View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1137_high_19 (Length: 624)

Name: NF1137_high_19
Description: NF1137
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1137_high_19
NF1137_high_19
[»] chr2 (34 HSPs)
chr2 (203-524)||(9026675-9026997)
chr2 (203-516)||(9020744-9021058)
chr2 (203-530)||(8973195-8973523)
chr2 (203-550)||(9016358-9016704)
chr2 (203-417)||(9008018-9008232)
chr2 (250-539)||(9030274-9030557)
chr2 (203-518)||(8984588-8984900)
chr2 (295-547)||(8988319-8988574)
chr2 (300-543)||(8992018-8992262)
chr2 (262-543)||(9023319-9023585)
chr2 (347-524)||(9031942-9032120)
chr2 (341-498)||(8979237-8979395)
chr2 (234-421)||(43850042-43850228)
chr2 (275-420)||(32918074-32918218)
chr2 (203-417)||(30733985-30734199)
chr2 (234-412)||(19232328-19232504)
chr2 (206-425)||(30731997-30732216)
chr2 (297-489)||(2841008-2841201)
chr2 (385-524)||(8975584-8975724)
chr2 (434-547)||(8996223-8996339)
chr2 (231-322)||(8913027-8913118)
chr2 (469-525)||(9007956-9008012)
chr2 (306-407)||(10763878-10763978)
chr2 (347-412)||(6471749-6471813)
chr2 (347-410)||(35701893-35701956)
chr2 (88-146)||(8993147-8993205)
chr2 (83-144)||(9018418-9018479)
chr2 (203-247)||(8992299-8992343)
chr2 (106-146)||(9027821-9027861)
chr2 (278-361)||(8996343-8996426)
chr2 (376-411)||(39814115-39814150)
chr2 (104-146)||(8987384-8987426)
chr2 (85-146)||(9018524-9018586)
chr2 (270-383)||(17275862-17275974)
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (203-547)||(33987935-33988280)
chr1 (203-421)||(38175426-38175644)
chr1 (275-425)||(14654309-14654458)
chr1 (275-425)||(14664100-14664249)
chr1 (203-414)||(14652525-14652736)
chr1 (203-414)||(14662316-14662527)
chr1 (206-425)||(14708567-14708786)
chr1 (206-423)||(28366098-28366315)
chr1 (295-425)||(14669698-14669827)
chr1 (295-425)||(14706077-14706206)
chr1 (275-424)||(14674471-14674619)
chr1 (206-425)||(14716280-14716499)
chr1 (275-421)||(14681592-14681737)
chr1 (295-421)||(14683743-14683868)
chr1 (275-424)||(14679849-14679997)
chr1 (234-411)||(11872408-11872585)
chr1 (333-421)||(14676625-14676713)
chr1 (296-417)||(14667101-14667221)
chr1 (347-408)||(37422175-37422236)
chr1 (347-418)||(28698549-28698620)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (206-489)||(3461042-3461325)
chr4 (212-489)||(11652298-11652575)
chr4 (263-423)||(50077156-50077315)
chr4 (203-422)||(49106425-49106644)
chr4 (213-421)||(49108539-49108747)
chr4 (210-413)||(26984572-26984773)
chr4 (295-413)||(26998729-26998846)
chr4 (214-386)||(21503706-21503877)
chr4 (352-413)||(48205832-48205893)
chr4 (354-407)||(6431957-6432010)
chr4 (347-412)||(41013586-41013651)
chr4 (368-407)||(26982549-26982588)
chr4 (373-409)||(34481155-34481191)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (212-489)||(41841058-41841335)
chr8 (234-414)||(40054312-40054491)
chr8 (213-420)||(44878977-44879183)
chr8 (213-420)||(44880738-44880944)
chr8 (275-417)||(10944368-10944509)
chr8 (347-489)||(42555123-42555266)
chr8 (270-412)||(37679757-37679898)
chr8 (261-414)||(37682057-37682209)
chr8 (347-489)||(42220886-42221027)
chr8 (347-490)||(42091944-42092087)
chr8 (213-397)||(44582870-44583053)
chr8 (371-421)||(42872514-42872564)
chr8 (232-322)||(42554588-42554678)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (210-455)||(3643599-3643843)
chr5 (296-489)||(1716441-1716634)
chr5 (212-421)||(7524961-7525170)
chr5 (295-410)||(4103249-4103363)
chr5 (217-412)||(16037861-16038053)
chr5 (347-407)||(19261156-19261216)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (212-423)||(10795795-10796006)
chr6 (206-423)||(10791551-10791768)
chr6 (234-414)||(30521242-30521421)
chr6 (347-412)||(8875691-8875756)
chr6 (307-407)||(21216032-21216131)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (233-414)||(27134511-27134691)
chr7 (295-408)||(8128149-8128260)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (366-412)||(15758562-15758608)
[»] scaffold0549 (1 HSPs)
scaffold0549 (253-322)||(5487-5556)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 235; Significance: 1e-129; HSPs: 34)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 203 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 9026997 - 9026675
Alignment:
Q  203 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 302  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9026997 ttgaacttgaattggaggggtgtgccagccaatgcaatagtgcaaagcataggcgacacttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccca 9026898  T
Q  303 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9026897 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 9026798  T
Q  403 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatag 501  Q
    |||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  9026797 agaaaggtatgagttgaaagatgaattcgcttatgcttttatataccacatcccttcacttgctttcttgaacaaccgatatgggacttttttgaaacag 9026698  T
Q  502 cttgcttggtaaactctcttcct 524  Q
    ||||||||||| ||| |||||||    
T  9026697 cttgcttggtagactttcttcct 9026675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 203 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 9021058 - 9020744
Alignment:
Q  203 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  9021058 ttgaacttgaattggtggggtgcaccaacctatgcaatagtgcaacacataggtgacacttgagaagcccaatagcaagttattgaaatggcctctcacc 9020959  T
Q  303 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 402  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||   ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9020958 ctcaaaaaagtaatttaatactgtagtgacccattgggccacatctcagatattaaattgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 9020859  T
Q  403 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatag 501  Q
    ||||| |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9020858 agaaatgtatgaattgaaagatgaactcgcttatggttttatatatcacatccattcacttgctttcatgaacaaccgatgtaggacttttttgaaatag 9020759  T
Q  502 cttgcttggtaaact 516  Q
    |||||||||||||||    
T  9020758 cttgcttggtaaact 9020744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 203 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 8973523 - 8973195
Alignment:
Q  203 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 302  Q
    |||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||||  |||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8973523 ttgaacttgaattggtggggcgcgccagctcatgcaatagtgcaacgcatatgcaacacttgagaaacccaacagcaagctattgaaatggtctctcccc 8973424  T
Q  303 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 402  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8973423 cttaaaaaagtaatttaatattgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactaataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 8973324  T
Q  403 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatag 501  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||  ||| || |||||||| |||||||||||| ||    
T  8973323 agaaaggtatgagttgaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttactttctggaataatcgatgtggaacttttttgaaacag 8973224  T
Q  502 cttgcttggtaaactctcttcctaacact 530  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||    
T  8973223 tttgcttggtagactctcttcctaacact 8973195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 203 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 9016704 - 9016358
Alignment:
Q  203 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 302  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||| ||  |||| || || |   ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9016704 ttgaacttgaattggtggggttcaccaaccaatgtaatagtgtaacacataagcaacac---agaaatccaatagcaagctattgaaattgtctctcccc 9016608  T
Q  303 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaa---actgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9016607 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtgacccattgggccactaatcagatattaaactactgataagaacagatactacatttgatcttagccaaaagg 9016508  T
Q  400 ccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaa 498  Q
     |||  |||||||||||| |||||||  |||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||||| | |||||||    
T  9016507 tcgaataaggtatgagttaaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcctttcacttgctttcttgaacaactgatgtgggacatctttgaaa 9016408  T
Q  499 tagcttgcttggtaaactctcttcctaacactttcttcctcctttgtttctt 550  Q
     ||| ||||||||  | |||||||||||||||||| | || |||||||||||    
T  9016407 cagcatgcttggt--agtctcttcctaacactttcgttctactttgtttctt 9016358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 203 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 9008232 - 9008018
Alignment:
Q  203 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 302  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||| |  ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  9008232 ttgaactagaattggtggggtgtgccagcgaatgcaatagtgcaaagcataggcgacacttgagaaacccaataacaagttattgaaatggcctctcccc 9008133  T
Q  303 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9008132 ctcaaaaaagtaatttaatactgttatgacccattgggccactaatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 9008033  T
Q  403 agaaaggtatgagtt 417  Q
    |||||||||||||||    
T  9008032 agaaaggtatgagtt 9008018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 250 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 9030557 - 9030274
Alignment:
Q  250 cataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatc 349  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||  ||    
T  9030557 cataggcgacacttgagaagcccaatagcaagctattgaac----ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgt-gtgacccattgagccacttctc 9030463  T
Q  350 aaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatc 449  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||  || ||||||| |||||||||||    
T  9030462 aaatattaaattgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccaagaaaaatatgagttgaaagatgaacttgcttatgcttttatatatc 9030363  T
Q  450 acatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcctaacactttcttcctc 539  Q
    ||||||| |||||||| ||| ||||||  |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  9030362 acatcccttcacttgcattcttgaacagtcgatgtgggactttcttgaaacagcttgcttggtaga--ctcttcctaacactttcttcctc 9030274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 203 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 8984900 - 8984588
Alignment:
Q  203 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 302  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||||| ||  || |||| ||     | || || ||| |||||||||||||||||  ||| ||     
T  8984900 ttgaacttgaattggtggggtgtgccacccaatgcaatagtgtaacacagaggcaaca----aaaagccaaatcgcaagctattgaaatggcatctacct 8984805  T
Q  303 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 402  Q
    |||||||||| ||||||| ||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8984804 ctcaaaaaagcaatttaaaaccattgtgacccattaggccactaatcaaatattaaactaataagaacaaatactacacttgatcttagccaaaaggccg 8984705  T
Q  403 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatag 501  Q
    ||||||||||||||||||| |||  || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8984704 agaaaggtatgagttgaaatatgaacttgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgttttcttgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatag 8984605  T
Q  502 cttgcttggtaaactct 518  Q
    |||| |||||| |||||    
T  8984604 cttgtttggtagactct 8984588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 295 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 8988574 - 8988319
Alignment:
Q  295 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 394  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |  |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  8988574 ctctcaccctcaaaaaagtaatttaatattgttgagaaccattgagtcactgatcaaatattaaactgataagaacaaatactacacttgatcttcgcca 8988475  T
Q  395 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttt 493  Q
    ||||||| |||| ||||| ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||    
T  8988474 aaaggccaagaatggtataagttgaaagatgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgctttcttgaacagtcgatgtgggactattt 8988375  T
Q  494 tgaaatagcttgcttggtaaactctcttcct--aacactttcttcctcctttgttt 547  Q
    ||||| | ||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  8988374 tgaaacaacttgcttggtagactcacttcctaaaacactttcttcctcctttgttt 8988319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 300 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 8992262 - 8992018
Alignment:
Q  300 cccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaagg 399  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  8992262 cccctcaaaaaagtaatttaatattattgtgacccattgggccactaatcagatattgaactcataagaacatatactacacttgatcttagccaaaaga 8992163  T
Q  400 ccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaa 498  Q
    | |||||||| ||||||| ||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  8992162 ctgagaaaggcatgagttaaaagacgaactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttactttcttgaataaccaatgtgggacttttttgaaa 8992063  T
Q  499 tagcttgcttggtaaactctcttcctaacactttcttcctccttt 543  Q
     || |||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  8992062 cagtttgcttggtagactctcttcctaacactctctttctccttt 8992018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 262 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 9023585 - 9023319
Alignment:
Q  262 ttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaact 361  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||     ||||||||         |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9023585 ttgagaagcccaatagcaagctattgaaaaagcctctccccctcaaaaa-----tttaatac---------ccattgggccactaatcagatattaaact 9023500  T
Q  362 gataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatc-cctcac 460  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||| | ||||    
T  9023499 aataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagttggactcgcttatgcttttatatatcacatctcttcac 9023400  T
Q  461 ttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcct--aacactttcttcctccttt 543  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||    |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  9023399 ttgatttcttgaacaaccgatgtgggactttttttgaa----ttgcttggtagactctcttcctaaaacactttcttcctccttt 9023319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 347 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 9032120 - 9031942
Alignment:
Q  347 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 446  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  9032120 atcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttaaccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaattcgcttatgcttttatat 9032021  T
Q  447 atcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcct 524  Q
    | |||||||| |||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||    
T  9032020 accacatcccttcacttgctttcttgaacaatcgatatgagacttttttgaaacagcttgcttggtagactttcttcct 9031942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 341 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 8979395 - 8979237
Alignment:
Q  341 ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggtt 440  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||    
T  8979395 ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgaacttgcttatgctt 8979296  T
Q  441 ttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaa 498  Q
    ||||||||||  |||| ||||||| || | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8979295 ttatatatcaagtcccttcacttgattccttgaacaaccaatgtgggacttttttgaaa 8979237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 234 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 43850228 - 43850042
Alignment:
Q  234 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 333  Q
    ||||||||||||||  |||||||||| | | ||||  ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||| |  |||| |     
T  43850228 atgcaatagtgcaacgcataggcgacacattagaagtccaatagcaagctattgaagtgacctctccccctcaaaaaagtgatttaata-tcatgtgact 43850130  T
Q  334 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 421  Q
    |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43850129 cattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 43850042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 275 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 32918218 - 32918074
Alignment:
