View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1140_high_1 (Length: 990)

Name: NF1140_high_1
Description: NF1140
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1140_high_1
NF1140_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (129-956)||(32852033-32852861)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 793; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 793; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 129 - 956
Target Start/End: Original strand, 32852033 - 32852861
Alignment:
Q  129 gattaactaaaacatggtctaaacacaagaatgaaaatgatatctcgataacaataacaattttaaaacaaaggaatgtttatgtcagctgacacaaagt 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  32852033 gattaactaaaacatggtctaaacacaagaatgaaaatgatatctcgataacaataacaattttaaaacgaaggaatgtttatgtcagctgacacaatgt 32852132  T
Q  229 aaaaatatacctgtttgaatagtgagcaaataaagttattggcttcacttccctaggtacatcatttactgaaggcataaacctaagaattaaacaattt 328  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852133 aaaagtatacctgtttgaatagtgagcaaataaagttattggcttcacttccctaggtacatcatttactgaaggcataaacctaagaattaaacaattt 32852232  T
Q  329 ggtaacaatatata-catagatgcaatgcgacatttgagaccatgactagatgtagcacaaccacagtgtaacactgcactatgctattattctttttca 427  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852233 ggtaacaatatataacatagatgcaatgcgacatttgagaccatgactagatgtagcacaaccacagtgtaacactgcactatgctattattctttttca 32852332  T
Q  428 acagctgcaagttcaaagtatgttattactcgggtgattttgaatttgaagcatgcgtcaaacttgtgtcaataacatagaaacattaggctagtttgca 527  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852333 acagctgcaagttcaaagtatgttattactcgggtgattttgaatttgaagcatgcgtcaaacttctgtcaataacatagaaacattaggctagtttgca 32852432  T
Q  528 ttgtcgtcatttaagctcatgaattcaattccttaacaatgtgaacatgattaatgcagaacatgactaccatattttctggattatttgcagtattatc 627  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852433 atgtcgtcatttaagctcatgaattcaattccttaacaatgtgaacatgattaatgcagaacatgactaccatattttctggattatttgcagtattatc 32852532  T
Q  628 aaatcatgatgaaagcaagttttaggcaacaatatgaatatattaaataacacaggccaaaataagcattgtattgtatgttaccaaactaaactatctt 727  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852533 aaatcatgatgaatgcaagttttaggcaacaatatgaatatattaaataacacaagccaaaataagcattgtattgtatgttaccaaactaaactatctt 32852632  T
Q  728 gaattttaattttagtcactgatgatggattatccaataagaactgaaatgtactcacgctttactgaataggtatgcgttccccctccgacaatgaaac 827  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852633 gaattttaattttagtcactgatgatggattatccaataagaactgaaatgtactcacgctttactgaataggtatgcgttccccctccgacaatgaaac 32852732  T
Q  828 gcctgaaagaagggtgatcaaagattattaggatgatacaataatccagcagagaagttggaaacttcaagcgttttgtactggcaaaaaaccaagaaat 927  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852733 gcctgaaagaagggtgatcaaagattattaggatgatacaataatccagcagagaagttggaaacttcaagcgttttgtactggcaaaaaaccaagaaat 32852832  T
Q  928 atcattgaaagacactgctacagaataat 956  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32852833 atcattgaaagacactgctacagaataat 32852861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University