View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11396_low_10 (Length: 554)

Name: NF11396_low_10
Description: NF11396
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11396_low_10
NF11396_low_10
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (1-539)||(41957855-41958400)
chr2 (1-242)||(5598925-5599164)
chr2 (306-539)||(37128836-37129071)
chr2 (298-509)||(4397373-4397586)
chr2 (110-180)||(5597488-5597558)
chr2 (312-386)||(42048283-42048358)
chr2 (312-427)||(9560813-9560930)
chr2 (348-419)||(23665437-23665509)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (1-242)||(25548846-25549085)
chr1 (281-519)||(38709863-38710100)
chr1 (400-535)||(4397387-4397522)
chr1 (273-517)||(4391509-4391754)
chr1 (273-392)||(39908882-39909000)
chr1 (312-392)||(13987560-13987641)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (1-218)||(40637168-40637375)
chr8 (274-535)||(38387821-38388082)
chr8 (273-528)||(46150-46406)
chr8 (314-500)||(1579079-1579268)
chr8 (110-180)||(40635738-40635808)
chr8 (325-427)||(544375-544479)
chr8 (438-524)||(4489653-4489739)
chr8 (466-525)||(22915927-22915986)
chr8 (315-427)||(40531176-40531288)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (298-535)||(16284991-16285230)
chr3 (273-523)||(45181496-45181746)
chr3 (273-523)||(17324086-17324336)
chr3 (312-392)||(2782130-2782211)
chr3 (451-535)||(23087591-23087675)
chr3 (330-392)||(3968611-3968674)
chr3 (330-392)||(4000131-4000194)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (313-526)||(26500201-26500416)
chr4 (273-531)||(1799048-1799306)
chr4 (274-526)||(10388464-10388716)
chr4 (312-446)||(40813786-40813923)
chr4 (284-412)||(37707395-37707523)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (273-535)||(35846999-35847262)
chr5 (279-520)||(42742268-42742508)
chr5 (316-518)||(2707004-2707208)
chr5 (419-535)||(25362321-25362437)
chr5 (341-509)||(39368831-39369000)
chr5 (348-502)||(3204260-3204414)
chr5 (273-523)||(29685728-29685978)
chr5 (425-522)||(40377649-40377746)
chr5 (478-535)||(17218822-17218879)
chr5 (322-412)||(18557486-18557577)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (341-523)||(6003343-6003526)
chr7 (312-427)||(27993561-27993678)
chr7 (478-531)||(2570423-2570476)
chr7 (273-417)||(2570062-2570206)
chr7 (312-427)||(46262144-46262261)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (312-427)||(7546454-7546571)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 539
Target Start/End: Original strand, 41957855 - 41958400
Alignment:
Q  1 aaggggaaaattggaattgatcagatggcggagagtgtggaggtgctgaggcagcttcgcgtgctgattttgtaagacaagaaaagtgaaagtcaaaatc 100  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41957855 aagggtaaaatttgaattgatcagatggcggag--tgtggaggtgctgaggcagcttcgcgtgctgattttgtaagacaagaaaagtgaaagtcaaaatc 41957952  T
Q  101 tatacctagagctagaggtgtttatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgcacaaacgacccaaaccggcatttgtcggataacggatttgtcggtt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  41957953 tatacctagagctagaggtgttcatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgcacaaacgacccaaaccggcatttgtcacataacggatttgtcggtt 41958052  T
Q  201 gaaactcacaaatgcaac--------atctcatgcagtattactttcggttcgctttgcgctaatgttctaccnnnnnnngtcttgggattttggcatct 292  Q
    ||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||| |||||||||||||     
T  41958053 gaaactcacaaatgcaacccgttgacatctcatgcagtattactttcggttcgctttgcgctaatgttctacctttctctgtcttcggattttggcatcg 41958152  T
Q  293 ggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtg 391  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41958153 ggttatattgatgggttggatttttggacaggttaaggtgtctgctctggtggtttgtgagttgaagggtgcctttttgacttgtgtcaggagtcttgtg 41958252  T
Q  392 gccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggt 491  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  41958253 gccgaccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgactcaggtccttttagtctgttgtaacgtctcctctgatagaccgaaacttgagtggtggt 41958352  T
Q  492 cgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaattcatc 539  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41958353 cgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaattcatc 41958400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Original strand, 5598925 - 5599164
Alignment:
Q  1 aaggggaaaattggaattgatcagatggcggagagtgtggaggtgctgaggcagcttcgcgtgctgattttgtaagacaagaaaagtgaaagtcaaaatc 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5598925 aagggtaaaattggaattgatcagatggcggagagtgtcgaggtgctgaggcagcttcgcgtgctgattttgtaagacaagaaaagtgaaagtcaaaatc 5599024  T
Q  101 tatacctagagctagaggtgtttatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgcacaaacgacccaaaccggcatttgtcggataacggatttgtcggtt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||    
T  5599025 tatacctagagctagaggtgttcatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgcacaaacgacccaaaccggcatttgtc----------tttgtcggtt 5599114  T
Q  201 gaaactcacaaatgca--------acatctcatgcagtattactttcggt 242  Q
    ||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||    
T  5599115 gaaactcacaaatgcaaccagttgacatctcatgcagtattactttcggt 5599164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 306 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 37129071 - 37128836
Alignment:
Q  306 ggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttt 403  Q
    ||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||  | ||||    
T  37129071 ggttgagtttttggacaggttcaggtgtctgctctggtggttcgtgagttgataggtgcctttttgacttgtgttaggagtcttgtgggccgatcgcttt 37128972  T
Q  404 tgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaaca 503  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||||| | ||||||| ||  |||||| |||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37128971 tgattcgaggtccggaacaagtttgtgactcaagtcctttcaggatgttgtgatgtctcctccgatagaccgaaacttgaatggtggtcgaagctgaaca 37128872  T
Q  504 tttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaattcatc 539  Q
    |||||  |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37128871 tttgatgcaaaatcactatcgggtgcctaattcatc 37128836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 298 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 4397586 - 4397373
Alignment:
Q  298 tattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtggcc-g 395  Q
    ||||| ||||| | ||||||||| | ||| | ||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||| |||||| || | || |||||||||||| | |    
T  4397586 tattggtgggtcgagtttttggacaagtttatgtgtctgctatggtggttcgtgagttgaggggtgccattttgacttctctcgggagtcttgtgggctg 4397487  T
Q  396 tccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaa 495  Q
      | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||||  || ||| || |||||||||||||||||||    
T  4397486 atcgcttttgattcgaggtcgggagcaagtttgtgactcaggtccttttaggttgttgtgatgtctcctccgaaagaccggaacttgagtggtggtcgaa 4397387  T
Q  496 gctgaacatttgaa 509  Q
    |||| || ||||||    
T  4397386 gctgtacgtttgaa 4397373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 110 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 5597558 - 5597488
Alignment:
Q  110 agctagaggtgtttatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgcacaaacgacccaaaccggcatttgtc 180  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5597558 agctagaggtgttcatgtgtacgggtcaaatatgaacacagttgcacaaacgacccaaaccgacatttgtc 5597488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 312 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 42048358 - 42048283
Alignment:
Q  312 gtttttggataggttaaagtgtctgctct-gtggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtc 386  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||  |||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  42048358 gtttttggacatgttaaggtgtctgctctggtggttcgtgagttgagaggtgccttgttgatttctgtcgggagtc 42048283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 312 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 9560930 - 9560813
Alignment:
Q  312 gtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattc 409  Q
    ||||||||||| ||||  |||||||||||| | ||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||   ||| | |||| |||  ||||||||||||    
T  9560930 gtttttggataagttatggtgtctgctctggtagttcgtgagttgaggggtgccttgatgatttgtgtcgaaagtttggtggaccgatcacttttgattc 9560831  T
Q  410 gaggtcggaagcaagttt 427  Q
    ||| |||| ||| |||||    
T  9560830 gagatcgggagctagttt 9560813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 348 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 23665509 - 23665437
Alignment:
Q  348 gtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaa 419  Q
    ||||||||| ||||||| |||| |||||| || ||||||| |||| |||  ||||||||||||||| ||||||    
T  23665509 gtgagttgaggggtgccatttttatttgtatcgggagtctagtgggccgatcacttttgattcgagatcggaa 23665437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 174; Significance: 2e-93; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Original strand, 25548846 - 25549085
Alignment:
Q  1 aaggggaaaattggaattgatcagatggcggagagtgtggaggtgctgaggcagcttcgcgtgctgattttgtaagacaagaaaagtgaaagtcaaaatc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25548846 aagggtaaaattggaattgatcagatggcggagagtgtggaggtgctgaggcagcttcgcgtgctgattttgtaagacaagaaaagtgaaagtcaaaatc 25548945  T
Q  101 tatacctagagctagaggtgtttatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgcacaaacgacccaaaccggcatttgtcggataacggatttgtcggtt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||          ||||||||||    
T  25548946 tatacctagagctagaggtgttcatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgcacaaacgacccaaatcggcatttgtc----------tttgtcggtt 25549035  T
Q  201 gaaactcacaaatgca--------acatctcatgcagtattactttcggt 242  Q
    ||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||    
