View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11374_low_2 (Length: 1097)

Name: NF11374_low_2
Description: NF11374
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11374_low_2
NF11374_low_2
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-1088)||(14812581-14813668)
chr7 (1-1088)||(15259576-15260663)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-1088)||(17520512-17521599)
chr5 (643-703)||(17621904-17621964)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1088; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1088; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1088
Target Start/End: Complemental strand, 14813668 - 14812581
Alignment:
Q  1 tttgtgttttgtttctcttctctgatcagtctaacacatgatatggtgattttaaaagaaggtgagaagttgtatatgggattggttgccatcatgacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14813668 tttgtgttttgtttctcttctctgatcagtctaacacatgatatggtgattttaaaagaaggtgagaagttgtatatgggattggttgccatcatgacat 14813569  T
Q  101 cacatgtgaaagaaatatcaaaatccattgaagaagcaacacaaggagacttctttttggaagaactgaataggaaatggaatgattacaaagatgcaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14813568 cacatgtgaaagaaatatcaaaatccattgaagaagcaacacaaggagacttctttttggaagaactgaataggaaatggaatgattacaaagatgcaat 14813469  T
Q  201 actaaatgttcgaaaagtactattgtatatggatagggtttatgttatacataacaataagactagaattcatgatcttggaatgaacttgtggagagat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14813468 actaaatgttcgaaaagtactattgtatatggatagggtttatgttatacataacaataagactagaattcatgatcttggaatgaacttgtggagagat 14813369  T
Q  301 aatgttgttaactccacccagatagttcaatctcaactgaagaagactctcgttaaattagttcatcgagaatgcatcggtgaagttattaatagagact 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14813368 aatgttgttaactccacccagatagttcaatctcaactgaagaagactctcgttaaattagttcatcgagaatgcatcggtgaagttattaatagagact 14813269  T
Q  401 tgacagacaacatacttatgatgctaaaagatttaggtgattcagtttatgagacattatttgagattcctttcatcgaagtttcggctgagttttatag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14813268 tgacagacaacatacttatgatgctaaaagatttaggtgattcagtttatgagacattatttgagattcctttcatcgaagtttcggctgagttttatag 14813169  T
Q  501 aggtgagttccaaaagttaagtgaatattgtgattgtggcgattatctacggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactac 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14813168 aggtgagttccaaaagttaagtgaatattgtgattgtggcgattatctacggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactac 14813069  T
Q  601 ttggattccataagtcaaaagaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttag 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14813068 ttggattccataagtcaaaagaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttag 14812969  T
Q  701 taactctctttcttaataatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaa 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14812968 taactctctttcttaataatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaa 14812869  T
Q  801 tctctgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaata 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14812868 tctctgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaata 14812769  T
Q  901 tgatagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgcca 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14812768 tgatagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgcca 14812669  T
Q  1001 gagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtgatgatgt 1088  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14812668 gagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtgatgatgt 14812581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 1088; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1088
Target Start/End: Complemental strand, 15260663 - 15259576
Alignment:
Q  1 tttgtgttttgtttctcttctctgatcagtctaacacatgatatggtgattttaaaagaaggtgagaagttgtatatgggattggttgccatcatgacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15260663 tttgtgttttgtttctcttctctgatcagtctaacacatgatatggtgattttaaaagaaggtgagaagttgtatatgggattggttgccatcatgacat 15260564  T
Q  101 cacatgtgaaagaaatatcaaaatccattgaagaagcaacacaaggagacttctttttggaagaactgaataggaaatggaatgattacaaagatgcaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15260563 cacatgtgaaagaaatatcaaaatccattgaagaagcaacacaaggagacttctttttggaagaactgaataggaaatggaatgattacaaagatgcaat 15260464  T
Q  201 actaaatgttcgaaaagtactattgtatatggatagggtttatgttatacataacaataagactagaattcatgatcttggaatgaacttgtggagagat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15260463 actaaatgttcgaaaagtactattgtatatggatagggtttatgttatacataacaataagactagaattcatgatcttggaatgaacttgtggagagat 15260364  T
Q  301 aatgttgttaactccacccagatagttcaatctcaactgaagaagactctcgttaaattagttcatcgagaatgcatcggtgaagttattaatagagact 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15260363 aatgttgttaactccacccagatagttcaatctcaactgaagaagactctcgttaaattagttcatcgagaatgcatcggtgaagttattaatagagact 15260264  T
Q  401 tgacagacaacatacttatgatgctaaaagatttaggtgattcagtttatgagacattatttgagattcctttcatcgaagtttcggctgagttttatag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15260263 tgacagacaacatacttatgatgctaaaagatttaggtgattcagtttatgagacattatttgagattcctttcatcgaagtttcggctgagttttatag 15260164  T