Q  275 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 374  Q
    |||||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  32918218 tagcaagctactgcaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 32918120  T
Q  375 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaa 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32918119 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaa 32918074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 203 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 30734199 - 30733985
Alignment:
Q  203 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 301  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||  ||  |||||| || ||||| || | |||||||||| | ||||||  ||||||    
T  30734199 ttgaacttggattggtggggtgcgccaagccaatgcaatagtgcaacgcactggcgacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccc 30734100  T
Q  302 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 401  Q
    ||| ||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30734099 cctaaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 30734001  T
Q  402 gagaaaggtatgagtt 417  Q
    ||||||||||| ||||    
T  30734000 gagaaaggtataagtt 30733985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 234 - 412
Target Start/End: Original strand, 19232328 - 19232504
Alignment:
Q  234 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 333  Q
    ||||||||||||||  |||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||    
T  19232328 atgcaatagtgcaacgcataagtgacacttgagaagcccaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaggtaatttaatattgt-gtgacc 19232426  T
Q  334 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 412  Q
    || |||| |||  ||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19232427 caatgggtcacatatcag-tattaaactgataagaacagatattacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 19232504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 206 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 30732216 - 30731997
Alignment:
Q  206 aacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||||||  ||| | | || |  ||||| || | ||||||||||   || ||| ||| ||||||    
T  30732216 aacttgaattggtggggtgcaccagaccaatgctatagtgcaacacattgacaacacacgagaagcctagtagcaagctaccaaagtggcctccccccct 30732117  T
Q  305 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 404  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732116 caaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatattagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 30732018  T
Q  405 aaaggtatgagttgaaagatg 425  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  30732017 aaaggtatgagttgaaagatg 30731997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 297 - 489
Target Start/End: Original strand, 2841008 - 2841201
Alignment:
Q  297 ctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2841008 ctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgatccattgaaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaa 2841106  T
Q  397 aggccgagaaaggtatgag-ttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 489  Q
    |||||||||||||||||||  | ||| | |  ||||| | || |||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  2841107 aggccgagaaaggtatgagagttaaaaaggggctcgcgtctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttcaacaaccgatgtgggact 2841201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 385 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 8975724 - 8975584
Alignment:
Q  385 atcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgt 483  Q
    ||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||   ||||     
T  8975724 atcttagccaaaaggcttagaaaaatatgagttgaaagttggactcgcttatgcttttatatatcacatcccttcacttgatttcttaaacagttgatgg 8975625  T
Q  484 gggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcct 524  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  8975624 gggacttttttgaaacaacttgcttggtaaactctcttcct 8975584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 434 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 8996339 - 8996223
Alignment:
Q  434 tatggttttatatatcacatccct-cacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttcct--aacact 530  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||| | ||||||||||| |||||||||||  ||||||    
T  8996339 tatgcttttatatatcacatcccttcagttgctttcttgaacagtcgatgtgggactattttgaaacaacttgcttggtagactctcttcctaaaacact 8996240  T
Q  531 ttcttcctcctttgttt 547  Q
    |||||||||||||||||    
T  8996239 ttcttcctcctttgttt 8996223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 231 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 8913118 - 8913027
Alignment:
Q  231 cccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 322  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||   |||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8913118 cccatgcaatagtgcaatgcataggcgacaaatgaggaaaccaatagcaagctactgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 8913027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 469 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 9008012 - 9007956
Alignment:
Q  469 atgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttccta 525  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9008012 atgaacaaccgatgtgggacttttttgaaatagcttgcttggtaaactctcttccta 9007956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 306 - 407
Target Start/End: Original strand, 10763878 - 10763978
Alignment:
Q  306 aaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 405  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||| ||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  10763878 aaaaaagtaatttaatattgta-tggaccattgatccacatatcagatattaaactgataagaacatatactacacttgatcttagtcaaaagaccgaga 10763976  T
Q  406 aa 407  Q
    ||    
T  10763977 aa 10763978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 347 - 412
Target Start/End: Original strand, 6471749 - 6471813
Alignment:
Q  347 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 412  Q
    |||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  6471749 atcagatattaaactaataagaacatatactacactt-atcttagccaaaaggtcgaaaaaggtat 6471813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 347 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 35701956 - 35701893
Alignment:
Q  347 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 410  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  35701956 atcaaatattaaactaataaaaacaaataccacacttgatcttagccaaaaagttgagaaaggt 35701893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 88 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 8993205 - 8993147
Alignment:
Q  88 gctccttagtgcacttgcaagttgtgagaaggctagacattttgaaattctttcaatgg 146  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  8993205 gctccttagtgcgcgcgcaagttgtgacaaggctagacattataaaattctttcaatgg 8993147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 83 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 9018479 - 9018418
Alignment:
Q  83 acgcagctccttagtgcacttgcaagttgtgagaaggctagacattttgaaattctttcaat 144  Q
    |||| ||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9018479 acgccgctccttagtgcgagcgcaagttgtgacaaggctagacattatgaaattctttcaat 9018418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 203 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 8992343 - 8992299
Alignment:
Q  203 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaa 247  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  8992343 ttgaacttgaattggaggggtgcgccagcccatgcaatagtgcaa 8992299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 106 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 9027861 - 9027821
Alignment:
Q  106 aagttgtgagaaggctagacattttgaaattctttcaatgg 146  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9027861 aagttgtgacaaggctagacattgtgaaattctttcaatgg 9027821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 278 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 8996426 - 8996343
Alignment:
Q  278 caagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaact 361  Q
