View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11385A_low_49 (Length: 376)

Name: NF11385A_low_49
Description: NF11385A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11385A_low_49
NF11385A_low_49
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (8-370)||(21792007-21792369)
chr7 (16-356)||(21788233-21788573)
chr7 (9-356)||(21681647-21681994)
chr7 (9-353)||(15713620-15713964)
chr7 (9-356)||(21646740-21647091)
chr7 (9-355)||(21807970-21808316)
chr7 (85-353)||(21623266-21623534)
chr7 (9-356)||(21689410-21689757)
chr7 (9-356)||(21785403-21785750)
chr7 (9-356)||(21652066-21652413)
chr7 (9-356)||(21628122-21628469)
chr7 (14-356)||(21992175-21992526)
chr7 (9-353)||(21704640-21704984)
chr7 (9-353)||(21664095-21664442)
chr7 (13-355)||(21714184-21714526)
chr7 (13-356)||(21725897-21726240)
chr7 (13-356)||(21771962-21772305)
chr7 (85-356)||(21764135-21764406)
chr7 (12-353)||(21745532-21745873)
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (227-357)||(25588-25718)
scaffold0182 (13-174)||(25311-25472)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (276-350)||(18192049-18192123)
chr1 (47-160)||(18192233-18192346)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 8 - 370
Target Start/End: Original strand, 21792007 - 21792369
Alignment:
Q  8 aaccaaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatgg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792007 aaccaaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagagaaaattttgagaagcattacatcccaaggtttgtatcaataggtcccatccatcatgg 21792106  T
Q  108 cagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagatt 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21792107 cagtacagatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaaaactgaaagcattctgaaagatctgcacaaaaagatt 21792206  T
Q  208 gccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgt 307  Q
    |||||||||||||||   ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792207 gccgataacattgatacgctgaaggatcgttttagcgatgatgttttaactttaacccgcaagtctcttgacggctttggtagcctcgaagaaaagctgt 21792306  T
Q  308 catggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaattggaagcattttg 370  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21792307 catggatattgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaaatggaagcattttg 21792369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 16 - 356
Target Start/End: Original strand, 21788233 - 21788573
Alignment:
Q  16 atacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaa 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | |||  | ||  ||||||| |||||||||| ||  ||||    
T  21788233 atacaaagggtggcagagtatctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcgcccaagttgttgtcggtaggtcctatccatcatgacaacacaa 21788332  T
Q  116 atctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccgataa 215  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |  |||||   | |||||||||||||||||||| |||||    
T  21788333 atttgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcgaaaacactggacacattccagaggatctgcacaaaaagattgcagataa 21788432  T
Q  216 cattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatg 315  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  21788433 cattgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagctgtcgtggatg 21788532  T
Q  316 ttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21788533 ttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21788573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 9 - 356
Target Start/End: Original strand, 21681647 - 21681994
Alignment:
Q  9 accaaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggc 108  Q
    ||||||||||||||||||| ||  |||| ||| ||| |||| ||| ||| || || |||||| ||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  21681647 accaaagatacaaagggtgccacggtatgtcaaaaatagaacaaaatttaaggagcattacagccccaagtttgtgtcaataggtcctatccatcatggc 21681746  T
Q  109 agtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattg 208  Q
    | |||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||  ||||||| ||||    
T  21681747 aatacagatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcaaaaggatctatacaaaaaaattg 21681846  T
Q  209 ccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtc 308  Q
    | ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| | ||    
T  21681847 ctgataacattgatgaattgaagggccattttagcgacgatgttttaactttaaccggcgagtctcttgaaggctatcatagccttgaagaaaagttatc 21681946  T
Q  309 atggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21681947 atggatgttgttcgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21681994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 9 - 353
Target Start/End: Original strand, 15713620 - 15713964
Alignment:
Q  9 accaaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggc 108  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| || ||||||| ||||| | ||||| | || | ||| || |||||||| || |||||||||| |    
T  15713620 accaaagatacaaagggtgccaggctatctcagaaaaagtaaaaattatgagatgcattacgcacctaagttggtttcaataggccctatccatcatgac 15713719  T
Q  109 agtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattg 208  Q
    | |||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||   | || ||||||||||||||||    
T  15713720 aatacaaatctaaagtcaggggagaagtacaagcttatgtgggcggcaaaatacatcaaaaacactggaagcattctagaggaactgcacaaaaagattg 15713819  T
Q  209 ccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtc 308  Q
    | |||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  15713820 ctgataacattgatgaactgaagtgtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtcacttcaaggatttggtagcctagaagaaaagctgtc 15713919  T
Q  309 atggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 353  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  15713920 atggatgttgttcgtggatggatgctctttgctgcatatcttgga 15713964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 9 - 356
Target Start/End: Original strand, 21646740 - 21647091
Alignment:
Q  9 accaaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggc 108  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||| ||| |||||| || |||||||||| | ||| || ||||||||||| |||||||||| |    
T  21646740 accaaagatacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaacaaaatttgaggagcattacacccccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgac 21646839  T
Q  109 agtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattg 208  Q
    | | |||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| ||| |||| ||||| |||||||||||||    
T  21646840 aatccaaagctgaagataggagagaaatacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacacgggaagaattaagaaggatctacacaaaaagattg 21646939  T
