View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11400_low_29 (Length: 396)

Name: NF11400_low_29
Description: NF11400
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11400_low_29
NF11400_low_29
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (19-378)||(11784130-11784489)
chr4 (19-377)||(11697944-11698302)
chr4 (19-378)||(11787961-11788320)
chr4 (19-378)||(11800128-11800487)
chr4 (19-378)||(11676428-11676784)
chr4 (19-378)||(11684707-11685063)
chr4 (19-361)||(11707668-11708007)
[»] scaffold0294 (1 HSPs)
scaffold0294 (74-371)||(19722-20019)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 19 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 11784489 - 11784130
Alignment:
Q  19 ttattcttacttgaattgttcagaactttgacggcagaaaagtagtcgatcacattcctcatcaatatccgtcgttgataaggtatttcgccaatttctt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  | |||||| ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11784489 ttattcttacttgaattgttcagaactttgatggcggcgacgtagtccatcatgttcctcttcaatatccgtcgttgataaggtatttcgccaatttctt 11784390  T
Q  119 acagccgcaacaaatactcgaccaattctaagaaaaggactattgtcattatccttaatgttaaacctataggtcattgttccaagcaagaaaacagtca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11784389 acagccgcaacaaatactcgaccaattctaagaaaaggacaattgtcattatccttaatgttaaacctataggtcattgttccaagcaagaaaacaatca 11784290  T
Q  219 aagcaataatcattacaacacaaggtattccaaatccaagaacccaactatagttatcttgtatataagtcaagattaaaagtgttgccgaggcacctgc 318  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11784289 aagcaatgatcattacaacacaaggtattccaaatccaagaacccaactatagttatcttgtatataactcaagattaaaagtgttgccgaggcacctgc 11784190  T
Q  319 aaccatagtaaaataccaccagttaaagaatgagcttctagctctatgctccttaggatg 378  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11784189 aaccatagtaaaataccaccagttaaagaatgagcttctagctctatgctccttaggatg 11784130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 19 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 11698302 - 11697944
Alignment:
Q  19 ttattcttacttgaattgttcagaactttgacggcagaaaagtagtcgatcacattcctcatcaatatccgtcgttgataaggtatttcgccaatttctt 118  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| | |  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||     
T  11698302 ttattcttacttgaattgtttagaactttgacgactgcgaagtagtccatcacattcctcttcaatatccgtcgttgacaaggaattttgccaatttctc 11698203  T
Q  119 acagccgcaacaaatactcgaccaattctaagaaaaggactattgtcattatccttaatgttaaacctataggtcattgttccaagcaagaaaacagtca 218  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11698202 gcagccgcaacaaatacacgaccaattctaagaaaaggactcttgtctttatccttaatgttaaacctataggtcattgttccaagcaagaaaacaatca 11698103  T
Q  219 aagcaataatcattacaacacaaggtattccaaatccaagaacccaactatagttatcttgtatataagtcaagattaaaagtgttgccgaggcacctgc 318  Q
    | || || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  11698102 aggctatgatcattataacacaagggattccaaatccaagaacccaactatagttatcttgtatataagtcaagatcgaaagtgttgccgcggcacctgc 11698003  T
Q  319 aaccatagtaaaataccaccagttaaagaatgagcttctagctctatgctccttaggat 377  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  11698002 aaccatagtaaaataccaccaattaaagaatgagcttctagctttgtgctccttaggat 11697944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 19 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 11788320 - 11787961
Alignment:
Q  19 ttattcttacttgaattgttcagaactttgacggcagaaaagtagtcgatcacattcctcatcaatatccgtcgttgataaggtatttcgccaatttctt 118  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |  |||||||| ||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||    
T  11788320 ttattcttacttgacttgttcagaactttgatggcggcgaagtagtccatcatgttcctcttcaatatccgttgttgataaggtatttttccaatttctt 11788221  T
Q  119 acagccgcaacaaatactcgaccaattctaagaaaaggactattgtcattatccttaatgttaaacctataggtcattgttccaagcaagaaaacagtca 218  Q