    ||||||||||||||   ||||  | |||||||||||||||||||||  |||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  8996426 caagctattgaaataacctctgactctcaaaaaagtaatttaataccattgtgattcattgggccactaatcatatattgaact 8996343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 376 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 39814150 - 39814115
Alignment:
Q  376 ctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 411  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39814150 ctacacttgatcatagccaaaaggccgagaaaggta 39814115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #32
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 104 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 8987426 - 8987384
Alignment:
Q  104 gcaagttgtgagaaggctagacattttgaaattctttcaatgg 146  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  8987426 gcaagttgtgataaggctggacattatgaaattctttcaatgg 8987384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #33
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 85 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 9018586 - 9018524
Alignment:
Q  85 gcagctccttagtgcact-tgcaagttgtgagaaggctagacattttgaaattctttcaatgg 146  Q
    ||||||||||||||| |  ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  9018586 gcagctccttagtgcgcgatgcgagttgtgacaaggctagacattctgaaattccttcaatgg 9018524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #34
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 270 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 17275974 - 17275862
Alignment:
Q  270 cccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaa 369  Q
    ||||||| ||||||||  || || ||||||||||||||||| |||||| |||| |  ||||  ||||||| ||||  || ||| ||| ||||||||||||    
T  17275974 cccaataacaagctatcaaagtgatctctccccctcaaaaatgtaattcaata-tcgtgtgatccattggaccacatattaaagattgaactgataagaa 17275876  T
Q  370 cagatactacactt 383  Q
    |  |||||||||||    
T  17275875 cgtatactacactt 17275862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 203 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 33988280 - 33987935
Alignment:
Q  203 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctcccc 302  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||  ||  |||||||||||| | |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33988280 ttgaacttgaatcggtggggtgcgccggcctttgcaatagtgcagagcataagcgacacttgaaaaacccaatagcaagctattgaaatggcctctcccc 33988181  T
Q  303 ctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 402  Q
    || |||||||||||||||||  || ||| | ||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33988180 cttaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgactcattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccg 33988082  T
Q  403 agaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatccc-tcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggacttttttgaaata- 500  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  33988081 agaaaggtatgagttgaaagatggactcacttatgcttttatatatcacctcccttcacttgctttcttgaacaaccgatgtgggacttttttgaaacag 33987982  T
Q  501 gcttgcttggtaaactctcttcctaacactttcttcctcctttgttt 547  Q
    | |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33987981 ggttgcatgttaaactctcttcctaacactttcttcctcctttgttt 33987935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 203 - 421
Target Start/End: Original strand, 38175426 - 38175644
Alignment:
Q  203 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccc-atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 301  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||  |  ||| ||||||||||  |||| ||||| | ||| |||||||  ||||||||| |||  |||| ||||||    
T  38175426 ttgaactagaattggtggggtgcgccaggcttatgtaatagtgcaacacataagcgacacatgataaacccagcagcaagctactgaggtggtttctccc 38175525  T
Q  302 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 401  Q
    |||||||||||||||||||||  || ||| ||||||||  |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38175526 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattggaacacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 38175624  T
Q  402 gagaaaggtatgagttgaaa 421  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  38175625 gagaaaggtatgagttgaaa 38175644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 275 - 425
Target Start/End: Original strand, 14654309 - 14654458
Alignment:
Q  275 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 374  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14654309 tagcaagctactgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14654407  T
Q  375 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14654408 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14654458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 275 - 425
Target Start/End: Original strand, 14664100 - 14664249
Alignment:
Q  275 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 374  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14664100 tagcaagctactgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14664198  T
Q  375 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14664199 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14664249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 203 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 14652736 - 14652525
Alignment:
Q  203 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 301  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||| |||||||||  ||| ||  || || ||||| || | |||||||||| | ||||||  ||||||    
T  14652736 ttgaacttgaattggtggggtgcgccacgccaatgctatagtgcaacgcattggaaacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccc 14652637  T
Q  302 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 401  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14652636 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 14652538  T
Q  402 gagaaaggtatga 414  Q
    |||||||||||||    
T  14652537 gagaaaggtatga 14652525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 203 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 14662527 - 14662316
Alignment:
Q  203 ttgaacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 301  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||| |||||||||  ||| ||  || || ||||| || | |||||||||| | ||||||  ||||||    
T  14662527 ttgaacttgaattggtggggtgcgccacgccaatgctatagtgcaacgcattggaaacactcgagaagcctagtagcaagctactaaaatggcttctccc 14662428  T
Q  302 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 401  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14662427 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 14662329  T
Q  402 gagaaaggtatga 414  Q
    |||||||||||||    
T  14662328 gagaaaggtatga 14662316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 206 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 14708786 - 14708567
Alignment:
Q  206 aacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 304  Q
    |||||||||||||||||||| |||  ||| |||  ||||||||  ||| | |||| |  ||||| || |||||||||||| | || ||  ||||||||||    
T  14708786 aacttgaattggtggggtgcgccaggccaatgctgtagtgcaacacattgacgacacaagagaagcctaatagcaagctactaaagtgacctctccccct 14708687  T
Q  305 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 404  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14708686 caaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 14708588  T
Q  405 aaaggtatgagttgaaagatg 425  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  14708587 aaaggtatgagttgaaagatg 14708567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 206 - 423
Target Start/End: Original strand, 28366098 - 28366315
Alignment:
Q  206 aacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctc 305  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||  ||||  |||| | ||| | ||| | |||||||||| |  ||| ||||||||||||     
T  28366098 aactttaattggtgggatgcgccagccaatgcaatagtgcaacgcataaacgacacatgaaagacctagtagcaagctactataatagtctctccccctt 28366197  T
Q  306 aaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggc-cactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 404  Q
    |||||||||||||||||  || ||| |||||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28366198 aaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattggggtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 28366296  T
