View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1137_low_34 (Length: 561)

Name: NF1137_low_34
Description: NF1137
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1137_low_34
NF1137_low_34
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (53-553)||(52778646-52779146)
chr1 (60-541)||(2360536-2361017)
chr1 (195-433)||(14456666-14456904)
chr1 (198-451)||(40335218-40335471)
chr1 (129-316)||(37737896-37738083)
chr1 (183-323)||(6097120-6097260)
chr1 (364-448)||(47706291-47706375)
chr1 (465-535)||(9795926-9795996)
chr1 (128-283)||(9802926-9803082)
chr1 (381-430)||(37737782-37737831)
[»] scaffold0329 (1 HSPs)
scaffold0329 (53-553)||(11975-12475)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (53-546)||(19585532-19586025)
chr3 (53-326)||(12286266-12286539)
chr3 (321-553)||(12297634-12297866)
chr3 (177-437)||(44667440-44667700)
chr3 (217-439)||(18963643-18963865)
chr3 (369-430)||(10544363-10544424)
chr3 (84-200)||(5666790-5666905)
chr3 (84-200)||(5676329-5676444)
chr3 (129-312)||(4645081-4645264)
chr3 (368-433)||(18433122-18433187)
chr3 (465-538)||(18963544-18963617)
chr3 (264-352)||(55311147-55311235)
chr3 (264-349)||(8837211-8837296)
chr3 (369-433)||(37193291-37193355)
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (54-543)||(29500339-29500827)
chr2 (72-439)||(27035103-27035470)
chr2 (222-430)||(18498780-18498988)
chr2 (224-430)||(26360451-26360657)
chr2 (177-437)||(28155383-28155650)
chr2 (297-430)||(4941812-4941945)
chr2 (297-430)||(5026892-5027025)
chr2 (202-322)||(20482719-20482839)
chr2 (495-544)||(20041645-20041694)
chr2 (368-437)||(30154843-30154912)
chr2 (178-306)||(28018324-28018452)
chr2 (70-238)||(21808218-21808386)
chr2 (378-433)||(34978802-34978857)
chr2 (497-539)||(26360345-26360387)
chr2 (224-334)||(34978901-34979011)
chr2 (368-418)||(37177577-37177627)
chr2 (378-439)||(21808017-21808078)
chr2 (381-430)||(23681914-23681963)
[»] chr6 (17 HSPs)
chr6 (60-541)||(14815777-14816258)
chr6 (70-332)||(14617105-14617367)
chr6 (159-319)||(34067849-34068009)
chr6 (77-425)||(28560914-28561261)
chr6 (251-448)||(6568612-6568809)
chr6 (154-299)||(12301883-12302028)
chr6 (178-306)||(6343295-6343423)
chr6 (376-439)||(26970829-26970892)
chr6 (222-304)||(5374078-5374160)
chr6 (157-438)||(31273122-31273404)
chr6 (246-320)||(31961390-31961464)
chr6 (223-306)||(4501338-4501421)
chr6 (223-306)||(15824890-15824973)
chr6 (224-425)||(25420244-25420445)
chr6 (60-148)||(6568855-6568943)
chr6 (369-433)||(33460854-33460918)
chr6 (369-433)||(34825011-34825075)
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (61-535)||(10653717-10654191)
chr4 (60-541)||(5240319-5240800)
chr4 (61-535)||(10867862-10868336)
chr4 (60-548)||(23166276-23166764)
chr4 (70-535)||(22644345-22644810)
chr4 (246-535)||(35088328-35088617)
chr4 (72-121)||(35088183-35088232)
chr4 (224-304)||(2005769-2005849)
chr4 (374-433)||(8122120-8122179)
chr4 (468-543)||(17130978-17131053)
chr4 (70-223)||(16987568-16987721)
chr4 (374-438)||(19803280-19803344)
chr4 (375-433)||(14040099-14040157)
chr4 (220-337)||(17130730-17130847)
chr4 (381-425)||(2005926-2005970)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (60-535)||(612970-613445)
chr8 (60-505)||(619364-619809)
chr8 (90-437)||(19992043-19992390)
chr8 (72-437)||(15886331-15886693)
chr8 (222-430)||(25574808-25575016)
chr8 (224-451)||(15758283-15758510)
chr8 (68-283)||(18551685-18551900)
chr8 (369-432)||(20077755-20077818)
chr8 (204-323)||(21555577-21555696)
chr8 (369-433)||(2997717-2997781)
chr8 (369-415)||(22614337-22614383)
chr8 (497-539)||(25574702-25574744)
chr8 (225-325)||(20077611-20077711)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (72-481)||(9845848-9846257)
chr5 (70-325)||(26465835-26466090)
chr5 (279-447)||(11925533-11925701)
chr5 (217-429)||(31376330-31376542)
chr5 (217-437)||(31327655-31327875)
chr5 (129-328)||(36731743-36731942)
chr5 (178-322)||(16989884-16990028)
chr5 (180-304)||(15449787-15449911)
chr5 (70-124)||(11925316-11925370)
chr5 (367-433)||(20323013-20323079)
chr5 (373-437)||(17387972-17388036)
chr5 (223-306)||(549820-549903)
chr5 (367-430)||(15449974-15450037)
chr5 (223-306)||(30280232-30280315)
chr5 (225-331)||(20239194-20239300)
chr5 (129-331)||(23958182-23958384)
chr5 (264-352)||(26472901-26472989)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (70-437)||(19665576-19665943)
chr7 (204-323)||(37012197-37012316)
chr7 (130-328)||(19813775-19813973)
chr7 (204-323)||(19606800-19606919)
chr7 (72-169)||(3819431-3819528)
chr7 (364-448)||(38846212-38846296)
chr7 (223-306)||(26084231-26084314)
chr7 (376-538)||(20137749-20137911)
chr7 (381-430)||(3004591-3004640)
chr7 (465-538)||(19813565-19813638)
[»] scaffold0257 (1 HSPs)
scaffold0257 (70-437)||(7640-8007)
[»] scaffold0779 (2 HSPs)
scaffold0779 (222-430)||(4900-5108)
scaffold0779 (497-539)||(5172-5214)
[»] scaffold0022 (1 HSPs)
scaffold0022 (76-451)||(168962-169337)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (192-415)||(86748-86971)
[»] scaffold1049 (1 HSPs)
scaffold1049 (223-332)||(1321-1430)
[»] scaffold0669 (1 HSPs)
scaffold0669 (60-89)||(2832-2861)
[»] scaffold1416 (1 HSPs)
scaffold1416 (178-306)||(308-436)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 53 - 553
Target Start/End: Original strand, 52778646 - 52779146
Alignment:
Q  53 caccacagagccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctgg 152  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52778646 caccactgagccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctgg 52778745  T
Q  153 caacttgttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagcca 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52778746 caacttgttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagcca 52778845  T
Q  253 gattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctct 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52778846 gattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctct 52778945  T
Q  353 ctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctggc 452  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52778946 ctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctggc 52779045  T
Q  453 atcaaatttaataaacccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaaattaacatctctgc 552  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  52779046 atcaaatctaataaacccaatcaagtttgcaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaaattaacatctgtgc 52779145  T
Q  553 t 553  Q
    |    
T  52779146 t 52779146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 60 - 541
Target Start/End: Original strand, 2360536 - 2361017
Alignment:
Q  60 gagccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttg 159  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  2360536 gagcctaaatcctatgctgaagcaagtaaacatgagtgttggaagcatgctatgcaagttgaacttcaagctcttgagaaaactggtacttggaaacttg 2360635  T
Q  160 ttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagt 259  Q
    | ||||||||| | ||| | || || |||||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||  | ||||| ||| | ||||| ||||| ||    
T  2360636 tggatttaccaccaaatgttaagcctattggatgtagatggatttacaaagtcaaattccatgctgatggcactattgagagatataaagcaagattggt 2360735  T
Q  260 tgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttct 359  Q
    ||| || ||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||| |||| ||||| |||||| | |||||     
T  2360736 tgccaaaggttacaatcaaattgagggcttagattattttgatacatattctccagttgctaaactcacaacagtcagacttgtgattgctttatcttcc 2360835  T
Q  360 atacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctggcatcaaat 459  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||  | || |||||||| |||||| | || ||||||||||||| |     
T  2360836 attcacaattggcatttacatcaacttgatgtcaataatgcctttcttcatggtgaacttcaggaagatgtgtatatgatgattcctcctggcatcacac 2360935  T
Q  460 ttaataaacccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaaatt 541  Q
      |  ||||   |||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||  | ||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  2360936 caatcaaacaacatcaagtttgcaagcttcaaaagtctctctatggacttaaacaggctagtagaaagtggtatgagaaatt 2361017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 195 - 433
Target Start/End: Original strand, 14456666 - 14456904
Alignment:
Q  195 agatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgatt 294  Q
    |||||||||||||| || || |||||||| |||||||| | ||||||| | ||  | ||| | ||||| || ||||| |||||||| |||||  | ||||    
T  14456666 agatggatttataaggtcaagtatcatgcagatggttcaactgaaagatataagacaagacttgttgccaaaggttataatcagatagaggggttagatt 14456765  T
Q  295 attttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaa 394  Q
    ||||||| || || ||||| | | || ||||  | ||| |||| ||||| |||||| |  |||| || ||  | |||||||||||||| |||||||||||    
T  14456766 attttgacacctattctccagcttctgaactcgcaacagtcagacttgtaattgctttagcttccattcattactggcatttacatcagcttgatgtaaa 14456865  T
Q  395 caatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgttta 433  Q
    |||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||    
T  14456866 caatgcttttctccatggagaactgcaagaagatgttta 14456904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 198 - 451
Target Start/End: Original strand, 40335218 - 40335471
Alignment:
Q  198 tggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattatt 297  Q
    |||||||| ||||| ||| |||||||| |||| ||||| |||| | | || || ||||| ||||| ||||| || || || ||||| ||  | || ||||    
T  40335218 tggatttacaaagtgaaacatcatgctaatggctccatagaaaaatataaggctagattggttgccaagggatataaccaaattgaaggtttggactatt 40335317  T
Q  298 ttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaa 397  Q
    |||| || || ||||||||||| || || || ||| |||   ||||  ||||| |  | ||||| || || |||||| | |||||||||||||| || ||    
T  40335318 ttgaaacatattctcctgttgccaagctcaccacagtcaaaattgttcttgctttggcatctatgcataactggcatcttcatcaacttgatgtcaataa 40335417  T
Q  398 tgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctgg 451  Q
    ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||    
T  40335418 tgcatttctgcatggagacttacaagaagatgtttacatgattatccctcctgg 40335471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 129 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 37738083 - 37737896
Alignment:
Q  129 gctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatg 228  Q
    ||||||||  |||||||||| ||| || | |||||||||||  | || |||||||| || || || |||||| |||||||  | ||| ||||||| ||||    
T  37738083 gctcttgaacaaactggtacttggaaattggttgatttacctcctaacatcaaaccaataggctgcagatgggtttataagatcaaacatcatgcagatg 37737984  T
Q  229 gttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgt 316  Q
    | ||||| ||||||  ||||||  | |||||||| ||||| |||||||| ||||||||  | || || |||||||| ||||| |||||    
T  37737983 gatccatagaaagattcaaagcatgtttagttgctaagggatacaatcaaattgagggtttagactactttgatacatactcacctgt 37737896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 183 - 323
Target Start/End: Original strand, 6097120 - 6097260
Alignment:
Q  183 cccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattg 282  Q
    |||||||| ||||  ||| | |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||| | | ||||| ||||| ||||  ||| |||    
T  6097120 cccattggctgtaagtgggtctataaaattaaatatcacgctgatggttccattgaaaggcacaaggccaaacttgttgccaagggctacacccagcttg 6097219  T
Q  283 agggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaa 323  Q
    | ||  | ||||||||||| |||| |   ||||||||||||    
T  6097220 aaggtgtcgattattttgaaactttcaaccctgttgctaaa 6097260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 364 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 47706375 - 47706291
Alignment:
Q  364 acaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcc 448  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||| || |||  |||||||||    
T  47706375 acaattggcatcttcatcaacttgatgtcaataatgcttttctgcatggggatcttcaagaagatgtgtacatggacatccctcc 47706291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 465 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 9795996 - 9795926
Alignment:
Q  465 aaacccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatga 535  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |  |||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||    
