View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11386_low_24 (Length: 398)

Name: NF11386_low_24
Description: NF11386
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11386_low_24
NF11386_low_24
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (18-383)||(5553547-5553912)
chr4 (18-383)||(5852510-5852875)
chr4 (24-377)||(5885857-5886210)
chr4 (18-331)||(5894696-5895009)
chr4 (20-383)||(5570629-5570992)
chr4 (21-315)||(3749358-3749652)
chr4 (20-381)||(5582836-5583197)
chr4 (18-331)||(5847636-5847949)
chr4 (81-332)||(5858453-5858704)
chr4 (88-383)||(5565138-5565433)
chr4 (88-383)||(5559347-5559642)
chr4 (24-198)||(5613629-5613803)
chr4 (88-331)||(5605508-5605751)
chr4 (88-297)||(5538834-5539043)
chr4 (88-152)||(251994-252058)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (24-280)||(1485695-1485946)
[»] scaffold0454 (1 HSPs)
scaffold0454 (24-280)||(876-1128)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 5553912 - 5553547
Alignment:
Q  18 agtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgcg 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5553912 agtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgtg 5553813  T
Q  118 tgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgatagg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5553812 tgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgatagg 5553713  T
Q  218 aacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5553712 aacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaattttcaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaa 5553613  T
Q  318 agatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatctccatggttcat 383  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5553612 agatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatctccatggttcat 5553547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 18 - 383
Target Start/End: Original strand, 5852510 - 5852875
Alignment:
Q  18 agtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgcg 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5852510 agtttgtccaaaatctgaccaagattaggcaactgtatctagaagatataactctaacatctgaggggcaggaatggagcaatgctttgttgccactgcg 5852609  T
Q  118 tgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgatagg 217  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||    
T  5852610 tgaactacaaatgttgagcttgtataaatgtgatctagcagggccacttgattcttccctatcaaaactaaggaacctatcagtcattattcttgatagg 5852709  T
Q  218 aacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| || |||||||||||||| |    
T  5852710 aacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgctaattttcaaaacctgaccacccttagtctttcagattgtggattgactggtacatttccacaga 5852809  T
Q  318 agatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatctccatggttcat 383  Q
    |||||||||| |||| || ||| || ||||||||| || || |||||| |||||||||||||||||    
T  5852810 agatctttcagattggaacactgtctgttattgacataacatacaacagcaatctccatggttcat 5852875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 24 - 377
Target Start/End: Original strand, 5885857 - 5886210
Alignment:
Q  24 tccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaact 123  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||  ||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||||||  |    
T  5885857 tccaaaatcttaccaatattaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaatggagtaatgctttgttaccgctgcgtgactt 5885956  T
Q  124 acaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaat 223  Q
     ||||||||||||||||||||||||  |||| |||| || || ||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||    |||||||    
T  5885957 gcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcggtcattattcttggcgagaacaat 5886056  T
Q  224 ttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatct 323  Q
    ||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||| | ||||  |  ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  5886057 ttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatcttcaaaattgcggattgacagatacatttccacaaaagatct 5886156  T
Q  324 ttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatctccatg 377  Q
    | ||||||  || ||| ||  ||||||||||| |  |||||  |||||||||||    
T  5886157 tccaaattagaacactgtcaattattgacttatctgacaaccccaatctccatg 5886210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 331
Target Start/End: Original strand, 5894696 - 5895009
Alignment:
Q  18 agtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgcg 117  Q
    ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| || ||| | ||||||||||||||||| | ||  ||||    
T  5894696 agtttatccaaaatctcaccaatattaggcaactgtatctagatggtataactataacatctcagagacataaatggagcaatgctttgatacctttgcg 5894795  T