Q  501 aggtgagttccaaaagttaagtgaatattgtgattgtggcgattatctacggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactac 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15260163 aggtgagttccaaaagttaagtgaatattgtgattgtggcgattatctacggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactac 15260064  T
Q  601 ttggattccataagtcaaaagaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttag 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15260063 ttggattccataagtcaaaagaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttag 15259964  T
Q  701 taactctctttcttaataatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaa 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15259963 taactctctttcttaataatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaa 15259864  T
Q  801 tctctgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaata 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15259863 tctctgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaata 15259764  T
Q  901 tgatagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgcca 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15259763 tgatagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgcca 15259664  T
Q  1001 gagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtgatgatgt 1088  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15259663 gagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtgatgatgt 15259576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 1060; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 1060; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1088
Target Start/End: Original strand, 17520512 - 17521599
Alignment:
Q  1 tttgtgttttgtttctcttctctgatcagtctaacacatgatatggtgattttaaaagaaggtgagaagttgtatatgggattggttgccatcatgacat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17520512 tttgtgttttgtttctcttctctgatcagtctaacacatgatatggtgattttaaaagaaggcgagaagttgtatatgggattggttgccatcatgacat 17520611  T
Q  101 cacatgtgaaagaaatatcaaaatccattgaagaagcaacacaaggagacttctttttggaagaactgaataggaaatggaatgattacaaagatgcaat 200  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17520612 cacatgtgaaagaaatatcgaaatccattgaagatgcaacacaaggagacttctttttggaagaactgaataggaaatggaatgattacaaagatgcaat 17520711  T
Q  201 actaaatgttcgaaaagtactattgtatatggatagggtttatgttatacataacaataagactagaattcatgatcttggaatgaacttgtggagagat 300  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17520712 actagatgttcgaaaagtactattgtatatggatagggtttatgttatacataacaataagactagaattcatgatcttggaatgaacttgtggagagat 17520811  T
Q  301 aatgttgttaactccacccagatagttcaatctcaactgaagaagactctcgttaaattagttcatcgagaatgcatcggtgaagttattaatagagact 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17520812 aatgttgttaactccacccagatagttcaatctcaactgaagaagactctcgttaaattagttcatcgagaatgcatcggtgaagttattaatagagact 17520911  T
Q  401 tgacagacaacatacttatgatgctaaaagatttaggtgattcagtttatgagacattatttgagattcctttcatcgaagtttcggctgagttttatag 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17520912 tgacagacaacatacttatgatgctaaaggatttaggtgattcagtttatgagacattatttgagattcctttcatcgaagtttcggctgagttttatag 17521011  T
Q  501 aggtgagttccaaaagttaagtgaatattgtgattgtggcgattatctacggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactac 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17521012 aggtgagttccaaaagttaagtgaatattgtgattgtggcgattatctatggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactac 17521111  T
Q  601 ttggattccataagtcaaaagaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttag 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17521112 ttggattccataagtcaaaagaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttag 17521211  T
Q  701 taactctctttcttaataatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaa 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17521212 taactctctttcttaataatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaa 17521311  T
Q  801 tctctgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaata 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17521312 tctctgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaata 17521411  T
Q  901 tgatagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgcca 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17521412 tgatagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgcca 17521511  T
Q  1001 gagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtgatgatgt 1088  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17521512 gagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtggtgatgt 17521599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 643 - 703
Target Start/End: Complemental strand, 17621964 - 17621904
Alignment:
Q  643 aaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaa 703  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||||||    
T  17621964 aaggagattattgaaaatgacatgcttagattaatccatatggaaaattctgggttagtaa 17621904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University