T  25549036 gaaactcacaaatgcaacccgttgacatctcatgcagtattactttcggt 25549085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 281 - 519
Target Start/End: Original strand, 38709863 - 38710100
Alignment:
Q  281 attttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtc 379  Q
    ||||||||||| ||||||  || ||||| | ||||||||| ||||||| |||| || |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||  |||| ||    
T  38709863 attttggcatcgggttat--tggtgggtcgagtttttggacaggttaaggtgtttgttctggtggttcgtgagttgaggggtgcctttttgccttgtttc 38709960  T
Q  380 aggagtcttgtggccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaac 479  Q
     ||||||||  ||| |  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||||||||  |||||| || |||    
T  38709961 gggagtctttgggctgatcgcttttgattcgaggtcgggagcaagtttgtgactcaggtccttttaggatgttgtgatgtctcctccgatagaccggaac 38710060  T
Q  480 ttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcac 519  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  38710061 ttgagtggtggtcgaagctgaacgcttgaagcaaaatcac 38710100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 400 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 4397522 - 4397387
Alignment:
Q  400 cttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctg 499  Q
    ||||||||||||| |||| || |||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||  |||||| || | |||||||||||||||||||||    
T  4397522 cttttgattcgagttcgggagtaagtttgtgactcaggtccttttaggctgttgtgatgtctcctccgatagaccggatcttgagtggtggtcgaagctg 4397423  T
Q  500 aacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaatt 535  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  4397422 aacgtttgaagcaaaatcactatcgggtgcctaatt 4397387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 273 - 517
Target Start/End: Original strand, 4391509 - 4391754
Alignment:
Q  273 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttga 371  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| |  || ||||| | | ||||||  ||||||| ||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||     
T  4391509 gtctttggattttggcatcgggttct--tggtgggtcgaggttttggtcaggttaaggtgtctgttctggtggttcgtgagttgaggggtgcatttttgc 4391606  T
Q  372 tttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagttt-gtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgat 469  Q
     ||||||| |||||||||||| ||   | ||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||  |||    
T  4391607 cttgtgtcgggagtcttgtgggccaatcgcttttgattcggggtcgggagcaagttttgtgactcaggtc-ttttaggctgttgtgatgtctcctccgat 4391705  T
Q  470 agatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacat-ttgaaacaaaatc 517  Q
    |||  | |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||    
T  4391706 agacaggaacttgagtggtggtcgaagttgagcatcttgaagcaaaatc 4391754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 273 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 39909000 - 39908882
Alignment:
Q  273 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttga 371  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||  || ||| | | ||||||||| ||||| | |||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  39909000 gtctttggattttggcatcgggttat--tggtggatcgagtttttggacaggtttaggtgtatgctctggtggttcgtgagttgaggggtgcttttttga 39908903  T
Q  372 tttgtgtcaggagtcttgtgg 392  Q
     |||||||  |||||||||||    
T  39908902 cttgtgtcgtgagtcttgtgg 39908882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 312 - 392
Target Start/End: Original strand, 13987560 - 13987641
Alignment:
Q  312 gtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg 392  Q
    |||||| ||||||||   |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||| ||| ||||    
T  13987560 gtttttagataggttttggtgtctgctctggtggttcgtgagttgaggggtgccttgatgatttgtgtcgggaatctggtgg 13987641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 167; Significance: 3e-89; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 40637168 - 40637375
Alignment:
Q  1 aaggggaaaattggaattgatcagatggcggagagtgtggaggtgctgaggcagcttcgcgtgctgattttgtaagacaagaaaagtgaaagtcaaaatc 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  40637168 aagggtaaaattggaattgatcagatggcggagagtgtggaggtgctgaggcagcttcgcgtgctgattttgtaagacaagaaaagtgaaagtcaaaatt 40637267  T
Q  101 tatacctagagctagaggtgtttatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgcacaaacgacccaaaccggcatttgtcggataacggatttgtcggtt 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||          ||||||||||    
T  40637268 tatacctagagctagaggtgttcatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgcacaaacgacccaaaccgtcatttgtc----------tttgtcggtt 40637357  T
Q  201 gaaactcacaaatgcaac 218  Q
    ||||||||||||||||||    
T  40637358 gaaactcacaaatgcaac 40637375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 274 - 535
Target Start/End: Original strand, 38387821 - 38388082
Alignment:
Q  274 tcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgat 372  Q
    |||| |||||||| |||| ||||||  || ||||| | ||||||||| ||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||     
T  38387821 tctttggattttgccatcaggttat--tggtgggtcgagtttttggacaggttaaggtgtttgctctggtggttcgtgagttgaggggtgcctttttgac 38387918  T
Q  373 ttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatag 471  Q
    || |||| |||||||||||| ||   |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||| | ||||||    
T  38387919 ttatgtcgggagtcttgtgggccaatcacttttgattcaaggtcaggagcaagtttgtgactcaggtccttttaggctattgtgatgtctcatctgatag 38388018  T
Q  472 atcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaatt 535  Q
    |     ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  38388019 actaggacttgagtggtggtcgaagctgaacgtttgaagcaaaatcactatcgggtgcctaatt 38388082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 273 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 46406 - 46150
Alignment:
Q  273 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctgt--ggtttgtgagttgaagggtgcctttttg 370  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||  || ||||| | ||||||||| ||||| | |||||||||| |   |||| ||||||||| |||||||||||||    
T  46406 gtctttggattttgacatcgggttat--tggtgggtcgagtttttggacaggtttatgtgtctgctccggtgggttcgtgagttgaggggtgcctttttg 46309  T
Q  371 atttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgat 469  Q
    | ||||||| |||||||||||| ||   | |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||| |||||||||  |||    
T  46308 acttgtgtcgggagtcttgtgggccaatcgcttttgattccaggtcgggagcaagtttctgactcaggtccttttaggttgttgtgatgtctcctccgat 46209  T
Q  470 agatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcg 528  Q
    |||  | |||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  46208 agactggaacttgagtggtggtcaaagttgaacgtttgaagcaaaatcactatcaggcg 46150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 314 - 500
Target Start/End: Original strand, 1579079 - 1579268
Alignment:
Q  314 ttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcga 411  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||| ||| | ||||||  |||||||||||| |||  |||||||||||| |    
T  1579079 ttttggataggtttaggtgtctgctctggtggttcgtgagttgagggatgcctcttttacttgtgttgggagtcttgtgggccgatcacttttgattcaa 1579178  T
Q  412 ggtcggaagcaagt-ttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctga 500  Q
     ||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||  |||||| ||||||| |  |||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  1579179 agtcgggagcaagtcttgtgactcaggtccttctaggttgttgtgatgtctcttgcgataggccgaaacttgagtggtggtcgaagctga 1579268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 110 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 40635808 - 40635738
Alignment:
Q  110 agctagaggtgtttatgtgtacgggtcaactgtgaacccagttgcacaaacgacccaaaccggcatttgtc 180  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40635808 agctagaggtgttcatgtgtacgggtcaaatatgaacacagttgcacaaacgacccaaaccgacatttgtc 40635738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 325 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 544479 - 544375
Alignment:
Q  325 ttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgt-ggccgtccacttttgattcgaggtcggaagca 422  Q
    |||| |||||||||||| ||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||| ||||||| || || ||  |||||| |||||||| ||||||||     
T  544479 ttaaggtgtctgctctggtggattgtgagttgacggatgccgttttgatttgtgtcgggagtctggtgggtcgatcactttagattcgagatcggaagct 544380  T
Q  423 agttt 427  Q
    |||||    
T  544379 agttt 544375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 438 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 4489739 - 4489653
Alignment:
Q  438 tccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcg 524  Q
    ||||||||| || |||| |||||||||  ||||||  | ||||||||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||| |||||    
T  4489739 tccttttaggcttttgtgatgtctcctccgatagactggaacttgagtggtggtagaagctaaacgtttgaagcaaaatcattatcg 4489653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 466 - 525
Target Start/End: Original strand, 22915927 - 22915986
Alignment:
Q  466 tgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgg 525  Q
    ||||||| || || ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  22915927 tgatagaccggaaattgagtggtagtcgaagctgaacgtttgaagcaaattcactatcgg 22915986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 315 - 427
Target Start/End: Original strand, 40531176 - 40531288
Alignment:
Q  315 tttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgt-ggccgtccacttttgattcgag 412  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||| ||| |  |||||||| ||||||| |||||||||||||||  |||||  | |||||  |||||||||||||||    
T  40531176 tttggacaggttaaggtgtctgctctggtgggtcttgagttgaggggtgccgttttgatttgtgtca--agtctgatgggccgatcacttttgattcgag 40531273  T
Q  413 gtcggaagcaagttt 427  Q