Q  118 tgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgatagg 217  Q
    ||| |||||||| |||||||||| ||| |||||| |  ||||  | || |||||||||||||||| |||| | ||||| || |||||||||||| || |     
T  5894796 tgacctacaagaattgagcatgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactacagaacctgtcagtcattattctttatcga 5894895  T
Q  218 aacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaa 317  Q
    ||||||||||| ||| |  | ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| | ||||  |   |||||||| |  ||||||||||||||||    
T  5894896 aacaatttttcatcctcattgccagaaacatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatcttcgaaagtgtggattgatcggtacatttccacaaa 5894995  T
Q  318 agatctttcaaatt 331  Q
    ||||||| ||||||    
T  5894996 agatcttccaaatt 5895009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 383
Target Start/End: Original strand, 5570629 - 5570992
Alignment:
Q  20 tttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtg 119  Q
    |||||||||||||| ||||   ||||| | |||||| |||| ||| ||| | ||| | || ||||||  ||||||||  |||||||||| |||||||||     
T  5570629 tttgtccaaaatctgaccagtcttaggaagctgtatctagatggtgtaagtttaaaagctcagggacaagaatggagtgatgctttgtttccgctgcgta 5570728  T
Q  120 aactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaa 219  Q
    | || ||||  ||||| |||| | | ||||||||| |||| || ||   |||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  5570729 acctccaagtattgagtatgtcttattgtgatctatcaggacccctttcttcttccctaacaagactaaagaacctatcagtcattattcttgatgggaa 5570828  T
Q  220 caatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaag 319  Q
    | |||| || ||||  || |||||||||||| |||||||  |||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  5570829 ctatttctcatccctagtgccagaaacattttccaattttaaaaaactaaccaccctcagtctttcatcttgtggattgacaggtacatttccacaaaat 5570928  T
Q  320 atctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatctccatggttcat 383  Q
    ||||||||||||| || | | ||  ||||||| ||| ||  |||| ||||||||||||||||||    
T  5570929 atctttcaaattggaacattgtcatttattgatttatcattcaactacaatctccatggttcat 5570992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 21 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 3749652 - 3749358
Alignment:
Q  21 ttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtga 120  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||| || |||| | ||||||||   |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  3749652 ttgtccaaaatctcaccaatattaggcaactatatctagatgggataagtataacatctcgaggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtga 3749553  T
Q  121 actacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaac 220  Q
      | ||||| |||||||||| | |||||||| || |||| || || |||||||||||| ||| |||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  3749552 cttgcaagaattgagcatgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaac 3749453  T
Q  221 aatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccaca 315  Q
    |||||||| || || || ||  ||||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||| |   ||||| ||| || ||||||||||||||    
T  3749452 aatttttcatcaccagtgccgaaaacatttgccaattttaaaaacttgaccaccctcagtcttgcgctttgtgaattgaccggtacatttccaca 3749358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 20 - 381
Target Start/End: Original strand, 5582836 - 5583197
Alignment:
Q  20 tttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtg 119  Q
    |||||||||||||| ||||   ||||| | |||||| |||| ||| ||| | ||| | || ||||||  |||||||| |||||||||||||| |||| |     
T  5582836 tttgtccaaaatctgaccagtcttaggaagctgtatctagatggtgtaagtataaaagctcagggacaagaatggaggaatgctttgttgcccctgccta 5582935  T
Q  120 aactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaa 219  Q
    | || ||||  ||||| |||| | | ||||||||| |||| || || |||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  5582936 acctccaagtattgagtatgtcttattgtgatctatcaggtccccttgattcttccctaacaagactaaagaacctatcagtcattattcttgatgggaa 5583035  T
Q  220 caatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaag 319  Q
    ||||||||| ||||| || ||| |||||||| |||||||| ||||  | |||||||| |||||| ||||||||||||| || |||| ||||||| |||      
T  5583036 caatttttcatccccagtgccacaaacattttccaatttcaaaaaattaaccaccctcagtcttgcatcttgtggattgactggtaaatttccaaaaacc 5583135  T
Q  320 atctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatctccatggttc 381  Q
    ||||||||||||| ||   ||||  ||||||||||| |   |||| ||||||||||||||||    
T  5583136 atctttcaaattggaacgttctcatttattgacttatccttcaactacaatctccatggttc 5583197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 18 - 331
Target Start/End: Original strand, 5847636 - 5847949
