View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1137_low_44 (Length: 532)

Name: NF1137_low_44
Description: NF1137
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1137_low_44
NF1137_low_44
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (97-532)||(13855173-13855608)
chr6 (100-419)||(13849386-13849706)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 412; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 97 - 532
Target Start/End: Original strand, 13855173 - 13855608
Alignment:
Q  97 tacgaagaagttcttgacgaccctaatgttgacgctgtttacttgccattactgacgacgttgcatgtgaaatgggcggtggctgctgcaaagaagggga 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13855173 tacgaagaagttcttgacgaccctaatgttgacgctgtttacttgccgttaccgacgacgttacatgtgaaatgggcggtggctgctgcgaagaagggga 13855272  T
Q  197 agcatgtgttgcttgagaaaccggtggcggttagtgtgaaggagtttgatgagattgtgaaggtgtgtgaggagtgtggggtgcagtttatggatgggac 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13855273 agcatgtgttgcttgagaaaccggtggcggttagtgtgaaggagtttgatgagattgtgaaggtgtgtgaggagtgtggggtgcagtttatggatgggac 13855372  T
Q  297 tatgtggatgcatcatccgagaacggaggtgatgaaggagtttttggaggatggggagaagtttggaaaggttaaatcggtatgtgtctgtgttttgttt 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13855373 tatgtggatgcatcatccgagaacggaggtgatgaaggagtttttggaggatggggagaagtttggaaaggttaaatcggtatgtgtctgtgttttgttt 13855472  T
Q  397 tgataatgttgatgtatgaattactgacatgacacgataaggacactgacacgtagttatcgaggataattttaagtatacctatgaagaacggatatag 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13855473 tgataatgttgatgtatgaattactgacatgacacgatagggacactgacacgtagttatcgaggataattttaagtatacctatgaagaacggatatag 13855572  T
Q  497 acacccgttaccaaacacgacatggaaactgacaca 532  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13855573 acacccgttactaaacacgacatggaaactgacaca 13855608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 100 - 419
Target Start/End: Original strand, 13849386 - 13849706
Alignment:
Q  100 gaagaagttcttgacgaccctaatgttgacgctgtttacttgccattactgacgacgttgcatgtgaaatgggcggtggctgctgcaaagaaggggaagc 199  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13849386 gaagaagttcttgatgaccctaatgttgacgctgtttacgtgccgttgccgactacgttgcatgtgaaatgggcggtggctgctgcgaagaaggggaagc 13849485  T
Q  200 atgtgttgcttgagaaaccggtggcggttagtgtgaaggagtttgatgagattgtgaaggtgtgtgaggagtgtggggtgcagtttatggatgggactat 299  Q
    |||| ||| | ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13849486 atgttttgttagagaagccggtggctgtgagtgtgaaggagtttgatgagattgtgaaggtgtgtgaggagtgtggggtgcagtttatggatgggactat 13849585  T
Q  300 gtggatgcatcatccgagaacggaggtgatgaaggagtttttggaggatggggagaagtttggaaaggttaaatcggtatgtgtctgtgtttt-gttttg 398  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  13849586 gtggatgcatcatcctagaacagaggtgatgaaggggtttttggaggatggagagaagtttggcaaggttaaatcggtatgtgtttgtgttttggttttg 13849685  T
Q  399 ataatgttgatgtatgaatta 419  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  13849686 ataatgttgatgtatgaatta 13849706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University