |||| |||| |||||   || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||| || | |||||||||||||||| ||| |||||| ||    
T  24263734 gcaacaacctgatataatcacgtacagttctatattggatgccttatgcaaaaaccatctggttgacaaggcaattgcattattaataaaattgaaagac 24263635  T
Q  202 cacggtatttgaccaaatatgtaca-atacactattc 237  Q
    || |||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  24263634 cagggtattcgaccaaatatgtacacatacactattc 24263598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 188
Target Start/End: Original strand, 29099259 - 29099446
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||| ||||  |||||||||||| |||||| ||||||||  | ||||  ||||||||||| |||||| || |||| |||||| |||||||||||||||    
T  29099259 attcctgatgtcgtaacttacagttcccttattgatggtttaagcaaatcagggagaatctcatatgctttgcagcttgtcgatcagatgcatgatagag 29099358  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaac 188  Q
    ||  |||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||  ||| || | ||||||||||| |||||    
T  29099359 gtgtaccacctaatatatgtacttacaattctatattagatgctttatgcaaaacccatcaagttgacaaagcaattgcattgttaac 29099446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 88 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 24886561 - 24886413
Alignment:
Q  88 atgcatgatagaggtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaa 187  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||     | ||||||||||||||||    
T  24886561 atgcatgatagaggtcagccacctgatataattacttacaattctatattggatgctttatg-aaaaaccatcatgtgacaaaggcaattgcattattaa 24886463  T
Q  188 caaatttgaaataccacggtatttgaccaaatatgtaca-atacactatt 236  Q
    |||| |||||| |||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  24886462 caaaattgaaagaccagggtattcgaccagatatgtacacatacactatt 24886413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 29084934 - 29085171
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||||||||| | ||||||| ||  ||||| ||||||||  | ||||  ||||||||||| |||||| || |||| |||||| |||||||||||||||    
T  29084934 attcctaatgtggtgacttacaattctcttattgatggtttaagcaaatcagggagaatctcatatgctttgcagcttgtcgatcagatgcatgatagag 29085033  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    ||  |||||||||||||  |||||||| ||||||| | ||||||||||  |||| |||||  ||| || | |||||||||||  |||| || || ||| |    
T  29085034 gtgtaccacctaatatacttacttacaattctataatagatgctttattcaaaacccatcaagttgacaaagcaattgcattgataacgaaatttaaaga 29085133  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca-atacactattc 237  Q
    ||| ||||||  |||||  ||||||| |||||||||||    
T  29085134 ccagggtattcaaccaagcatgtacacatacactattc 29085171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 79 - 222
Target Start/End: Original strand, 29903240 - 29903383
Alignment:
Q  79 gtcgatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattg 178  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||| |||| |||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| || |  | | |||||||    
T  29903240 gtcgatgagatgcatgatcgagggcaacaacctgatataattacctacaattctatattggatgctttatgcaaaaaacatcatgctggcaaagcaattg 29903339  T
Q  179 cattattaacaaatttgaaataccacggtatttgaccaaatatg 222  Q
    | ||||||||||| |||||| |||| |||||| |||||||||||    
T  29903340 cgttattaacaaaattgaaagaccagggtattcgaccaaatatg 29903383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Original strand, 29889646 - 29889805
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||||||||| | ||||||| ||  ||||| ||||||||  | ||||  |||| |||||| |||| | || |||| |||||| |||||||||||||||    
T  29889646 attcctaatgtggtgacttacaattctcttattgatggtttaagcaaatcagggataatctcatatgttttgcagcttgtcgatcagatgcatgatagag 29889745  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatc 160  Q
    ||  ||||||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  29889746 gtgtaccacctaatatagtcacttacaattctatattagatgctttatgcaaaacccatc 29889805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 17 - 154
Target Start/End: Original strand, 29876757 - 29876894
Alignment:
Q  17 cttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatat 116  Q
    |||| |||| |||||| |||||||| || |||| |||||||||  |  | ||| || |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29876757 cttatagttcccttattgatggtttttgcaaatcggggagaattccacaggctttggagcttgttgatgagatgcatgatagaggccaaccacctaatat 29876856  T
Q  117 agatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaa 154  Q
    |  |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||    