T  9795996 aaaccaaatcaagtttgcaagctactgaaatctctatatggtttgaaacaagctagtagaaaatggtatga 9795926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 128 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 9803082 - 9802926
Alignment:
Q  128 agctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgat 227  Q
    |||||||||  |||||||||| |   ||||||||||||||||  | || |||||||| || || || | |||| |||| ||  ||||| ||||||| |||    
T  9803082 agctcttgaacaaactggtacttaaaaacttgttgatttacctccaaacatcaaaccaataggctgcatatgggtttacaagattaaacatcatgcagat 9802983  T
Q  228 ggttccattgaaagacacaaagccagattagttgc-aaagggttacaatcagattga 283  Q
    |||||||| ||||||  ||||||  | || ||||| |||||| ||||||||||||||    
T  9802982 ggttccatagaaagattcaaagcacgtttggttgctaaagggatacaatcagattga 9802926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 381 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 37737831 - 37737782
Alignment:
Q  381 caacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgt 430  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||    
T  37737831 caacttgatgtcaataatgcttttcttcatggggagttacaagaaaatgt 37737782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0329 (Bit Score: 481; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0329
Description:

Target: scaffold0329; HSP #1
Raw Score: 481; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 53 - 553
Target Start/End: Original strand, 11975 - 12475
Alignment:
Q  53 caccacagagccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctgg 152  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11975 caccactgagccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctgg 12074  T
Q  153 caacttgttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagcca 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12075 caacttgttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagcca 12174  T
Q  253 gattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctct 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12175 gattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttaatctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctct 12274  T
Q  353 ctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctggc 452  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12275 ctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctggc 12374  T
Q  453 atcaaatttaataaacccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaaattaacatctctgc 552  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  12375 atcaaatctaataaacccaatcaagtttgcaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaaattaacatctgtgc 12474  T
Q  553 t 553  Q
    |    
T  12475 t 12475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 454; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 454; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 53 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 19586025 - 19585532
Alignment:
Q  53 caccacagagccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctgg 152  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19586025 caccactgagccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgatttttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctgg 19585926  T
Q  153 caacttgttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagcca 252  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19585925 aaacttgttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgttgatggttccattgaaagatacaaagcca 19585826  T
Q  253 gattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctct 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19585825 gattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaattaggcttgtcattgctct 19585726  T
Q  353 ctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctggc 452  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19585725 ctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgctttccttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcctccctcctggc 19585626  T
Q  453 atcaaatttaataaacccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaaattaacat 546  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19585625 atcaaatctaataaacccaatcaagtttgcaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaaattaacat 19585532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 53 - 326
Target Start/End: Original strand, 12286266 - 12286539
Alignment:
Q  53 caccacagagccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctgg 152  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12286266 caccactgagccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctgg 12286365  T
Q  153 caacttgttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagcca 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12286366 caacttgttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgttgatggttccattgaaagatacaaagcca 12286465  T
Q  253 gattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaactt 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12286466 gattagttgcaaagggttacaatcagattgagggatttgattattttgatacttactctcctgttgctaaactt 12286539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 321 - 553
Target Start/End: Original strand, 12297634 - 12297866
Alignment:
Q  321 aaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttac 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12297634 aaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacaaaattggcatttacatcaacttgatgtaagcaatgcttttcttcatggagatttac 12297733  T
Q  421 aagaagatgtttatatgctcatccctcctggcatcaaatttaataaacccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctag 520  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12297734 aagaagatgtttatatgctcctccctcctggcatcaaatctaataaaaccaatcaagtttgcaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctag 12297833  T
Q  521 taggaagtggtatgaaaaattaacatctctgct 553  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12297834 taggaagtggtatgaaaaattaacatctgtgct 12297866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 177 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 44667700 - 44667440
Alignment:
Q  177 atcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatc 276  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| || ||| | ||  |||||| |||||| ||  | |||||| ||||||  ||||| ||||| || || |||| ||    
T  44667700 atcaaacctattggttgtagatggatatacaaaatcaagcatcatgttgatggctcagtggaaagatacaaagatagattggttgctaaaggctacactc 44667601  T
Q  277 agattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcattt 376  Q
    | |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| | || || |||||||||||||||||| |  | ||||| || |  || ||| |    
T  44667600 aaattgagggccttgattactttgatacatactctccagttgctaaaatgaccactatcaggcttgtcattgctttggcatctatccatagctgacatat 44667501  T
Q  377 acatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatg 437  Q
     |||||| | ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||    
T  44667500 tcatcaattagatgttaaaaatgctttccttcatggagaattgcaagaggatgtctatatg 44667440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 217 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 18963865 - 18963643
Alignment:
Q  217 atcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgt 316  Q
    ||||||| ||||| ||||| || ||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||| ||| ||||| |  | ||||||    |||||||||  ||    
T  18963865 atcatgcagatggctccatagagagatacaaagcaagactagttgctaagggttacagtcaaattaagggattgaactattttctcgcttactctctagt 18963766  T
Q  317 tgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagat 416  Q
    | ||||||| || ||||||||   ||| |||||| |  |||||||  |||| | | || | || ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||    
T  18963765 ttctaaactcaccacaatcagaactgttattgctttggcttctattaacaactagaatattcaccaactagatgtgaataatgcttttctacatggtgat 18963666  T
Q  417 ttacaagaagatgtttatatgct 439  Q
    |||||||||||||| ||||||||    
T  18963665 ttacaagaagatgtgtatatgct 18963643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 369 - 430
Target Start/End: Original strand, 10544363 - 10544424
Alignment:
Q  369 tggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgt 430  Q
    ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  10544363 tggcatttatatcaattagatgtaaacaatgctttccttcatggagatttgcaagaaaatgt 10544424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 84 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 5666905 - 5666790
Alignment:
Q  84 agcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttaccatccaatatcaaac 183  Q
    |||||||  |||| |||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| | || | | ||||||| |||||||||||  || | ||||    
T  5666905 agcaagctagatttttggaagcaagcgatgcaagttgaactgta-gctcttgagaaaactaggacttcgaaacttgtagatttaccatcatatgtgaaac 5666807  T
Q  184 ccattggatgtagatgg 200  Q
    |||| ||||| ||||||    
T  5666806 ccataggatgcagatgg 5666790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 84 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 5676444 - 5676329
Alignment:
Q  84 agcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttaccatccaatatcaaac 183  Q
    |||||||  |||| |||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| ||| | || ||| ||||||| |||||||||||  || | ||||    
T  5676444 agcaagctagatttttggaagcaagcgatgcaagttgaactgta-gctcttgagaagactaggacttggaaacttgtagatttaccatcatatgtgaaac 5676346  T
Q  184 ccattggatgtagatgg 200  Q
    |||| ||||| ||||||    
T  5676345 ccataggatgcagatgg 5676329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 129 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 4645264 - 4645081
Alignment:
Q  129 gctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatg 228  Q
    |||||||| || ||||| || ||| |||| |||||||||  | | ||| |||| || ||||| |||| ||||||||  ||| | ||||||||||| || |    
T  4645264 gctcttgaaaatactgggacatggaaactagttgatttaataccaaatgtcaagcctattggttgtaaatggattttcaaaatcaaatatcatgcagaag 4645165  T
Q  229 gttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctc 312  Q
    | ||  | || ||| ||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  4645164 gctcagtagagagatacaaagctagattggttgccaaaggttataatcaaattgaaggattggattactttgatacttactctc 4645081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 368 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 18433187 - 18433122
Alignment:
Q  368 ttggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgttta 433  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||| | |||||||| ||||||||||| |||||    
T  18433187 ttggcatttacatcaattagatgtaaataatgcgtttttgcatggagaattacaagaagaagttta 18433122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 465 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 18963617 - 18963544
Alignment:
Q  465 aaacccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaa 538  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||   | || |||||||| || ||||||||||||||    
T  18963617 aaacctaatcaagtttgaaagctcttaaaatctctttatgttctcaagcaagctagcagaaagtggtatgaaaa 18963544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 264 - 352
Target Start/End: Original strand, 55311147 - 55311235
Alignment:
Q  264 aagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctct 352  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||  | ||||||||||||||||  || || ||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  55311147 aagggatacaatcaaattgaagggttggattattttgatactttttcaccagttgccaaagtcactacaatcagacttgtcattgctct 55311235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 264 - 349
Target Start/End: Original strand, 8837211 - 8837296
Alignment:
Q  264 aagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgc 349  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||  | ||||||||||||||||  || || ||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||    
T  8837211 aagggatacaatcaaattgaagggttggattattttgatactttttcaccagttgccaaagtcactacaatcagacttgtcattgc 8837296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 369 - 433
Target Start/End: Original strand, 37193291 - 37193355
Alignment:
Q  369 tggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgttta 433  Q
