View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11411_low_6 (Length: 464)

Name: NF11411_low_6
Description: NF11411
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11411_low_6
NF11411_low_6
[»] scaffold0477 (2 HSPs)
scaffold0477 (121-443)||(2149-2471)
scaffold0477 (8-126)||(1059-1171)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (121-443)||(4651132-4651454)
chr6 (8-126)||(4650042-4650154)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (121-443)||(19082740-19083068)
chr5 (292-395)||(6531811-6531914)
chr5 (161-215)||(6531916-6531970)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (121-443)||(36757904-36758232)
chr4 (69-126)||(47503648-47503705)
chr4 (85-126)||(28336564-28336605)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (121-443)||(16148524-16148852)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (121-443)||(40109047-40109375)
chr3 (43-126)||(11483846-11483929)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (121-443)||(23303209-23303537)
chr1 (19-126)||(49129959-49130066)
chr1 (305-389)||(15014917-15015001)


Alignment Details
Target: scaffold0477 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 2)
Name: scaffold0477
Description:

Target: scaffold0477; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 121 - 443
Target Start/End: Original strand, 2149 - 2471
Alignment:
Q  121 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttacttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2149 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttatttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 2248  T
Q  221 aacgtaatggcaagtaacttataggaatctcgaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaaatgctt 320  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||    
T  2249 aacgtaatggcaagtaacttattggaatctcaaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacaacgaaaaataccccaaaactcaaaatgctt 2348  T
Q  321 ggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcacttctacatgattttcttcacaaatc 420  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2349 ggaactgaaaccaaccacatcaccatcccataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcacttctacatgattttcttcacaaatc 2448  T
Q  421 ttgtattgagttgccctctcaaa 443  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  2449 ttgtattgagttgccctctcaaa 2471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0477; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 8 - 126
Target Start/End: Original strand, 1059 - 1171
Alignment:
Q  8 cacagaccagcatttaatgagtcccc-attagcttgcaaagcactctttggttaagtactttggagggaaattagcatagcaattagggctaagcaattg 106  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||||||| ||||||    
T  1059 cacacaccagcatttaatgagtcccccattagcttgcaaagcactctttggttaagtactttagagggaaattagca-------tagggctaaacaattg 1151  T
Q  107 cttgacctaattagttttta 126  Q
    ||| |||||||||| |||||    
T  1152 ctttacctaattagctttta 1171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 121 - 443
Target Start/End: Original strand, 4651132 - 4651454
Alignment:
Q  121 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttacttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4651132 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttatttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 4651231  T
Q  221 aacgtaatggcaagtaacttataggaatctcgaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaaatgctt 320  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||    
T  4651232 aacgtaatggcaagtaacttattggaatctcaaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacaacgaaaaataccccaaaactcaaaatgctt 4651331  T
Q  321 ggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcacttctacatgattttcttcacaaatc 420  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4651332 ggaactgaaaccaaccacatcaccatcccataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcacttctacatgattttcttcacaaatc 4651431  T
Q  421 ttgtattgagttgccctctcaaa 443  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  4651432 ttgtattgagttgccctctcaaa 4651454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 8 - 126
Target Start/End: Original strand, 4650042 - 4650154
Alignment:
Q  8 cacagaccagcatttaatgagtcccc-attagcttgcaaagcactctttggttaagtactttggagggaaattagcatagcaattagggctaagcaattg 106  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||||||| ||||||    
T  4650042 cacacaccagcatttaatgagtcccccattagcttgcaaagcactctttggttaagtactttagagggaaattagca-------tagggctaaacaattg 4650134  T
Q  107 cttgacctaattagttttta 126  Q
    ||| |||||||||| |||||    
T  4650135 ctttacctaattagctttta 4650154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 121 - 443
Target Start/End: Original strand, 19082740 - 19083068
Alignment:
Q  121 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttacttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 220  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  19082740 tttttaattaagtctactgtattctccacattctcaataggttctccttcactaagcatcatatttacttcaaccggtctttgaaattcatcacgacacc 19082839  T
Q  221 aacgtaatggcaagtaacttataggaatctcgaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaaatgctt 320  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19082840 aacgtaatggcaagtaacttgttggaatctcaaaacaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaagtgctt 19082939  T
Q  321 ggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcac------ttctacatgattttcttca 414  Q
    | ||||| ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      |||||||||||||||||||    
T  19082940 gcaactacaactaacaacatcaccatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctccttgtaatatttcacagtaaattctacatgattttcttca 19083039  T
Q  415 caaatcttgtattgagttgccctctcaaa 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19083040 caaatcttgtattgagttgccctctcaaa 19083068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 292 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 6531914 - 6531811