     |||| ||| |||||    
T  40531274 atcgggagctagttt 40531288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 298 - 535
Target Start/End: Original strand, 16284991 - 16285230
Alignment:
Q  298 tattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctct-gtggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccg 395  Q
    ||||| ||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||    
T  16284991 tattggtgggtcgagtttttggacaggttaaggtgtctgctcttgtggttcgtgagttgaggggtgcctttttgactagtgtctggagtcttgtgggccg 16285090  T
Q  396 tccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaa 495  Q
      | |||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| | | |||||  |||| | || |||||||||||||||| ||    
T  16285091 atcgcttttgattcgaggtcgggagcaagtttgcgactcaggtccttttaggctgttgtgacggctcctccgataaaccggaacttgagtggtggtcaaa 16285190  T
Q  496 gctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaatt 535  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  16285191 gctgaacatttgaagcaaaatcactatcgggtgcctaatt 16285230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 273 - 523
Target Start/End: Original strand, 45181496 - 45181746
Alignment:
Q  273 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttga 371  Q
    ||||| ||||||||||||  ||||||  || ||||| | ||||||||| ||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  45181496 gtctttggattttggcattgggttat--tggtgggtcgagtttttggacaggttagggtgtctgctctggtggttcgtgagttgaggggtgcctttttga 45181593  T
Q  372 tttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgata 470  Q
     || |||| |||||||||||| ||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||    
T  45181594 cttttgtcgggagtcttgtgggccaatcgcttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgactcaggtccttttaggctgttgtgatgtctccttcgata 45181693  T
Q  471 gatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatc 523  Q
    || || ||||| |||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||||||    
T  45181694 gaccggaacttaagtggtggtcgaagctaaacatctgaatcaatatcactatc 45181746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 273 - 523
Target Start/End: Complemental strand, 17324336 - 17324086
Alignment:
Q  273 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttga 371  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||||  || ||||| | ||||||||||||||| | |||||| ||| | ||||| ||||||||| |||||||||||| |    
T  17324336 gtctttggattttgacatcgggttat--tggtgggtcgagtttttggataggtttaggtgtctactccggtggttcgtgagttgaggggtgcctttttta 17324239  T
Q  372 tttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgata 470  Q
     || ||||  ||||||||||| |||  | |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  || |||| |||||||||  ||||    
T  17324238 cttatgtcgtgagtcttgtgggccgatctcttttgattcgaggtcgggagcaagtttctgacttaggtccttttaagctattgtgatgtctcctccgata 17324139  T
Q  471 gatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatc 523  Q
     |  | |||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  17324138 tactggaactagagtggtggtcgaagctgaacgtttgaagcaaaatcactatc 17324086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 312 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 2782211 - 2782130
Alignment:
Q  312 gtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg 392  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||  |||||| ||||    
T  2782211 gtttttggacaggttaaggtgtctgctctggtggtttgtgagttgaggggtgccttaatgatttgtgtcgagagtctggtgg 2782130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 451 - 535
Target Start/End: Original strand, 23087591 - 23087675
Alignment:
Q  451 ttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaatt 535  Q
    |||| |||||||||  ||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||  ||||||||    
T  23087591 ttgtgatgtctccttcgatagatcggaacttgagtgatagtcgaagctgaacgtttgaagtaaaatcactatcggatgcctaatt 23087675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 330 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 3968674 - 3968611
Alignment:
Q  330 gtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg 392  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||    
T  3968674 gtgtctgctctggtggttcgtgagttgaggggtgccttgatgatttgtgtcgggagtctggtgg 3968611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 330 - 392
Target Start/End: Original strand, 4000131 - 4000194
Alignment:
Q  330 gtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg 392  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||| ||||    
T  4000131 gtgtctgctctggtggttcgtgagttgaggggtgccttgatgatttgtgtcgggagtctggtgg 4000194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 313 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 26500416 - 26500201
Alignment:
Q  313 tttttggataggttaaagtgtctgctct-gtggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtggc-cgtccacttttgattcg 410  Q