    ||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||  |||||||    
T  37193291 tggcatttacatcagttggatgtaaataatgcttttctacatggtgatttgcaagagaatgttta 37193355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 54 - 543
Target Start/End: Original strand, 29500339 - 29500827
Alignment:
Q  54 accacagagccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggc 153  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  29500339 accaccgaaccaaaatcatatgttgaggcaagcaagcatgactgttgaaaacaagccatgcaagttgaacttcaagctcttgagaaaactggtacctgag 29500438  T
Q  154 aacttgttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccag 253  Q
    ||||||||||||||||| | ||| |||| ||||| || ||||||||||| || ||||| ||| |||||| |||||| |||||| | ||| | ||||| ||    
T  29500439 aacttgttgatttaccaccaaatgtcaagcccat-ggttgtagatggatgtacaaagtaaaacatcatgttgatggatccattaagagatataaagcaag 29500537  T
Q  254 attagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctc 353  Q
     || || || || || ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| || || ||  ||||||||||||||||| |     
T  29500538 gttggtagctaaaggctacaatcagattgagggacttgactcttttgacacttactctcctgttgctaagctcacaactgtcaggcttgtcattgctttg 29500637  T
Q  354 tcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctggca 453  Q
    || || |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||| |    
T  29500638 tcgtcaatacacaactggaatttacatcaacttgatgttaacaatgctttccttcatagagatttacatgaagatgtttatatgattatctctcctggta 29500737  T
Q  454 tcaaatttaataaacccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaaattaa 543  Q
    | |||| | | ||| | || ||||  ||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||    
T  29500738 ttaaatctgacaaagcaaaccaagcatgaaagctcaataaatccctttatggtttgaaacatgctagcagaaagtggtatgagaaattaa 29500827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 72 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 27035470 - 27035103
Alignment:
Q  72 tatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttaccat 171  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |    ||||||||||| |||||||| ||| |  |||| ||||| |||     
T  27035470 tatgctgaggcaagcaagcatgaatgttggaaacaagcaatgcaagttgagttattggctcttgagaagactggtacatgggatattgtggattttccac 27035371  T
Q  172 ccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggtta 271  Q
    |  || | ||||| ||||| || |||||||| | |||||| ||| |||||| |||||| ||  |||||||| ||||||| ||| | ||||| ||||| ||    
T  27035370 cacatgttaaacctattggttgcagatggatctttaaagtcaaacatcatgttgatggatctgttgaaagatacaaagcaagactggttgccaagggata 27035271  T
Q  272 caatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattgg 371  Q
    || ||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || |||||||||||  | || ||| |||||||||| || ||| |  | || ||  |||| |||    
T  27035270 cagtcaaattgaaggtcttgattactttgatacttattcccctgttgctaagatgaccacagtcaggcttgttatagctttagcatcaatcaacaactgg 27035171  T
Q  372 catttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgct 439  Q
        | || ||||| ||||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  27035170 ttcattcaccaactagatgtcaacaatgcatttatgcatggtgatttacaagaggatgtttatatgct 27035103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 222 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 18498988 - 18498780
Alignment:
Q  222 gctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgcta 321  Q
    |||||||| || ||||||||  ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||  ||||| |||| ||||||||||||||    
T  18498988 gctgatggctctattgaaaggtacaaagccagactagttgctaaagggtacaatcagattgagggtctggatttctttgacactttctctcctgttgcta 18498889  T
Q  322 aacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttaca 421  Q
    | || || || || ||   | |  | ||| |  ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||    
T  18498888 agctcacaactattagaactcttctagctgttgcttctattcataattggcatttacatcaacttgatgtgaataatgcatttcttcatggagatttgca 18498789  T
Q  422 agaagatgt 430  Q
    |||||||||    
T  18498788 agaagatgt 18498780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 224 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 26360657 - 26360451
Alignment:
Q  224 tgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaa 323  Q
    |||||| || ||||||||  ||||||||||| ||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||  ||||| |||| |||||||||||||||     
T  26360657 tgatggctctattgaaaggtacaaagccagactagttgctaaagggtacaatcagattgagggtctggatttctttgacactttctctcctgttgctaag 26360558  T
Q  324 cttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaag 423  Q
    || || ||  | ||   | |  | ||| |  ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  26360557 ctcacaactgttagaactcttctagctgttgcttctattcataattggcatttacatcaacttgatgtgaataatgcatttcttcatggagatttgcaag 26360458  T
Q  424 aagatgt 430  Q
    |||||||    
T  26360457 aagatgt 26360451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 177 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 28155650 - 28155383
Alignment:
Q  177 atcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgc-aaagg------gt 269  Q
    |||||||| ||||| |||| |||| |||| ||| |||||||||||| |||||| || ||||| ||| ||||||| ||||| || || |||||      ||    
T  28155650 atcaaacctattggttgtaaatgggtttacaaaattaaatatcatgttgatggatctattgagagatacaaagctagattggtggctaaaggctaaaggt 28155551  T
Q  270 tacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaatt 369  Q
    |||| ||||||||| ||  | ||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||| |  | | |||  |||| |    
T  28155550 tacactcagattgaagggttagattactttgacacatactctccagttgcaaaacttactacagtcagagttgtcattgctttgacatatatcaacaact 28155451  T
Q  370 ggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatg 437  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||  | || |||||||| ||||||    
T  28155450 ggcatttgcatcaacttgatgtaaataatgcatttttgcatggagaacttcaggaagatgtctatatg 28155383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 297 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 4941945 - 4941812
Alignment:
Q  297 tttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaaca 396  Q
    ||||| |||||||||||| |||| || ||||||||| || | || || |||||| |  | ||||| ||| |||||  | |||||||||||||||||||||    
T  4941945 tttgacacttactctcctattgccaagcttactacagtcggactggtaattgctttggcatctattcaccattggtttatacatcaacttgatgtaaaca 4941846  T
Q  397 atgcttttcttcatggagatttacaagaagatgt 430  Q
    |||| ||||||||||| || || ||||| |||||    
T  4941845 atgcatttcttcatggtgaattgcaagaggatgt 4941812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 297 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 5027025 - 5026892
Alignment:
Q  297 tttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaaca 396  Q
    ||||| |||||||||||| |||| || ||||||||| || | || || |||||| |  | ||||| ||| |||||  | |||||||||||||||||||||    
T  5027025 tttgacacttactctcctattgccaagcttactacagtcggactggtaattgctttggcatctattcaccattggtttatacatcaacttgatgtaaaca 5026926  T
Q  397 atgcttttcttcatggagatttacaagaagatgt 430  Q
    |||| ||||||||||| || || ||||| |||||    
T  5026925 atgcatttcttcatggtgaattgcaagaggatgt 5026892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 202 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 20482839 - 20482719
Alignment:
Q  202 tttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttga 301  Q
    |||||||||| ||| || |||| ||||| || ||||| ||| |||||||  | |||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  20482839 tttataaagtgaaacataatgcagatggctctattgagagatacaaagcacgtttagttgctaagggatataatcagattgaaggccttgactattttga 20482740  T
Q  302 tacttactctcctgttgctaa 322  Q
    |||||  || |||||||||||    
T  20482739 tactttttcacctgttgctaa 20482719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 495 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 20041694 - 20041645
Alignment:
Q  495 tctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaaattaac 544  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  20041694 tctctttatggtttgaaacaagccagtaggaagtggtatgaaaaactaac 20041645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 368 - 437
Target Start/End: Original strand, 30154843 - 30154912
Alignment:
Q  368 ttggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatg 437  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||| | |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  30154843 ttggcatttacatcaattagatgtaaataatgcgtttttgcatggagaattacaagaagaagtttatatg 30154912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 306
Target Start/End: Original strand, 28018324 - 28018452
Alignment:
Q  178 tcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatca 277  Q
    ||||||| || || || |||||| |||||||||| ||  || |||| ||||| || ||||| ||| |||||||  | |||||||| ||||| || |||||    
T  28018324 tcaaacctatagggtgcagatgggtttataaagtgaagcataatgcagatggctctattgagagatacaaagcacgtttagttgctaagggatataatca 28018423  T
Q  278 gattgagggacttgattattttgatactt 306  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||    
T  28018424 gattgaaggccttgactattttgatactt 28018452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 70 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 21808386 - 21808218
Alignment:
Q  70 catatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttacc 169  Q
    |||||||||| ||||||||   |||||||||||| ||||| ||| |||||||| ||   ||||||||||| |||   || |||  ||| |||||| ||||    
T  21808386 catatgctgaggcaagcaaatttgattgttggaagcaagctatgaaagttgaattgtctgctcttgagaatactaaaacatggagactggttgatctacc 21808287  T
Q  170 atccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattga 238  Q
    | | ||| ||||||| || || || |||||||| |||||| | || |||||||| ||||| || |||||    
T  21808286 acctaatgtcaaacctataggttgcagatggatatataaaatcaagtatcatgcagatggctctattga 21808218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 378 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 34978857 - 34978802
Alignment:
Q  378 catcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgttta 433  Q
    |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||    
T  34978857 catcaattggatgtaaacaatgcctttcttcatggagatcttcatgaagatgttta 34978802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 497 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 26360387 - 26360345
Alignment:
Q  497 tctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaaa 539  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  26360387 tctttatggcttgaaacaagcaagcaggaaatggtatgaaaaa 26360345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 224 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 34979011 - 34978901
Alignment:
Q  224 tgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaa 323  Q
    |||||| |||||||||||  ||||||   | |||||||||||||| |||||||| ||||| ||  | ||||| ||||||||||  ||||  |||||||||    
T  34979011 tgatgggtccattgaaaggtacaaagtatgtttagttgcaaaggggtacaatcaaattgaaggcttagattactttgatactttttctctagttgctaaa 34978912  T
Q  324 cttactacaat 334  Q
     | ||||||||    
T  34978911 gtgactacaat 34978901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 368 - 418
Target Start/End: Original strand, 37177577 - 37177627
Alignment:
Q  368 ttggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagattt 418  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  37177577 ttggtatttacatcaactagatgtaaataatgcctttctccatggagattt 37177627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 378 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 21808078 - 21808017
Alignment:
Q  378 catcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgct 439  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| | ||||| ||| | |||||||| |||||||||||    
T  21808078 catcaacttgatgtcaataatgcttttttacatggtgatctgcaagaagacgtttatatgct 21808017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 381 - 430
Target Start/End: Original strand, 23681914 - 23681963
Alignment:
Q  381 caacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgt 430  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||    
T  23681914 caacttgatgtcaataatgcttttcttcatggggagttacaagaaaatgt 23681963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 170; Significance: 6e-91; HSPs: 17)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 6e-91
Query Start/End: Original strand, 60 - 541
