View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11386_high_1 (Length: 1015)

Name: NF11386_high_1
Description: NF11386
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11386_high_1
NF11386_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-998)||(908317-909313)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 897; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 897; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 998
Target Start/End: Complemental strand, 909313 - 908317
Alignment:
Q  11 cacagaaacgcgcatatagataccggtaataattttaagaaaatgtaattgattgaaggtaagcacatagtgatcaaatttaagcatacatatt--gcat 108  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  909313 cacaggaacgcgcatatagatacaggtaataattttaagaaaatgtaattgattgaaggtaagcatatagtgatcaaatttaagcatacatattttgcat 909214  T
Q  109 gtgtccgacaccaacacaagctagacatcaaacaactttcaatttgaaatatgttgtatagattgtcattgtccaatccaaaaatctatcattgtgtatg 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  909213 gtgtccgacaccaacacaagctagacatcaaacaactttcaatttgaagtatgttgtatagattgtcattgtccaatccaaacatctataattgtgtatg 909114  T
Q  209 ttttgatgaacgacgagtttgaaaaaatcacaatgactttgttgaaatgtcaaagtatgcatctaattcaggaatttaagagcaaccctttatataaatg 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  909113 ttttgatgaacgacgagtttgaaaaaatcacaatgactttgttgaaatttcaaagtatgcatctaattcgggaatttaagagcaaccctttatataaatg 909014  T
Q  309 gacttcaagcaaacaaaatgtgttttactcttatatacgcgtctaaagtcagacatactcgccaattttgtgcttatatttgggacatgattttggaggg 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  909013 gacttcaagcaaacaaaatgtgttttactcttatatacgcgtctaaagtcagacatactcgccagttttgtgcttatatttgggacatgattttggaggg 908914  T
Q  409 taggggtgagtttattgacaaaatacataccaagtaaggagcttagattggactaaaaaatgagaaacaaccactataaattatgcagtttgaagtaatt 508  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  908913 taggggtgagtttattggcaaaatacataccaagtaaggagcttagattggactaaaaaatgagaaacaaccactataaattatgcagtttgaagtaatt 908814  T
Q  509 tggctaaacaaaaagagttaaatcgaagaattcatgcaaaattgtgcctgtaagttttaccataatcatcagag---------agtaaactttttggaga 599  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||    
T  908813 tggctaaac--aaagagttaaatcgaagaattcatgcaaaattgtgcctgtaagttttaccataatcatcagagagacaagttagtaaactttttggaga 908716  T
Q  600 catgaacaaagtggatcacttttatgttacatgaataatgtgatgacttaaaattaaatcagtgaatactgaagtgtaaatgaactactggtgtgattag 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  908715 catgaacaaagtggatcacttttatgttacatgaataatgtgatgacttaaaattaaatcagtgaatactgaagtgtaaatgaactactggtgtgattag 908616  T
Q  700 tttggcccatttgtaaacctattaaggcacaaactgctagcaaacccaagagcaataaaatacatgagcaagctcagaaacagaaatggaatacaaatta 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  908615 tttggcccatttgtaaacctattaaggcacaaattgctagcaaacccaagagcaataaaatacatgagcaagctcagaaacagaaatggaatacaaatta 908516  T
Q  800 tttgcatcacagctatcaatgtactttcaaactcattcgaatttgctgcaaaatctaacaagagatcataatgttagatcttatatacataaaccaatca 899  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  908515 tttgcatcacagctatcaatgtactttcaaactcattcgaatttgctgcaaaatctaacaagagatcataatgttagatcttatatacataaaccaatca 908416  T
Q  900 aatgatcaggaatttacatgttccaaaccaatttagttttaatttattttttaagaaataaacaaattcatatgtaaagcatttgttcaattacaaagt 998  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  908415 aatgatcaggaatttacatgttccaaaccaatttagttttaatttattttttaagaaataaacaaattcaaatgtaaagcatttgttcaattacaaagt 908317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University