View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11375_low_11 (Length: 523)

Name: NF11375_low_11
Description: NF11375
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11375_low_11
NF11375_low_11
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (1-503)||(38608972-38609474)
chr8 (1-503)||(38793755-38794257)
chr8 (74-503)||(38120719-38121151)
chr8 (119-229)||(34592844-34592957)
chr8 (1-51)||(34592970-34593020)
chr8 (85-133)||(38287450-38287498)
chr8 (14-50)||(38609502-38609538)
chr8 (14-50)||(38794285-38794321)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (74-493)||(28730296-28730715)
chr4 (1-187)||(33078483-33078648)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 403; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 38609474 - 38608972
Alignment:
Q  1 ccacaaactaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcactttagtatatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactacaaatttaat 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38609474 ccacaaactaaacaacaatgcgagttaactacaaattcagagtttcactttagtacatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactacaaatttcat 38609375  T
Q  101 agagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609374 agagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggc 38609275  T
Q  201 ttgacctgaggcatgggagacacacctgctgcagcagtgacatcagcagcacaatcaccacgtccatcaagagcagagcaggattcttccgtcgcctgac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38609274 ttgacctgaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgacaccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagcagagcaggtttcttccgtcgcctgac 38609175  T
Q  301 cagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacccgctccttccaatgctccttcacctcctaagatagtatcataagcagccgcaataggatt 400  Q
    | | ||||||| ||| ||| |  |||| |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38609174 ctggagaatctaataaagttgatgctccggctccaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatatagtatcataagcagccgcaataggatt 38609075  T
Q  401 gatatgcggaaaaggcaaatacacgttgtgcacaactatcttcacattgcgaatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctcattggcgct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38609074 gatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctcatcggcgct 38608975  T
Q  501 gat 503  Q
    |||    
T  38608974 gat 38608972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 38794257 - 38793755
Alignment:
Q  1 ccacaaactaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcactttagtatatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactacaaatttaat 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38794257 ccacaaactaaacaacaatgcgagttaactacaaattcagagtttcactttagtacatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactacaaatttcat 38794158  T
Q  101 agagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38794157 agagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggc 38794058  T
Q  201 ttgacctgaggcatgggagacacacctgctgcagcagtgacatcagcagcacaatcaccacgtccatcaagagcagagcaggattcttccgtcgcctgac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38794057 ttgacctgaggcatgggagacacacctgctgtagtagtgacaccagcagcacaaccaccacgtccatcaagagcagagcaggtttcttccgtcgcctgac 38793958  T
Q  301 cagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacccgctccttccaatgctccttcacctcctaagatagtatcataagcagccgcaataggatt 400  Q
    | | ||||||| ||| ||| |  |||| |||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38793957 ctggagaatctaataaagttgatgctccggctccaacacctgctccttccgacgctccttcacctcctaatatagtatcataagcagccgcaataggatt 38793858  T
Q  401 gatatgcggaaaaggcaaatacacgttgtgcacaactatcttcacattgcgaatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctcattggcgct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38793857 gatatgcggaaaaggcaaatacacactgtgcacaactatcttcacattgcggatgacgtcagcaaccttaactctcacatagttaatcctcatcggcgct 38793758  T
Q  501 gat 503  Q
    |||    
T  38793757 gat 38793755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 74 - 503
Target Start/End: Original strand, 38120719 - 38121151
Alignment:
Q  74 tgtaaacttattaactacaaatttaatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcat---catcatcgaagcatcgcactcacagg 170  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  38120719 tgtaaacttattaactacaaatttcatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcatcgaagcatcgcactcacagg 38120818  T
Q  171 ccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctgaggcatgggagacacacctgctgcagcagtgacatcagcagcacaatcaccacgtccatcaa 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  38120819 ccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctgaggcatgggagacacacctgctgcagtagtgacatcagcagcacaaccaccacgtccatcag 38120918  T
Q  271 gagcagagcaggattcttccgtcgcctgaccagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacccgctccttccaatgctccttcacctcctaa 370  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38120919 gagcagagcaggtttcttccgtggcctgaccagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacccgctccttccgatgctccttcacctcctaa 38121018  T
