View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11395_low_2 (Length: 727)

Name: NF11395_low_2
Description: NF11395
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11395_low_2
NF11395_low_2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-712)||(30737232-30737919)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 595; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 595; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 30737919 - 30737232
Alignment:
Q  18 tgtgggattgaagttaattgaagaagtggattttcaaagatcattttatccaggttattataacaagagaggatcaggctcgaaatgtaaccagagtttc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30737919 tgtgggattgaagttaattgaagaagtggattttcaaagatcattttatccaggttattataacaagagaggatcaggctcgaaatgtaaccagagtttc 30737820  T
Q  118 catattggaaggagtagtacctacaaattttgtagggttttttattttgaaaaggaaatttttcctttgtattgagtacgtagtaatctcaacaagtttg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30737819 catattggaaggagtagtacctacaaattttgtagggttttttattttgaagaggaaatttttcctttgtattgagtacgtagtaatctcaacaagtttc 30737720  T
Q  218 tgcatttatcaagaaggtatttcttgatgcaaatttgacacacttaaatagagtctttctctatgctgaagtggaggaatctgatatctgagtgaaggat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||    
T  30737719 tgcatttatcaagaaggtatttcttgatgtaaatttgacacacttaaatagaggctttctctatgctgaagtggacgagtctgatatatgagtgaaggat 30737620  T
Q  318 cttcacagacatgacttattatgcttgggtcaaggcataatttaacat-gatgtatataaaacatctatgatgcttcttttgtattggaggcttccaata 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30737619 cttcacagacatgacttattatgcttgagtcaaggcataagttaacatggatgtatataaaacatctatgatacttcttttgtattggaggcttccaata 30737520  T
Q  417 gattttgtgtccttgcttcaatgatgaattcattgcatagtgtttacatcgagagatgtaagttggctcggatgtatttaaaacattcgagaccaggcat 516  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30737519 gatttcgtgtccttgcttcaaggatgaattcattccatagtgtttac--------atgtaagttggctcggatgtatttaaaacattcgagaccaggcat 30737428  T
Q  517 ttttctacaaatgctcgacttggtttttactgaattaaaccaatgatggggtagaggaaccttgatcttcccttcattattgaattagaggaacaattgt 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30737427 ttttctacaaatgctcgacttggtttttcctgaattaaaccaatgatggggtagaggaaccttgatcttcccttcattattgaattagaggaacaattgt 30737328  T
Q  617 tccatcagaggatcgattacatgactcagatttcttagccattgtttctacttgatgccattccttggactgaatggatgcacttgccgttgtggg 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  30737327 tccatcagaggatcgattacatgactcagatttcttagccattgtttctacttgatgccattccttggactgaattgatgcacctgccgttgtggg 30737232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University