Q  209 ccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtc 308  Q
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| ||||    
T  21646940 tagataacattgatgaactgaagggtcattttagcgacgacgttttaactttgaccggcaagtctcttaaaggcttccgtagccttgaagaaaagttgtc 21647039  T
Q  309 atggatgttgttcgtgg----atggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
     ||||| ||||||||||    |||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  21647040 gtggatattgttcgtggatatatggatgttctttgctgcatatcttagagaa 21647091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 9 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 21808316 - 21807970
Alignment:
Q  9 accaaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggc 108  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||| | || | ||| |||||||||||||| |||||||||||     
T  21808316 accaaagatacaaagggtggctgagtatctcagaaatagaacaaatcttgagaagcattactcacccaagttggtatcaataggtcctatccatcatgga 21808217  T
Q  109 agtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattg 208  Q
    | || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||||||  ||||||  |     ||||   | ||||| |||||||||||||    
T  21808216 aatataaatctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtggtctgcgaaatacatagaaaacagcggctttattctagaggatctacacaaaaagattg 21808117  T
Q  209 ccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtc 308  Q
    | |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21808116 ctgataacatcgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctgtc 21808017  T
Q  309 atggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggaga 355  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||    
T  21808016 atggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggaga 21807970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 85 - 353
Target Start/End: Original strand, 21623266 - 21623534
Alignment:
Q  85 tcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattc 184  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||   |||    
T  21623266 tcaataggtcctatccatcatggcaatacaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacaccagaaaagttc 21623365  T
Q  185 agaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctt 284  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21623366 agaaggatatgcacaacaagattgctgataatattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtctcttgaaggctt 21623465  T
Q  285 tggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 353  Q
    ||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  21623466 tggtagcattaaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttctttgctgcatatcatgga 21623534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 9 - 356
Target Start/End: Original strand, 21689410 - 21689757
Alignment:
Q  9 accaaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggc 108  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||  | |||| |||||| ||||||||||||    
T  21689410 accaaagatacaaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagcattagaccccgaggttgatgtcaaaaggtcctatccatcatggc 21689509  T
Q  109 agtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattg 208  Q
    | || |  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||| ||||    
T  21689510 aataaatctctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattg 21689609  T
Q  209 ccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtc 308  Q
      |||||||||||| | |||||||||||||||   || ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||| ||| || ||||||||||| ||    
T  21689610 ttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccggaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatc 21689709  T
Q  309 atggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
     ||||||||||| ||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21689710 gtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21689757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 9 - 356
Target Start/End: Original strand, 21785403 - 21785750
Alignment:
Q  9 accaaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggc 108  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| ||||| | || | ||| || ||||||||||| |||||||||| |    
T  21785403 accaaagatacaaagggtgcaagagtatctaagaaataggaaaaactttgagaagcattactcacccaagttagtgtcaataggtcctatccatcatgac 21785502  T
Q  109 agtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattg 208  Q
    | | |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || | || |  |   ||| ||     ||||| |||||||||||||    
T  21785503 aatccaaatctgaagacaggagagaagtacaagcttatgtgggccgcaaaatacctcgagaatataggccgcaatccacgcgatctacacaaaaagattg 21785602  T
Q  209 ccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtc 308  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  21785603 ccgataacattaatgaactgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaagactttggtagccttgaagaaaagctgtc 21785702  T
Q  309 atggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  21785703 gtggatgttgtttgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaa 21785750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 156; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 9 - 356
Target Start/End: Original strand, 21652066 - 21652413
Alignment:
Q  9 accaaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggc 108  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||| |    
T  21652066 accaaagatacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaaacaattttgagaaacattacacccccaagtttgtttcaataggtcctatccatcatgac 21652165  T
Q  109 agtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattg 208  Q
    | ||||||| || |   ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||  |     ||||   | ||||  |||||||||||||    
T  21652166 aatacaaatatgaaaccaggagaggagtataagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaacggctttattctagaggatcgacacaaaaagattg 21652265  T
Q  209 ccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtc 308  Q
    ||||||| ||| | || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||    
T  21652266 ccgataaaattaacgaactaaagggtcattttagcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttgatagccttgaagaaaagttgtc 21652365  T
Q  309 atggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  21652366 gtggatgttgttcgtggatggatgttcgttgctgcatatcttggagaa 21652413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 9 - 356
Target Start/End: Original strand, 21628122 - 21628469
Alignment:
Q  9 accaaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggc 108  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| | |||| |||||| |||||||||| | || | |||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  21628122 accaaagatacaaagggtggccgatcatctcagaaataaaaaagattttgggaagtattactcacccaagtttgtgtcaataggtcctatccatcatggc 21628221  T
