View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11386A_low_364 (Length: 243)

Name: NF11386A_low_364
Description: NF11386A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11386A_low_364
NF11386A_low_364
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (20-243)||(3067552-3067775)
chr8 (23-236)||(3055555-3055768)
chr8 (23-243)||(3071191-3071411)
chr8 (20-236)||(3034690-3034906)
chr8 (23-243)||(3040546-3040766)
chr8 (77-236)||(3042789-3042948)
chr8 (77-202)||(3063557-3063682)
chr8 (96-236)||(25125326-25125466)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 216; Significance: 1e-119; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 20 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 3067775 - 3067552
Alignment:
Q  20 aggttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttggga 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3067775 aggttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttggga 3067676  T
Q  120 gagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatagatatg 219  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3067675 gagaataagaggccaacacgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatggatatg 3067576  T
Q  220 cagaagatgaactaagtgaaacaa 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  3067575 cagaagatgaactaagtgaaacaa 3067552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 23 - 236
Target Start/End: Original strand, 3055555 - 3055768
Alignment:
Q  23 ttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagag 122  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||| || ||||   ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      
T  3055555 ttggaccatagtgtggtctaaacctgataatatatgtaattatattgctaatgaagggagtggtgtttgtggatataatagcttctgcactttgggagtt 3055654  T
Q  123 aataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatagatatgcag 222  Q
     ||||||| |||||||||| ||||| |||| | ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||| |||||    
T  3055655 gataagagaccaacatgtcagtgtccaaaacgatactcactggttgatcctgatgatccacttggtagctgcaagccagacttcatacaaggatgtgcag 3055754  T
Q  223 aagatgaactaagt 236  Q
    ||||||||||||||    
T  3055755 aagatgaactaagt 3055768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 23 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 3071411 - 3071191
Alignment:
Q  23 ttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagag 122  Q
    |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| ||| ||  ||  | |||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||     
T  3071411 ttggactacagtgtggtctcatcctaaaaatatatgtcaatatattgttagttcaggtagtggtgtttgtggatataataccatctgcactttgggagat 3071312  T
Q  123 aataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatagatatgcag 222  Q
     ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| | |||||||| ||||||  ||||||||||||||||||  |||||||  ||| |||||    
T  3071311 gataagagaccaacatgtcggtgtccaaaacgttactcactgcttgatcctgatgatccacatggtagctgcaagccagatttcatacaaggatgtgcag 3071212  T
Q  223 aagatgaactaagtgaaacaa 243  Q
    ||||||||| |||| ||||||    
T  3071211 aagatgaacaaagtaaaacaa 3071191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 20 - 236
Target Start/End: Original strand, 3034690 - 3034906
Alignment:
Q  20 aggttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttggga 119  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||  |||| ||  ||    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |    
T  3034690 aggttggaccacagtgtggtctaagcctgataatatatgtacttatattgttagtgcaggtagtggtgtttgtggatataatagcttatgcactttggaa 3034789  T
Q  120 gagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatagatatg 219  Q
    |   ||||||| || | ||||| ||||| |||| | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| ||    
T  3034790 gttgataagagaccgaaatgtcagtgtccaaaacgatactcgctggttgatcctgaagatccatttggtagctgcaagccagacttcatacaaggatgtg 3034889  T
Q  220 cagaagatgaactaagt 236  Q
    |||||||||||| ||||    
T  3034890 cagaagatgaaccaagt 3034906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 23 - 243
Target Start/End: Original strand, 3040546 - 3040766
Alignment:
Q  23 ttggactatagtgtggtctcagcctgaaaatatatgtcattattttcctaaattaggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagag 122  Q
    |||||||| |||||||||||| |||  |||||||||||||||||||  ||    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||     
T  3040546 ttggactacagtgtggtctcatcctcgaaatatatgtcattattttgttactgaaggtagtggtgtttgtggatataatagcatatgcactttgggagat 3040645  T
Q  123 aataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatagatatgcag 222  Q
     ||| ||| ||| ||| |||||||| | | ||||||||||| || ||||||||| |||| | ||||||||||||||||||  || ||||  ||| |||||    
T  3040646 gatacgagaccagcatttcggtgtccagatagttactcactagttgatcctgactatccttatggtagctgcaagccagatttcgtacaaggatgtgcag 3040745  T
Q  223 aagatgaactaagtgaaacaa 243  Q
    ||||||||||| || ||||||    
T  3040746 aagatgaactatgtaaaacaa 3040766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 77 - 236
Target Start/End: Original strand, 3042789 - 3042948
Alignment:
Q  77 aggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgac 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| | ||     
T  3042789 aggtagtggtgtttgtggatataatagcttctgcactttgggagttgataagtgaccaacatgtcagtgtccaaaaagttactcactggttgatgccgat 3042888  T
Q  177 gatccatttggtagctgcaagccagacctcatacatagatatgcagaagatgaactaagt 236  Q
    |||||| ||||||  ||| ||||| || |||| ||  ||| |||||||||||||||||||    
T  3042889 gatccacttggtacttgcgagccaaacttcatgcaaggatgtgcagaagatgaactaagt 3042948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 77 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 3063682 - 3063557
Alignment:
Q  77 aggtagtggtgtttgtggatataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgac 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| |||| ||||| ||||| ||||   ||||||||| | |||||| |     
T  3063682 aggtagtggtgtttgtggatataatagcttctgcactttgggagatgataagagaccaaaatgtcagtgtccaaaacagtactcactgattgatcctaat 3063583  T
Q  177 gatccatttggtagctgcaagccaga 202  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  3063582 gatccatatggcagctgcaagccaga 3063557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 96 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 25125466 - 25125326
Alignment:
Q  96 tataatagctactgcactttgggagagaataagaggccaacatgtcggtgtcgaaaaagttactcactggtggatcctgacgatccatttggtagctgca 195  Q
    |||||||||| ||||||||||||||   ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||  |||     
T  25125466 tataatagcttctgcactttgggagttgataagagaccaacatgtcagtgtccaaaaagttactcactggttgatcccgatgatccacttggtacttgcg 25125367  T
Q  196 agccagacctcatacatagatatgcagaagatgaactaagt 236  Q
    ||| |||| |||| ||  ||| || ||||||||||||||||    
T  25125366 agcaagacttcatgcaaggatgtggagaagatgaactaagt 25125326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University