View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11374_low_3 (Length: 854)

Name: NF11374_low_3
Description: NF11374
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11374_low_3
NF11374_low_3
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (14-828)||(36369476-36370286)
chr4 (22-635)||(36388616-36389241)
chr4 (61-623)||(36428021-36428585)
chr4 (61-623)||(36374915-36375479)
chr4 (60-534)||(36406048-36406521)
chr4 (16-623)||(36418041-36418650)
chr4 (16-290)||(36398523-36398792)
chr4 (60-287)||(36434860-36435084)
chr4 (353-672)||(36434499-36434819)
chr4 (374-534)||(36398314-36398470)
chr4 (752-832)||(36397981-36398061)
chr4 (752-830)||(36417571-36417649)
chr4 (755-830)||(36426399-36426474)
chr4 (752-830)||(36388204-36388282)
chr4 (756-833)||(36404915-36404992)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (145-201)||(47583965-47584021)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 720; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 720; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 828
Target Start/End: Complemental strand, 36370286 - 36369476
Alignment:
Q  14 tcattcaggctagagatacaatgactgagctagaaagatgcttactgaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaagtattcataaactagcatcct 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36370286 tcattcaggctagagatacaatgactgagctagaaagatgcttactgaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaagtattcataaactagcatcct 36370187  T
Q  114 ttcttctttttcaaaacaacaaccaagcaacctcactagatttctgtgttgaagtttgactaaaagtttaacttcatttttaaactcttcttttccttga 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36370186 ttcttctttttcaaaacaacaaccaagcaacctcactagatttctgtgttgaagtttgactaaaagtttaacttcatttttaaactcttctttgccttga 36370087  T
Q  214 cctgaatctctggacaacaatcttttcactgcaatctcttttccactaaccaagcaaccctgaaatttttatctcttcaatatcactatttttgcagcca 313  Q
    |||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36370086 cctgaatctctggacaa---tcttttcactgcaatctcttttccactaaccaagcaaccctgaaatttttatcacttcaatatcactatttttgcagcca 36369990  T
Q  314 ttaatataatgtaattgaaatgaatataaagaggtgaaggatgttttcacttcttgaatcagtagctcaatgtagagttgcacttaattaccttatagac 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36369989 ttaatataatgtaattgaaatgaatataaagagatgaaggatgttttcacttcttgaatcagtagctcaatgtagagttgcacttaattaccttatagac 36369890  T
Q  414 agagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgactaaaatttgttgtagctgttattattgttctaaagctgaagaatggtagatttgaatgtgtg 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  36369889 agagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgactaaaatttgttgtagctgttataattgttctaaagctgaagaatggatgatttgaatgtgtg 36369790  T
Q  514 ttgctttgagcaccaatctctccagacaaatcttggtttgattgatgcagcattttatctgaagttacaaaaggaatgaggtaggatttcaatcaattta 613  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36369789 tagctttgagcaccaatctctccagacgaatattggtttgattgatgcagcattttatctgaagttacagaaggaatgaggtaggattttaatcaattta 36369690  T
Q  614 cacattttgaaggttaaatttccatttagctctcaaaaaatcttcgattataaattttgaaactaataggacacattttgcataacagactgcnnnnnnn 713  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  36369689 cacattttgaaggttaaatttccatttagctctcaaaaaatcttcgattataaattttgaaactaataggacacattttgcataacagactgcaaaaaaa 36369590  T
Q  714 taatgaaatataaagaacaagggatgtcatccctaaatatcacataccctttcttttttcctcccacatgcaatacatacatgaaaggaggaggacaatt 813  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36369589 taatgaattataaggaacaagggatgtcatccctaaatatcacataccctttcttttttcctcccacatgcaatacatacatgaaaggaggaggacaatt 36369490  T
Q  814 gcaactatagaaact 828  Q
    | |||||||||||||    
T  36369489 g-aactatagaaact 36369476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 22 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 36389241 - 36388616
Alignment:
Q  22 gctagagatacaatgactgagctagaaagatgcttactgaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaagtattcataaactagcatcctttcttctt 121  Q
    |||||||| ||||| | |||| | || |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36389241 gctagagagacaataagtgagtttgagagatgcttactgaatataaaaaggtctaggcttttgtttggtaagtattcataaactagcatcctttcttctt 36389142  T
Q  122 tttcaaaacaacaaccaagcaacctcactagatttctgtgttgaagtttgactaaaagtttaacttcatttttaaactcttcttttccttgacctgaatc 221  Q