Target Start/End: Original strand, 14815777 - 14816258
Alignment:
Q  60 gagccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttg 159  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  14815777 gagcctaaatcctatgctgaagcaagtaaacatgagtgttggaagcatgctatgcaagttgaacttcaagctcttgagaaaactggtacttggaaacttg 14815876  T
Q  160 ttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagt 259  Q
    | ||||||||| | ||| | || || |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||  | ||||| ||| | ||||| ||||| ||    
T  14815877 tggatttaccaccaaatgttaagcctattggatgtagatggatttacaaagtcaaatttcatgctgatggcactattgagagatataaagcaagattggt 14815976  T
Q  260 tgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttct 359  Q
    ||| || ||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||| |||| ||||| |||||| | |||||     
T  14815977 tgccaaaggttacaatcaaattgagggcttagattattttgatacatattctccagttgctaaactcacaacagtcagacttgtgattgctttatcttcc 14816076  T
Q  360 atacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctggcatcaaat 459  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||  | || |||||||| || ||||| || |||||||||||||||     
T  14816077 attcataattggcatttacatcaacttgatgtcaataatgcctttcttcatggtgaacttcaggaagatgtgtacatgctgattcctcctggcatcaaac 14816176  T
Q  460 ttaataaacccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaaatt 541  Q
      |  ||||  ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||  | ||| | |||||||| ||||||||||| |||||    
T  14816177 caatcaaacaaaatcaagtttgcaagcttcaaaagtctctctatggacttaaataggctagtagaaagtggtatgagaaatt 14816258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 70 - 332
Target Start/End: Original strand, 14617105 - 14617367
Alignment:
Q  70 catatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttacc 169  Q
    |||||| |||||||||||| |||  ||||||| | || || ||||||  ||| ||   ||||||||| || |||||||| ||| |||| || | ||||||    
T  14617105 catatgatgaagcaagcaaacatacttgttggcagcaggctatgcaaactgagcttacagctcttgaaaatactggtacttggaaactggtgggtttacc 14617204  T
Q  170 atccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggt 269  Q
    | |  |||| ||||| || |||||| | ||||| || ||| |||||||||||||  ||||  ||||||||||| | || || ||| | ||||| ||||||    
T  14617205 agctgatattaaaccaataggatgtcggtggatatacaaaattaaatatcatgcaaatggcaccattgaaagatataaggcaagactggttgctaagggt 14617304  T
Q  270 tacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactaca 332  Q
    |||||||||||||| || |||||||||  ||| || || || ||||||| ||| |||||||||    
T  14617305 tacaatcagattgaaggccttgattatgctgacacctattcacctgttgttaagcttactaca 14617367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 159 - 319
Target Start/End: Original strand, 34067849 - 34068009
Alignment:
Q  159 gttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattag 258  Q
    |||||||||||| | ||| | ||||| ||||| |||| |||||| |||||  | ||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||  | ||||    
T  34067849 gttgatttaccaccaaatgtgaaacctattggttgtaaatggatctataagatcaaatatcatgcagatgggtccatagaaagatacaaagcacgtttag 34067948  T
Q  259 ttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgc 319  Q
    |||| || |||||||||||||| |||||  | || || |||||||| |||||||| |||||    
T  34067949 ttgctaaaggttacaatcagatagagggtttggactactttgatacatactctccagttgc 34068009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 77 - 425
Target Start/End: Original strand, 28560914 - 28561261
Alignment:
Q  77 tgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttaccatccaat 176  Q
    |||||||||||||||   || |||| |||| || ||||||| ||| ||   | ||||||| || ||||| || ||| |||| || ||||||||| | ||     
T  28560914 tgaagcaagcaagcacacttattggcaacaggcaatgcaagctgagcttacaactcttgaaaatactggaacttggaaactggtggatttaccacctaac 28561013  T
Q  177 atcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatc 276  Q
    |||||||  || || ||||| ||||| || ||| | ||| || ||||  ||||  |||| || ||| ||||||| ||| | || || |||| ||||| ||    
T  28561014 atcaaacatataggttgtaggtggatatacaaaatcaaacattatgcatatggaaccatagagagatacaaagcaagactggtcgctaaggattacactc 28561113  T
Q  277 agattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcattt 376  Q
    | ||||||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||  | ||   |||||||||| |   ||| ||| |||| ||| || |    
T  28561114 aaattgagggattggattattttgatacttactcaccagttgctaaacttaccactgtgagaactgtcattgctttagattccataaacaactggtatat 28561213  T
Q  377 acatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaa 425  Q
     |||||||| ||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  28561214 tcatcaactagatgtgaa-aatgcattccttcatggtgatttacaagaa 28561261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 251 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 6568809 - 6568612
Alignment:
Q  251 cagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgct 350  Q
    |||||| || ||| |||| |||| ||| ||||| || |||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||  ||||  |||| ||| ||    
T  6568809 cagattggtggcatagggatacactcaaattgaagggcttgattattttgacacatactccccagttgctaaacttactactgtcagagttgttattact 6568710  T
Q  351 ctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcc 448  Q
     |  |||| ||  |||| || ||| | || ||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||  | ||||||||||| || ||| |||| |||||    
T  6568709 ttagcttccatcaacaactgacatattcaccaacttgatgtcaacaatgcttttctgcttggtgaccttcaagaagatgtatacatgatcattcctcc 6568612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 154 - 299
Target Start/End: Original strand, 12301883 - 12302028
Alignment:
Q  154 aacttgttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccag 253  Q
    |||| ||| |||||||| | ||||||||||| || || || |||||||| |||||  | ||| |  |||| ||||| ||||| || ||  ||||||| ||    
T  12301883 aactggttaatttaccacctaatatcaaacctataggttgaagatggatatataagatcaaacacaatgcagatggctccatagagagctacaaagcaag 12301982  T
Q  254 attagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattatttt 299  Q
    ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||    
T  12301983 atttgttgctaagggttacaatcaaattgagggattggattatttt 12302028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 178 - 306
Target Start/End: Original strand, 6343295 - 6343423
Alignment:
Q  178 tcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatca 277  Q
    ||||||| || || || |||||| |||||||||| ||  || |||| ||||| || ||||| ||| |||||||  | |||||||| ||||| || |||||    
T  6343295 tcaaacctatagggtgcagatgggtttataaagtgaagcataatgcagatggctctattgagagatacaaagcacgtttagttgctaagggatataatca 6343394  T
Q  278 gattgagggacttgattattttgatactt 306  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||    
T  6343395 gattgaaggccttgactattttgatactt 6343423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 376 - 439
Target Start/End: Original strand, 26970829 - 26970892
Alignment:
Q  376 tacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgct 439  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||    
T  26970829 tacatcaacttgatgtaaataattctttccttcatggagagttataggaagatgtctatatgct 26970892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 222 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 5374160 - 5374078
Alignment:
Q  222 gctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatac 304  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||| || |||||||| ||||| || || || ||||||| |||||||||    
T  5374160 gctgatggttctattgaaagatacaaagcaagataagtggctaagggttataatcaaatagaaggtcttgatttttttgatac 5374078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 438
Target Start/End: Original strand, 31273122 - 31273404
Alignment:
Q  157 ttgttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagatt 256  Q
    |||||||| |||| |  ||||||||||| ||||| || ||| || | |||||  ||| | ||||||| ||| | ||||| |||||    |||||| | ||    
T  31273122 ttgttgatctaccctttaatatcaaacctattggttgcagaagggtatataagattagacatcatgcagattgatccatagaaaggtttaaagcccgctt 31273221  T
Q  257 agttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctct 356  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||  | ||  | ||||| ||||| || ||||| |||||||||||  |||||||||| || ||||| |||||| |  |     
T  31273222 agttgcaaagggttaaaatcatatataaggtttagattactttgacacatactcacctgttgctaagtttactacaatgagacttgttattgctttaaca 31273321  T
Q  357 tctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttctt-catggagatttacaagaagatgtttatatgc 438  Q
    || || ||  |||||    |||| ||||||| ||| |||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  31273322 tcaattcatcattggttcatacaccaacttgctgttaacaatgctttttttgcatggtgagttacaagaagatgtttacatgc 31273404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 320
Target Start/End: Original strand, 31961390 - 31961464
Alignment:
Q  246 aaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgct 320  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| || || ||||||    
T  31961390 aaagcaagattggttgctaagggttacaatcaaattgagggactggactactttgatacttattcaccagttgct 31961464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 306
Target Start/End: Original strand, 4501338 - 4501421
Alignment:
Q  223 ctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatactt 306  Q
    ||||||||||  ||||||| || |||||| | ||||||||||||||||| | ||| || || ||| ||||||| ||||||||||    
T  4501338 ctgatggttctcttgaaaggcataaagcccggttagttgcaaagggttatactcaaatggaaggagttgattactttgatactt 4501421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 306
Target Start/End: Original strand, 15824890 - 15824973
Alignment:
Q  223 ctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatactt 306  Q
    ||||||||||  ||||||| || |||||| | ||||||||||||||||| | ||| || || ||| ||||||| ||||||||||    
T  15824890 ctgatggttctcttgaaaggcataaagcccggttagttgcaaagggttatactcaaatggaaggagttgattactttgatactt 15824973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 224 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 25420445 - 25420244
Alignment:
Q  224 tgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaa 323  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| || || || |||| ||||||  | ||||| ||||||| ||||||||| | ||| || || || |||    
T  25420445 tgatggttctattgaaagatacaaagcaagattggtggctaaaggttgcaatcaagtagagggtcttgatttttttgatacattctcaccagtggcaaaa 25420346  T
Q  324 cttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaag 423  Q
     | |||||||| ||   | |  ||||| |  | ||||| || || |||||  | || ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25420345 ttgactacaatgagaactcttcttgctattgcatctattcataactggcacatgcaccaactagatgtcaataatgcttttcttcatggagatctacaag 25420246  T
Q  424 aa 425  Q
    ||    
T  25420245 aa 25420244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 6568943 - 6568855
Alignment:
Q  60 gagccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtac 148  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||| || ||||||| |||| |    || |||||||||||||||||    
T  6568943 gagcccaaaacatatgctgaagcaagcaaacatgaattttggagacaggctatgcaagatgaattatctgcacttgagaaaactggtac 6568855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 369 - 433
Target Start/End: Original strand, 33460854 - 33460918
Alignment:
Q  369 tggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgttta 433  Q
    ||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||  |||||||    
T  33460854 tggcatttacatcagttggatgtaaataatgcttttctacatggtgatttgcaagagaatgttta 33460918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 369 - 433
Target Start/End: Original strand, 34825011 - 34825075
Alignment:
Q  369 tggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgttta 433  Q
    ||||||||||||||  | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||  |||||||    
T  34825011 tggcatttacatcagttggatgtaaataatgcttttctacatggtgatttgcaagagaatgttta 34825075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 163; Significance: 9e-87; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 61 - 535
Target Start/End: Original strand, 10653717 - 10654191
Alignment:
Q  61 agccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgt 160  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  10653717 agcctaaatcctatgctgaagcaagtaaacatgagtgttggaagcatgctatgcaagttgaacttcaagctcttgagaaaactggtacttggaaacttgt 10653816  T