Q  405 aaaggtatgagttgaaaga 423  Q
    |||||||||||||||||||    
T  28366297 aaaggtatgagttgaaaga 28366315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 295 - 425
Target Start/End: Original strand, 14669698 - 14669827
Alignment:
Q  295 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14669698 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14669796  T
Q  395 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14669797 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14669827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 295 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 14706206 - 14706077
Alignment:
Q  295 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14706206 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14706108  T
Q  395 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14706107 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatg 14706077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 275 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 14674619 - 14674471
Alignment:
Q  275 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 374  Q
    |||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14674619 tagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14674521  T
Q  375 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagat 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14674520 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttggaagat 14674471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 206 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 14716499 - 14716280
Alignment:
Q  206 aacttgaattggtggggtgcaccatccca-tgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||||||  ||| |||||| |  ||||     | |||||||||| | || | | ||||||||||    
T  14716499 aacttgaattggtggggtgcaccaagccaatgctatagtgcaacacattggcgacacacgagaggattagtagcaagctactaaagttgcctctccccct 14716400  T
Q  305 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 404  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14716399 caaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatattagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 14716301  T
Q  405 aaaggtatgagttgaaagatg 425  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  14716300 aaaggtatgagttgaaagatg 14716280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 275 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 14681737 - 14681592
Alignment:
Q  275 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 374  Q
    |||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14681737 tagcaagctactaaaatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14681639  T
Q  375 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14681638 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtataagttgaaa 14681592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 295 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 14683868 - 14683743
Alignment:
Q  295 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14683868 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 14683770  T
Q  395 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  14683769 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 14683743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 275 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 14679997 - 14679849
Alignment:
Q  275 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 374  Q
    |||||||||| | | ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||    
T  14679997 tagcaagctactaatatggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagat 14679899  T
Q  375 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagat 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14679898 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttggaagat 14679849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 234 - 411
Target Start/End: Original strand, 11872408 - 11872585
Alignment:
Q  234 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa-gtaatttaatactgttgtggc 332  Q
    ||||| ||||||||  |||| || || ||||| || | |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  || ||| |    
T  11872408 atgcagtagtgcaacacataagctacacttgaaaagctcaatagcaagctatcgaaatggcctctcccccttaaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgac 11872506  T
Q  333 ccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 411  Q
    ||||||  ||||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11872507 ccattgaaccacatatcatatattaaactgataagaacagatagtacacttgatcttagtcaaaaggccgagaaaggta 11872585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 333 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 14676713 - 14676625
Alignment:
Q  333 ccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 421  Q
    ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14676713 ccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 14676625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 296 - 417
Target Start/End: Original strand, 14667101 - 14667221
Alignment:
Q  296 tctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaa 395  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| |  ||||  ||||||| ||||  |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14667101 tctccccctagaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggtccacgtatcagatattaaactaataagaacagatactacacttgatcttagccaa 14667199  T
Q  396 aaggccgagaaaggtatgagtt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  14667200 aaggccgagaaaggtatgagtt 14667221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 347 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 37422236 - 37422175
Alignment:
Q  347 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 408  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37422236 atcagatattaaactgataagaacatatgctacacttgatcttagccaaaaggccgagaaag 37422175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 347 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 28698620 - 28698549
Alignment:
Q  347 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttg 418  Q
    ||||||||||||| |||||| || | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  28698620 atcaaatattaaattgataaaaatatatactacatttgatcttagccaaaagaccgagaaatgtatgagttg 28698549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 145; Significance: 5e-76; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 206 - 489
Target Start/End: Original strand, 3461042 - 3461325
Alignment:
Q  206 aacttgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctc 305  Q
    |||||| ||||||||||||  ||| || ||||||||||||||  ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||     
T  3461042 aacttgtattggtggggtgtgccagcctatgcaatagtgcaacgcatagacgacactcgagaaacccaatagcaagctattgaaatggcttctccccctt 3461141  T
Q  306 aaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 405  Q
    |||||||||||||||||  || ||| ||||||| | |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3461142 aaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccattgagtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgaga 3461240  T
Q  406 aaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 489  Q
    ||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| |  |||| ||||||||||||    
T  3461241 aaggtatgaattgaaagagatgctcgcttatggttttatatctcccatccactcacttgctttcttccacaagcgatgtgggact 3461325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 212 - 489
Target Start/End: Original strand, 11652298 - 11652575
Alignment:
Q  212 aattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa 311  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||||||    
T  11652298 aattggtggggtgcgccagcccatgcaatagtgcaacacataggcgacactcaagaagcccaatagcaagctattggagtggcttctccccctcaaaaaa 11652397  T
Q  312 gtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 411  Q
     ||||||||||  || ||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11652398 ataatttaatatcgt-gtgacccattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 11652496  T
Q  412 tgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 489  Q
    |||||| |||||||   | |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||| | ||||||||||||    