Q  371 gatagtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacgttgtgcacaactatcttcacattgcgaatgacgtcagcaacctta 470  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38121019 gatagtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacgctgtgcacaacaatcttcacattgcggatgacgtcagcaacctta 38121118  T
Q  471 actctcacatagttaatcctcattggcgctgat 503  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38121119 actctcacatagttaatcctcatcggcgctgat 38121151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 119 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 34592957 - 34592844
Alignment:
Q  119 agaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatc---gaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctgaggcatg 215  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |    
T  34592957 agaaagaagtaaaccgcaatcttcatcatcatcattgaagcatcacactcacaggccatggtgatcttcaatctcaaccattggcctgacccgaggcacg 34592858  T
Q  216 ggagacacacctgc 229  Q
    ||||||||||||||    
T  34592857 ggagacacacctgc 34592844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 34593020 - 34592970
Alignment:
Q  1 ccacaaactaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcacttt 51  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34593020 ccacaaactaaacaacaatgcaagttaactacaaattcagagtttcacttt 34592970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 85 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 38287498 - 38287450
Alignment:
Q  85 taactacaaatttaatagagattcacttcagcagagaaagaactaaacc 133  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||    
T  38287498 taactacaagtttcatagagtttcacttcagcagaaaaagaagtaaacc 38287450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 14 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 38609538 - 38609502
Alignment:
Q  14 aacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcactt 50  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  38609538 aacaatgtgaattaactacaaattcaaagtttcactt 38609502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 14 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 38794321 - 38794285
Alignment:
Q  14 aacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcactt 50  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  38794321 aacaatgtgaattaactacaaattcaaagtttcactt 38794285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 74 - 493
Target Start/End: Original strand, 28730296 - 28730715
Alignment:
Q  74 tgtaaacttattaactacaaatttaatagagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatcgaagcatcgcactcacaggcca 173  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| || || |||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||| ||| || |||| |||||||||||||    
T  28730296 tgtaaacttattaactacaaatttcatatagttttacttcagcagagaaagaagtaaatcgcaatcttcgtcatgatcaaaccatcacactcacaggcca 28730395  T
Q  174 tggtgatcttcaatctcaaccattggcttgacctgaggcatgggagacacacctgctgcagcagtgacatcagcagcacaatcaccacgtccatcaagag 273  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||    
T  28730396 tggtgatcttcaatctcaaacattggcctgacctgaggcatgggagacacacctgttgcagcagtgacatcagcagcacagccaccacgcccatcaagag 28730495  T
Q  274 cagagcaggattcttccgtcgcctgaccagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacccgctccttccaatgctccttcacctcctaagat 373  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28730496 cagagcaggtttcttcagtcgcctgaccagcagaatctgatacagtagcagctctggctccgacacctgctccttccgatgctccttcacctcctaagat 28730595  T
Q  374 agtatcataagcagccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacgttgtgcacaactatcttcacattgcgaatgacgtcagcaaccttaact 473  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||     
T  28730596 agtatcataagcatccgcaataggattgatatgcggaaaaggcaaatacacactatgcacaactatcttcacattacggatgacgtcagcaaccttcacc 28730695  T
Q  474 ctcacatagttaatcctcat 493  Q
    || |||||||||||||||||    
T  28730696 ctaacatagttaatcctcat 28730715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 33078648 - 33078483
Alignment:
Q  1 ccacaaactaaacaacaatgtgagttaactacaaattcagagtttcactttagtatatgaacaacagtgtaactgtaaacttattaactacaaatttaat 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||      |||||||||||||||||||||||       
T  33078648 ccacaaactaaacaacaatgcgagttaactacaaattcagagtttcacttttgtacatgaacaacagt------gtaaacttattaactacaaattt--- 33078558  T
Q  101 agagattcacttcagcagagaaagaactaaaccgcaatcttcatcatcatc---gaagcatcgcactcacaggccatggtgatcttcaat 187  Q
                   ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||   ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  33078557 ---------------cagagaaagaagtaaaccgcgatcttcatcatcatcattgaagcatcgcagtcacagcccatggtgatcttcaat 33078483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University