Q  161 tgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagtt 260  Q
     ||||||||| | ||| | || || |||||||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||||  | ||||| ||| | ||||| ||||| |||    
T  10653817 ggatttaccaccaaatgttaagcctattggatgtagatggatttacaaagtcaagtttcatgctgatggcactattgagagatataaagcaagattggtt 10653916  T
Q  261 gcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttcta 360  Q
    || || ||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||  |||| ||||| |||||| | ||||| |    
T  10653917 gccaaaggttacaatcaaattgagggcttagattattttgatacatattctccagttgctaaactcacaactgtcagacttgtgattgctttatcttcca 10654016  T
Q  361 tacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctggcatcaaatt 460  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||  | || |||||||| || ||| | || |||||||||||||||      
T  10654017 ttcataattggcatttacatcaacttgatgtaaataatgcctttcttcatggtgaacttcaggaagatgtgtacatgttgattcctcctggcatcaaacc 10654116  T
Q  461 taataaacccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatga 535  Q
     |  ||||  ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||  | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  10654117 aatcaaacaaaatcaagtttgcaagcttcaaaagtctctatatggacttaaacaggctagtagaaagtggtatga 10654191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 8e-84
Query Start/End: Original strand, 60 - 541
Target Start/End: Original strand, 5240319 - 5240800
Alignment:
Q  60 gagccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttg 159  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||  || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  5240319 gagcctaaatcctatgctgaagcaagtaaacatgagtgttggatgcatgctatgcaagttgaacttcaagctcttgagaaaactggtacttggaaacttg 5240418  T
Q  160 ttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagt 259  Q
    | ||||||||| | ||| | || || |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||||||  | ||||| ||| | ||||| ||||| ||    
T  5240419 tggatttaccaccaaatgttaagcctattggatgtagatggatttacaaagtcaaatttcatgttgatggcactattgagagatataaagcaagattggt 5240518  T
Q  260 tgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttct 359  Q
    ||| || ||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||| |||| ||||| |||||| | |||||     
T  5240519 tgccaaaggttacaatcaaattgagggcttggattattttgatacatattctccagttgctaaactcacaacagtcagacttgtgattgctttatcttcc 5240618  T
Q  360 atacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctggcatcaaat 459  Q
    || || |||| ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||  | || |||||||| || ||||| || |||||||||||||||     
T  5240619 attcataatttgcatttacatcaacttgatgtcaataatgcctttcttcatggtgaacttcaggaagatgtgtacatgctgattcctcctggcatcaaac 5240718  T
Q  460 ttaataaacccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaaatt 541  Q
      |  ||||  ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||  | |||||  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  5240719 caatcaaacaaaatcaagtttgcaagcttcaaaagtctctctatggacttaaacagactagtagaaagtggtatgagaaatt 5240800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 61 - 535
Target Start/End: Original strand, 10867862 - 10868336
Alignment:
Q  61 agccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgt 160  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  10867862 agcctaaatcctatgctgaagcaagtaaacatgagtgttggaagcatgctatgcaagttgaacttcaagctcttgagaaaactggtacttggaaacttgt 10867961  T
Q  161 tgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagtt 260  Q
     ||||||||  | ||| | || || |||||||||||||||||||| ||||| || | ||||| ||||||  | ||||| ||| | ||||| ||||| |||    
T  10867962 ggatttacctccaaatgttaagcctattggatgtagatggatttacaaagtcaattttcatgttgatggcactattgagagatataaagcaagattggtt 10868061  T
Q  261 gcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttcta 360  Q
    || || ||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||  |||| ||||| |||||| | ||||| |    
T  10868062 gccaaaggttacaatcaaattgagggcttagattattttgatacatattctccagttgctaaactcacaactgtcagacttgtgattgctttatcttcca 10868161  T
Q  361 tacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctggcatcaaatt 460  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||  | || |||||||| || ||| | || |||||||||||||||      
T  10868162 ttcataattggcatttacatcaacttgatgttaataatgcctttcttcatggtgaacttcaggaagatgtgtacatgttgattcctcctggcatcaaacc 10868261  T
Q  461 taataaacccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatga 535  Q
     |  ||||  ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||  | ||||| |||||||| |||||||||||    
T  10868262 aatcaaacaaaatcaagtttgcaagcttcaaaagtctctatatggacttaaacaggctagtagaaagtggtatga 10868336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 60 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 23166764 - 23166276
Alignment:
Q  60 gagccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttg 159  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  23166764 gagccaaaatcttatgctgaggcaagcaagcttgattgctggaagcatgctatgcaagttgaacttcaggctcttgagaaaactggtacttggaaacttg 23166665  T
Q  160 ttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagt 259  Q
    | ||||||||| | ||| | || || ||||| || |||||||||||||| || |||| ||||||||||||  |  |||| ||| |||||||  |||| ||    
T  23166664 tggatttaccaccaaatgtgaagcctattggttgcagatggatttataaggtcaaatttcatgctgatggaacggttgagagatacaaagcacgattggt 23166565  T
Q  260 tgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttct 359  Q
     || || ||||||||||| ||||||||  | |||||| ||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||| |||| ||||| |||||| | |||||     
T  23166564 ggctaaaggttacaatcaaattgagggtttggattatcttgatacatactccccagttgccaaactcacaacagtcagacttgtaattgctttgtcttcc 23166465  T
Q  360 atacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctggcatcaaat 459  Q
    ||  |||| |||||| | |||||||||||||| || ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||| |  | |||||||| |||||||    
T  23166464 atcaacaactggcatctccatcaacttgatgtcaataatgcctttttgcatggagatttacaagaagatgtgtatatgatggttcctcctggtatcaaat 23166365  T
Q  460 ttaataaacccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaaattaacatct 548  Q
     |  ||||| ||||||||| || ||| |    |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| || || ||||||    
T  23166364 cttctaaactcaatcaagtctgcaagttaactaaatctctttatggtttaaaacaagccagtagaaagtggtatgagaagttgacatct 23166276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 70 - 535
Target Start/End: Original strand, 22644345 - 22644810
Alignment:
Q  70 catatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttacc 169  Q
    |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||| |||  |    || ||||||||||||||||| ||| |  |||| ||||||||    
T  22644345 catatgttgaggcaagcaaacatgattgttggaataaagctatgcaagctgagttattggcacttgagaaaactggtacttgggatattgtagatttacc 22644444  T
Q  170 atccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggt 269  Q
    | |  || | ||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||| || |||||||||||||||| || ||| |||| |||||||| ||||| || |||    
T  22644445 agcatatgttaaacccattggttgtagatggatctacaaagtcaaacataatgctgatggttccatagagagatacaaggccagattggttgctaaaggt 22644544  T
Q  270 tacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaatt 369  Q
    ||||  || ||||| || |||||||||||||| || || || |||||||| || || |||||| | ||  | || |||||| |  |||| ||||| || |    
T  22644545 tacacccaaattgaaggccttgattattttgaaacatattcacctgttgccaagctaactacagtgagattggtgattgctttagcttcaatacataact 22644644  T
Q  370 ggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctggcatcaaatttaataaacc 469  Q
    |||||||||||||  | ||||| || |||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||| |  | |||||||| |||||  ||  ||||||    
T  22644645 ggcatttacatcagttagatgtcaataatgctttcctccatggagaattacaagaagatgtctatatgattttacctcctgggatcaacattgctaaacc 22644744  T
Q  470 caatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatga 535  Q
      |||||||||| ||  |  | ||||| |||||||| ||||| || || || ||| ||||||||||    
T  22644745 tcatcaagtttgcaaattgaagaaatccctttatggtttgaagcaggcaagcaggcagtggtatga 22644810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 246 - 535
Target Start/End: Original strand, 35088328 - 35088617
Alignment:
Q  246 aaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtca 345  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||| |||| ||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||| | |||||| |||||||||| |    
T  35088328 aaagcaagactagttgccaagggatacactcaaattgagggtcttgattactttgatacttattcccctgttgctaaaatgactacagtcaggcttgtta 35088427  T
Q  346 ttgctctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccc 445  Q
    | ||| |  | || ||  |||| |||    | |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||  | ||    
T  35088428 tagctttagcatcaattaacaactggttcattcatcaacttgatgtcaacaatgcatttctgcatggtgatttacaagaggatgtttatatgcttgtacc 35088527  T
Q  446 tcctggcatcaaatttaataaacccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatga 535  Q
    |||||||||||||   | |||| ||||||| ||||| || ||  | || ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  35088528 tcctggcatcaaaaccattaaatccaatcaggtttgcaaacttaagaagtctctctatggattaaaacaagctagtaggaagtggtatga 35088617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 72 - 121
Target Start/End: Original strand, 35088183 - 35088232
Alignment:
Q  72 tatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttga 121  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  35088183 tatgctgaggcaagcaagcatgaatgttggaaacaagcaatgcaagttga 35088232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 224 - 304
Target Start/End: Original strand, 2005769 - 2005849
Alignment:
Q  224 tgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatac 304  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| ||| | || || || ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||    
T  2005769 tgatggttctattgaaagatacaaagcaagactggtggctaaaggttacaatcaaattgagggtcttgatttttttgatac 2005849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 374 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 8122179 - 8122120
Alignment:
Q  374 tttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgttta 433  Q
    |||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||    
T  8122179 tttacatcaattggatgtaaacaatgcctttcttcatggagatcttcatgaagatgttta 8122120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 468 - 543
Target Start/End: Original strand, 17130978 - 17131053
Alignment:
Q  468 cccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaaattaa 543  Q
    ||||||||||| || |||||   ||| |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  17130978 cccaatcaagtctgtaagctttcaaagtctctttatggcctcaaacaagctagtaggcagtggtatgaaaagttaa 17131053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 70 - 223
Target Start/End: Original strand, 16987568 - 16987721
Alignment:
Q  70 catatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttacc 169  Q
    |||||||||| ||||||||   |||||||||||| ||||| ||| |||||||| ||   ||||||||||| ||||| || |||  ||| |||||| | ||    
T  16987568 catatgctgaggcaagcaaatttgattgttggaaccaagctatgaaagttgaattgtctgctcttgagaatactggaacatggagactggttgatctgcc 16987667  T
Q  170 atccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgc 223  Q
    | | ||| ||||||| || || || |||||||| |||||| | || ||||||||    
T  16987668 acctaatgtcaaacctataggttgcagatggatatataaaatcaagtatcatgc 16987721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 374 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 19803344 - 19803280
Alignment:
Q  374 tttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgc 438  Q
    |||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||||    
T  19803344 tttacatcaattagatgtaaacaatgcctttcttcatggtgatctccatgaagatgtttacatgc 19803280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 375 - 433
Target Start/End: Original strand, 14040099 - 14040157
Alignment:
Q  375 ttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgttta 433  Q
    ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| | || || ||||||||    
T  14040099 ttacatcaattagatgtaaacaatgcatttcttcatggagatctccatgaggatgttta 14040157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 220 - 337
Target Start/End: Original strand, 17130730 - 17130847
