View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11400_low_21 (Length: 457)

Name: NF11400_low_21
Description: NF11400
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11400_low_21
NF11400_low_21
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-439)||(49004388-49004818)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (10-439)||(38160411-38160841)
chr1 (191-439)||(38116767-38117015)
chr1 (10-163)||(38116607-38116760)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 439
Target Start/End: Original strand, 49004388 - 49004818
Alignment:
Q  10 gagatgaagcagaatcgcagattgtacttgtacaggaggaaggatttgagactaaccaagttgggtctgaagaaatggagctcaatatttctcttgttct 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  49004388 gagatgaagcagaatcgcagattgtacttgtacaggaggaaggatttgagactaaccaagttgggtctgaagaaatggagctgaatatttctcttgttct 49004487  T
Q  110 tgagaagattgagaattttacccagagggtagctatataaagttacacttacacgctgtttgaaacttgaaatcatactctagatgaatgttaaatcttt 209  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  49004488 tgagaagattgagaattttactcagagggtagctatataatgttacacttacacactgtttgaagcttgaaatcataagctagatgaatgttaaatcttt 49004587  T
Q  210 gaaatgtttaattgtggatttcgtgtaggtatctgagctcttggaatcagggaaaacaatgtttaaggagctatgcaatgaatttgaagagaaactgatt 309  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49004588 gaaatgtttaattgtggatttcttgtaggtatctgagcttttggaatcagggaaaacaatgcttaaggagctatgcaatgaatttgaagagaaactgatt 49004687  T
Q  310 atgtgagtaatgaagttaccattgaacattcaatgtttaaactatctttcac-ttaaatattgttagtttttgactttttatggtgtgattcttttaact 408  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49004688 atgtgagttatgaagttaccattgaacattcaatgtttaaactatctttcactttaaatattgttagtttttgactttttatggtgtgattcttttaact 49004787  T
Q  409 ttcaaataagcaggattcacaaggagcaggt 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49004788 ttcaaataagcaggattcacaaggagcaggt 49004818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 439
Target Start/End: Original strand, 38160411 - 38160841
Alignment:
Q  10 gagatgaagcagaatcgcagattgtacttgtacaggaggaaggatttgagactaaccaagttgggtctgaagaaatggagctcaatatttctcttgttct 109  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  38160411 gagatgaagcagaatcacagattgtgcttgtacaggaggaaggatttgagactaaccaaattgggtctgaggaaatggaactcaatgtttctcttgttct 38160510  T
Q  110 tgagaagattgagaattttacccagagggtagctatataaagttacacttacacgctgtttgaaacttgaaatcatactctagatgaatgttaaatcttt 209  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38160511 tgagaagattgagaattttactcagagggtagctatataaagttacacctacacactgtttgaagcttgaaatcatactgtagatgaatgttaaatcttt 38160610  T
Q  210 gaaatgtttaattgtggatttcgtgtaggtatctgagctcttggaatcagggaaaacaatgtttaaggagctatgcaatgaatttgaagagaaactgatt 309  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38160611 gaaatgtttaattgtggatttcttgtaggtatctgagctcttggaatcagggaaaacaatgcttaaggagctatgcaatgaatttgaagagaaactgatt 38160710  T
Q  310 atgtgagtaatgaagttaccattgaacattcaatgtttaaactatctttcac-ttaaatattgttagtttttgactttttatggtgtgattcttttaact 408  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  38160711 atgcgagttatgaagttaccattgaacattcaaagctgaaactatctttcacttttaatattgttagtttttgactttttgtggtgttattcttttaact 38160810  T
Q  409 ttcaaataagcaggattcacaaggagcaggt 439  Q
    ||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  38160811 ttccaatatgcaggattcacaaggagcaggt 38160841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 191 - 439
Target Start/End: Original strand, 38116767 - 38117015
Alignment:
Q  191 agatgaatgttaaatctttgaaatgtttaattgtggatttcgtgtaggtatctgagctcttggaatcagggaaaacaatgtttaaggagctatgcaatga 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38116767 agatgaatgttaaatctttgaaatgtttaattgtggatttcatgtaggtatctgagctcttggaatcagggaaaacaatgtttaaggagctatgcaatga 38116866  T
Q  291 atttgaagagaaactgattatgtgagtaatgaagttaccattgaacattcaatgtttaaactatctttcacttaaatattgttagtttttgactttttat 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38116867 atttgaagagaaactgattatgtgagtaatgaagttaccattgaacattcaatgtttaaactatctttcacttaaatattgttagtttttgactttttat 38116966  T
Q  391 ggtgtgattcttttaactttcaaataagcaggattcacaaggagcaggt 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38116967 ggtgtgattcttttaactttcaaataagcaggattcacaaggagcaggt 38117015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 10 - 163
Target Start/End: Original strand, 38116607 - 38116760
Alignment:
Q  10 gagatgaagcagaatcgcagattgtacttgtacaggaggaaggatttgagactaaccaagttgggtctgaagaaatggagctcaatatttctcttgttct 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38116607 gagatgaagcagaatcgcagattgtacttgtacaggaggaaggatttgagactaaccaagttgggtctgaagaaatggagctcaatatttctcttgttct 38116706  T
Q  110 tgagaagattgagaattttacccagagggtagctatataaagttacacttacac 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38116707 tgagaagattgagaattttacccagagggtagctatataaagttacacttacac 38116760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University