T  29876857 aattacttacaattctatattgtatgctttatgcaaaa 29876894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 2 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 24272029 - 24271871
Alignment:
Q  2 ttcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagagg 101  Q
    ||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||| ||||| ||||  || ||||| || |||||| || | ||   |||||||||||||||| ||||    
T  24272029 ttcctaatgtgataacttatagttcccttattgatggattgtgcaaatctggaagaatatcatatgctttggaacttaacgatgagatgcatgatcgagg 24271930  T
Q  102 tcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatc 160  Q
     |||| |||| |||||   || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  24271929 gcaacaacctgatataatcacgtacagttctatattggatgatttatgcaaaaaccatc 24271871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 82 - 160
Target Start/End: Original strand, 30135122 - 30135200
Alignment:
Q  82 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatatagat-acttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatc 160  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  ||||| | ||| ||||||| |||| ||||||||||||| || ||||||||||    
T  30135122 gatgagatgcatgaaagaggtcaacctgctaatgt-gatcacttacaattctttattggatgctttgtgcaaaaaccatc 30135200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 86 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 16702153 - 16702057
Alignment:
Q  86 agatgcatgatagaggtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcatt 182  Q
    |||||| ||||||||| ||||| || ||| ||   ||||||| |||  ||||  ||||||||||||||||||||| |||| || | |||||||||||    
T  16702153 agatgcgtgatagaggccaacctcccaatgtaatcacttacaattccttattacatgctttatgtaaaaaccatcatgttgacaaggcaattgcatt 16702057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0573 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 1)
Name: scaffold0573
Description:

Target: scaffold0573; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 237
Target Start/End: Original strand, 4053 - 4290
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4053 attcctaatgtggtaacttacaattcccttatcgatggtttgtgtaaatcggggaaaatctcttatgctttgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 4152  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaata 200  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||  | | || | |||||||||||||||||||| |||||| |    
T  4153 gtcaaccacctgatataattacttacagttctctattggatgctttatgcaaaaaccatccaggtgacaaggcaattgcattattaacaaaattgaaaga 4252  T
Q  201 ccacggtatttgaccaaatatgtaca-atacactattc 237  Q
    ||| ||| ||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  4253 ccagggtcttcaaccaaatatgtacacatacactattc 4290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0054
Description:

Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 53679 - 53532
Alignment:
Q  1 attcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagag 100  Q
    |||||| ||||| ||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||    
T  53679 attcctgatgtggtaacttacaattcccttattgatggtttgtgtaaatcggggaaaatatcttatgctttccagctagtcaatgagatgcatgatagag 53580  T
Q  101 gtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttat 148  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| |||||||||  |||||||||    
T  53579 gtcaaccacctaatataattacttacaattctatattaaatgctttat 53532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 77; Significance: 8e-36; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 27 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 24219292 - 24219128
Alignment:
Q  27 ccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatatagatacttac 126  Q
    |||||| ||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||| |||| ||  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  24219292 ccttattgatggtttgtgcaaatcgggaagaatctcatatgctttgaaacttatcggagagatgcatgatagaggtcaaccacctaatataattacttac 24219193  T
Q  127 agttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaa 191  Q
    | |||| |||||||||||||||| |||||||||| |||| || | ||||||| ||| ||||||||    
T  24219192 aattctttattggatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggcaattgaattgttaacaaa 24219128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 34 - 183
Target Start/End: Original strand, 11991261 - 11991410
Alignment:
Q  34 gatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatatagatacttacagttcta 133  Q
    ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||  | |||| || ||||| ||||||||||  ||||||||| | ||||||   |||||||  | |     