T  11652497 tgagttaaaagatgggttggcttctggttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggact 11652575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 263 - 423
Target Start/End: Original strand, 50077156 - 50077315
Alignment:
Q  263 tgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactg 362  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  |||||||  |||  |||| |||||||||||    
T  50077156 tgagaagcccaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaaagtaatttaata-tcatgtgaaccattggaacacatatcagatattaaactg 50077254  T
Q  363 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50077255 ataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaaga 50077315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 203 - 422
Target Start/End: Original strand, 49106425 - 49106644
Alignment:
Q  203 ttgaacttgaattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccc 301  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || | | |||||||||||||||  |||  ||||| | | ||||| ||| |||||||||| | |  ||   ||||||    
T  49106425 ttgaactagaattggtggggtgcgcctagctcatgcaatagtgcaacacatgagcgacacataagaaatccagtagcaagctactaaggtgacttctccc 49106524  T
Q  302 cctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 401  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||  ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49106525 cctcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgatccattggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggcc 49106623  T
Q  402 gagaaaggtatgagttgaaag 422  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  49106624 gagaaaggtatgagttgaaag 49106644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 213 - 421
Target Start/End: Original strand, 49108539 - 49108747
Alignment:
Q  213 attggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa 311  Q
    ||||||||||||| || | | |||||||||||||||  |||  ||||| | | ||||  |||||||||||||| ||  |||   ||||||||||||||||    
T  49108539 attggtggggtgcgcctagctcatgcaatagtgcaacacatgagcgacacataagaagtccaatagcaagctactgtgatgacttctccccctcaaaaaa 49108638  T
Q  312 gtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 411  Q
    |||||||||||  || ||| ||||||| | |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49108639 gtaatttaatatcgt-gtgacccattgagtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 49108737  T
Q  412 tgagttgaaa 421  Q
    ||||||||||    
T  49108738 tgagttgaaa 49108747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 210 - 413
Target Start/End: Original strand, 26984572 - 26984773
Alignment:
Q  210 tgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaa 309  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||  || ||||||| |||||||  || |  ||||||||| | |    | ||||| ||||  |||    
T  26984572 tgaattggtgggatgcgccagcccatgcaatagtgcaacgcaaaggcgacacttgagagcccaagcagcaagctact-aggcagactctctccctttaaa 26984670  T
Q  310 aagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 409  Q
    |||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26984671 aagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 26984769  T
Q  410 tatg 413  Q
    ||||    
T  26984770 tatg 26984773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 295 - 413
Target Start/End: Original strand, 26998729 - 26998846
Alignment:
Q  295 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 394  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26998729 ctctctccctaaaaaaagtaatttaatatcgt-gtggaccattggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 26998827  T
Q  395 aaaggccgagaaaggtatg 413  Q
    |||||||||||||||||||    
T  26998828 aaaggccgagaaaggtatg 26998846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 214 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 21503877 - 21503706
Alignment:
Q  214 ttggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagt 313  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||   ||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||| |    
T  21503877 ttggtggggtgcgccagcctatgcaatagtgcaacgcataagcgacacttgagaagttcaatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaaat 21503778  T
Q  314 aatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgat 386  Q
    |||||||||  || ||| || |||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21503777 aatttaatatcgt-gtgacctattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgat 21503706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 352 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 48205893 - 48205832
Alignment:
Q  352 atattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatg 413  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48205893 atattaaattaataagaacagatactacacttaatcttagctaaaaggccgagaaaggtatg 48205832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 354 - 407
Target Start/End: Original strand, 6431957 - 6432010
Alignment:
Q  354 attaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 407  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||    
T  6431957 attaaactaataagaagagatactaaacctgatcttagccaataggccgagaaa 6432010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 347 - 412
Target Start/End: Original strand, 41013586 - 41013651
Alignment:
Q  347 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 412  Q
    |||| ||||||||| |||||||||| ||| || |||| |||||| |||||||||||||||| ||||    
T  41013586 atcagatattaaacggataagaacatatattatacttaatcttaaccaaaaggccgagaaaagtat 41013651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 368 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 26982588 - 26982549
Alignment:
Q  368 aacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 407  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26982588 aacagatgctacacttgatcttagccaagaggccgagaaa 26982549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 373 - 409
Target Start/End: Original strand, 34481155 - 34481191
Alignment:
Q  373 atactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 409  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  34481155 atactacactcgatcttagccaaaaggctgagaaagg 34481191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 135; Significance: 5e-70; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 212 - 489
Target Start/End: Original strand, 41841058 - 41841335
Alignment:
Q  212 aattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaa 311  Q
    ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||   |||  ||||||| ||||||||    
T  41841058 aattgatggggtgcgccagcccatgcaatagtgcaacacataggcgacactcgagaagcccaatagcaagctattggggtggcttctccccatcaaaaaa 41841157  T
Q  312 gtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 411  Q
    |||||||||||  || ||| |||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41841158 gtaatttaatatcgt-gtgacccattggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggta 41841256  T
Q  412 tgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 489  Q
    ||||||||||||||   | |||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||| | ||||||||||||    
T  41841257 tgagttgaaagatgggttggcttctgcttttatatctcacatccactcacttgctttcttaaacgagcgatgtgggact 41841335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 234 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 40054491 - 40054312
Alignment:
Q  234 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 333  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||  || ||    
T  40054491 atgcaatagtgcaacacataagcgacacttaagaagcccaatagcaagctattgaagtggcctctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgta-tgacc 40054393  T
Q  334 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 414  Q
    |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40054392 cattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 40054312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 213 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 44879183 - 44878977
Alignment:
Q  213 attggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaag 312  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||  ||||   ||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||||    