    |||||||| ||||||| |||| |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||||||  ||  | |||||||||||    
T  26500416 tttttggacaggttaaggtgtatgctctagtggttcgtgagttgaggggtgcctttttgacttgtgtcggaagtcttgtgggtcgatcgcttttgattcg 26500317  T
Q  411 aggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaa 510  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||  |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  26500316 aggtcgggagcaagtttgtgactcaagtccttttaggctgttgtgatgtctcctccgatagaccggaacttgagtggtggtcgaagctgaacgtttgaag 26500217  T
Q  511 caaaatcactatcggg 526  Q
    |||||||| |||||||    
T  26500216 caaaatcaatatcggg 26500201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 273 - 531
Target Start/End: Original strand, 1799048 - 1799306
Alignment:
Q  273 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttga 371  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||  || ||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  1799048 gtctttggattttggcatcgggttat--tggtgggtcgagtttttggataggttaaggtgtctgctccggtggttcgtgagttgaggggtgcctttttga 1799145  T
Q  372 tttgtgtcaggagtcttg-tggccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgata 470  Q
     |||||| |||||||||| || ||   | |||||||||| ||||| | |||||||||||| || |||||||||||| || |||| |||||||||  ||||    
T  1799146 cttgtgtaaggagtcttgttgaccaaacgcttttgattctaggtcaggagcaagtttgtgtctcaggtccttttaggctattgtgatgtctcctccgata 1799245  T
Q  471 gatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcct 531  Q
     | | ||| ||||||||||||||||||||| | |||||| ||| |||| ||||||| ||||    
T  1799246 aaccaaaatttgagtggtggtcgaagctgatcgtttgaagcaacatcattatcgggtgcct 1799306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 274 - 526
Target Start/End: Original strand, 10388464 - 10388716
Alignment:
Q  274 tcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctct-gtggtttgtgagttgaagggtgcctttttgat 372  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||   ||||| ||| | || || ||||||||||| ||| || ||||||||| || || ||||||||     
T  10388464 tctttggattttggcatcgggttat--tgatgggtcaagttttgggacatgtaaaggtgtctgctctagtgcttcgtgagttgagggatgtctttttgac 10388561  T
Q  373 ttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatag 471  Q
    ||| |||  ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  10388562 ttgcgtcgagagtcttgtgggccgatcacttttgattcgaggtcgggagcaagtttatgactcaggtccttttaggctgttgtgatgtctcctctgatag 10388661  T
Q  472 atcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcggg 526  Q
    | || | |||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||| |||||    
T  10388662 accggatcttgagtggtggtcgaagctaaacgtttgaagcaaaattactgtcggg 10388716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 312 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 40813923 - 40813786
Alignment:
Q  312 gtttttggataggttaaagtgtctgctct-gtggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgt-ggccgtccacttttgattc 409  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| || |||||  ||||||||||||    
T  40813923 gtttttggataggttaaggtgtctgctctagtggttcgtgaattgaagggtgcctttatgatttgcgtcgggagtctggtgggccgatcacttttgattc 40813824  T
Q  410 gaggtcggaag-caagtttgtgacttaggtccttttag 446  Q
    ||| |||| || ||| ||| ||||| |||| |||||||    
T  40813823 gagatcgggagccaattttttgactcaggttcttttag 40813786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 284 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 37707523 - 37707395
Alignment:
Q  284 ttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcagg 382  Q
    ||||||||||||| |  || ||||| | |||||||||||| ||   |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||    
T  37707523 ttggcatctggtttt--tggtgggtcgagtttttggatagattttggtgtctgctctggtggttcgtgagttgaggggtgcctttttgctatgtgtcggg 37707426  T
Q  383 agtcttgt-ggccgtccacttttgattcgag 412  Q
    ||||| || |||||  |||||||||||||||    
T  37707425 agtctggtgggccgatcacttttgattcgag 37707395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 103; Significance: 5e-51; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 273 - 535
Target Start/End: Original strand, 35846999 - 35847262
Alignment:
Q  273 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgccttttt-g 370  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||  || |||||   ||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  35846999 gtctttggattttggcatcgggttat--tggtgggtcaagtttttggacatgttaaggtgtctgctctggtggtttgtgagttgatgggtgccttttttg 35847096  T
Q  371 atttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgat 469  Q
    | ||||||| ||||| |||||| |||  |  ||||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||| ||| ||| |||||||||  |||    
T  35847097 acttgtgtcgggagttttgtgggccgatcgattttgattcgaggtcgggagcacgtttgtgactcgggtccttttaggctgctgtgatgtctcctccgat 35847196  T
Q  470 agatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaatt 535  Q