Alignment:
Q  220 atgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgc 319  Q
    ||||||||||||||||||| ||  |||||||  | |||||||| ||||| || ||||| ||||| ||  | |||||||| |||||||  || || |||||    
T  17130730 atgctgatggttccattgataggtacaaagcacgtttagttgccaagggatataatcaaattgaaggcttagattatttcgatactttttcaccagttgc 17130829  T
Q  320 taaacttactacaatcag 337  Q
    |||| | || ||||||||    
T  17130830 taaagtaacaacaatcag 17130847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 381 - 425
Target Start/End: Original strand, 2005926 - 2005970
Alignment:
Q  381 caacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaa 425  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  2005926 caactagatgtcaacaatgcttttcttcatggtgatctacaagaa 2005970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 60 - 535
Target Start/End: Original strand, 612970 - 613445
Alignment:
Q  60 gagccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttg 159  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||  |||||| || ||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| | ||||    
T  612970 gagcctaaatcctatgctgaagcaagtaaatatgatttttagaagcatgcaatgcaagttgaacttcaagctcttgagaaaactggcacttggaagcttg 613069  T
Q  160 ttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagt 259  Q
    | ||| ||||| | ||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||||  |  |||| ||| | ||||| ||||| ||    
T  613070 tggatataccaccaaatgttaagcccattggatgtagatggatttacaaagtcaagtttcatgctgatggcactgttgagagatataaagcaagattggt 613169  T
Q  260 tgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttct 359  Q
    ||| ||  |||||||||| ||| ||||  | ||||| ||| |||| || ||||| ||||| ||||| || ||  |||| ||||| |||||| | ||||      
T  613170 tgccaaatgttacaatcaaattaagggcttagattactttaatacatattctccagttgccaaactcacaactgtcagacttgtgattgctttgtctttc 613269  T
Q  360 atacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctggcatcaaat 459  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||  | || |||||||| || ||  | || |||||||||||||||     
T  613270 attcataattggcatttacatcaacttgatgtaaataatgccttccttcatggtgaacttcaggaagatgtgtacatattgattcctcctggcatcaaac 613369  T
Q  460 ttaataaacccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatga 535  Q
      |  || |  ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||  | ||  | |||||||| |||||||||||    
T  613370 caatcaagcaaaatcaagtttgcaagctccaaaagtctctatatggtcttaagtaggctagtagaaagtggtatga 613445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 60 - 505
Target Start/End: Original strand, 619364 - 619809
Alignment:
Q  60 gagccaaaatcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttg 159  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||  |||||| || ||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| | ||||    
T  619364 gagcctaaatcctatgctgaagcaagtaaatatgatttttagaagcatgcaatgcaagttgaacttcaagctcttgagaaaactggcacttggaagcttg 619463  T
Q  160 ttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagt 259  Q
    | ||| ||||| | ||| | || ||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||||  |  |||| ||| | ||||| ||||| ||    
T  619464 tggatataccaccaaatgttaagcccattggatgtagatggatttacaaagtcaagtttcatgctgatggcactgttgagagatataaagcaagattggt 619563  T
Q  260 tgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttct 359  Q
    ||| ||  |||||||||| ||| ||||  | ||||| ||| |||| || ||||| ||||| ||||| || ||  |||| ||||| |||||| | ||||      
T  619564 tgccaaatgttacaatcaaattaagggcttagattactttaatacatattctccagttgccaaactcacaactgtcagacttgtgattgctttgtctttc 619663  T
Q  360 atacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctggcatcaaat 459  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||  | || |||||||| || ||  | || |||||||||||||||     
T  619664 attcataattggcatttacatcaacttgatgtaaataatgccttccttcatggtgaacttcaggaagatgtgtacattttgattcctcctggcatcaaac 619763  T
Q  460 ttaataaacccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatgg 505  Q
      |  || |  ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  619764 caatcaagcaaaatcaagtttgcaagctccaaaagtctctatatgg 619809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 90 - 437
Target Start/End: Original strand, 19992043 - 19992390
Alignment:
Q  90 catgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttaccatccaata-tcaaacccatt 188  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||   |||||| |  |||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||| |  ||| || |||    
T  19992043 catgattgttggaagcaagctatgcaagatgaactgactgctcttcatcaaactggtacttggcaaatagttgatttacc-tccaacagccaagcctatt 19992141  T
Q  189 ggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggac 288  Q
    || || ||||||||||  ||||| ||| |  |||||||||| ||||| || ||| | ||||| |||||||| || || ||||| ||||| ||||||||      
T  19992142 gggtgcagatggattttcaaagtaaaacacaatgctgatggatccatagagagatataaagcaagattagtggccaaaggttataatcaaattgagggtt 19992241  T
Q  289 ttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttga 388  Q
    | ||||| |||||||| ||||| ||||| || || || || |   ||||| || |||||||| |  | |||||| |  |||||||  |||||||||||||    
T  19992242 tggattactttgatacatactcccctgtagccaagctcacaattgtcaggtttatcattgctttggcatctataaatcattggcacctacatcaacttga 19992341  T
Q  389 tgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatg 437  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||  | || |||||||||||||||    
T  19992342 tgtaaataatgcttttctacatggtgagcttcaggaagatgtttatatg 19992390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 72 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 15886693 - 15886331
Alignment:
Q  72 tatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttaccat 171  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||| ||| |  ||||||||||||||     
T  15886693 tatgctgaggcaagcaagcatgattgctggaatcaagctatgcaagttgaactatcagctcttgagacaactggtacttggaagattgttgatttaccag 15886594  T
Q  172 ccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggtta 271  Q
       | |||||||| || || || |||||||| || ||||| ||  || |||||||||| |   || | ||| | || || ||||| ||||| || |||||    
T  15886593 atcacatcaaaccaataggctgcagatggatatacaaagtcaagcataatgctgatggcttagttaagagatataaggctagattggttgccaaaggtta 15886494  T
Q  272 caatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattgg 371  Q
    || ||| ||||||||   ||  ||||||||||| ||||| |||||||| ||| | || || ||||| ||||| ||| || |  | || ||||| ||||||    
T  15886493 cactcaaattgaggg---tggctattttgatacctactcacctgttgccaaaatgaccactatcagacttgttattactttagcctccatacataattgg 15886397  T
Q  372 catttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatg 437  Q
     || | || ||| | ||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||    
T  15886396 aatcttcaccaattagatgttaacaatgcctttcttcatggtgaattgcaagaggatgtttatatg 15886331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 222 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 25575016 - 25574808
Alignment:
Q  222 gctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgcta 321  Q
    |||||||| || ||||||||  |||| |||||| ||||||| || || ||||||||||||||||| || ||||  ||| | |||| ||||||||||||||    
T  25575016 gctgatggctctattgaaaggtacaaggccagactagttgctaaagggtacaatcagattgagggtctggatttctttaacactttctctcctgttgcta 25574917  T
Q  322 aacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttaca 421  Q
    | || || ||  | ||   | |  | | | |  ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||    
T  25574916 agctcacaactgttagaactcttctaggtgttgcttctattcataattggcatttacatcaacttgatgtgaataatgcatttcttcatggagatttgca 25574817  T
Q  422 agaagatgt 430  Q
    |||||||||    
T  25574816 agaagatgt 25574808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 224 - 451
Target Start/End: Original strand, 15758283 - 15758510
Alignment:
Q  224 tgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaa 323  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  | || || || ||||| || ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| || || || ||||||    
T  15758283 tgatggttccattgaaagatacaaagcacgtttggtggccaagggctataatcaaattgaggggctggattactttgatacttattcaccagtggctaaa 15758382  T
Q  324 cttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaag 423  Q
    || || ||  ||||  || |||| ||  |  | |||||  |  ||||||| ||||||||  ||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||    
T  15758383 ctcacaactgtcagatttatcatagccttagcctctatcaatcattggcacttacatcagtttgatgtcaataatgcatttcttcatggtgagttacaag 15758482  T
Q  424 aagatgtttatatgctcatccctcctgg 451  Q
    |||||||||| ||| | || ||||||||    
T  15758483 aagatgtttacatgattatacctcctgg 15758510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 68 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 18551900 - 18551685
Alignment:
Q  68 atcatatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgattta 167  Q
    |||||||| ||| || ||||||  ||||||||||||  |||||||| |   ||||||  ||||||||||  |||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  18551900 atcatatgttgaggctagcaagtttgattgttggaataaagccatggacactgaacttaaagctcttgaacaaactggtacttggaaacttgttggttta 18551801  T
Q  168 ccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagg 267  Q
    ||  | || |||||||  || || || ||||||  ||| ||  ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||  | || ||||| ||||    
T  18551800 cctccaaacatcaaactaataggctgcagatgggattacaagattaaacatcatgcagatggttccatagaaagattcaaagcatgtttggttgctaagg 18551701  T
Q  268 gttacaatcagattga 283  Q
    | || |||||||||||    
T  18551700 gatataatcagattga 18551685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 369 - 432
Target Start/End: Original strand, 20077755 - 20077818
Alignment:
Q  369 tggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgttt 432  Q
    ||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  20077755 tggcatttacatcagttagatgtaaacaatgcatttcttcatgaagatttgcaggaagatgttt 20077818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 204 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 21555696 - 21555577
Alignment:
Q  204 tataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgata 303  Q
    |||||| ||||||| |||||| ||||  ||||||||||  | || || |||||||| || || || || |||||  |||| ||  | |||||||||||||    
T  21555696 tataaaattaaataccatgctaatggcaccattgaaagttataaggctagattagtcgctaaaggatataatcaagttgaaggcatagattattttgata 21555597  T
Q  304 cttactctcctgttgctaaa 323  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  21555596 cttactctcctgttgctaaa 21555577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 369 - 433
Target Start/End: Original strand, 2997717 - 2997781
Alignment:
Q  369 tggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgttta 433  Q
    ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||  |||||||    
T  2997717 tggcatttacatcagttggatgtaaacaatgcttttctacatggtgatttgcaagagaatgttta 2997781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 369 - 415
Target Start/End: Original strand, 22614337 - 22614383
Alignment:
Q  369 tggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggaga 415  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  22614337 tggcctttacatcaacttgatgtaaagaatgcttttctaaatggaga 22614383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 497 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 25574744 - 25574702
Alignment:
Q  497 tctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaaa 539  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  25574744 tctttatggcttgaaacaagcaagcaggaaatggtatgaaaaa 25574702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 225 - 325
Target Start/End: Original strand, 20077611 - 20077711
Alignment:
Q  225 gatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaac 324  Q
    ||||| || ||||||||  ||||||||||| | || ||||| ||||||||||| ||||||||  | |||| |||||| || |  ||||||||||| ||||    
T  20077611 gatggctctattgaaaggtacaaagccagactggtagcaaaaggttacaatcaaattgagggcttggatttttttgacaccttttctcctgttgccaaac 20077710  T
Q  325 t 325  Q
    |    
T  20077711 t 20077711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 95; Significance: 3e-46; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 72 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 9846257 - 9845848
Alignment:
