View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11374_low_21 (Length: 367)
Name: NF11374_low_21
Description: NF11374
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11374_low_21 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Original strand, 41108083 - 41108435
Alignment:
| Q |
1 |
tggattaggcaaaccaattgaggaatcagatattgataggcttccatacttgaatgcagtgataaaagagagtttacgtttacaccctccagctccaatg |
100 |
Q |
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| T |
41108083 |
tggattaggcaaaccaattgaggaatcagatattgataggcttccatacttgaatgcagtgataaaagagagtttacgtttacaccctccagctccaatg |
41108182 |
T |
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| Q |
101 |
ttgcttcctaggaaagcaagggtagatgtggaaatagcaggttacacaattccaaaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacag |
200 |
Q |
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| T |
41108183 |
ttacttcctaggaaagcaagggtagatgtggaaatagcaggttacacaattccaaaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacag |
41108282 |
T |
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| Q |
201 |
acatatgggatgatgctcatttgttttcaccagaaagatttttgggttctgaaattgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggcagtgg |
300 |
Q |
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| T |
41108283 |
acatatgggatgatgctcatttgttttcaccagaaagatttttgggttctgaaattgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggtagtgg |
41108382 |
T |
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| Q |
301 |
aagacgtatatgtcctggctcaccacttgctgttaggatgttgcatttgatgt |
353 |
Q |
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| T |
41108383 |
aagacgtatatgtcctggctcaccacttgctgttaggatgttgcatttgatgt |
41108435 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Original strand, 41129207 - 41129559
Alignment:
| Q |
1 |
tggattaggcaaaccaattgaggaatcagatattgataggcttccatacttgaatgcagtgataaaagagagtttacgtttacaccctccagctccaatg |
100 |
Q |
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| T |
41129207 |
tggattaggcaaaccaattgaggaatcagatattgataggcttccatacttgaatgcagtgataaaagagagtttacgtttacaccctccagctccaatg |
41129306 |
T |
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| Q |
101 |
ttgcttcctaggaaagcaagggtagatgtggaaatagcaggttacacaattccaaaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacag |
200 |
Q |
| |
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| T |
41129307 |
ttacttcctaggaaagcaagggtagatgtggaaatagcaggttacacaattccaaaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacag |
41129406 |
T |
|
| Q |
201 |
acatatgggatgatgctcatttgttttcaccagaaagatttttgggttctgaaattgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggcagtgg |
300 |
Q |
| |
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| T |
41129407 |
acatatgggatgatgctcatttgttttcaccagaaagatttttgggttctgaaattgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggcagtgg |
41129506 |
T |
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| Q |
301 |
aagacgtatatgtcctggctcaccacttgctgttaggatgttgcatttgatgt |
353 |
Q |
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|
|
| T |
41129507 |
aagacgtatatgtcctggctcaccacttgctgttaggatgtttcatttgatgt |
41129559 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 41143476 - 41143124
Alignment:
| Q |
1 |
tggattaggcaaaccaattgaggaatcagatattgataggcttccatacttgaatgcagtgataaaagagagtttacgtttacaccctccagctccaatg |
100 |
Q |
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|
| T |
41143476 |
tggattaggcaaaccaattgaggaatcagatattgataggcttccatacttgaatgcagtgataaaagagagtttacgtttacaccctccagctccaatg |
41143377 |
T |
|
| Q |
101 |
ttgcttcctaggaaagcaagggtagatgtggaaatagcaggttacacaattccaaaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacag |
200 |
Q |
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| T |
41143376 |
ttacttcctaggaaagcaagggtagatgtggaaatagcaggttacacaattccaaaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacag |
41143277 |
T |
|
| Q |
201 |
acatatgggatgatgctcatttgttttcaccagaaagatttttgggttctgaaattgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggcagtgg |
300 |
Q |
| |
|
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|
| T |
41143276 |
acatatgggatgatgctcatttgttttcaccagaaagatttttgggttctgaaattgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggaagtgg |
41143177 |
T |
|
| Q |
301 |
aagacgtatatgtcctggctcaccacttgctgttaggatgttgcatttgatgt |
353 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41143176 |
aagacgtatatgtcctggctcaccacttgctgttaggatgttgcatttgatgt |
41143124 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 41119334 - 41118982
Alignment:
| Q |
1 |
tggattaggcaaaccaattgaggaatcagatattgataggcttccatacttgaatgcagtgataaaagagagtttacgtttacaccctccagctccaatg |
100 |
Q |
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| T |
41119334 |
tggattaggcaaaccaattgaggaatcagatattgataggcttccatacttgaatgcagtgataaaagagagtttacgtttacaccctccagctccaatg |
41119235 |
T |
|
| Q |
101 |
ttgcttcctaggaaagcaagggtagatgtggaaatagcaggttacacaattccaaaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacag |
200 |
Q |
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| T |
41119234 |
ttacttcctaggaaagcaagggtagatgtggaaatagcaggttacacaattccaaaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacag |
41119135 |
T |
|
| Q |
201 |
acatatgggatgatgctcatttgttttcaccagaaagatttttgggttctgaaattgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggcagtgg |
300 |
Q |
| |
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| T |
41119134 |
acatatgggatgatgcacatttgttttcaccagaaagatttttgggttctgaaattgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggtagtgg |
41119035 |
T |
|
| Q |
301 |
aagacgtatatgtcctggctcaccacttgctgttaggatgttgcatttgatgt |
353 |
Q |
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|
| T |
41119034 |
aagacgtatatgtcctggctcaccacttgctgttaggatgttacatttgatgt |
41118982 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 9 - 353
Target Start/End: Original strand, 41035685 - 41036029
Alignment:
| Q |
9 |
gcaaaccaattgaggaatcagatattgataggcttccatacttgaatgcagtgataaaagagagtttacgtttacaccctccagctccaatgttgcttcc |
108 |
Q |
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| T |
41035685 |
gcaaactaattgaagaatcagacattgataggcttccatacttgcaagcagtgataaaagagagtttacgcttacaccctccagctccacttttgctccc |
41035784 |
T |
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| Q |
109 |
taggaaagcaagggtagatgtggaaatagcaggttacacaattccaaaaggtgcacaagttctgatcaatgaatgggctattggtagaacagacatatgg |
208 |
Q |
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| T |
41035785 |
acgtaaagctagagtagatgtgcaaatagcagtgtacactattccaaagggtgcacaaattcggataaatgaatgggctattggtagaacaaacatatgg |
41035884 |
T |
|
| Q |
209 |
gatgatgctcatttgttttcaccagaaagatttttgggttctgaaattgatgtcaaaggtcgacattttaagcttacaccgttcggcagtggaagacgta |
308 |
Q |
| |
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||||||||| |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| ||||||| |
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| T |
41035885 |
gatgatgctgatttattttcaccagaaagatttttaggatctgaaattgatatcaaaggtcgacactttaatcttacaccatttggtagtgggagacgta |
41035984 |
T |
|
| Q |
309 |
tatgtcctggctcaccacttgctgttaggatgttgcatttgatgt |
353 |
Q |
| |
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| T |
41035985 |
tatgtcctggttcaccattggctattaggatgatgcattcgatgt |
41036029 |
T |
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