    ||| ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  35847197 agaccgggacttgagtggtggtcgaagctgaacgtttgaagcaaaatcactatcgggtgcctaatt 35847262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 279 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 42742508 - 42742268
Alignment:
Q  279 ggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtg 377  Q
    ||||||||||||| ||||||  || |||||   ||||||| | ||||| | |||||||||||| ||||| ||| ||||  |||||||||||||| |||||    
T  42742508 ggattttggcatcgggttat--tggtgggtcaagtttttgaacaggtttaggtgtctgctctggtggttcgtgggttgtggggtgcctttttgacttgtg 42742411  T
Q  378 tcaggagtcttgtggccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaa 477  Q
    || |||||||||||| ||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| |||||||||  ||||||  | |    
T  42742410 tcgggagtcttgtgggcgatcgcttttgattcgaggtcgggagcaagtttgtgactcatgtccttttaggctgttgtgatgtctcctccgatagactgga 42742311  T
Q  478 acttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcact 520  Q
    ||||||||||||||| ||| || || ||||||  |||||||||    
T  42742310 acttgagtggtggtcaaagttgtacgtttgaaggaaaatcact 42742268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 316 - 518
Target Start/End: Original strand, 2707004 - 2707208
Alignment:
Q  316 ttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgagg 413  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||| | ||||| ||||||||| |||||| ||  ||| ||||||| ||||||| |||  |||  ||||||||||||||||    
T  2707004 ttggacaggttaaggtgcctgctccggtggttcgtgagttgaggggtgctttaatgacttgtgtcgggagtctagtgaaccgatcacttttgattcgagg 2707103  T
Q  414 tcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaa 513  Q
    |||| ||| ||||||||||| | |||||||||| || ||| | ||||||||  || |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||    
T  2707104 tcgggagctagtttgtgactcatgtccttttaggcttttgcattgtctcctccgaaagatcgtaacttgagtggtggtcaaagctgaacgtttgaagcaa 2707203  T
Q  514 aatca 518  Q
    |||||    
T  2707204 aatca 2707208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 419 - 535
Target Start/End: Original strand, 25362321 - 25362437
Alignment:
Q  419 agcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatca 518  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||| || ||||||||||||| | |||||||||| |||||| |||||||     
T  25362321 agcaagtttgtgactcaggtccttttaggctgttgtgatgtctccattgatagaccggaacttgagtggtgattgaagctgaacgtttgaagcaaaatct 25362420  T
Q  519 ctatcgggcgcctaatt 535  Q
    |||||||| ||||||||    
T  25362421 ctatcgggtgcctaatt 25362437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 341 - 509
Target Start/End: Original strand, 39368831 - 39369000
Alignment:
Q  341 gtggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtc 439  Q
    |||||| |||||||||  |||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||     
T  39368831 gtggttcgtgagttgagaggtgtctttttgacttgtgtcgggagtcttgtgggccgaccgcttttgattcgaggtcgggagcaagtttttgactcaggtt 39368930  T
Q  440 cttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaa 509  Q
    |||||||  ||||||  ||||||||  |   || ||  || |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39368931 cttttaggttgttgtgttgtctcctcagtgcgaccgggacgtgagtggtggtcgaagctgaacgtttgaa 39369000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 348 - 502
Target Start/End: Original strand, 3204260 - 3204414
Alignment:
Q  348 gtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttag 446  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||   |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  3204260 gtgagttgaggggtgcctttttaacttgtgtcag-agtcttgtggaccaatcgtttttgattcgaggtcgggagcaagtttgtgacttagattcttttag 3204358  T
Q  447 tctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaac 502  Q
     ||||||| |||||||||  |||| |    |||||||||||||||| |||||||||    
T  3204359 gctgttgtgatgtctcctccgatatactagaacttgagtggtggtcaaagctgaac 3204414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 273 - 523
Target Start/End: Original strand, 29685728 - 29685978
Alignment:
Q  273 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttga 371  Q
    ||||| ||| |||||||| |||||||  || ||||||| ||||||| | ||||||| | |||||||||| ||||| ||||||||| | || ||||  |||    
T  29685728 gtctttggaatttggcatatggttat--tggtgggttgagtttttgaacaggttaaggggtctgctctggtggttcgtgagttgaggagtaccttaatga 29685825  T
Q  372 tttgtgtcaggagtcttgtggc-cgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgata 470  Q
      |||||| |||||||  |||  ||  |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| || ||||||||| || |||| | |||||||  ||||    
T  29685826 cctgtgtcgggagtctaatgggtcgatcacttttgattcgaagtcgggagctagtttgtgactcagatccttttaggcttttgtgaagtctcctccgata 29685925  T
Q  471 gatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatc 523  Q
    || || || ||| |||||||| |||||||||| |||||| |||| ||| ||||    
T  29685926 gaccggaatttgtgtggtggtggaagctgaacgtttgaagcaaagtcattatc 29685978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 425 - 522
Target Start/End: Original strand, 40377649 - 40377746