T  44879183 attggtggggtgcgccagcctatgcaatagtgcaacgcataagcgacactcaagaagttcaatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaag 44879084  T
Q  313 taatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 412  Q
    |||||||||| |  |||| ||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44879083 taatttaata-tcatgtgacccattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 44878985  T
Q  413 gagttgaa 420  Q
    ||||||||    
T  44878984 gagttgaa 44878977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 213 - 420
Target Start/End: Original strand, 44880738 - 44880944
Alignment:
Q  213 attggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaag 312  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| ||  ||||   ||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||||    
T  44880738 attggtggggtgcgccagcctatgcaatagtgcaacgcataagcgacactcaagaagttcaatagcaagctattgtgatgacttctccccctcaaaaaag 44880837  T
Q  313 taatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 412  Q
    |||||||||| |  |||| ||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880838 taatttaata-tcatgtgacccattgagccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 44880936  T
Q  413 gagttgaa 420  Q
    ||||||||    
T  44880937 gagttgaa 44880944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 275 - 417
Target Start/End: Original strand, 10944368 - 10944509
Alignment:
Q  275 tagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagat 374  Q
    |||||||||| | ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||  || |||  ||||| | ||||  || | |||||||||||||||||||||||    
T  10944368 tagcaagctactaaaatggcttctccccatcaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgaaccatttgtccacatataagatattaaactgataagaacagat 10944466  T
Q  375 actacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagtt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10944467 actacacttgatcttagccaaaaggtcgagaaaggtatgagtt 10944509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 347 - 489
Target Start/End: Original strand, 42555123 - 42555266
Alignment:
Q  347 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 446  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||  ||  |||  ||||||||||    
T  42555123 atcaaatattaaactgataaaaacagattctgcacttgatcttagccaaaagatcaagaaaggtatgagttgaaagttgagctaccttcaggttttatat 42555222  T
Q  447 atcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 489  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | ||| | ||||||||||||    
T  42555223 atcacatccactcacttgctttcttaaactatcgatgtgggact 42555266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 270 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 37679898 - 37679757
Alignment:
Q  270 cccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaa 369  Q
    |||||||||||||||  |   ||| ||||||||||||| |||  ||||||||| |   |||| ||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  37679898 cccaatagcaagctaccgtggtggcctctccccctcaataaataaatttaata-tcaagtggaccattggcccacatatcagatattaaactgataagaa 37679800  T
Q  370 cagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37679799 cagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 37679757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 261 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 37682209 - 37682057
Alignment:
Q  261 cttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaac 360  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||    ||| |||||  ||| ||||||  ||||||||| |  ||||| ||||||| ||||  |||| |||||||||    
T  37682209 cttgagagacctaatagcaagctattttggtggactctcatcctaaaaaaacaaatttaata-tcgtgtggaccattggcccacatatcagatattaaac 37682111  T
Q  361 tgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37682110 tgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaatgtatga 37682057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 347 - 489
Target Start/End: Original strand, 42220886 - 42221027
Alignment:
Q  347 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 446  Q
    |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| | | ||||| | || ||||||||    
T  42220886 atcagatattaaactaataagaa-agatactacacttgatcttagccaaaagaccgaaaaatgtatgagttgaaagctatgctcgcctctgcttttatat 42220984  T
Q  447 atcacatccctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 489  Q
     ||| ||||  ||||| |||||  |||| | ||||||||||||    
T  42220985 ctcatatccaccacttactttctagaactagcgatgtgggact 42221027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 347 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 42092087 - 42091944
Alignment:
Q  347 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatat 446  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||   | |||| |||||||||||    
T  42092087 atcagatattaaactgataagaacaaatattacacttaattttag-caaaaggcaaagaaaggtatgagtttaaagatgagtttgcttctggttttatat 42091989  T
Q  447 atcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggactt 490  Q
     |||  ||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  42091988 ctcaggtccactcagttgctttcttgaactaccgatgtgggactt 42091944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 213 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 44583053 - 44582870
Alignment:
Q  213 attggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaag 312  Q
    ||||||||| ||||||| || |||||| ||| |||  ||||| |||| ||  | ||| |||||||||| ||||||  |||   |||| ||||||||||||    
T  44583053 attggtgggttgcaccagcctatgcaacagtacaacgcatagacgacactcaaaaaatccaatagcaaactattgtgatgacttctctccctcaaaaaag 44582954  T
Q  313 taatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 397  Q
    ||||||||||   | |   || |||| || ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44582953 taatttaatatcatagaatcc-attgagctacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaa 44582870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 371 - 421
Target Start/End: Original strand, 42872514 - 42872564
Alignment:
Q  371 agatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 421  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42872514 agatactacacttaatcttagccaaaaggccgagaaaggtatgagttgaaa 42872564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 232 - 322
Target Start/End: Original strand, 42554588 - 42554678
Alignment:
Q  232 ccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 322  Q
    ||||||||||||||||  || |||||||  ||||||| | ||  ||||| ||| ||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  42554588 ccatgcaatagtgcaacgcaaaggcgacatttgagaagctcagaagcaaactactgagatggcttctccccctcaaaaaaataatttaata 42554678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 210 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 3643843 - 3643599
Alignment:
Q  210 tgaattggtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaa 309  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| || || || ||||||||||||||||||||||||  || || ||||||||| ||||    
T  3643843 tgaattggtggggtgcgccagccaatgcaatagtgcaacacataagcaacactcgagaaacccaatagcaagctattgtgatagtttctcccccttaaaa 3643744  T
Q  310 aagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 409  Q
    |||||||||||||  || ||| |||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3643743 aagtaatttaatatcgt-gtgacccaatgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaagg 3643645  T
Q  410 tatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc 455  Q
    ||||| || ||||    |||||||| || ||||||||  |||||||    
T  3643644 tatgaatttaaagtaagtctcgcttctgtttttatatcccacatcc 3643599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 296 - 489
Target Start/End: Original strand, 1716441 - 1716634
Alignment:
Q  296 tctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattggg-ccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 394  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  || ||| |||||| || ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1716441 tctcccccttaaaaaagtaatttaatatcgt-gtgacccatttggaccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 1716539  T
Q  395 aaaggccgagaaaggtatgagttgaaagatgttctcgcttatggttttatatatcacatcc-ctcacttgctttcatgaacaaccgatgtgggact 489  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |  |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  1716540 aaaggccgagaaaggtatgagttaaaagatgcactcgcttcttattttatatctcacatccactcacttgctttc-tgaactagcgatgtgggact 1716634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 212 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 7525170 - 7524961