Q  72 tatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttaccat 171  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||  | ||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||     
T  9846257 tatgctgaagcaagtaaatatgattgttggactcaagccatgcaagctgaactaaatgctcttgagaagactggtacatggaaagttgttgatttacca- 9846159  T
Q  172 ccaata-tcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggtt 270  Q
    |||| | |||  || ||||| ||||| ||| | |||||| | ||| | ||||| ||||| || |||||||||  |||||| |||||||||||||||||||    
T  9846158 ccaacagtcactcctattggttgtaggtgggtatataaaatcaaacaccatgcagatggatctattgaaagattcaaagctagattagttgcaaagggtt 9846059  T
Q  271 acaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattg 370  Q
    | || || ||||| ||  | |||||||||||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||  |  |  | |||||  |||| ||  | |||||    
T  9846058 ataaccaaattgaaggcttggattattttgatacctattcacctgtagctaaactaaccacaatcagattaattttggctctagcttccatcaataattg 9845959  T
Q  371 gcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctggcatcaaatttaataaaccc 470  Q
    |||| |||||||| | |||||||| ||||| ||||| |||||||||||| | || |||||||||||| |  |||||||||||||||  | ||  |||||     
T  9845958 gcatctacatcaattagatgtaaataatgcctttctgcatggagatttaaaggaggatgtttatatgatgctccctcctggcatcacttctaccaaacct 9845859  T
Q  471 aatcaagtttg 481  Q
    |||||||||||    
T  9845858 aatcaagtttg 9845848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 70 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 26466090 - 26465835
Alignment:
Q  70 catatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttacc 169  Q
    |||||||||| ||||||||   |||||||||||| ||||| |||||||||||||||   ||||||||||| ||||| |||||| |||| |||||| | ||    
T  26466090 catatgctgaggcaagcaaatttgattgttggaagcaagctatgcaagttgaactgtctgctcttgagaatactggaacctggaaactggttgatctgcc 26465991  T
Q  170 atccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggt 269  Q
    | | ||| ||||||| || |  || |||||||| || ||  | ||| ||||||| ||||| || ||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||    
T  26465990 acctaatgtcaaacctatagtttgcagatggatatacaagatcaaacatcatgcagatggctcaattgaaagatacaaagcaagacttgttgcaaagggt 26465891  T
Q  270 tacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaact 325  Q
    ||||| || ||||||||  | |||||||||||||| || || || |||||||||||    
T  26465890 tacaaccaaattgagggtttggattattttgatacatattcaccagttgctaaact 26465835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 279 - 447
Target Start/End: Original strand, 11925533 - 11925701
Alignment:
Q  279 attgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatttac 378  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||  |||| || ||||||||| |  |||| ||  |||| ||| ||||||    
T  11925533 attgagggacttgactattttgatacttattctcatgttgctaaactcacaactgtcagactggtcattgctttagcttcaatcaacaactggtatttac 11925632  T
Q  379 atcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctc 447  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||   |||| ||||||||||||| |||||||    
T  11925633 atcaacttgatgtaaacaatgccattctacatggagatttgtcagaatatgtttatatgcttatccctc 11925701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 217 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 31376542 - 31376330
Alignment:
Q  217 atcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgt 316  Q
    ||||||| ||||  || ||||| ||| |||||| |||| | ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || || ||| |    
T  31376542 atcatgccgatgcatctattgagagatacaaagtcagactggttgctaaaggttacaatcaaattgagggacttgattactttgacacatattcgcctat 31376443  T
Q  317 tgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagat 416  Q
    ||| ||||| | |||  | || ||||| ||  || |  | ||||| ||  |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  31376442 tgcgaaactcattactgtgagacttgttatatctttagcatctattcatcattggcatatgcatcaacttgatgtaaacaatgcatttcttcatggagaa 31376343  T
Q  417 ttacaagaagatg 429  Q
    || ||||||||||    
T  31376342 ttgcaagaagatg 31376330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 217 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 31327875 - 31327655
Alignment:
Q  217 atcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgt 316  Q
    |||| |||||||  || ||||| ||| |||||| |||| |  |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||  | ||| |    
T  31327875 atcacgctgatgcatctattgagagatacaaagtcagactgattgctaaaggttacaatcaaattgagggacttgattactttgacacatatccgcctat 31327776  T
Q  317 tgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagat 416  Q
    ||| ||||| | |||  | || ||||| ||  || |  | ||||| ||  |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  31327775 tgcgaaactcagtactgtgagacttgttatatctttagcatctattcatcattggcatatgcatcaacttgatgtaaacaatgcatttcttcatggagaa 31327676  T
Q  417 ttacaagaagatgtttatatg 437  Q
    || |||||||||| |||||||    
T  31327675 ttgcaagaagatgattatatg 31327655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 129 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 36731942 - 36731743
Alignment:
Q  129 gctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatg 228  Q
    ||||||||  |||||||||| ||| || | |||||||||||  | || |||||||| || || || |||||| |||||||  | ||| ||||||| ||||    
T  36731942 gctcttgaacaaactggtacttggaaattggttgatttacctcctaacatcaaaccaataggctgcagatgggtttataagatcaaacatcatgcagatg 36731843  T
Q  229 gttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttac 328  Q
    | ||||| ||||||  ||||||  | |||||||| ||||| |||||||| ||||||||  | || || |||||||| ||||| ||||| || ||||||||    
T  36731842 gctccatagaaagattcaaagcacgtttagttgctaagggatacaatcaaattgagggtttagactactttgatacatactcacctgtagcaaaacttac 36731743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 178 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 16990028 - 16989884
Alignment:
Q  178 tcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatca 277  Q
    ||||||| || || || |||||| |||||||||| ||| || |||| ||||| || ||||| ||| |||||||  | |||||||| ||||| || |||||    
T  16990028 tcaaacctatagggtgcagatgggtttataaagtgaaacataatgcagatggctctattgagagatacaaagcacgtttagttgctaagggatataatca 16989929  T
Q  278 gattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaa 322  Q
    |||||| || ||||| ||||||||||| |  || |||||||||||    
T  16989928 gattgaaggccttgactattttgataccttttcacctgttgctaa 16989884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 180 - 304
Target Start/End: Original strand, 15449787 - 15449911
Alignment:
Q  180 aaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcaga 279  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||  ||||||| ||||| || ||||||||| |||||||  || | || || || |||||||| ||||    
T  15449787 aaacctattggttgtagatggatatacaaagtgaagcatcatgcagatggatcaattgaaagatacaaagctggacttgtagctaaaggttacaaccaga 15449886  T
Q  280 ttgagggacttgattattttgatac 304  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||    
T  15449887 ttgaaggacttgatttctttgatac 15449911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 124
Target Start/End: Original strand, 11925316 - 11925370
Alignment:
Q  70 catatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaact 124  Q
    |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  11925316 catatgttgaggcaagaaagcatgattgttggaaacaagcgatgcaagttaaact 11925370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 367 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 20323079 - 20323013
Alignment:
Q  367 attggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgttta 433  Q
    |||||||| | ||||| |||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||| |||||||    
T  20323079 attggcatcttcatcagcttgatgttaataatgctttcctccatggagatttacaagaaaatgttta 20323013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 373 - 437
Target Start/End: Original strand, 17387972 - 17388036
Alignment:
Q  373 atttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatg 437  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||| ||| | ||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  17387972 atttacatcaattagatgtaaacaatgcctttttacatggagatctccaagaagatgtatatatg 17388036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 549903 - 549820
Alignment:
Q  223 ctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatactt 306  Q
    ||||||||||  ||||||| || |||||| | ||||||||||||||||| | ||| || || ||| ||||||| ||||||||||    
T  549903 ctgatggttctcttgaaaggcataaagcccggttagttgcaaagggttatactcaaatggaaggagttgattactttgatactt 549820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 367 - 430
Target Start/End: Original strand, 15449974 - 15450037
Alignment:
Q  367 attggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgt 430  Q
    ||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| | ||||| |||||    
T  15449974 attggaacttacatcaacttgatgtgaacaatgctttccttcatggtgatctgcaagaggatgt 15450037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 30280315 - 30280232
Alignment:
Q  223 ctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatactt 306  Q
    ||||||||||  ||||||| || |||||| | ||||||||||||||||| | ||| || || ||| ||||||| ||||||||||    
T  30280315 ctgatggttctcttgaaaggcataaagcccggttagttgcaaagggttatactcaaatggaaggagttgattactttgatactt 30280232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 225 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 20239300 - 20239194
Alignment:
Q  225 gatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaac 324  Q
    |||||||| ||||| ||| |||| || || ||||||||||||||||||| ||| ||||||||  | || |  ||||| ||||  ||||| |||||||||     
T  20239300 gatggttctattgagagatacaaggctaggttagttgcaaagggttacactcaaattgagggcatagacttctttgaaactttttctccagttgctaaaa 20239201  T
Q  325 ttactac 331  Q
    |||||||    
T  20239200 ttactac 20239194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 129 - 331
Target Start/End: Original strand, 23958182 - 23958384
Alignment:
Q  129 gctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatg 228  Q
    |||||||| || |||||||| ||| || | |||||||||||| | ||| | ||||| |  ||||| ||||||||||| ||| | ||| |||||||  |||    
T  23958182 gctcttgaaaatactggtacttggaaaatggttgatttaccaccaaatgtgaaacctaaaggatgcagatggatttacaaaatcaaacatcatgcatatg 23958281  T
Q  229 gttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttac 328  Q
    | || ||||||| | | || || ||| | ||||| || |||||||||||  || | ||| | ||||||||||| |||||||| ||  ||||||| || ||    
T  23958282 ggtcaattgaaaaatataaggcaagacttgttgctaaaggttacaatcaagttaaaggattggattattttgacacttactcaccatttgctaagctcac 23958381  T
Q  329 tac 331  Q
    |||    
T  23958382 tac 23958384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 264 - 352
Target Start/End: Original strand, 26472901 - 26472989
Alignment:
Q  264 aagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctct 352  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||  | ||||||||||||||||  || || ||||| ||| | ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  26472901 aagggatacaatcaaattgaagggttggattattttgatactttttcaccagttgccaaagtcactacaatcagacttgtaattgctct 26472989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 76; Significance: 7e-35; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 70 - 437
Target Start/End: Original strand, 19665576 - 19665943
Alignment:
Q  70 catatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttacc 169  Q
    |||||| |||||||| ||| |||  ||||||| | || || ||||||  ||||||   ||||||||| || |||||||| ||| |||| || ||||||||    
T  19665576 catatgatgaagcaaacaaacatacttgttggcagcaggctatgcaaactgaacttacagctcttgaaaatactggtacttggaaactggtggatttacc 19665675  T
Q  170 atccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggt 269  Q
    | | || |||||||| || ||||| || ||||| |||||| | ||||||||||| |||||  | ||||||||| | || || ||| | ||||| ||||||    
T  19665676 acctaacatcaaacctataggatgcaggtggatatataaaatcaaatatcatgcagatggaactattgaaagatataaggcaagacttgttgccaagggt 19665775  T
Q  270 tacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaatt 369  Q
    |||||||||||| | |||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||| | ||   |||||||||| |  | || ||  ||||||    
T  19665776 tacaatcagattaaaggacttgactattttgacacttattcacctgtggctaagctcactacagtgagaactgtcattgctttagcctcaatcaacaatt 19665875  T
Q  370 ggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatg 437  Q
