View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11379_low_4 (Length: 676)

Name: NF11379_low_4
Description: NF11379
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11379_low_4
NF11379_low_4
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-659)||(13118761-13119422)
chr8 (1-659)||(13008027-13008685)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 592; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 592; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 13119422 - 13118761
Alignment:
Q  1 tgtataatggttactgtcaatcat---gtgacagttaatggatatgtgaagttatggacacaaattatatctttgatgcacatttacatattaatgtata 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13119422 tgtataatggttactgtcaatcatcatgtgacagttaatggatatgtgaagttatggacacaaattatatctttgatgcacatttacatattaatgtata 13119323  T
Q  98 tatcttgccagagtaagtaatcaataaatatttgtatactacaagaatgagctaggagttcttcattccaagattcctagcaagttgcttgttgcataag 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13119322 tatcttgccagagtaagtaatcaataaatatttgtatactacaagaatgaggtaggagttcttcattccaagattcctagcaagttgcttgttgcataag 13119223  T
Q  198 taacctttttcagaaaagtattctcttgtgtttctctagtaactttctatgaagcactgtcacagacacgtaatcagaaatgccggtgctacattggtta 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13119222 taacctttttcagaaaagtattctcttgtgtttctctagtaactttctatgaagcactgtcacagacacgtaatcagacatgccggtgctacattggtta 13119123  T
Q  298 ctttcatatgcatattttaatcatacgttgatttttacatgcaggtggttcctggatgtgacatggctggtgtggtgataggaaaaggaatgaatgtcaa 397  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||    
T  13119122 ctttcatatgcatgttttaatcatacattgatttttatatgcaggcggttcctggatgcgatatggctggtgtggttatcggaaaaggagttaatgtcaa 13119023  T
Q  398 aaaatttgacataggtgatgaagtgtatggaaacatacaagatttcaacagtatggaaaaaccaaagcagcttggaacattggcacaattcattgttgtg 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13119022 aaaatttgacataggtgatgaagtgtatggaaacatacaagatttcaacagtatggaaaaaccaaagcagcttggaacattggcacaattcattgttgtg 13118923  T
Q  498 gaagagaacttagttgcaagaaaaccaaaatgtctttcatttgaggaagctgcaagtttgcctttggcagtacagacagcaatagaaggattcaaaacag 597  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13118922 gaagagaagttagttgcaagaaaaccaaaatgtctttcatttgaggaagctgcaagtttgcctttggcagtacagacagcaatagaaggattcaaaacag 13118823  T
Q  598 gagattttaagaagggtgagacaatgtttgtggttggtggggcaggtggtgttggcactttg 659  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13118822 gagattttaagaagggtgagacaatgtttgtggttggtggagcaggtggtgttggcactttg 13118761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 555; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 659
Target Start/End: Original strand, 13008027 - 13008685
Alignment:
Q  1 tgtataatggttactgtcaatcatgtgacagttaatggatatgtgaagttatggacacaaattatatctttgatgcacatttacatattaatgtatatat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13008027 tgtataatggttactgtcaatcatgtgacagttaatggacatgtgaagttatggacacaaattatatctttgatgcacatttacatattaatgtatatat 13008126  T
Q  101 cttgccagagtaagtaatcaataaatatttgtatactacaagaatgagctaggagttcttcattccaagattcctagcaagttgcttgttgcataagtaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13008127 cttgccagagtaagtaatcaataaatatttgtatactacaagaatgagctaggagttcttcattccaagattcctagcaagttgcttgttgcataagtaa 13008226  T
Q  201 cctttttcagaaaagtattctcttgtgtttctctagtaactttctatgaagcactgtcacagacacgtaatcagaaatgccggtgctacattggttactt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| || |||||| ||| |||| ||||    
T  13008227 cctttttcagaaaagtattctcttgtgtttctctaataaatttctatgcagcactgtcacaggcacgcaatcagaagtgtcggtgccacaatggtaactt 13008326  T
Q  301 tcatatgcatattttaatcatacgttgatttttacatgcaggtggttcctggatgtgacatggctggtgtggtgataggaaaaggaatgaatgtcaaaaa 400  Q
    || ||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||    
T  13008327 tcgtatgcatgttttaatcatactttgatttttatatgcaggcggttcctggatgcgatatggctggtgtggttatcggaaaaggagttaatgtcaaaaa 13008426  T
Q  401 atttgacataggtgatgaagtgtatggaaacatacaagatttcaacagtatggaaaaaccaaagcagcttggaacattggcacaattcattgttgtggaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13008427 atttgacataggtgatgaagtctatggaaacatacaagatttcaacagtatggaaaaaccaaagcagcttggaacattggcacaattcattgttgtggaa 13008526  T
Q  501 gagaacttagttgcaagaaaaccaaaatgtctttcatttgaggaagctgcaagtttgcctttggcagtacagacagcaatagaaggattcaaaacaggag 600  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13008527 gagaacttagttgcaagaaaacctaaacgtctttcatttgaggaagctgcaagtttgcctttggcagtacagacagcaatagaaggattcaaaacaggag 13008626  T
Q  601 attttaagaagggtgagacaatgtttgtggttggtggggcaggtggtgttggcactttg 659  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13008627 attttaagaagggtgagacaatgtttgtggttggtggagcaggtggtgttggcactttg 13008685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University