Q  109 agtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattg 208  Q
    |||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||  |||||| || |   ||||   | || || |||||||||||||    
T  21628222 agtacaaatctgaacataggagagaagtacaagcttgtgtgggcatcaaaatacatagaaaacattggacttattccagaggaactacacaaaaagattg 21628321  T
Q  209 ccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtc 308  Q
    | |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| || || |||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  21628322 ctgataacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaaatttaacgggaaactctcttcaaggctttggatgccttgaagaaaagctgtc 21628421  T
Q  309 atggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||    
T  21628422 gtggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggagaa 21628469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 21992175 - 21992526
Alignment:
Q  14 agatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtac 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||| | ||| | || |  || || ||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  21992175 agatacaaagggtggcagagtatctcaaaaatagaaaagactttgagaagcactactcacccaaattggtgtcaataggtcctatccatcatggcaatac 21992274  T
Q  114 aa---------atctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaag 204  Q
    ||         ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||  | | |   | ||     ||||| |||||||||    
T  21992275 aagcaatgcaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttacgtgggcagcaaaatacatcgaaaatgcaggacttaatccatgcgatctacacaaaaag 21992374  T
Q  205 attgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagc 304  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21992375 attatcgataacattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttagctggaaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagc 21992474  T
Q  305 tgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  21992475 tgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaa 21992526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 9 - 353
Target Start/End: Original strand, 21704640 - 21704984
Alignment:
Q  9 accaaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggc 108  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||| |||||| || ||||| | || | ||| || || |||||||| |||||||||| |    
T  21704640 accaaagatacaaagggtgcaagagtatctcagaagtagaaaaaactttgagcagcattactcacccaagttagtgtcgataggtcctatccatcatgac 21704739  T
Q  109 agtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattg 208  Q
    | | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |   ||||   | || || |||||||||||||    
T  21704740 aatccaactctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacttattccagaggaactacacaaaaagattg 21704839  T
Q  209 ccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtc 308  Q
    | |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||   |||| || |||||||||||    
T  21704840 cagataacattgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactctaaccggaaactctcttcaaggctttgagtgccttgatgaaaagctgtc 21704939  T
Q  309 atggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 353  Q
     ||||| |||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21704940 gtggatattgttcatggatggatgttctttgctccatatcttgga 21704984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 9 - 353
Target Start/End: Original strand, 21664095 - 21664442
Alignment:
Q  9 accaaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggc 108  Q
    ||||||||||||||||||| || |  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | || | |||  | ||||||||||| ||||||||||||    
T  21664095 accaaagatacaaagggtgccacacaatctcagaaacagaaaaaactttgagaagtattactcacccaagttcctgtcaataggtcctatccatcatggc 21664194  T
Q  109 agtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattg 208  Q
    | |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||   |  || ||     ||||| ||||||||||||     
T  21664195 aatacagatctgaagttaggagggaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacattgaaaatacaagactcaatccacgggatctacacaaaaagattt 21664294  T
Q  209 ccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgt---tttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagct 305  Q
      |||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  21664295 ttgataacatcgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgtaattttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggaagccttgaagaaaagct 21664394  T
Q  306 gtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 353  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| |  ||||||||||    
T  21664395 gtcgtggatattgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttgga 21664442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 13 - 355
Target Start/End: Original strand, 21714184 - 21714526
Alignment:
Q  13 aagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagta 112  Q
    ||||||||||||||||  ||   | ||||||| |||| ||||||||||||| ||||| | || | |||||| ||| ||||||| |||||||||| || |     
T  21714184 aagatacaaagggtggttgaccgtttcagaaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagtttgtgtcattaggtcctatccatcatgacaatc 21714283  T
Q  113 caaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccga 212  Q
    |||||||| ||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||   |  |||||   | ||||| |||||||||||||| ||    
T  21714284 caaatctgaagaaaggagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccagacacattccagaggatctacacaaaaagattgcaga 21714383  T
Q  213 taacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgg 312  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  | | ||||||||| ||| |||| |   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||    
T  21714384 taacattgatgaactgaagggtcattttgacaacgatgttttagcttcaaccagttggtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctatcgtgg 21714483  T
Q  313 atgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggaga 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  21714484 atgttgttcgtggatggatgttctttgcttcatatcttggaga 21714526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 13 - 356
Target Start/End: Original strand, 21725897 - 21726240
Alignment:
Q  13 aagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagta 112  Q
    |||||||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | || ||| ||||||||||| || ||||||   |  |    
T  21725897 aagatacaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcagaaca 21725996  T
Q  113 caaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccga 212  Q