T  11991261 gatggtttgtgcaaatcagggagaatctcctatgcttgggagcttgttgatgaaatgcatgataatggtcaaccagccaatatattcacttacaactgtt 11991360  T
Q  134 tattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcatta 183  Q
    || | |||||||||||||||||||||| |||| |||| || |||||||||    
T  11991361 taatagatgctttatgtaaaaaccatcatgttgaccaggctattgcatta 11991410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 84 - 160
Target Start/End: Original strand, 24226819 - 24226895
Alignment:
Q  84 tgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatc 160  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||   ||||||| |||| |||| ||||  || || ||||||||||    
T  24226819 tgagatgcatgatagaggtcaaccagctaacataatcacttacaattctttattagatggattgtgcaaaaaccatc 24226895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0237
Description:

Target: scaffold0237; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Original strand, 22260 - 22480
Alignment:
Q  2 ttcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagagg 101  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||  || ||||| || |||||| || | || ||||||||||||||| || ||||    
T  22260 ttcctgatgtgataacttatagttcccttatcgatggattgtgcaaatctggaagaatatcatatgctttggaacttgtcgatgagatgcattatcgagg 22359  T
Q  102 tcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaatttgaaatac 201  Q
     |||| |||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||  || | |||||| ||||||||||||| ||||||  |    
T  22360 gcaacaacctgatataattacttacaattctatattggatgctttatgcaaaaaacatcatgtggacaaagcaattacattattaacaaaattgaaaggc 22459  T
Q  202 cacggtatttgaccaaatatg 222  Q
    || |||||| ||||| |||||    
T  22460 caaggtattcgaccagatatg 22480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 2 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 15062958 - 15062769
Alignment:
Q  2 ttcctaatgtgttaacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagagg 101  Q
    |||| |||||| ||||||||| || |||| | ||||||||||||||||  || |||| ||| | |||| || |||| |||||||| ||||||||||||||    
T  15062958 ttccaaatgtggtaacttacaattcccttgttgatggtttgtgtaaatctggaagaacctcgtgtgctttggagcttgtcgatgaaatgcatgatagagg 15062859  T
Q  102 tcaaccacctaatatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcattattaacaaa 191  Q
    ||||||| ||||||||  |||||||| ||||||||| |||||| |||| |||||| ||| |||| |  | |||||||  |||||||||||    
T  15062858 tcaaccatctaatataattacttacaattctatattagatgctatatgcaaaaacaatcatgttgataaggcaattgtgttattaacaaa 15062769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 3)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 14 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 104808 - 104666
Alignment:
Q  14 taacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaa 113  Q
    ||||||||||||  || || ||||||||||| ||||  |||||| |||||| ||||  | |||| || ||||||||||||| ||  ||||||||||||||    
T  104808 taacttacagttctctcattgatggtttgtgcaaatctgggagattctcttgtgcttgggagcttgtggatgagatgcatgttaatggtcaaccacctaa 104709  T
Q  114 tatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaac 156  Q
     |||  ||||||||||||| || | ||||||||||| ||||||    
T  104708 catatttacttacagttctttaatagatgctttatgcaaaaac 104666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 34 - 156
Target Start/End: Original strand, 137323 - 137445
Alignment:
Q  34 gatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatatagatacttacagttcta 133  Q
    ||||||||||| ||||  || ||||||||  |||||  |||||| |||||||||||||||| ||  |||||||||||| | |||  ||| |||||||||     
T  137323 gatggtttgtgcaaatcaggtagaatctcccatgcttggaagcttgtcgatgagatgcatgttaatggtcaaccacctgacatatttacctacagttctt 137422  T
Q  134 tattggatgctttatgtaaaaac 156  Q
    || | ||||||||||| ||||||    
T  137423 taatagatgctttatgcaaaaac 137445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 14 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 121550 - 121457
Alignment:
Q  14 taacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagaggtcaacc 107  Q
    ||||||||||||  ||||| |||| |||||| ||||  |||||||||||| ||||   | ||||  | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  121550 taacttacagttctcttattgatgctttgtgcaaatcagggagaatctctcatgcatgggagcttcttgatcagatgcatgatagaggtcaacc 121457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0572 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0572
Description:

Target: scaffold0572; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 34 - 183
