View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11374_low_1 (Length: 1442)

Name: NF11374_low_1
Description: NF11374
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11374_low_1
NF11374_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (18-1425)||(37903499-37904902)
chr7 (18-1425)||(37910010-37911413)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1326; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1425
Target Start/End: Original strand, 37903499 - 37904902
Alignment:
Q  18 catcatgcagtttttgaaaaccaccagccttaattataaccgcaacattgtcctgtcatacaaagcagttatgtcagaggcagcatatcaccaggcatca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903499 catcatgcagtttttgaaaaccaccagccttaattataaccgcaacattgtcctgtcatacaaagcagttatgtcagaggcagcatatcaccaggcatca 37903598  T
Q  118 atgattaataaagggccacatactatgctgaacgagtaaaaaacaaggaaactaacttcacctcattatcagccagaccatagagagcaaaagctgcgtt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903599 atgattaataaagggccacatactatgctgaacgagtaaaaaacaaggaaactaacttcacctcattatcagccagaccatagagagcaaaagctgcgtt 37903698  T
Q  218 gtgttgaacagaaccattctttgtgtcaagaagatcaagcagaggctctatacctccattataagcaataccagcttgattgtgtgagtcctaacatgaa 317  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903699 gtgttgaacggaaccattctttgtgtcaagaagatcaagcagaggctctatacctccattataagcaataccagcttgattgtgtgagtcctaacatgaa 37903798  T
Q  318 ttatataaacatttaggattgatttcgataaattaatttccatatacagataaatactggttgcaaatgataatcacctgtgccaacctcccaagtgcaa 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903799 ttatataaacatttaggattgatttcgataaattaattcccatatacagataaatactggttgcaaatgataatcacctgtgccaacctcccaagtgcaa 37903898  T
Q  418 aagttgacatttccctaagctgtaaatctgaagacttaagcatctcaattaaggggtttatagcccctctttgggcaatgtgaatctgcatgaaccatgt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903899 aagttgacatttccctaagctgtaaatctgaagacttaagcatctcaattaaggggtttatagcccctctttgggcaatgtgaatctgcatgaaccatgt 37903998  T
Q  518 atgaggatcaataagagaattccacacatgacaagcaaatcacattgtaaatttgcaaaacacaatctaaccaaccttgcaatctgaatccgttgtagca 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903999 atgaggatcaataagagaattccacacatgacaagcaaatcgcattgtaaatttgcaaaacacaatctaaccaaccttgcaatctgaatccgttgtagca 37904098  T
Q  618 aattgaccaattaaaagagctgcttctcttcggctctccaaacagcaggagctatcattgatatcaaagatttgttgagatacaagcgtattaaatgatt 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37904099 aattgaccaattaaaagagctgcttctcttcggctctccaaacagcaggagctatcattgatatcaaagatttgttgagatacaagcatattaaatgatt 37904198  T
Q  718 gatatattagtaatagcttactagcacaaagcagctataatgtttgctaaataaatcacatttcctagtcctatggattgctttaaaagaaagaaagaaa 817  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37904199 aatatattagtaatagcttactagcacaaagcagctataatgtttgctaaataaatcacatttcctagtcctatggattgctttaaaagaaagaaagaaa 37904298  T
Q  818 aatatgtatgtcaccttagtaagcaaataactggctgcaatgccccagccagaagaacttctctcttaatttctggcgaagaatggaccagatttccaat 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37904299 aatatgtatgtcaccttagtaagcaaataactggctgtaatgccccagccagaagaacttctctcttaatttctggcgaagaatggaccagatttccaat 37904398  T
Q  918 cacgccaacctacnnnnnnnnnggctcattcagcttgttcttgtagcttggaactctctataaagcaaaatttaatataaggggttgtatgaattcagtt 1017  Q
    |||||||||||||         ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37904399 cacgccaacctac-aaaaaaaaggctcattcagc---ttcttgtagcttggaactctctataaagcaaaatttaatataaggggttatatgaattcagtt 37904494  T
Q  1018 gtgtctaaccgcttcataatgtattgaggcatctgctgatccaagcattagtacaagagttggcaaagcattgcattcaataatctgcaattttcattct 1117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37904495 gtgtctaaccgcttcataatgtattgaggcatctgctgatccaagcattagtacaagagttggcaacgcattgcattcaataatctgcaattttcattct 37904594  T
Q  1118 tgtaagcaactataccaaaagaatccaccgtagtaagttcctgtgaaaaatcaagtacctgatttttgttctcagcgttttgaaatgcgagagtccgcaa 1217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37904595 tgtaagcaactataccaaaagaatccaccgtagtaagttcctgtgaaaaatcaagtacctgatttttgttctcagcattttgaaatgcgagagtccgcaa 37904694  T
Q  1218 ggcacctgcagctgctctctgtacctttgtatcattgaattcaagcaattcaacaagaggagggataccaccgtccaacctgaacatagcatctatttta 1317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37904695 ggcacctgcagctgctctctgtacctttgtatcattgaattcaagcaattcaacaagaggagggataccaccgtccaacctgaacatagcatctatttta 37904794  T
Q  1318 gaatagggaatatattatacatagcatacatatctaaggtgttggaatttggaaaaacctgacaagggtcttaatgttggtattttcatgggcaaggctg 1417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37904795 gaatagggaatatattatacatagcatacatatctaaggtgttggaatttggaaaaacctgacaagggtcttaatgttggtattttcatgggcaaggctg 37904894  T
