View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11381_low_46 (Length: 239)

Name: NF11381_low_46
Description: NF11381
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11381_low_46
NF11381_low_46
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (1-223)||(15534825-15535046)
chr2 (3-222)||(15518011-15518230)
chr2 (6-222)||(15494224-15494440)
chr2 (4-222)||(15655160-15655378)
chr2 (4-222)||(15646008-15646226)
chr2 (5-222)||(15625610-15625827)
chr2 (4-213)||(15605685-15605894)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 15535046 - 15534825
Alignment:
Q  1 caaaggagttaaatgaaatcataaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttgggtttttatcggagcttattagtgctca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  15535046 caaaggagttaaatgaaatcataaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaatttttggtttttatcggagcttattagtgct-a 15534948  T
Q  101 tccaagcttgatatgggaggtggatggcgaaaatcaaacaatattacacatagctgttttgcatcggcatgctagtatcttcaatgtcgtacatcaaata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15534947 tccaagcttgatatgggaggtggatggcgaaaatcgaacgatattacacatagctgttttgcatcggcatgctagtatcttcaatgtcgtacatcaaata 15534848  T
Q  201 gggcacataaaggatatcatagc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  15534847 gggcacataaaggatatcatagc 15534825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 3 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 15518230 - 15518011
Alignment:
Q  3 aaggagttaaatgaaatcataaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttgggtttttatcggagcttattagtgctcatc 102  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  15518230 aaggagttaaatgaaatcataaataaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaaattggaaattttgggttcttatcggagcttattagtgcccatc 15518131  T
Q  103 caagcttgatatgggaggtggatggcgaaaatcaaacaatattacacatagctgttttgcatcggcatgctagtatcttcaatgtcgtacatcaaatagg 202  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15518130 caagcttgatatgggaggtggattgcgaaaatcgaactatattacacatagctgttttgcatcggcatgccagtatcttcaatgtcatacatcaaatagg 15518031  T
Q  203 gcacataaaggatatcatag 222  Q
    ||| ||||||||||||||||    
T  15518030 gcatataaaggatatcatag 15518011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 6 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 15494440 - 15494224
Alignment:
Q  6 gagttaaatgaaatcataaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttgggtttttatcggagcttattagtgctcatccaa 105  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  15494440 gagttaaacgaaatcataaataaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttgggttcttatcggagcttattagtgcccatccaa 15494341  T
Q  106 gcttgatatgggaggtggatggcgaaaatcaaacaatattacacatagctgttttgcatcggcatgctagtatcttcaatgtcgtacatcaaatagggca 205  Q
    |||||||||||||| ||||| || |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  15494340 gcttgatatgggagatggatagcaaaaatcgaactatattacacatagctgttttgcatcggcatgctagtatattcaatctcgtacatcaaatagggca 15494241  T
Q  206 cataaaggatatcatag 222  Q
     ||||||||| ||||||    
T  15494240 tataaaggatgtcatag 15494224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 4 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 15655378 - 15655160
Alignment:
Q  4 aggagttaaatgaaatcataaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttgggtttttatcggagcttattagtgctcatcc 103  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| | |||| | ||||    
T  15655378 aggagctaaataaaatcattaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttggattcttatcagagcttctcagtgtttatcc 15655279  T
Q  104 aagcttgatatgggaggtggatggcgaaaatcaaacaatattacacatagctgttttgcatcggcatgctagtatcttcaatgtcgtacatcaaataggg 203  Q
     |||||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15655278 tagcttgatatgggatgtggatagcaaaaatcaaactatattacacatagctgttttgcatcggcatgctagtatcttcaatctcgtacatcaaataggg 15655179  T
Q  204 cacataaaggatatcatag 222  Q
    || || |||| ||||||||    
T  15655178 catattaagggtatcatag 15655160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 4 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 15646226 - 15646008
Alignment:
Q  4 aggagttaaatgaaatcataaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttgggtttttatcggagcttattagtgctcatcc 103  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| | |||| | ||||    
T  15646226 aggagttaaacaaaatcctaaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttggattcttatcagagcttctcagtgtttatcc 15646127  T
Q  104 aagcttgatatgggaggtggatggcgaaaatcaaacaatattacacatagctgttttgcatcggcatgctagtatcttcaatgtcgtacatcaaataggg 203  Q
     |||||||||||||| |||||| || |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  15646126 tagcttgatatgggatgtggatagcaaaaaccgaactatattacacatagctgttttgcatcggcatgctagtatcttcaatctggtacatcaaataggg 15646027  T
Q  204 cacataaaggatatcatag 222  Q
    || ||||||| ||||||||    
T  15646026 catataaagggtatcatag 15646008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 15625827 - 15625610
Alignment:
Q  5 ggagttaaatgaaatcataaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttgggtttttatcggagcttattagtgctcatcca 104  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | ||||     
T  15625827 ggagttaaataaaatcataaatgaaccttctcaggtaatatttgatgctgcagaagttggaaattttggattcttatcggagcttattagtgtttatcct 15625728  T
Q  105 agcttgatatgggaggtggatggcgaaaatcaaacaatattacacatagctgttttgcatcggcatgctagtatcttcaatgtcgtacatcaaatagggc 204  Q
    |||||||||||||| |||||| || |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| |  ||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  15625727 agcttgatatgggatgtggatagcaaaaatcgaactatattacacatagctgtattgcatcggtatgttgctatctacaatgttatacatcaaatagggc 15625628  T
Q  205 acataaaggatatcatag 222  Q
    | ||||||| ||||||||    
T  15625627 atataaagggtatcatag 15625610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 4 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 15605894 - 15605685
Alignment:
Q  4 aggagttaaatgaaatcataaatgaaccttctcaactaatatttgatgctgctgaagttggaaattttgggtttttatcggagcttattagtgctcatcc 103  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||| |||||||| |||| | ||||    
T  15605894 aggagttacataaaatcataaatcaaccttctcaactgatttttgatgctgcagaagttggaaattatggattcttatcagagcttatcagtgtttatcc 15605795  T
Q  104 aagcttgatatgggaggtggatggcgaaaatcaaacaatattacacatagctgttttgcatcggcatgctagtatcttcaatgtcgtacatcaaataggg 203  Q
     |||||||||||||| |||||| || |||||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||| || |||||||||| |||    
T  15605794 tagcttgatatgggatgtggattgcaaaaatcgaactatattacacatagctgtcttgaatcggcattatagtatcttcaatttcatacatcaaatgggg 15605695  T
Q  204 cacataaagg 213  Q
    || |||||||    
T  15605694 catataaagg 15605685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University