    ||||| | ||||| |||||||| || ||||| || |||||||| || ||||| |||||||| ||||||    
T  19665876 ggcatattcatcagcttgatgtgaataatgcattccttcatggtgacttacaggaagatgtctatatg 19665943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 204 - 323
Target Start/End: Original strand, 37012197 - 37012316
Alignment:
Q  204 tataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgata 303  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||| | || || |||||||| || || || || |||||  |||| ||  | |||||||||||||    
T  37012197 tataaaattaaatatcatgctaatggcaccattgaaagatataaggctagattagtcgctaaaggatataatcaagttgaaggcatagattattttgata 37012296  T
Q  304 cttactctcctgttgctaaa 323  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  37012297 cttactctcctgttgctaaa 37012316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 130 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 19813973 - 19813775
Alignment:
Q  130 ctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttaccatccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatgg 229  Q
    |||||||  ||||| |||| ||| |||||||||| |||||  | || |||||||| || || |  |||||| |||| ||  ||||| ||||||| |||||    
T  19813973 ctcttgaacaaactagtacttggaaacttgttgacttacctccaaacatcaaaccaataggctacagatgggtttacaagattaaacatcatgcagatgg 19813874  T
Q  230 ttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttac 328  Q
     ||||||||||||  ||||||  | |||||| | ||||| || ||||||||||||||  | ||||||||||| || || || ||||| |||||||||||    
T  19813873 atccattgaaagattcaaagcacgtttagtttctaagggatataatcagattgagggtttggattattttgacacatattcacctgtagctaaacttac 19813775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 204 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 19606919 - 19606800
Alignment:
Q  204 tataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgata 303  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||  ||||||||||| | || || |||||||| || || || || |||||  |||| ||  | |||||||||||||    
T  19606919 tataaaatcaaatatcatgctaatggcaccattgaaagatataaggctagattagtcgctaaaggatataatcaagttgaaggcatagattattttgata 19606820  T
Q  304 cttactctcctgttgctaaa 323  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  19606819 cttactctcctgttgctaaa 19606800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 72 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 3819528 - 3819431
Alignment:
Q  72 tatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttacc 169  Q
    ||||||||||||| |||   |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||   | |||||||||||||| | || ||| ||||||||||||||||    
T  3819528 tatgctgaagcaaacaaatttgattgttggaaccaagcaatgcaggttgaacttacaactcttgagaaaactcgcacttggaaacttgttgatttacc 3819431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 364 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 38846296 - 38846212
Alignment:
Q  364 acaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcc 448  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| | ||||||||||| || |||  |||||||||    
T  38846296 acaattggcatcttcatcaacttgatgtcaataatgcttttctgcatggggatcttcaagaagatgtgtacatggacatccctcc 38846212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 223 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 26084314 - 26084231
Alignment:
Q  223 ctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatactt 306  Q
    ||||||||||  ||||||| || |||||| | ||||||||||||||||| | ||| || || ||| ||||||| ||||||||||    
T  26084314 ctgatggttctcttgaaaggcataaagcccggttagttgcaaagggttatactcaaatggaaggagttgattactttgatactt 26084231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 376 - 538
Target Start/End: Original strand, 20137749 - 20137911
Alignment:
Q  376 tacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctggcatcaaatttaataaacccaatca 475  Q
    ||||||||||||||||  | ||||| ||  | |||||||| || ||||||||||| ||| |||| || |||| || |||||||  ||| |||  ||||||    
T  20137749 tacatcaacttgatgtcgataatgcattcttacatggagaattgcaagaagatgtgtatctgcttatacctcttgacatcaaaactaacaaattcaatca 20137848  T
Q  476 agtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaa 538  Q
     |||||  || |  | |||||||||||||| ||||| || |||||||  || |||||||||||    
T  20137849 ggtttgtcagttaaacaaatctctttatggattgaagcaggctagtataaattggtatgaaaa 20137911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 381 - 430
Target Start/End: Original strand, 3004591 - 3004640
Alignment:
Q  381 caacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgt 430  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||    
T  3004591 caacttgatgtcaataatgcttttcttcatggggagttacaagaaaatgt 3004640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 465 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 19813638 - 19813565
Alignment:
Q  465 aaacccaatcaagtttgaaagctccaaaaatctctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaa 538  Q
    ||||| ||||||||||| || ||   ||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  19813638 aaaccaaatcaagtttgtaaactaataaaatctctctatggattgaagcaagctagcagaaagtggtatgaaaa 19813565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0257 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0257
Description:

Target: scaffold0257; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 70 - 437
Target Start/End: Original strand, 7640 - 8007
Alignment:
Q  70 catatgctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttacc 169  Q
    |||||| |||||||| ||| |||  ||||||| | || || ||||||  ||||||   ||||||||| || |||||||| ||| |||| || ||||||||    
T  7640 catatgatgaagcaaacaaacatacttgttggcagcaggctatgcaaactgaacttacagctcttgaaaatactggtacttggaaactggtggatttacc 7739  T
Q  170 atccaatatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggt 269  Q
    | |  | |||||||| || ||||| || ||||| |||||| | ||||||||||| |||||  | ||||||||| | || || ||| | ||||| ||||||    
T  7740 acctgacatcaaacctataggatgcaggtggatatataaaatcaaatatcatgcagatggaactattgaaagatataaggcaagacttgttgccaagggt 7839  T
Q  270 tacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaatt 369  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||| | ||   | |||||||| |  | || ||  ||||||    
T  7840 tacaatcagattgaaggacttgactattttgacacttattcacctgtggctaagctcactacagtgagaactatcattgctttagcctcaatcaacaatt 7939  T
Q  370 ggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatg 437  Q
    ||||| | ||||| |||||||| || ||||| || |||||||| || ||||| |||||||| ||||||    
T  7940 ggcatattcatcagcttgatgtgaataatgcattccttcatggtgacttacaggaagatgtctatatg 8007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0779 (Bit Score: 65; Significance: 3e-28; HSPs: 2)
Name: scaffold0779
Description:

Target: scaffold0779; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 222 - 430
Target Start/End: Original strand, 4900 - 5108
Alignment:
Q  222 gctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgcta 321  Q
    |||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||  ||| |||||| |||| ||||||||||||||    
T  4900 gctgatggctctattgaaaggtacaaagccagattagttgctaaagggtacaatcagattgagggtctgaatttttttgacactttctctcctgttgcta 4999  T
Q  322 aacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttaca 421  Q
    |||| || || || ||   | |  | | | |  ||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||| ||    
T  5000 aactcacaactattagaactcttctagttgttgcttctattcataattggaatttacatcaacttgatgtgaataatgaatttcttcatggagatttgca 5099  T
Q  422 agaagatgt 430  Q
    |||||||||    
T  5100 agaagatgt 5108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0779; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 497 - 539
Target Start/End: Original strand, 5172 - 5214
Alignment:
Q  497 tctttatggcttgaaacaagctagtaggaagtggtatgaaaaa 539  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  5172 tctttatggcttgaaacaagcaagcaggaaatggtatgaaaaa 5214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0022 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0022
Description:

Target: scaffold0022; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 76 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 169337 - 168962
Alignment:
Q  76 ctgaagcaagcaagcatgattgttggaaacaagccatgcaagttgaactgcaagctcttgagaaaactggtacctggcaacttgttgatttaccatccaa 175  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||   |||| ||||||| |||  |  | || ||  | ||||||||||| |||  | || || |||||||| | |     
T  169337 ctgaagcaaacaagcatgattgttggaggaaagcaatgcaagatgagattaatgccctgaataaaactggtacttggacaattattaatttaccaccaac 169238  T
Q  176 tatcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaat 275  Q
    | ||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||| || ||| | ||||| ||||| || |||||||| || ||     
T  169237 tgtcaaacctattggctgtaggtggatttacaaagtgaaacatcatgctgatggatccatagagagatataaagcaagattggtggcaaagggctataac 169138  T
Q  276 cagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatt 375  Q
    |||||  | ||  | ||||| |||||||||||||| |||||| | || || |||||||||||| || | |||||| |  | || || || |  ||||||     
T  169137 cagatataaggtttggattactttgatacttactcacctgtttccaagctcactacaatcaggattatgattgctttagcatccatgcagaggtggcatc 169038  T
Q  376 tacatcaacttgatgtaaacaatgcttttcttcatggagatttacaagaagatgtttatatgctcatccctcctgg 451  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||| | ||||| ||  | ||||||||||| |||||| |||| || |||||    
T  169037 ttcaccaacttgatgttaacaatgcatttttgcatggtgaacttcaagaagatgtatatatggtcattccacctgg 168962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 192 - 415
Target Start/End: Original strand, 86748 - 86971
Alignment:
Q  192 tgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttg 291  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||||| || ||||| ||| | ||||||| ||| || || || || || ||| |||| ||||  || |    
T  86748 tgtaggtggatttacaaagtgaaacatcatgttgatggctcaattgagagatataaagccaaattggtggccaaaggctataattagatagaggacctag 86847  T
Q  292 attattttgatacttactctcctgttgctaaacttactacaatcaggcttgtcattgctctctcttctatacacaattggcatttacatcaacttgatgt 391  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| | | || || ||| |  | | ||| || ||||||||| ||||||||||||| ||    
T  86848 attattttgatacatactctcatgttgctaaacttactacattcaagatagttatagctttggcatttatgcataattggcatctacatcaacttgaagt 86947  T
Q  392 aaacaatgcttttcttcatggaga 415  Q
    ||| ||||| ||| | ||||||||    
T  86948 aaataatgcatttttgcatggaga 86971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1049 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold1049
Description:

Target: scaffold1049; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 223 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 1430 - 1321
Alignment:
Q  223 ctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatcagattgagggacttgattattttgatacttactctcctgttgctaa 322  Q
    ||||||||||  ||||||| || |||||| | ||||||||||||||||| | ||| || || ||| | ||||| ||||||||||  || |||||||| ||    
T  1430 ctgatggttctcttgaaaggcataaagcccggttagttgcaaagggttatactcaaatggaaggagtagattactttgatactttttcacctgttgcaaa 1331  T
Q  323 acttactaca 332  Q
    | | ||||||    
T  1330 aatgactaca 1321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0669 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0669
Description:

Target: scaffold0669; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 89
Target Start/End: Original strand, 2832 - 2861
Alignment:
Q  60 gagccaaaatcatatgctgaagcaagcaag 89  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2832 gagccaaaatcatatgctgaagcaagcaag 2861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1416 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: scaffold1416
Description:

Target: scaffold1416; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 178 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 436 - 308
Alignment:
Q  178 tcaaacccattggatgtagatggatttataaagttaaatatcatgctgatggttccattgaaagacacaaagccagattagttgcaaagggttacaatca 277  Q
    ||||||| || || || |||||| |||||||||| ||  || |||  ||||| || ||||| | | |||||||  | |||||||| ||||| || |||||    
T  436 tcaaacctatagggtgcagatgggtttataaagtgaagcataatgtagatggctctattgagatatacaaagcacgtttagttgctaagggatataatca 337  T
Q  278 gattgagggacttgattattttgatactt 306  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||    
T  336 gattgaaggccttgactattttgatactt 308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University