    ||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  36389141 tttcaaagcaacaactgagcaaccttactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaacttcagttttaaactcttcttttccttgacctgaatt 36389042  T
Q  222 tctggacaacaatcttttcactgcaatctcttttccactaaccaagcaaccctgaaatttttatctcttcaata-----tcactatttttgcagccatta 316  Q
    | ||  | |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||| |||      ||| |||| ||||| |  ||     
T  36389041 t-tg--cgacaatcttttcactgctatctcttgtccattaaccaagctaccctgaaatatttctctcttaaatcccatttcattattcttgcatcatttt 36388945  T
Q  317 at-ataatgtaattgaaatgaatataaagaggtgaaggatgttttcacttcttgaatcagtagctcaatgtagagttgcacttaattaccttatagacag 415  Q
     | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36388944 tttataatgctattgaaatgaatataaagaggtgaaggatgtattcacttcttgattcagtagctcaatgtagagttgcacttaattaccttatagacag 36388845  T
Q  416 agccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgactaaaatttgttgtagctgttattattgttctaaagctgaagaatggtagatttgaatgtgtgtt 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||| || |||||||||| |||||||||    
T  36388844 agccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgaccacaatttcttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgtgtgtt 36388745  T
Q  516 gctttgagcaccaatc---tctccagacaaatcttggtttgattgatgcagca------ttttatctgaagttacaaaaggaatgaggtaggatttcaat 606  Q
    ||||||||||  | ||   ||||||||  ||||||||||| ||||   || ||      ||| ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||    
T  36388744 gctttgagcaatattctcttctccagaggaatcttggtttaattgcatcatcaatttattttcatctgaagttacaaatggcatgaggtaagatttcaat 36388645  T
Q  607 caatttacacattttgaaggttaaatttc 635  Q
    ||| | ||||||||| |||| || |||||    
T  36388644 caactaacacattttaaagggtatatttc 36388616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 61 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 36428585 - 36428021
Alignment:
Q  61 aatataaagaagtctaggcttttgtttggtaagtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaaacaacaaccaagcaacctcactagatttctgt 160  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36428585 aatataaagaagtctaggcttttgtttggtagatattcataaactagcatcctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacctcactagatttctgt 36428486  T
Q  161 gttgaagtttgactaaaagtttaacttcatttttaaactcttcttttccttgacctgaatctctggacaacaatcttttcactgcaatctcttttccact 260  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  36428485 gttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactcttctttgccttgacctgaatctctgg---acaatcttttcactgctatctcttgtccact 36428389  T
Q  261 aaccaagcaaccctgaaatttttatctctt-----caatatcactatttttgcagcca--ttaatataatgtaattgaaatgaatataaagaggtgaagg 353  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||     | || ||| |||||||||| |||  || | || |||  |||||||||||||||||||||  ||||    
T  36428388 aaccaagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgca-ccatttttaaatgatgcgattgaaatgaatataaagaggctaagg 36428290  T
Q  354 atgttttcacttcttgaatcagtagctcaatgtagagttgcacttaattaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgacta 453  Q
    || || |||||| ||| || |||| |||||||||||||| |||    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36428289 atattgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcac----ttaccttatagacagaaccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgacca 36428194  T
Q  454 aaatttgttgtagctgttattattgttctaaagctgaagaatggtagatttgaatgtgtgttgctttgagcaccaatctct---ccagacaaatcttggt 550  Q
     ||||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||| | | || |||||   |||||  |||||||||    
T  36428193 caatttcttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgtgtgttgctttgggtatcattctcttccccagaggaatcttggt 36428094  T
Q  551 ttgattgatgcagcattttatctgaagttacaaaaggaatgaggtaggatttcaatcaatttacacattttga 623  Q
    ||| |||  ||| ||||||||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||| ||| |||||||||    
T  36428093 ttggttgcggcatcattttatctgaagttacaaatgacataaggtaagatttcaatcaacttaaacattttga 36428021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 257; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 61 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 36375479 - 36374915
Alignment:
Q  61 aatataaagaagtctaggcttttgtttggtaagtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaaacaacaaccaagcaacctcactagatttctgt 160  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36375479 aatataaagaaatctaggcttttgtttggtaagtattcataaaccagcatcctttcttccttttcaaagcaacaacctagcaacctcactagatttctgt 36375380  T