     ||||| | || ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| || |||||||||||||| || || ||||||| |||||||||| |||    
T  11788220 gcagccacgacgaatacacgaccaattctaagaaagggactcttgttattatcattgatgttaaacctatatgtgatagttccaatcaagaaaacaatca 11788121  T
Q  219 aagcaataatcattacaacacaaggtattccaaatccaagaacccaactatagttatcttgtatataagtcaagattaaaagtgttgccgaggcacctgc 318  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11788120 aagcaatgatcataacaacacaaggtattccaaatccaacaacccaactatagttatcttgtatataactcaagattaaaagtgttgccgaggcacctgc 11788021  T
Q  319 aaccatagtaaaataccaccagttaaagaatgagcttctagctctatgctccttaggatg 378  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11788020 aaccattgtaaaataccaccaattaaagaatgagcttctagctctatgttccttaggatg 11787961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 19 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 11800487 - 11800128
Alignment:
Q  19 ttattcttacttgaattgttcagaactttgacggcagaaaagtagtcgatcacattcctcatcaatatccgtcgttgataaggtatttcgccaatttctt 118  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |  |||||||| ||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||    
T  11800487 ttattcttacttgacttgttcagaactttgatggcggcgaagtagtccatcatgttcctcttcaatatccgttgttgataaggtatttttccaatttctt 11800388  T
Q  119 acagccgcaacaaatactcgaccaattctaagaaaaggactattgtcattatccttaatgttaaacctataggtcattgttccaagcaagaaaacagtca 218  Q
     ||||| | || ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| || |||||||||||||| || || ||||||| |||||||||| |||    
T  11800387 gcagccacgacgaatacacgaccaattctaagaaagggactcttgttattatcattgatgttaaacctatatgtgatagttccaatcaagaaaacaatca 11800288  T
Q  219 aagcaataatcattacaacacaaggtattccaaatccaagaacccaactatagttatcttgtatataagtcaagattaaaagtgttgccgaggcacctgc 318  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11800287 aagcaatgatcataacaacacaaggtattccaaatccaacaacccaactatagttatcttgtatataactcaagattaaaagtgttgccgaggcacctgc 11800188  T
Q  319 aaccatagtaaaataccaccagttaaagaatgagcttctagctctatgctccttaggatg 378  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11800187 aaccattgtaaaataccaccaattaaagaatgagcttctagctctatgttccttaggatg 11800128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 19 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 11676784 - 11676428
Alignment:
Q  19 ttattcttacttgaattgttcagaactttgacggcagaaaagtagtcgatcacattcctcatcaatatccgtcgttgataaggtatttcgccaatttctt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||| ||||||||| || |||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  11676784 ttattcttacttgaattgttcagaactttgacgg---agaagtagtccatcacattcttcttcaaaatccgttgttgataaggtctttcgccaatttctt 11676688  T
Q  119 acagccgcaacaaatactcgaccaattctaagaaaaggactattgtcattatccttaatgttaaacctataggtcattgttccaagcaagaaaacagtca 218  Q
    | ||| |  |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| | |||||| |||    
T  11676687 atagctgtgacaaatacacgaccaattctaagaaagggactcttgtcattatccttaatgctaaacctatatgtccttgttccaagccaaaaaacaatca 11676588  T
Q  219 aagcaataatcattacaacacaaggtattccaaatccaagaacccaactatagttatcttgtatataagtcaagattaaaagtgttgccgaggcacctgc 318  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||  |||| |||  | |  ||||||    
T  11676587 aagcaatgatcattacaacacaagggattccaaatccaagaacccaactaatgttatcttgtatatagttcaagattgtaagtattgatgtgcaacctgc 11676488  T
Q  319 aaccatagtaaaataccaccagttaaagaatgagcttctagctctatgctccttaggatg 378  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11676487 aatcatagtaaaataccaccaattaaagaaagagcttctagctctatgctccttaggatg 11676428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 19 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 11685063 - 11684707
Alignment:
Q  19 ttattcttacttgaattgttcagaactttgacggcagaaaagtagtcgatcacattcctcatcaatatccgtcgttgataaggtatttcgccaatttctt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||| ||||||||| || |||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  11685063 ttattcttacttgaattgttcagaactttgacgg---agaagtagtccatcacattcttcttcaaaatccgttgttgataaggtctttcgccaatttctt 11684967  T
Q  119 acagccgcaacaaatactcgaccaattctaagaaaaggactattgtcattatccttaatgttaaacctataggtcattgttccaagcaagaaaacagtca 218  Q
    | ||| |  |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| | |||||| |||    
T  11684966 atagctgtgacaaatacacgaccaattctaagaaagggactcttgtcattatccttaatgctaaacctatatgtccttgttccaagccaaaaaacaatca 11684867  T
Q  219 aagcaataatcattacaacacaaggtattccaaatccaagaacccaactatagttatcttgtatataagtcaagattaaaagtgttgccgaggcacctgc 318  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||  |||| |||  | |  ||||||    
T  11684866 aagcaatgatcattacaacacaagggattccaaatccaagaacccaactaatgttatcttgtatatagttcaagattgtaagtattgatgtgcaacctgc 11684767  T
Q  319 aaccatagtaaaataccaccagttaaagaatgagcttctagctctatgctccttaggatg 378  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11684766 aatcatagtaaaataccaccaattaaagaaagagcttctagctctatgctccttaggatg 11684707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 19 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 11708007 - 11707668
Alignment:
Q  19 ttattcttacttgaattgttcagaactttgacggcagaaaagtagtcgatcacattcctcatcaatatccgtcgttgataaggtatttcgccaatttctt 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||| | ||||||||| || |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  11708007 ttattcttacttgaattgttcagaactttgacggcg---aagtagcccatcacattcttcttcaaaatccgttgttgataagctatttcgccaatttctt 11707911  T
Q  119 acagccgcaacaaatactcgaccaattctaagaaaaggactattgtcattatccttaatgttaaacctataggtcattgttccaagcaagaaaacagtca 218  Q
    | |||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| |||    
T  11707910 atagccgcgacaaatacacgaccaattctaataaagggactcttgtcattaaccttaatgttaaacctatatgtccttgttccaagcaaaaaaacaatca 11707811  T
Q  219 aagcaataatcattacaacacaaggtattccaaatccaagaacccaactatagttatcttgtatataagtcaagattaaaagtgttgccgaggcacctgc 318  Q
    |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||||   ||||||||| | |  ||||||    
T  11707810 aagcgatgatcattacaacacaagggattccaaatccaagaacccaactaatgttatcttgtatatagttcaagatcgtaagtgttgctgtgcaacctgc 11707711  T
Q  319 aaccatagtaaaataccaccagttaaagaatgagcttctagct 361  Q
    || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11707710 aatcatagtaaaataccaccaattaaagaatgagcttctagct 11707668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0294 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: scaffold0294
Description:

Target: scaffold0294; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 74 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 20019 - 19722
Alignment:
Q  74 tcctcatcaatatccgtcgttgataaggtatttcgccaatttcttacagccgcaacaaatactcgaccaattctaagaaaaggactattgtcattatcct 173  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| ||||||||||||||||| || | ||||||||    
T  20019 tcctcttcaatatccgtagttgataaggtatttcgccaatttcttacagctgcagcgaatacacgaccgattctaagaaaaggactcttattattatcct 19920  T
Q  174 taatgttaaacctataggtcattgttccaagcaagaaaacagtcaaagcaataatcattacaacacaaggtattccaaatccaagaacccaactatagtt 273  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| | |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19919 taatgttaaacctatatgtccttgttccgagcaagaaaataatcaaggcaatgatcattataacacaaggtattccaaatccaagaacccagctatagtt 19820  T
Q  274 atcttgtatataagtcaagattaaaagtgttgccgaggcacctgcaaccatagtaaaataccaccagttaaagaatgagcttctagctctatgctcct 371  Q
    |||||| ||||||||||||||   ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19819 atcttgaatataagtcaagatcggaagtgttgccgtggcccctgcaaccatagtaaaataccaccaattaaagaatgagcttctagctctatgctcct 19722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University