View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1139_low_12 (Length: 592)
Name: NF1139_low_12
Description: NF1139
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1139_low_12 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 136 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 24761040 - 24760594
Alignment:
| Q |
136 |
aaatagaagcagtgatcaatatggttaagctgaagtattaaaagaaggtattgatgtatgaactgtggcaaatgagaagtaagtgatctcagaatattat |
235 |
Q |
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| T |
24761040 |
aaatagaagcagtgatcaatatggttaagctgaagtattaaaagaagctattgatgtatgaactgtggcaaatgagaagtaagtgatctcagaatattat |
24760941 |
T |
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| Q |
236 |
ttgaccaatcaaatgtgatccaaatgctaccaaattaaataatatgcatcccaacatacctatacacatatacacaattttagatttgaaagaaacatca |
335 |
Q |
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| T |
24760940 |
ttgaccaatcaaatgtgatccaaatgctaccaaattaaataatatgcatcccaacatacctatacacatatacacaattttagatttgaaagaaacatca |
24760841 |
T |
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| Q |
336 |
caaaatttttagataattattagtctaatggattttcaaaagtaagaatggaagaactaagaatccctcgagttctcattgttattgagagaatatataa |
435 |
Q |
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| T |
24760840 |
caaaaattttagataattattagtctaatggattttcaaaagtaagaatggaagaactaagaatccctcgagttctcattgttattgagagaatatataa |
24760741 |
T |
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| Q |
436 |
tatgttagtacaaaaattttaaaaatttagtatagagttattttaaaacccacaatcagataacagagagtttaaaacccaacaccaacattcaaaatta |
535 |
Q |
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| T |
24760740 |
tatgttagtacaaaaattttaaaaatttagtatagagttattttaaaacccacaatcagataacagagagtttaaaatccaacaccaacattcaaaatta |
24760641 |
T |
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| Q |
536 |
tggtagtggttttgattttgtttctaaaacccctgcttcatcctatg |
582 |
Q |
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| T |
24760640 |
tggtagtggttttgattttgtttctaaaacccctgcttcatcctatg |
24760594 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 435; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 136 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 52128475 - 52128029
Alignment:
| Q |
136 |
aaatagaagcagtgatcaatatggttaagctgaagtattaaaagaaggtattgatgtatgaactgtggcaaatgagaagtaagtgatctcagaatattat |
235 |
Q |
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| T |
52128475 |
aaatagaagcagtgatcaatatggttaagctgaagtattaaaagaagctattgatgtatgaactgtggcaaatgagaagtaagtgatctcagaatattat |
52128376 |
T |
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| Q |
236 |
ttgaccaatcaaatgtgatccaaatgctaccaaattaaataatatgcatcccaacatacctatacacatatacacaattttagatttgaaagaaacatca |
335 |
Q |
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| T |
52128375 |
ttgaccaatcaaatgtgatccaaatgctaccaaattaaataatatgcatcccaacatacctatacacatatacacaattttagatttgaaagaaacatca |
52128276 |
T |
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| Q |
336 |
caaaatttttagataattattagtctaatggattttcaaaagtaagaatggaagaactaagaatccctcgagttctcattgttattgagagaatatataa |
435 |
Q |
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| T |
52128275 |
caaaaattttagataattattagtctaatggattttcaaaagtaagaatggaagaactaagaatccctcgagttctcattgttattgagagaatatataa |
52128176 |
T |
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| Q |
436 |
tatgttagtacaaaaattttaaaaatttagtatagagttattttaaaacccacaatcagataacagagagtttaaaacccaacaccaacattcaaaatta |
535 |
Q |
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| T |
52128175 |
tatgttagtacaaaaattttaaaaatttagtatagagttattttaaaacccacaatcagataacagagagtttaaaatccaacaccaacattcaaaatta |
52128076 |
T |
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| Q |
536 |
tggtagtggttttgattttgtttctaaaacccctgcttcatcctatg |
582 |
Q |
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| T |
52128075 |
tggtagtggttttgattttgtttctaaaacccctgcttcatcctatg |
52128029 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 259; Significance: 1e-144; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 136 - 512
Target Start/End: Original strand, 4160073 - 4160451
Alignment:
| Q |
136 |
aaatagaagcagtgatcaatatggttaagctgaagtattaaaagaaggt-attgatgtatgaactgtggcaaatgagaagtaagtgatctcagaatatta |
234 |
Q |