Q  161 gttgaagtttgactaaaagtttaacttcatttttaaactcttcttttccttgacctgaatctctggacaacaatcttttcactgcaatctcttttccact 260  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |   | |||||||||||||||| ||||||| |||| |    
T  36375379 gttggagtttaactaaaagtttaacttcagttttaaactcttcttttccttgacctgaattttt---cgacaatcttttcactgctatctcttgtccatt 36375283  T
Q  261 aaccaagcaaccctgaaatttttatctctt-----caatatcactatttttgcagccattaat--ataatgtaattgaaatgaatataaagaggtgaagg 353  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||     | || ||| |||||||||| |||||  |  ||||||  |||||||||||||||||||||  ||||    
T  36375282 aaccaagcaaccctgaaatatttctctcttaaatcccatttcattatttttgca-ccattttttaataatgcgattgaaatgaatataaagaggctaagg 36375184  T
Q  354 atgttttcacttcttgaatcagtagctcaatgtagagttgcacttaattaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgacta 453  Q
    || || |||||| ||| || |||| |||||||||||||| |||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36375183 atattgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcac----ttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctgatgacta 36375088  T
Q  454 aaatttgttgtagctgttattattgttctaaagctgaagaatggtagatttgaatgtgtgttgctttgagcaccaatc---tctccagacaaatcttggt 550  Q
    |||| | ||||||||||||| || ||| |||||||||| || || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||   ||| ||||  |||||||||    
T  36375087 aaatctcttgtagctgttataatcgttttaaagctgaaaaagggaagatttggatgtgtgttgctttgagcaccattctcttcttcagaggaatcttggt 36374988  T
Q  551 ttgattgatgcagcattttatctgaagttacaaaaggaatgaggtaggatttcaatcaatttacacattttga 623  Q
    |  ||||  ||| ||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||||||| || || |||||||    
T  36374987 taaattgccgcatcattttatctgaagttacaaatggcacgaggtaagatttcaatcaacttgcaaattttga 36374915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 60 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 36406521 - 36406048
Alignment:
Q  60 gaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaagtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaaacaacaaccaagcaacctcactagatttctg 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36406521 gaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactaacatcctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacctcactagatttctg 36406422  T
Q  160 tgttgaagtttgactaaaagtttaacttcatttttaaactcttcttttccttgacctgaatctctggacaacaatcttttcactgcaatctcttttccac 259  Q
    ||||| ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||   |||||||||| ||||||||||||| ||||     
T  36406421 tgttggagtttaactaaaagtgtaatttcatttttaaactctactttgccttgaccagaatctctgg---acaatcttttaactgcaatctcttgtccat 36406325  T
Q  260 taaccaagcaaccctgaaatttttatctcttca-----atatcactatttttgcagccattaat--ataatgtaattgaaatgaatataaagaggtgaag 352  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |     || ||| |||||||||| |||||  |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||      
T  36406324 taaccaagcaaccctgaaatatttatctcttaaatcatatttcattatttttgca-ccattttttaataatgtgattgaaatgaatataaagaggtgact 36406226  T
Q  353 gatgttttcacttcttgaatcagtagctcaatgtagagttgcacttaattaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgact 452  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      
T  36406225 gatgttgtcacttcttgcatcagtagcttaatgtagagtttcac----tcaccttgtagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattcttatgatc 36406130  T
Q  453 aaaatttgttgtagctgttattattgttctaaagctgaagaatggtagatttgaatgtgtgttgctttgagcaccaatctct 534  Q
    | ||||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||| || |||||||||| |||| ||||| || |||||||| |||||    
T  36406129 acaattttttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgtctgttgtttggagcaccattctct 36406048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 16 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 36418650 - 36418041
Alignment:
Q  16 attcaggctagagatacaatgactgagctagaaagatgcttactgaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaagtattcataaactagcatccttt 115  Q
    ||||||| |||||| ||||||| |||   ||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||    
T  36418650 attcaggttagagagacaatgattgattcagagagaggcataccgaatataaagaagtctaggcttttgtttgataggtattcgtaaactagcatccttt 36418551  T
