View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11379_low_2 (Length: 819)

Name: NF11379_low_2
Description: NF11379
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11379_low_2
NF11379_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-804)||(47256371-47257155)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 729; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 729; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 47257155 - 47256371
Alignment:
Q  16 aaaactgtgtttttgtcacttatgttgatgtttgaaagaaactcaaactgatctgtgttctttgttttttcatgttgttccttctcttgatctctttctg 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47257155 aaaactgtgtttttgtcacttatgttgatgtttgaaagaaactcaaactgatctgtgttctttgttttttcatgttgttccttctcttgatctctttctg 47257056  T
Q  116 ttctgtaaagagggtttggactaatagagatgaagttgttttcatctagaaactctgctgagaaagatattctagggctagtaggtgcatcactagatct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47257055 ttctgtaaagagggtttggactaatagagatgaagttgttttcatctagaaactctgctgagaaagatattctagggctagtaggtgcatcactagatct 47256956  T
Q  216 aaggttattaccttgaacaggttcaggttcaggttcaagagagaccatgttaaatttttgatgttttgtgagtactgagagatgagaggacattgagaga 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47256955 aaggttattaccttgaacaggttcaggttca------agagagaccatgttaaatttttgatgttttgtgagtactgagagatgagaggacattgagaga 47256862  T
Q  316 ttctatcatatgcatgagacttgtgatggtttataaaaggagaagaaagtggtttaatgttatgttacattcaattttttattactccctcctttttaac 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47256861 ttctatcatatgcatgagacttgtgatggtttataaaaggagaagaaagtggtttaatgttatgttacattcaattttttattactccctcctttttaac 47256762  T
Q  416 agtcagaaatgtgagattataaaaatgaaatggtctggttaactagaaacaagtgacttatggttctgtttagaatatagggacagcacatgtatgcctt 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47256761 agtcagaaatgtgagattataaaaatgaaatggtctggttaactagaaacaagtgacttatggttctgtttagaatatagggacagcacatgtatgcctt 47256662  T
Q  516 gggaagtaaaagacaaaagcttttcattagctattttcttttcaagcaaacctaaactctaaaatacatgtgtatgcatcttatattatgcactcacaca 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47256661 gggaagtaaaagacaaaagcttttcattagctattttcttttcaagcaagcctaaactctaaaatacatgtgtatgcatcttatattatgcactcacaca 47256562  T
Q  616 ca--agagtgagatggctttcttaatgtgagagagaaataaatcacaaccatcagattaaatcatactccataatcaagatataagcaataaatggtcaa 713  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47256561 caagagagtgagatggctttcttaatgtgagagagaaataaatcacaaccatcagattaaatcatattccataatcaagatataagcaataaatggtcaa 47256462  T
Q  714 gattaaaaaggaagatgtataattttttgggttttcctaatacatcccttgcattcaaccctattgaatttggcacgtggataatttgatg 804  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47256461 gattaaaatggcagatgaataattttttgggttttcctaatacacccctcgcattcaaccctattgaatttggcacgtggataatttgatg 47256371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University