Q  1418 gttattgc 1425  Q
    ||||||||    
T  37904895 gttattgc 37904902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 1326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1425
Target Start/End: Original strand, 37910010 - 37911413
Alignment:
Q  18 catcatgcagtttttgaaaaccaccagccttaattataaccgcaacattgtcctgtcatacaaagcagttatgtcagaggcagcatatcaccaggcatca 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37910010 catcatgcagtttttgaaaaccaccagccttaattataaccgcaacattgtcctgtcatacaaagcagttatgtcagaggcagcatatcaccaggcatca 37910109  T
Q  118 atgattaataaagggccacatactatgctgaacgagtaaaaaacaaggaaactaacttcacctcattatcagccagaccatagagagcaaaagctgcgtt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37910110 atgattaataaagggccacatactatgctgaacgagtaaaaaacaaggaaactaacttcacctcattatcagccagaccatagagagcaaaagctgcgtt 37910209  T
Q  218 gtgttgaacagaaccattctttgtgtcaagaagatcaagcagaggctctatacctccattataagcaataccagcttgattgtgtgagtcctaacatgaa 317  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37910210 gtgttgaacggaaccattctttgtgtcaagaagatcaagcagaggctctatacctccattataagcaataccagcttgattgtgtgagtcctaacatgaa 37910309  T
Q  318 ttatataaacatttaggattgatttcgataaattaatttccatatacagataaatactggttgcaaatgataatcacctgtgccaacctcccaagtgcaa 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37910310 ttatataaacatttaggattgatttcgataaattaattcccatatacagataaatactggttgcaaatgataatcacctgtgccaacctcccaagtgcaa 37910409  T
Q  418 aagttgacatttccctaagctgtaaatctgaagacttaagcatctcaattaaggggtttatagcccctctttgggcaatgtgaatctgcatgaaccatgt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37910410 aagttgacatttccctaagctgtaaatctgaagacttaagcatctcaattaaggggtttatagcccctctttgggcaatgtgaatctgcatgaaccatgt 37910509  T
Q  518 atgaggatcaataagagaattccacacatgacaagcaaatcacattgtaaatttgcaaaacacaatctaaccaaccttgcaatctgaatccgttgtagca 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37910510 atgaggatcaataagagaattccacacatgacaagcaaatcgcattgtaaatttgcaaaacacaatctaaccaaccttgcaatctgaatccgttgtagca 37910609  T
Q  618 aattgaccaattaaaagagctgcttctcttcggctctccaaacagcaggagctatcattgatatcaaagatttgttgagatacaagcgtattaaatgatt 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37910610 aattgaccaattaaaagagctgcttctcttcggctctccaaacagcaggagctatcattgatatcaaagatttgttgagatacaagcatattaaatgatt 37910709  T
Q  718 gatatattagtaatagcttactagcacaaagcagctataatgtttgctaaataaatcacatttcctagtcctatggattgctttaaaagaaagaaagaaa 817  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37910710 aatatattagtaatagcttactagcacaaagcagctataatgtttgctaaataaatcacatttcctagtcctatggattgctttaaaagaaagaaagaaa 37910809  T
Q  818 aatatgtatgtcaccttagtaagcaaataactggctgcaatgccccagccagaagaacttctctcttaatttctggcgaagaatggaccagatttccaat 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37910810 aatatgtatgtcaccttagtaagcaaataactggctgtaatgccccagccagaagaacttctctcttaatttctggcgaagaatggaccagatttccaat 37910909  T
Q  918 cacgccaacctacnnnnnnnnnggctcattcagcttgttcttgtagcttggaactctctataaagcaaaatttaatataaggggttgtatgaattcagtt 1017  Q
    |||||||||||||         ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37910910 cacgccaacctac-aaaaaaaaggctcattcagc---ttcttgtagcttggaactctctataaagcaaaatttaatataaggggttatatgaattcagtt 37911005  T
Q  1018 gtgtctaaccgcttcataatgtattgaggcatctgctgatccaagcattagtacaagagttggcaaagcattgcattcaataatctgcaattttcattct 1117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37911006 gtgtctaaccgcttcataatgtattgaggcatctgctgatccaagcattagtacaagagttggcaacgcattgcattcaataatctgcaattttcattct 37911105  T
Q  1118 tgtaagcaactataccaaaagaatccaccgtagtaagttcctgtgaaaaatcaagtacctgatttttgttctcagcgttttgaaatgcgagagtccgcaa 1217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37911106 tgtaagcaactataccaaaagaatccaccgtagtaagttcctgtgaaaaatcaagtacctgatttttgttctcagcattttgaaatgcgagagtccgcaa 37911205  T
Q  1218 ggcacctgcagctgctctctgtacctttgtatcattgaattcaagcaattcaacaagaggagggataccaccgtccaacctgaacatagcatctatttta 1317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37911206 ggcacctgcagctgctctctgtacctttgtatcattgaattcaagcaattcaacaagaggagggataccaccgtccaacctgaacatagcatctatttta 37911305  T
Q  1318 gaatagggaatatattatacatagcatacatatctaaggtgttggaatttggaaaaacctgacaagggtcttaatgttggtattttcatgggcaaggctg 1417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37911306 gaatagggaatatattatacatagcatacatatctaaggtgttggaatttggaaaaacctgacaagggtcttaatgttggtattttcatgggcaaggctg 37911405  T
Q  1418 gttattgc 1425  Q
    ||||||||    
T  37911406 gttattgc 37911413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University