Alignment:
Q  18 agtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgcg 117  Q
    ||||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||| | ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  5847636 agtttatccaaaatctcaccaatattaggcaaatgtatctagatggtataagtataacatctcggggacatgaatggagcaatgctttgttgcctttgcg 5847735  T
Q  118 tgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgatagg 217  Q
    ||| || ||| |||||||||||| | | ||||||||| |||| || || |||||||||||| ||| |||| | |||||  |||||||| |||||| |  |    
T  5847736 tgacctgcaaaagttgagcatgtctgattgtgatctatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctgacggtcattgttcttggtgag 5847835  T
Q  218 aacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaa 317  Q
    ||||| ||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||| | ||||  |   |||||||| |  ||||||||||||||||    
T  5847836 aacaacttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatcttcgaaagtgtggattgatcggtacatttccacaaa 5847935  T
Q  318 agatctttcaaatt 331  Q
    | ||||| ||||||    
T  5847936 atatcttccaaatt 5847949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 81 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 5858704 - 5858453
Alignment:
Q  81 agggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatc 180  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||  | |||||||| |||||||||| |  ||||| ||||  ||| || || |||||||||||| |    
T  5858704 agggacatgaatggatcaatgctttgttgccgttgcgaaacctacaagaattgagcatgtcttcctgtggtctattaggtccccttgattcttccctaac 5858605  T
Q  181 aaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagt 280  Q
    ||||||| | |||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||  ||||| |||| ||||| |||    
T  5858604 aaaactagagaacctatcagtcattattcttgatgagaactatttttcatccccagttcctgaaacatttgcaaattttaaaaacttgactaccctcagt 5858505  T
Q  281 cttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattg 332  Q
    ||| ||| ||||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  5858504 cttgcattttgtgcattatccggtacatttccacagaagatctttcagattg 5858453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 88 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 5565433 - 5565138
Alignment:
Q  88 tgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaacta 187  Q
    ||||||||||| |  |||||||||| | ||||| |||||||| ||  ||||||  | ||||| |||  |||| || || ||||||||||| |||||||||    
T  5565433 tgaatggagcagtcttttgttgccgttccgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtctttcaggaccccttgattcttccctttcaaaacta 5565334  T
Q  188 aaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacat 287  Q
     | |||||||| ||||||||||||| |   || |||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||  |     
T  5565333 gagaacctatcagtcattattcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttgtag 5565234  T
Q  288 cttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatctccatggttcat 383  Q
     |||||| || || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||| | | || |||||||||||| ||   ||| ||||||||||||||||||    
T  5565233 attgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatttaactacaatctccatggttcat 5565138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 88 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 5559642 - 5559347
Alignment:
Q  88 tgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaacta 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||  ||| ||||| ||||||  || || |||| || || ||||| || || |||| ||||    
T  5559642 tgaatggagcaatgctttgttgccgttgcgtggtctagaagaactgaccatgtctaactgcaatttaacaggaccccttgattcatctctgtcaagacta 5559543  T
Q  188 aaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacat 287  Q
    || ||  ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||  |||  |||| |||||||||||| ||     
T  5559542 aagaatttatcgatcattattcttgatggaaacaatttttcttccccggtgcctgaaacattttccaatttcagaaatttgacaacccttagtcttgcag 5559443  T
Q  288 cttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatctccatggttcat 383  Q
    ||||| |||| || | |||||||||||| |||||||| ||||||| || | | ||  ||||||||||| ||   ||||| ||||||||| ||||||    
T  5559442 cttgtagattgactgatacatttccacataagatcttccaaattggaacattgtcatttattgacttaacattaaacaaaaatctccatagttcat 5559347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 24 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 5613803 - 5613629
Alignment:
Q  24 tccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaact 123  Q
    |||||||||| ||||| || |||||||||||| |||| ||||||| | |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||  || | || ||    
T  5613803 tccaaaatctcaccaatatgaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctcagggacatgaatggatcaatgctttgttgcctttgagcgacct 5613704  T