Q  116 cttctttttcaaaacaacaaccaagcaacctcactagatttctgtgttgaagtttgactaaaagtttaacttcatttttaaactcttcttttccttgacc 215  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  36418550 cttctttttcaaagcaacaaccgagcaacctcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactcttctttgccttgacc 36418451  T
Q  216 tgaatctctggacaacaatcttttcactgcaatctcttttccactaaccaagcaaccctgaaatttttatctctt-----caatatcactatttttgcag 310  Q
     ||||||||||   |||||||||||||||| ||||||| |||| |  ||||  | ||||||||| ||| ||||||     | || ||| ||||||||||     
T  36418450 agaatctctgg---acaatcttttcactgctatctcttgtccattttccaaaaagccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgca- 36418355  T
Q  311 ccattaat--ataatgtaattgaaatgaatataaagaggtgaaggatgttttcacttcttgaatcagtagctcaatgtagagttgcacttaattacctta 408  Q
    | |||  |  |||||| || |||||||||||||||||||  |||||| || |||||| ||| || |||| |||||||||||||| |||    ||||||||    
T  36418354 ctattttttaataatgcaagtgaaatgaatataaagaggctaaggatattgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcac----ttacctta 36418259  T
Q  409 tagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgactaaaatttgttgtagctgttattattgttctaaagctgaagaatggtagatttgaat 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||| || |||||||||| ||    
T  36418258 tagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcaagatcacaatttcttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggat 36418159  T
Q  509 gtgtgttgctttgagcaccaatctct---ccagacaaatcttggtttgattgatgcagcattttatctgaagttacaaaaggaatgaggtaggatttcaa 605  Q
    | ||||||||||| | | || |||||   |||||  |||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||| |  || ||||| ||||||||    
T  36418158 gcgtgttgctttgggtatcattctcttccccagaggaatcttggtttggttgcggcatcattttatctgaagttacaaatgacataaggtaagatttcaa 36418059  T
Q  606 tcaatttacacattttga 623  Q
    |||| ||| |||||||||    
T  36418058 tcaacttaaacattttga 36418041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 16 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 36398792 - 36398523
Alignment:
Q  16 attcaggctagagatacaatgactgagctagaaagatgcttactgaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaagtattcataaactagcatccttt 115  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||||  ||| |||  | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  36398792 attcaagctagagagacaatgagtgagtcagagaga--cataccgaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcattcttt 36398695  T
Q  116 cttctttttcaaaacaacaaccaagcaacctcactagatttctgtgttgaagtttgactaaaagtttaacttcatttttaaactcttcttttccttgacc 215  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  36398694 cttctttttcgaagcaacaaccaagcaaccttactagatttctgtgctggagcttaactaaaagtgtaatttcatttttaaactctactttgccttgacc 36398595  T
Q  216 tgaatctctggacaacaatcttttcactgcaatctcttttccactaaccaagcaaccctgaaatttttatctctt 290  Q
    ||| ||| |||   |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36398594 tgattctttgg---acaatcttttcactgctatctcttgtccattaaccaagcaaccctgcaatttttatctctt 36398523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 60 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 36435084 - 36434860
Alignment:
Q  60 gaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaagtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaaacaacaaccaagcaacctcactagatttctg 159  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36435084 gaatataaagaagtccaggcttttgtttggtaggtattcataaactaacatcctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacctcactagatttctg 36434985  T
Q  160 tgttgaagtttgactaaaagtttaacttcatttttaaactcttcttttccttgacctgaatctctggacaacaatcttttcactgcaatctcttttccac 259  Q
    ||||| ||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||   |||||||||||||||| ||||||| ||||     
T  36434984 tgttggagtttaactaaaagcgtaacttcagttttaaactcttcttttccttgacctgaatttttgg---acaatcttttcactgctatctcttgtccat 36434888  T
Q  260 taaccaagcaaccctgaaatttttatct 287  Q
    || ||||||||||||| ||||| |||||    
T  36434887 tagccaagcaaccctgcaatttctatct 36434860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 353 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 36434819 - 36434499
Alignment:
Q  353 gatgttttcacttcttgaatcagtagctcaatgtagagttgcacttaattaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgact 452  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||    || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  36434819 gatgttttcacttcttgcaatagtagctcaatgtagggt----ctcacttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgacc 36434724  T
