View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1137_high_48 (Length: 462)

Name: NF1137_high_48
Description: NF1137
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1137_high_48
NF1137_high_48
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (30-446)||(47292264-47292680)
chr7 (30-446)||(47298871-47299287)
chr7 (38-446)||(47267576-47267984)
chr7 (30-441)||(47283533-47283944)
chr7 (30-438)||(47278940-47279348)
chr7 (43-424)||(47242677-47243058)
chr7 (47-440)||(47256805-47257201)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (35-441)||(32731336-32731742)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (328-457)||(20519638-20519767)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 47292680 - 47292264
Alignment:
Q  30 gtcaatgcaccacatttgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcggataaagaggtacgaatgatgtgcgt 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47292680 gtcaatgcaccacatttgatcttatcgcttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcggataaagaggtacgaatgatgtgcgt 47292581  T
Q  130 cgtcaatgcacgctcgaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaag 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47292580 cgtcaatgcacgctcgaggtttaacattaacaattcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaag 47292481  T
Q  230 ctttgtggaaatccatttgcttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggtta 329  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47292480 ctttgtggaaatccatttggttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggtta 47292381  T
Q  330 ttaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtgaaggggt 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47292380 ttaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtgaaggggt 47292281  T
Q  430 gtatggtggagttgcaa 446  Q
    |||||||||||||||||    
T  47292280 gtatggtggagttgcaa 47292264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 47299287 - 47298871
Alignment:
Q  30 gtcaatgcaccacatttgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcggataaagaggtacgaatgatgtgcgt 129  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |    
T  47299287 gtcaatgcaccacattcgatcttatcgcttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgaagaggtacgaatgatgtgcat 47299188  T
Q  130 cgtcaatgcacgctcgaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaag 229  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  47299187 cgccaatgcacgctcgaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatactacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcaaggaag 47299088  T
Q  230 ctttgtggaaatccatttgcttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggtta 329  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47299087 ctttgtggaaacccatttggttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggtta 47298988  T
Q  330 ttaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtgaaggggt 429  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  47298987 ttaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtattatttcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaatttcggatggggtgaaggggt 47298888  T
Q  430 gtatggtggagttgcaa 446  Q
    |||||||||||||||||    
T  47298887 gtatggtggagttgcaa 47298871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 38 - 446
Target Start/End: Original strand, 47267576 - 47267984
Alignment:
Q  38 accacatttgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcggataaagaggtacgaatgatgtgcgtcgtcaatg 137  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||  | |||||||    
T  47267576 accacattcgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcagatgacgagatacgaatgatgtgtattgtcaatg 47267675  T
Q  138 cacgctcgaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaagctttgtgg 237  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47267676 cacgttcgaggtttaatgctaacaattcgccacttgttggatactacggtaattgttttgcttacccggcggccgtcaccactgcagggaagctttgtgg 47267775  T
Q  238 aaatccatttgcttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaa 337  Q
    |||  |||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||     
T  47267776 aaactcattaggttatgctgtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttacagaggaatatatgcattctgtagcagatcttatggttattaaagag 47267875  T