Alignment:
Q  212 aattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaa 310  Q
    |||||||||||||| || | |||||||||||||||||  ||| | |||| | |||||||||||  ||||||||| | |   || ||||||||||||||||    
T  7525170 aattggtggggtgcgcctagcccatgcaatagtgcaacgcatggacgacacatgagaaacccagcagcaagctactaaggcggcctctccccctcaaaaa 7525071  T
Q  311 agtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 410  Q
    ||||||||||||  || |||  |||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7525070 agtaatttaatatcgt-gtgatccattggatcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 7524972  T
Q  411 atgagttgaaa 421  Q
    |||| ||||||    
T  7524971 atgacttgaaa 7524961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 295 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 4103363 - 4103249
Alignment:
Q  295 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 394  Q
    ||||| |||| ||||||| |||||||||  || |||| | ||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4103363 ctctctccctaaaaaaagcaatttaatatcgt-gtggactattgggccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttaacca 4103265  T
Q  395 aaaggccgagaaaggt 410  Q
    ||| || |||||||||    
T  4103264 aaatgctgagaaaggt 4103249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 217 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 16038053 - 16037861
Alignment:
Q  217 gtggggtgcaccatcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaat 316  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||||||||  |||| ||||| |  ||||| |||| ||||||||| |||  |||   | | ||| |||||||||||||    
T  16038053 gtggggtgcgccaaccgatgcaatagtgcaacacataagcgacacacgagaagcccattagcaagctcttgtgatgactttttcccttcaaaaaagtaat 16037954  T
Q  317 ttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 412  Q
    ||||||  ||| || |||||| | |||||| |||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||    
T  16037953 ttaatatcgtt-tgacccattagaccacta-tcaaatattaagataataagaacaaatactacacttgatcttag-aaaacggccgagaaaagtat 16037861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 347 - 407
Target Start/End: Original strand, 19261156 - 19261216
Alignment:
Q  347 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaa 407  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  19261156 atcagatatttaacggataagaacatatattacacttgatcttaatcaaaaggctgagaaa 19261216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 113; Significance: 7e-57; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 212 - 423
Target Start/End: Original strand, 10795795 - 10796006
Alignment:
Q  212 aattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaa 310  Q
    ||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||  || | ||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||    
T  10795795 aattggtggggtgtacctaactcatgcaatagtgcaacgcacaagcgacacatgagaagcctaatagcaagctattgaagtggcttctccccctcaaaaa 10795894  T
Q  311 agtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 410  Q
    ||||||||||||  || ||| ||||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10795895 agtaatttaatatcgt-gtgacccattgggtcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggt 10795993  T
Q  411 atgagttgaaaga 423  Q
    |||||||||||||    
T  10795994 atgagttgaaaga 10796006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 206 - 423
Target Start/End: Original strand, 10791551 - 10791768
Alignment:
Q  206 aacttgaattggtggggtgcacc-atcccatgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccct 304  Q
    |||| |||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||  ||   ||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  10791551 aactagaattggtggggtgtacctaactcatgcaatagtgcaacgcacgagcgacacatgagaagcctaatagcaagctattgaagtggcttctccccct 10791650  T
Q  305 caaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 404  Q
    |||||||||||||||||| |  |||| ||||||||  |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10791651 caaaaaagtaatttaata-tcatgtgacccattggatcacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgag 10791749  T
Q  405 aaaggtatgagttgaaaga 423  Q
    |||||||||||||||||||    
T  10791750 aaaggtatgagttgaaaga 10791768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 234 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 30521421 - 30521242
Alignment:
Q  234 atgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcc 333  Q
    ||||||||||||||| || || |||| ||||||| ||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||  |||| ||||  || |||       
T  30521421 atgcaatagtgcaaagcaaagacgacacttgagagacccaatagcaagctatagtagtggactctccccctcaaaaaataaattgaatatcgt-gtgagg 30521323  T
Q  334 cattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 414  Q
    |  ||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  30521322 cgatggtccacatatcagatattaaactgataagaacagatactacacttgatctcagccaaaaggtcgagaaaggtatga 30521242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 347 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 8875756 - 8875691
Alignment:
Q  347 atcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 412  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  8875756 atcagatattaaattgataagaacagatattacacttgatcttagccaaaaggccgggaaatgtat 8875691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 307 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 21216131 - 21216032
Alignment:
Q  307 aaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaa 406  Q
    |||||||||||||||| | |||||   ||||| |||||  || | |||||||||||||||||| |||| ||| || ||||||||| |||||| || ||||    
T  21216131 aaaaagtaatttaatatt-ttgtgattcattgagccacatataagatattaaactgataagaatagatgctatacatgatcttagtcaaaagaccaagaa 21216033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 233 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 27134691 - 27134511
Alignment:
Q  233 catgcaatagtgcaaatcataggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggc 332  Q
    |||||||||||||||  |||  ||||| | |||||| ||||| ||||| |||||||  ||   |||||||||||||||||||||||||||  ||| || |    
T  27134691 catgcaatagtgcaacgcatgagcgacacatgagaagcccaacagcaaactattgaggtgtcttctccccctcaaaaaagtaatttaatatcgtt-tgac 27134593  T
Q  333 ccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtatga 414  Q
     |||| | ||||  |||| |||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  27134592 tcattagaccacatatcagatattaaaccaataagaacagatactagatttgatcttagtgaaaaggccgaaaaaggtatga 27134511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 295 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 8128260 - 8128149
Alignment:
Q  295 ctctccccctcaaaaaagtaatttaatactgttgtggcccattgggccactaatcaaatattaaactgataagaacagatactacacttgatcttagcca 394  Q
    ||||||||||||| |||  ||||||||| ||| ||| || ||||| ||||  |||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||| |||    
T  8128260 ctctccccctcaagaaataaatttaatattgt-gtgacc-attggcccacatatcatatattaaactaaaaagaacatatactacacttaatcttaacca 8128163  T
Q  395 aaaggccgagaaag 408  Q
    ||||  ||||||||    
T  8128162 aaagaacgagaaag 8128149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000009; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 366 - 412
Target Start/End: Original strand, 15758562 - 15758608
Alignment:
Q  366 agaacagatactacacttgatcttagccaaaaggccgagaaaggtat 412  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15758562 agaacagatattacacttgatcttagccaaaaggctgagaaaggtat 15758608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0549 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0549
Description:

Target: scaffold0549; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 253 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 5556 - 5487
Alignment:
Q  253 aggcgacgcttgagaaacccaatagcaagctattgaaatggtctctccccctcaaaaaagtaatttaata 322  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||   ||| |||||| ||||||||||  |||||||||    
T  5556 aggcgacacttgagagacccaatagcaagctattgtggtggactctccacctcaaaaaataaatttaata 5487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University