Q  124 acaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatc 198  Q
    ||||||  ||||||||| ||||||| ||||| |||| || || ||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  5613703 acaagaactgagcatgtctaactgtaatctatcaggacctcttgattcttccctttcaaaactagagaacctatc 5613629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 88 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 5605751 - 5605508
Alignment:
Q  88 tgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaacta 187  Q
    ||||||||||| |  |||||||||||| ||||| |||||||| ||  | ||||   |||||| | |  |||| || || |||||||||||| |||   ||    
T  5605751 tgaatggagcagtcttttgttgccgctccgtgacctacaagaattaggtatgtcagactgtggtttttcaggaccccttgattcttccctagcaaggtta 5605652  T
Q  188 aaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacat 287  Q
     | ||| |||| |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| | |||||       
T  5605651 gagaacttatctgtcattcttcttgatgggaacaatttttcatccccagtgccagaaacatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatcttaacg 5605552  T
Q  288 cttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaatt 331  Q
     ||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||||    
T  5605551 attgtggattgactggaacatttccacaaaatatatttcaaatt 5605508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 88 - 297
Target Start/End: Original strand, 5538834 - 5539043
Alignment:
Q  88 tgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaacta 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | | ||  ||| ||||  ||| ||||| ||||||| || || |||| || || || || || || |||| ||||    
T  5538834 tgaatggagcaatgctttgttgccgttacatggtctagaagaactgaccatgtctaactgtaatttaacaggacctcttgaatcatctctgtcaagacta 5538933  T
Q  188 aaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacat 287  Q
     | || |||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||  |||  |||| ||||||||||||  ||    
T  5538934 gagaatctatcgatcattattctcgatggaaacaatttttcttccccagtgcctgaaacattttccaatttcagaaatttgactacccttagtcttgaat 5539033  T
Q  288 cttgtggatt 297  Q
    | ||||||||    
T  5539034 catgtggatt 5539043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 88 - 152
Target Start/End: Original strand, 251994 - 252058
Alignment:
Q  88 tgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatc 152  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||    
T  251994 tgaatggggcaatgctttgttgccgctgtgtgatctgcaagagttgagcatgtctaactgtgatc 252058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 24 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 1485946 - 1485695
Alignment:
Q  24 tccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaact 123  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||   | ||||| ||| |      |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  1485946 tccaaaatctaaccaagattcggcaactgtatttagattatgtaactataaaaa-----ggacatgaatggagcaatgccttgttgccgctgcgtgagct 1485852  T
Q  124 acaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaat 223  Q
     |||| ||||||||||   || |||  |||| |||| ||  | ||||| ||||| ||||||||| | |||||| |  ||||||||||||||| |||||||    
T  1485851 gcaagtgttgagcatgagcaattgtagtctatcaggacccgttgattcctccctttcaaaactagagaacctaaccatcattattcttgataagaacaat 1485752  T
Q  224 ttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagt 280  Q
     |||| || ||  |||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||    
T  1485751 ctttcatcgccaattccagaaacatttaccaattttaaaaacctgaccatccttagt 1485695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0454
Description:

Target: scaffold0454; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 24 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 1128 - 876
Alignment:
Q  24 tccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaact 123  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||   | ||||| ||| |      |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  1128 tccaaaatctaaccaagattcggcaactgtatttagattatgtaactataaaaa-----ggacatgaatggagcaatgccttgttgccgctgcgtgagct 1034  T
Q  124 acaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaat 223  Q
     |||| ||||||||||   || |||  |||| |||| ||  | ||||| ||||| ||||||||| | |||||| |  ||||||||||||||| |||||||    
T  1033 gcaagtgttgagcatgagcaattgtagtctatcaggacccgttgattcctccctttcaaaactagagaacctaaccatcattattcttgataagaacaat 934  T
Q  224 ttttcttcccccgttccagaaacatttgcc-aatttccaaaacctgaccacccttagt 280  Q
     |||| || ||  |||||||||||||| || |||||  |||||||||||| |||||||    
T  933 ctttcatcgccaattccagaaacatttacctaattttaaaaacctgaccatccttagt 876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University