Q  338 cggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtgaaggggtgtatggtg 437  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| | ||||||   | | |   ||||||| ||||||| |||||||| |  ||||||||||    
T  47267876 cggtgtttatttacaactataaggtcttgtgttgtttcagatgtaactcgtataaagttaagagaagtggattttggatggggtgaggccgtgtatggtg 47267975  T
Q  438 gagttgcaa 446  Q
    ||| |||||    
T  47267976 gagctgcaa 47267984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 30 - 441
Target Start/End: Original strand, 47283533 - 47283944
Alignment:
Q  30 gtcaatgcaccacatttgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcggataaagaggtacgaatgatgtgcgt 129  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||| |    
T  47283533 gtcaatgcagtacatttgatcttatcaccgcatgtttttggtgttgccgcacaaaagcattgcagttagagccagatgaagaagtacgaatgatgtgcat 47283632  T
Q  130 cgtcaatgcacgctcgaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaag 229  Q
    ||| |||||||| || |||||||  | | || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || || |||||||| |||||||||    
T  47283633 cgttaatgcacgttcaaggtttagggctgaccattcgccacttgttggatattatggtaactgttttgctttcccggctgctgtcaccaccgcagggaag 47283732  T
Q  230 ctttgtggaaatccatttgcttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggtta 329  Q
    ||||||||||| || || | |||||||||||| ||| ||||||||  ||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  47283733 ctttgtggaaaccctttaggttatgcagtggaattgataagaaaagcaaaagctcaagttacagaagaatacatgcattctttggcagatcttatggtta 47283832  T
Q  330 ttaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtgaaggggt 429  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||| | ||||| ||||||||||||| |  | ||||||||||||| || |||||||| | |||    
T  47283833 ttaaggaacgatgtttatttacaacagtaagatcgtgtgttgtatcagacttgactcgtgctaagtacgcagaagtgaatttcggatggggtgaggcggt 47283932  T
Q  430 gtatggtggagt 441  Q
    ||||||||||||    
T  47283933 gtatggtggagt 47283944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 30 - 438
Target Start/End: Original strand, 47278940 - 47279348
Alignment:
Q  30 gtcaatgcaccacatttgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcggataaagaggtacgaatgatgtgcgt 129  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||| |    
T  47278940 gtcaatgcagtacatttgatcttatcaccgcatgtttttggtgttgccgtacaaaagcattgcagttagagccagatgaagaagtacgaatgatgtgcat 47279039  T
Q  130 cgtcaatgcacgctcgaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaag 229  Q
    ||| |||||||| || |||||||  | | || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || || |||||||| |||||||||    
T  47279040 cgttaatgcacgttcaaggtttagggctgaccattcgccacttgttggatattatggtaactgttttgctttcccggctgctgtcaccaccgcagggaag 47279139  T
Q  230 ctttgtggaaatccatttgcttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggtta 329  Q
    |||||||||||||| || | ||||| |||||| ||| ||||||||  ||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  47279140 ctttgtggaaatcctttaggttatggagtggaattgataagaaaagcaaaagctcaagttacagaagaatacatgcattctttggcagatcttatggtta 47279239  T
Q  330 ttaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtgaaggggt 429  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||| |  | |||||||||||||||| |||||||| | |||    
T  47279240 ttaaggaacgatgtttatttacaacaataagatcttgtgttgtatcagacttgactcgtgctaagtacgcagaagtgaattttggatggggtgaggcggt 47279339  T
Q  430 gtatggtgg 438  Q
    |||||||||    
T  47279340 gtatggtgg 47279348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 43 - 424
Target Start/End: Original strand, 47242677 - 47243058
Alignment:
Q  43 atttgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcggataaagaggtacgaatgatgtgcgtcgtcaatgcacgc 142  Q
    |||||||||||||||| ||| || |||||| || |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||     
T  47242677 atttgatcttatcactgcatattattggtgctgccgcacaaaagcattgcagatagagccagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgttaatgcacgt 47242776  T
Q  143 tcgaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaatc 242  Q
    || ||||||| || ||||  |||     ||||||||||||||||||| ||  |||||| | | ||||| |||||||| |||  | ||||||||||||| |    
T  47242777 tccaggtttagtgctaacccttctttgtttgttggatattacggtaattgcattgctttctcggcggctgtcaccaccgcaaaggagctttgtggaaacc 47242876  T
Q  243 catttgcttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtg 342  Q
     ||| | |||||||||||||||| ||||||||  |||| || ||||||| |||||||||||||||||| | || ||| ||||||||||||||||||| ||    
