View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11411_low_3 (Length: 548)

Name: NF11411_low_3
Description: NF11411
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11411_low_3
NF11411_low_3
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (8-529)||(7629386-7629907)
chr1 (29-529)||(7636190-7636690)
chr1 (43-529)||(7623112-7623598)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 502; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 529
Target Start/End: Original strand, 7629386 - 7629907
Alignment:
Q  8 caaaggtgaagatttcaatgaaataaggacgagtccataccataagcacagctttgatgtggtcgagagtgagatcaaaagagagtgaatgatcattcat 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7629386 caaaggtgaagatttcaataaaataaggacgagtccataccataagcacagctttgatgtggtcgagagtgagatcaaaagagagtgaatgatcattcat 7629485  T
Q  108 catttgtaataagatatcaataatatcatctacttcttgttccttagttttaggccttgctgaataatccatgtggtcatcaataactctttggtatatc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7629486 catttgtaataagatatcaataatatcatctacttcttgttccttagttttaggccttgctgaataatccatgtggtcatcaataactctttggtatatc 7629585  T
Q  208 aaatccaactccttgaacgttttatcaagcctcccaagtgttcctttgattctatcaatccaaccaaacaatggaaaattatctgaaaagtaaaattcag 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7629586 aaatccaactccttgaacgttttatcaagcctcccaagtgttcctttgactctatcaatccaaccaaacaatggaaaattatctgaaaagtaaaattcag 7629685  T
Q  308 ccaacaaagcttgagcttcattaagcaaaacttgcaatctacttctcctttgtccacttcccaattcaacttcttcttcataatcacaaacatatgtttt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7629686 ccaacaaagcttgagcttcattaagcaaaacttgcaatctacttctcctttgtccacttcccaattcaactccttcttcataatcacaaacatatgtttt 7629785  T
Q  408 cccaaaagctatcttacatataattgtatttgtgagagacatcaatatttcactcaagttcacacctttttcatcaccaccatattgcgacaacttttga 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7629786 cccaaaagctatcttacatataattgtatttgtgagagacatcaatatttcactcaagttcgcacctttttcatcaccaccatattgcgacaacttttga 7629885  T
Q  508 atcaactgggccacttcatttt 529  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
T  7629886 atcaattgggccacttcatttt 7629907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 529
Target Start/End: Original strand, 7636190 - 7636690
Alignment:
Q  29 aataaggacgagtccataccataagcacagctttgatgtggtcgagagtgagatcaaaagagagtgaatgatcattcatcatttgtaataagatatcaat 128  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  7636190 aataaggatgagtcaataccataagcacagctttgatgtggtcaagagtgagatcaaaagagagtgagtgatcattcatcatctgcaataagatatcaat 7636289  T
Q  129 aatatcatctacttcttgttccttagttttaggccttgctgaataatccatgtggtcatcaataactctttggtatatcaaatccaactccttgaacgtt 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7636290 aatatcatctacttcttgttccttagttttaggccttgctgaattatccatgtggtcatcaataactctttggtatatcaaatccaactccttgaatgtt 7636389  T
Q  229 ttatcaagcctcccaagtgttcctttgattctatcaatccaaccaaacaatggaaaattatctgaaaagtaaaattcagccaacaaagcttgagcttcat 328  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7636390 ttatcaagcctcccaagagttcctttgactctatcaatccaacccaacaatggaaaattatctgaaaagtaaaattcagccaacaaagcttgagcttcat 7636489  T
Q  329 taagcaaaacttgcaatctacttctcctttgtccacttcccaattcaacttcttcttcataatcacaaacatatgttttcccaaaagctatcttacatat 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7636490 taagcaaaacttgcaatctacttctcttttgtccacttcccaattcaacttcttcttcataatcacaaacatatgtttttccaaaagctatcttacatat 7636589  T
Q  429 aattgtatttgtgagagacatcaatatttcactcaagttcacacctttttcatcaccaccatattgcgacaacttttgaatcaactgggccacttcattt 528  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7636590 aattgtatttgtgagagacatcaatatttcactcaagttcgcacctttttcatcaccaccatattgcgacaacttttgaatcaattgggccacttcattt 7636689  T
Q  529 t 529  Q
    |    
T  7636690 t 7636690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 43 - 529
Target Start/End: Original strand, 7623112 - 7623598
Alignment:
Q  43 cataccataagcacagctttgatgtggtcgagagtgagatcaaaagagagtgaatgatcattcatcatttgtaataagatatcaataatatcatctactt 142  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| || || || |||||||| |||||  | ||||    
T  7623112 cataccataagcacagctttgacgtggtcaagagtaagatcaaaagagagtgagttatcattcatcatctgcaaaaatatatcaatgatatctgcaactt 7623211  T
Q  143 cttgttccttagttttaggccttgctgaataatccatgtggtcatcaataactctttggtatatcaaatccaactccttgaacgttttatcaagcctccc 242  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7623212 cttgctccttggttttaggctttgttgaattatccatgtggtcatcaatgacttgttggtatatcaaatccaactccttgaactttttatcaagcctccc 7623311  T
Q  243 aagtgttcctttgattctatcaatccaaccaaacaatggaaaattatctgaaaagtaaaattcagccaacaaagcttgagcttcattaagcaaaacttgc 342  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  7623312 aagagttcctttgattctatcaacccaacctaacaatggaaaatgatcagaaaagtaaaactcagttaacaaagcctgtgcttcattaagcaaaacttgc 7623411  T
Q  343 aatctacttctcctttgtccacttcccaattcaacttcttcttcataatcacaaacatatgttttcccaaaagctatcttacatataattgtatttgtga 442  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7623412 aatctacttcttctttctccacttcccaattcaacttcttcctcataatcaaaaacatattttttcccaaaagctatcttacatataattgcatttgtga 7623511  T
Q  443 gagacatcaatatttcactcaagttcacacctttttcatcaccaccatattgcgacaacttttgaatcaactgggccacttcatttt 529  Q
     ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||||| |  |||||||||||||    
T  7623512 aagatatcaatatttcactcaagtttacacctttttcatcaccatcatactgtgacagcttttgaatcaattcagccacttcatttt 7623598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University