Alignment:
Q  425 tttgtgacttaggtccttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactat 522  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||  |||||| || | ||||||||||||| ||| |||||| ||||||  |||||||||||    
T  40377649 tttgtgactcaggtccttttaggctgttgtgatgtctcctccgatagaccggatcttgagtggtggtggaacctgaacgtttgaagtaaaatcactat 40377746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 478 - 535
Target Start/End: Original strand, 17218822 - 17218879
Alignment:
Q  478 acttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcctaatt 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||||||||    
T  17218822 acttgagtggtggtcgaagctgaacttttgaagcaaaatcactattgggtgcctaatt 17218879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 322 - 412
Target Start/End: Original strand, 18557486 - 18557577
Alignment:
Q  322 aggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtggccgtccacttttgattcgag 412  Q
    ||||||| |||||| ||||| ||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||   |||||  |||||||||||||||    
T  18557486 aggttaaggtgtctactctggtgggtcgtgagttgaggggtgccgttttgatttgtgtcgggagtctatgggccgatcacttttgattcgag 18557577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 88; Significance: 5e-42; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 341 - 523
Target Start/End: Original strand, 6003343 - 6003526
Alignment:
Q  341 gtggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattcgaggtcggaagcaagtttgtgacttaggtc 439  Q
    ||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  | |||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  6003343 gtggtttgtgaattgagtgatgcctttttgatttgtgtcaggagtcttatgggccgatcgcttttgattcgaggtcggaagcaaatttgtgtctcaggtc 6003442  T
Q  440 cttttagtctgttgtaatgtctcctatgatagatcgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatc 523  Q
    ||||||| ||||||| ||||| |||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||    
T  6003443 cttttaggctgttgtgatgtcgcctccgatagactgaaacttgagtggtggtcgaagctgaacgtttgaagcaacatcaatatc 6003526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 312 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 27993678 - 27993561
Alignment:
Q  312 gtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattc 409  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||| |||  ||||||||||||    
T  27993678 gtttttggataggttatggtgtttgctctggtggttcgtgagttgaggggtgtctttatgatttgtgtcgggagtctggtggaccgatcacttttgattc 27993579  T
Q  410 gaggtcggaagcaagttt 427  Q
    ||| |||| ||| |||||    
T  27993578 gagatcgggagctagttt 27993561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 478 - 531
Target Start/End: Original strand, 2570423 - 2570476
Alignment:
Q  478 acttgagtggtggtcgaagctgaacatttgaaacaaaatcactatcgggcgcct 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  2570423 acttgagtggtggtcgaagctgaacctttgaagcaaaatcactttcgggtgcct 2570476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 273 - 417
Target Start/End: Original strand, 2570062 - 2570206
Alignment:
Q  273 gtcttgggattttggcatctggttatattgatgggttgggtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttga 371  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||  || ||||| | | ||||||  || |||| |||| ||||||| | | | ||||||||| ||||||||||||||    
T  2570062 gtctttggattttggcatcgggttat--tggtgggtcgaggttttggtcagattaaggtgtttgctctggttgctcgtgagttgaggggtgcctttttga 2570159  T
Q  372 tttgtgtcaggagtcttgtggccgt-ccacttttgattcgaggtcgg 417  Q
     ||||||||||||||| |||| | |  | ||||||||||||||||||    
T  2570160 cttgtgtcaggagtctggtgggcttatcgcttttgattcgaggtcgg 2570206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 312 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 46262261 - 46262144
Alignment:
Q  312 gtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgt-ggccgtccacttttgattc 409  Q
    |||||||||||| |||  |||||| ||| | || || ||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||| || |||||  ||||||||||||    
T  46262261 gtttttggatagtttatggtgtcttctccggtgattcgtgagttgaggggtgcctttttgattggtgttgggagtctggtgggccgatcacttttgattc 46262162  T
Q  410 gaggtcggaagcaagttt 427  Q
    ||| |||| ||| |||||    
T  46262161 gagatcgggagctagttt 46262144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 46; Significance: 6e-17; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 312 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 7546571 - 7546454
Alignment:
Q  312 gtttttggataggttaaagtgtctgctctg-tggtttgtgagttgaagggtgcctttttgatttgtgtcaggagtcttgtgg-ccgtccacttttgattc 409  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||||   |||||| |||| |||  ||||||||||||    
T  7546571 gtttttggataggttatggtgtctgctctggtggttcgtgagttgaggggtgccttttttattggtgttgagagtctggtggaccgatcacttttgattc 7546472  T
Q  410 gaggtcggaagcaagttt 427  Q
    ||| |||||||| |||||    
T  7546471 gagatcggaagctagttt 7546454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University