Q  453 aaaatttgttgtagctgttattattgttctaaagctgaagaatggtagatttgaatgtgtgttgctttgagcaccaatc---tctccagacaaatcttgg 549  Q
    | ||||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||   |||||| |  ||||||||    
T  36434723 acaatttcttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgtgtgttgctttgaacaccgttcttttctccaaaggaatcttgg 36434624  T
Q  550 tttgattgatgcagcattttatctgaagttacaaaaggaatgaggtaggatttcaatcaatttacacattttgaaggttaaatttccatttagctctcaa 649  Q
    ||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| |  |||||  ||| ||||||||    
T  36434623 tttaattgccgcaccattttatctgaagttacaaatggcatgaggtaagatttcaatcaacttaaacattttgaagggtgtatttctttttggctctcaa 36434524  T
Q  650 aa--aatcttcgattataaattttg 672  Q
    ||  |||||| ||||||| ||||||    
T  36434523 aaagaatcttagattatacattttg 36434499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 374 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 36398470 - 36398314
Alignment:
Q  374 agtagctcaatgtagagttgcacttaattaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgactaaaatttgttgtagctgttat 473  Q
    ||||||||||||||||| |    ||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||  ||| | |||||||||  ||    
T  36398470 agtagctcaatgtagaggt----ttacttaccttataaacagagccaaatccacctttcccaagcttattctgatgactgcaatatcttgtagctgacat 36398375  T
Q  474 tattgttctaaagctgaagaatggtagatttgaatgtgtgttgctttgagcaccaatctct 534  Q
    ||| ||| ||| |||||| || |||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||    
T  36398374 tatcgttttaaggctgaaaaagggtagatttggatgtgtggtgctttgagcatcattctct 36398314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 752 - 832
Target Start/End: Complemental strand, 36398061 - 36397981
Alignment:
Q  752 atcacataccctttcttttttcctcccacatgcaatacatacatgaaaggaggaggacaattgcaactatagaaactacca 832  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| || ||| || ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  36398061 atcacataccctttctttttttcttccacatgtaattcacacaagagaggagaatgacgattgcaactattgaaactacca 36397981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 752 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 36417649 - 36417571
Alignment:
Q  752 atcacataccctttcttttttcctcccacatgcaatacatacatgaaaggaggaggacaattgcaactatagaaactac 830  Q
    |||||||||||||||| |||| || ||||||| ||| || |||  | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  36417649 atcacataccctttctctttttcttccacatgtaattcacacagaagaggaggatgacaattgcaactatagaagctac 36417571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 755 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 36426474 - 36426399
Alignment:
Q  755 acataccctttcttttttcctcccacatgcaatacatacatgaaaggaggaggacaattgcaactatagaaactac 830  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||||| ||| || |||  | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  36426474 acataccctttctctttttcttccacatgtaattcacacagaagaggaggatgacaattgcaactatagaagctac 36426399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 752 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 36388282 - 36388204
Alignment:
Q  752 atcacataccctttcttttttcctcccacatgcaatacatacatgaaaggaggaggacaattgcaactatagaaactac 830  Q
    ||||||||||||  ||||||| || ||||||| | | || ||| || ||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  36388282 atcacataccctccctttttttcttccacatgtagttcacacaggagaggaggaggacaattgcaattatagaagctac 36388204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 756 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 36404992 - 36404915
Alignment:
Q  756 cataccctttcttttttcctcccacatgcaatacatacatgaaaggaggaggacaattgcaactatagaaactaccag 833  Q
    |||||||||| |||||| || ||||||| |||  | ||| || ||||||| |||||||||||| |||||| |||||||    
T  36404992 cataccctttgtttttttcttccacatgtaatttacacaggagaggaggatgacaattgcaacaatagaagctaccag 36404915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 145 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 47584021 - 47583965
Alignment:
Q  145 ctcactagatttctgtgttgaagtttgactaaaagtttaacttcatttttaaactct 201  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||| || || ||| |||||||||||||||    
T  47584021 ctcactagatttctgtgttgaagcttggctataacttgaacctcatttttaaactct 47583965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University