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| T |
4160073 |
aaatagaagcaatgatcaacatggttaagctgaagtatttaaagaagctcattgatgtatgaaatgtggcaaatgagaagcaagtgatctcagaatatta |
4160172 |
T |
|
| Q |
235 |
tttgaccaatcaaatgtgatccaaatgctaccaaattaaataatatgcatcccaacatacctatacacatatacacaattttagatttgaaagaaacatc |
334 |
Q |
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| T |
4160173 |
tttgaccaatcaaatgtgatccaaatgctaccaaattaaatactatgcatcccaacatacctatacacatatacacaattttagatttgaaagaaacatc |
4160272 |
T |
|
| Q |
335 |
acaaaatttttagataa--ttattagtctaatggattttcaaaagtaagaatggaagaactaagaatccctcgagttctcattgttattgagagaatata |
432 |
Q |
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| T |
4160273 |
aaaaaaaatttagatagagttattagtctaatggattttaaaaagtaagaatggtagaactaagaatccctcaagttctcattgtcattgagagaatata |
4160372 |
T |
|
| Q |
433 |
taatatgttagtacaaaaattttaaaaat-ttagtatagagttattttaaaacccacaatcagataacagagagtttaaaa |
512 |
Q |
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| T |
4160373 |
caatatgttagtacaaaaaattaaaaaaaatta--ataaagttattttaaaacccataatcagataacagagagtttaaaa |
4160451 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 213 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 1179369 - 1179283
Alignment:
| Q |
213 |
agtaagtgatctcagaatattatttgaccaatcaaatgtgatccaaatgctaccaaattaaataatatgcatcccaacatacctata |
299 |
Q |
| |
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| T |
1179369 |
agtaggtgttctcagaatattatttgacccatggaatgtgatccaaatgctgccaaaataaattctgtgcatcccagcatacatata |
1179283 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 136 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 3004242 - 3003920
Alignment:
| Q |
136 |
aaatagaagcagtgatcaatatggttaagctgaagtattaaaagaaggt-attgatgtatgaactgtggcaaatgagaagtaagtgatctcagaatatta |
234 |
Q |
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| T |
3004242 |
aaatagaagcagtgatcaatatgattaagctgaagtattaaaagaagctcattgatgtatgaactgtggcaaatgagaagtaggtgatctcagaatatta |
3004143 |
T |
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| Q |
235 |
tttgaccaatcaaatgtgatccaaatgctaccaaattaaataatatgcatcccaacatacctatacacatatacacaattttagatttgaaagaaacatc |
334 |
Q |
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| T |
3004142 |
tttgaccaatcaaatgtgatccaaatgctaccaaattaaatactatgcatcccaacatatctttacacataaacacaattttagatttgaaagaaacatc |
3004043 |
T |
|
| Q |
335 |
acaaaatttttagat--aattattagtctaatggattttcaaaagtaagaatggaagaactaagaatccctcgagttctcattgttattgagagaatata |
432 |
Q |
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| T |
3004042 |
acaaaaattttagatagagttattagtctaatggattttaaaaagtaaaaatggcagaactaagaatccctcaagttctcattgttattgagagaatata |
3003943 |
T |
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| Q |
433 |
taatatgttagtacaaaaatttt |
455 |
Q |
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| T |
3003942 |
taatatgttagtacataaatttt |
3003920 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 136 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 54654289 - 54653973
Alignment:
| Q |
136 |
aaatagaagcagtgatcaatatggttaagctgaagtattaaaagaaggt-attgatgtatgaactgtggcaaatgagaagtaagtgatctcagaatatta |
234 |
Q |
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|
| T |
54654289 |
aaatagaagcagtgatcaatatggttaagctgaagtattaaaagaagctcattgatgtatgaactctggcaaatgagaagtaagtgatctcagaatatta |
54654190 |
T |
|
| Q |
235 |
tttgaccaatcaaatgtgatccaaatgctaccaaattaaataatatgcatcccaacatacctatacacatatacacaattttagatttgaaagaaacatc |
334 |
Q |
| |
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|
| T |
54654189 |
tttgaccaatcaaatgtgatcc----------aaattaaatactatgcatcccaacatacctttacac--atacacaattttagatttgaaagaaacatc |
54654102 |
T |
|
| Q |
335 |
acaaaatttttagat--aattattagtctaatggattt-tcaaaagtaagaatggaagaactaagaatccctcgagttctcattgttattgagagaatat |
431 |
Q |
| |
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| T |
54654101 |
acaaaatttttagatagagttattagtctaatggatttaaaaaaaaaaaaaatgtcagaactaaaaatccctcaagttctcattgttatcgagagaatat |
54654002 |
T |
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| Q |
432 |
ataatatgttagtacaaaaattttaaaaa |
460 |
Q |
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| T |
54654001 |
ataatatgttagtacataaattttaaaaa |
54653973 |
T |
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