    ||||||||   |||| |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| ||    
T  21725997 caaatctgatattagcagagtagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacacattccagaggatctacacaaaaagattgctga 21726096  T
Q  213 taacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgg 312  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||| ||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| |||    
T  21726097 taacattgatgaactgaagggtcattttgacgacgatgttttagcttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagctgtcgtgg 21726196  T
Q  313 atgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21726197 atgttgttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21726240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 13 - 356
Target Start/End: Original strand, 21771962 - 21772305
Alignment:
Q  13 aagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagta 112  Q
    |||||||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | || | || ||| ||||||||||| || ||||||   |  |    
T  21771962 aagatacaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcataaca 21772061  T
Q  113 caaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccga 212  Q
    ||||||||   |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||| |  | |  |||||   | ||||| |||||||||||||| ||    
T  21772062 caaatctgatattagcagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaataacggatacattccagaggatctacacaaaaagattgctga 21772161  T
Q  213 taacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatgg 312  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |   |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||| |||    
T  21772162 taacattgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgttttaacttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagttgtcgtgg 21772261  T
Q  313 atgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  21772262 atgttgttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaa 21772305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 85 - 356
Target Start/End: Original strand, 21764135 - 21764406
Alignment:
Q  85 tcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattc 184  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||  || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |   | ||    
T  21764135 tcaataggtcctatccatcatgacagatcagatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacaccgcacttaatc 21764234  T
Q  185 agaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctt 284  Q
       | || || ||| |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  21764235 cagaggaactacaccaaaagattgctgataacatcgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactttaactggaaagtctcttgaaggctt 21764334  T
Q  285 tggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaa 356  Q
    |  |||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |  || ||||||||||    
T  21764335 tcatagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatctcttggagaa 21764406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 12 - 353
Target Start/End: Original strand, 21745532 - 21745873
Alignment:
Q  12 aaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagt 111  Q
    ||||||||||||||||| |||  |||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||| | || | ||| || ||| ||||||| |||||||||| || |    
T  21745532 aaagatacaaagggtggtagaccatctcataaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagttggtgtcattaggtcctatccatcatgacaat 21745631  T
Q  112 acaaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacactgaaagcattcagaaagatctgcacaaaaagattgccg 211  Q
     |||||||  ||  ||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||| || | || || |    || ||   | |||||||||||||||||||  |    
T  21745632 ccaaatctaaagacaggagaagagtataagcttatgtgggcagcaaaatacctcgagaatacaggccacaatccacacgatctgcacaaaaagattgttg 21745731  T
Q  212 ataacattgatgatctgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatg 311  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| |||||||||   |||| |||||||||||||| ||    
T  21745732 ataacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaactttaactggaaattctcttcaaggctttgaatgccttgaagaaaagctgtcgtg 21745831  T
Q  312 gatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttgga 353  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  21745832 gatgttattcgtagatggatgttctttgctccatatcttgga 21745873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 227 - 357
Target Start/End: Original strand, 25588 - 25718
Alignment:
Q  227 tgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtgga 326  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25588 tgaagggtcattttagcgaggatgttttaactttaactaaaaagtctcttgaaggctttggtacccttgaagaaaagctgtcgttgatgttgttcgtgga 25687  T
Q  327 tggatgttctttgttgcatatcttggagaat 357  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  25688 tggatgttctttgctacatatcttggagaat 25718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 13 - 174
Target Start/End: Original strand, 25311 - 25472
Alignment:
Q  13 aagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagta 112  Q
    |||||||||||||||||| | || | |||||||| |  ||||||   |||||| ||||  || | ||| || ||||||||||| |||||||||| || ||    
T  25311 aagatacaaagggtggcatattaccgcagaaagataccaaatttgaggaagtactacaaacccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaata 25410  T
Q  113 caaatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaaaaacact 174  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  25411 aaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacact 25472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 9e-18; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 276 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 18192123 - 18192049
Alignment:
Q  276 tgaaggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgcatatctt 350  Q
    ||||||||||| || | | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18192123 tgaaggctttgataacttggaagaaaagctatcatggatgttgtttgtggatggatgttctttgttgcgtatctt 18192049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 47 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 18192346 - 18192233
Alignment:
Q  47 gaaaaaattttgagaagtattacaccccgaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacaaatctggagttaggagagaagtacaagcttat 146  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| | || |  || |||||||| ||||| |||||||||||  |  ||||| |||||||| ||||||||||||||||       
T  18192346 gaaaagattttgagaagcattactcgcccaaattggtatcaatgggtcctatccatcatggtcgcccaaatttggagttatgagagaagtacaagctaca 18192247  T
Q  147 gtgggcagcagaat 160  Q
    |||||||||| |||    
T  18192246 gtgggcagcaaaat 18192233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University