T  47242877 aattaggttatgcagtggagttgataagaaaagcaaaaactcaagttacagaggaatacatgcattctttagcagattttatggttattaaggaacgatg 47242976  T
Q  343 tttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtgaa 424  Q
    |||||||||||||| |||  ||||| |  | || |||| |||||||||||   |||||||||||||||| || |||||||||    
T  47242977 tttatttacaactggaagaacttgtatagtgtcggattggactcgtgctaatttctcagaagtgaatttcggatggggtgaa 47243058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 47 - 440
Target Start/End: Original strand, 47256805 - 47257201
Alignment:
Q  47 gatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcggataaagaggtacgaatgatgtgcgtcgtcaatgcacgctcga 146  Q
    |||||||||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||  | ||| |||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  47256805 gatcttatcactgcatgttattggtgctgccgcacaaaagcattgcaggtagaaccagatgaagatgtgcgaatgatgtgcatcgttaatgcacgctcga 47256904  T
Q  147 ggtttaatgttaacaa---ttcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaagctttgtggaaatcc 243  Q
    |||||| || ||| ||   |||| | ||  |||||||||| || |||||| |||||| | | ||||| |||||||| |||  | ||||||||||||| |     
T  47256905 ggtttagtgctaataaccgttcgtcgctcattggatattatggcaactgtattgctttctcggcggcagtcaccaccgcaaaggagctttgtggaaacca 47257004  T
Q  244 atttgcttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaaggaacggtgt 343  Q
    ||| | |||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||| ||| | |||||||| ||  |||| ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  47257005 attaggttatgcagtggagttgataagaaaagcaaaagctcaagttacagagaagtacatgcactcattggcagattttatggttattaaggaacgatgt 47257104  T
Q  344 ttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtgaaggggtgtatggtggag 440  Q
    ||||||||||  | |||  | ||| |  | ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||    
T  47257105 ttatttacaaagggaagaacatgtatggtgtcagattggactcgtgctaagttctcagaagtgaatttcggatggggtgaagctgtgtatggtggag 47257201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 131; Significance: 9e-68; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 35 - 441
Target Start/End: Original strand, 32731336 - 32731742
Alignment:
Q  35 tgcaccacatttgatcttatcacttcatgtttttggtgttgtcgcacaaaagcattgcagttagaggcggataaagaggtacgaatgatgtgcgtcgtca 134  Q
    ||||| |||||||||||||||| | |||||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||| |    
T  32731336 tgcactacatttgatcttatcagtgcatgttattggtgctgccgcacaaaagcattgcagatagagccagatgaagaggtacgaatgatgtgcatcgtta 32731435  T
Q  135 atgcacgctcgaggtttaatgttaacaattcgccacttgttggatattacggtaactgttttgcttacccagcggccgtcaccactgcagggaagctttg 234  Q
    ||||||| || ||||||| || ||||  |||     || |||||||||||||||| ||| |||||| | | ||||| |||||||| |||  | |||||||    
T  32731436 atgcacgttccaggtttagtgctaacccttctttgtttattggatattacggtaattgtattgctttctcggcggctgtcaccaccgcaaaggagctttg 32731535  T
Q  235 tggaaatccatttgcttatgcagtggagttggtaagaaaattaaaagctgaagttactgaggaatacatgcattctgtggccgatcttatggttattaag 334  Q
    |||||| | ||| | |||||||||||||||| ||||||||  |||| || ||||||| |||||||||||||||||| | || |||  |||||||||||||    
T  32731536 tggaaaccaattaggttatgcagtggagttgataagaaaagcaaaaactcaagttacagaggaatacatgcattctttagcagattgtatggttattaag 32731635  T
Q  335 gaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtgaaggggtgtatg 434  Q
    ||||| |||||||||||||| | |||  ||||| |  | ||||||| |||||||||||   | |||||||||||||| || |||||||||    ||||||    
T  32731636 gaacgatgtttatttacaaccggaagaacttgtatggtgtcagattggactcgtgctaatttatcagaagtgaatttcggatggggtgaaacaatgtatg 32731735  T
Q  435 gtggagt 441  Q
    |||||||    
T  32731736 gtggagt 32731742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 328 - 457
Target Start/End: Original strand, 20519638 - 20519767
Alignment:
Q  328 tattaaggaacggtgtttatttacaactgtaaggtcttgtgttatctcagatttgactcgtgctaggctctcagaagtgaattttggttggggtgaaggg 427  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||  ||||||||||||||| |||||||| | |    
T  20519638 tattaaggaacgatgtttacttacaactgtaagttgttgtgttatgtcagatttgacacgtgctaagttcagagaagtgaattttggatggggtgaggcg 20519737  T
Q  428 gtgtatggtggagttgcaacagctagggct 457  Q
      ||||||||||||||||| |||| |||||    
T  20519738 aagtatggtggagttgcaaaagctggggct 20519767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University