View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11381_high_3 (Length: 677)

Name: NF11381_high_3
Description: NF11381
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11381_high_3
NF11381_high_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-665)||(23181470-23182118)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 621; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 621; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 23182118 - 23181470
Alignment:
Q  18 accaactatgttgtggaaatggaaaggttcaacttccactcttgaagtcaccacctccattgcttcagcatctgttatttgatcgtgattcatcagatag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23182118 accaactatgttgtggaaatggaaaggttcaacttccactcttgaagtcaccacctccattgcttcagcatctgttatttgatcgtgattcatcagatag 23182019  T
Q  118 caagaactttcagcaacagatcagagtttataatatgatgttcgcattcacttcaccaggagcaaagttggataacaaaatcaataatggcagagggcca 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23182018 caagaactttcagcaacagatcagagtttataatatgatgttcgcattcacttcaccaggagcaaagttggataacaaaatcaataatggcagagggcca 23181919  T
Q  218 ccaataatcaaaatacaaggtcaaccatgtcatagaataggaagtttattgcctatgccaggacaatcaccaaaatttgcacaactatacatttatgata 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23181918 ccaataatcaaaatacaaggtcaaccatgtcatagaataggaagtttattgcctatgccaggacaatcaccaaaatttgcacaactatacatttatgata 23181819  T
Q  318 cagaaaatgaaatacaaaacagacttcaagggtttaggtatgtacattcatgtttatgaaag-ttttatttcatataactagacagataagtttattcgt 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23181818 cagaaaatgaaatacaaaacagacttcaagggtttaggtatgtacattcatgtttatgaaagtttttatttcatataactagacagataagtttattcat 23181719  T
Q  417 aagctttatattttaatcattctttacagttaatctcttttccttatttgatctacaggaacaataacaacattgatccagatattgtttgcaaattgtc 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  23181718 aagctttatattttaatcattctttacagttaatctcttttcctgatttgatctacaggaacaataacaacattgatccagatattgtttacaagttgtc 23181619  T
Q  517 cgaaatgctttatcagcataatacacatacaaagtcttttcggatggtcagagaaagattgaatcaaggtaatgcgaacaacttgaagctaaggttgatt 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23181618 cgaaatgctttatcagcataatacacatacaaagtcttttcggatggtcagagaaagattgaatcaaggtaatgcgaacaacttgaagctaaggttgatt 23181519  T
Q  617 tctgagaggtttacagatggtagaattaacaatcaacccactgtgtctg 665  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23181518 tctgagaggtttacggatggtagaattaacaatcaacccactgtgtctg 23181470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University