Target Start/End: Original strand, 3182 - 3331
Alignment:
Q  34 gatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatatagatacttacagttcta 133  Q
    ||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||||  | |||| || |||||||||| |||||| ||||||||| || |||||   ||||||| |||      
T  3182 gatggtttgtgcaaatctgggagaatctcctatgcttgggagcttgttgatgagatgcgtgatagtggtcaaccagctgatataatcacttacaattcat 3281  T
Q  134 tattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttaccacgcaattgcatta 183  Q
    || | ||||||||||| |||||||||| |||| || | || |||||||||    
T  3282 taatagatgctttatgcaaaaaccatcatgttgacaaggctattgcatta 3331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 4260374 - 4260242
Alignment:
Q  27 ccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatatagatacttac 126  Q
    |||||| ||||||||||| ||||  |||||| | || |||||| || | || || ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||     
T  4260374 ccttattgatggtttgtgcaaatccgggagattatcatatgctatggaacttgttgatgaaatggatgatagaggtgaaccacctaatataattacttat 4260275  T
Q  127 agttctatattggatgctttatgtaaaaaccat 159  Q
     || ||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  4260274 tgtcctatagtggatgttttatgcaaaaaccat 4260242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 4263996 - 4263864
Alignment:
Q  27 ccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaatatagatacttac 126  Q
    |||||| ||||||||||| ||||  |||||| | || |||||| || | || || ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||     
T  4263996 ccttattgatggtttgtgcaaatccgggagattatcatatgctatggaacttgttgatgaaatggatgatagaggtgaaccacctaatataattacttat 4263897  T
Q  127 agttctatattggatgctttatgtaaaaaccat 159  Q
     || ||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  4263896 tgtcctatagtggatgttttatgcaaaaaccat 4263864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 149
Target Start/End: Original strand, 10130066 - 10130201
Alignment:
Q  14 taacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaa 113  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||| ||||| ||||  |||||||||||  |||||  | | || ||   |||||||  |||||||||||||| ||||||    
T  10130066 taacttatagttcccttattgatggcttgtgcaaatcagggagaatctcagatgcttgggaacttgtaagtgagatgtctgatagaggtcaacaacctaa 10130165  T
Q  114 tatagatacttacagttctatattggatgctttatg 149  Q
    ||||  |||||||| |||| ||||| ||||||||||    
T  10130166 tataattacttacaattctttattgaatgctttatg 10130201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 82 - 114
Target Start/End: Original strand, 17251310 - 17251342
Alignment:
Q  82 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaat 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17251310 gatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaat 17251342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0429 (Bit Score: 40; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0429
Description:

Target: scaffold0429; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 14 - 165
Target Start/End: Original strand, 6125 - 6276
Alignment:
Q  14 taacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaa 113  Q
    ||||||||||||  || || ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||  | || | || |||||||||| |||||  |||||||||||| |    
T  6125 taacttacagttctctcattgatggtttgtgtaaattaggtagaatctcctatgcttgggagtttgttgatgagatgcgtgataatggtcaaccacctga 6224  T
Q  114 tatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtt 165  Q
     |||   ||||||| |||| || | ||||| ||||| |||||||||| ||||    
T  6225 catatgcacttacaattctttaatagatgcattatgcaaaaaccatcatgtt 6276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0051 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0051
Description:

Target: scaffold0051; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 43355 - 43199
Alignment:
Q  14 taacttacagtttccttatcgatggtttgtgtaaattggggagaatctcttatgctctgaagctagtcgatgagatgcatgatagaggtcaaccacctaa 113  Q
    ||||||||||||  || || ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||  | |||| || |||||||||| ||| |  ||||||| |||| |    
T  43355 taacttacagttctctcattgatggtttgtgcaaattaggtagaatctcctatgcttgggagcttgttgatgagatgcgtgacaatggtcaacaacctga 43256  T
Q  114 tatagatacttacagttctatattggatgctttatgtaaaaaccatcgtgtttacca 170  Q
     |||   ||||||| |||| || | ||||| ||||| |||||||||| |||| ||||    
T  43255 catatgcacttacaattctttaatagatgcattatgcaaaaaccatcatgttgacca 43199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University