Alignment:
Q  292 caaagaataccccaaaactcaaaatgcttggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatt 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6531914 caaagaataccccaaaactcaaaatgctcacaactacaaccaacaacatcacaatcccataagactttatgcttttgtgaatgttgctccttgtaatatt 6531815  T
Q  392 tcac 395  Q
    ||||    
T  6531814 tcac 6531811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 161 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 6531970 - 6531916
Alignment:
Q  161 gtcctccttcactaagcatcatatttacttcaactggtctttgaaatttatcacg 215  Q
    ||||| ||||||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  6531970 gtcctacttcactaagcatgacatttactttgactggtctttgaaattcatcacg 6531916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 121 - 443
Target Start/End: Original strand, 36757904 - 36758232
Alignment:
Q  121 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttacttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 220  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  36757904 tttttaattaagtctactgtattctccacattctcaataggttctccttcactaagcatcatatttacttcaaccggtctttgaaattcatcacgacacc 36758003  T
Q  221 aacgtaatggcaagtaacttataggaatctcgaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaaatgctt 320  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36758004 aacgtaatggcaagtaacttgttggaatctcaaaacaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaagtgctt 36758103  T
Q  321 ggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcac------ttctacatgattttcttca 414  Q
    | ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||      |||||||||||||||||||    
T  36758104 gcaactacaaccaaccacatcaccatcccataagactttatgcttttgtgaatgttgctccttgcaatatttcacagtaaattctacatgattttcttca 36758203  T
Q  415 caaatcttgtattgagttgccctctcaaa 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36758204 caaatcttgtattgagttgccctctcaaa 36758232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 69 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 47503705 - 47503648
Alignment:
Q  69 ggagggaaattagcatagcaattagggctaagcaattgcttgacctaattagttttta 126  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  47503705 ggagggaaattatcatagcaattagggttaagcaattgcttgacttaattagctttta 47503648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 85 - 126
Target Start/End: Original strand, 28336564 - 28336605
Alignment:
Q  85 agcaattagggctaagcaattgcttgacctaattagttttta 126  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28336564 agcaattagggttaagcaattgcttgacctaattagctttta 28336605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 121 - 443
Target Start/End: Original strand, 16148524 - 16148852
Alignment:
Q  121 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttacttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 220  Q
    |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  16148524 tttttaattaagtccactgtattctccacattctcaataggccctccttcactaagcatcatatttacttcaaccggtctttgaaattcatcacgacacc 16148623  T
Q  221 aacgtaatggcaagtaacttataggaatctcgaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaaatgctt 320  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16148624 aacgtaatggcaagtaacttgttggaatctcaaaacaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaagtgctt 16148723  T
Q  321 ggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcac------ttctacatgattttcttca 414  Q
    | ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      |||||||||||||||||||    
T  16148724 gcaactacaaccaaccacatcaccatcccataagactttatgcttttgtgaatgttgctccttgtaatatttcacagtaaattctacatgattttcttca 16148823  T
Q  415 caaatcttgtattgagttgccctctcaaa 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16148824 caaatcttgtattgagttgccctctcaaa 16148852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 121 - 443
Target Start/End: Original strand, 40109047 - 40109375
Alignment:
Q  121 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttacttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 220  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  40109047 tttttaattaagtctactgtattctccacattctcaataggttctccttcactaagcatcatatttacttcaaccggtctttgaaattcatcacgacacc 40109146  T
Q  221 aacgtaatggcaagtaacttataggaatctcgaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaaatgctt 320  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40109147 aacgtaatggcaagtaacttgttggaatctcaaaacaatctttatgaaagaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaagtgctt 40109246  T
Q  321 ggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcac------ttctacatgattttcttca 414  Q
    | | ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      |||||||||||||||||||    
T  40109247 gcagctacaaccaaccacatcaccatcccataagactttatgcttttgtgaatgttgctccttgtaatatttcacagtaaattctacatgattttcttca 40109346  T
Q  415 caaatcttgtattgagttgccctctcaaa 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40109347 caaatcttgtattgagttgccctctcaaa 40109375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 43 - 126
Target Start/End: Original strand, 11483846 - 11483929
Alignment:
Q  43 caaagcactctttggttaagtactttggagggaaattagcatagcaattagggctaagcaattgcttgacctaattagttttta 126  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11483846 caaaacactctttggttaagtactttggagggaaattagcatagcaattagggctaagcaattgcttgacctaattagctttta 11483929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 121 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 23303537 - 23303209
Alignment:
Q  121 tttttaattaagtctactacattctccacattctcaataggtcctccttcactaagcatcatatttacttcaactggtctttgaaatttatcacgacacc 220  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  23303537 tttttaattaagtctactgtattctccatattctcaataggccctccttcactaagcatcatatttacttcaaccggtctttgaaattcatcacgacacc 23303438  T
Q  221 aacgtaatggcaagtaacttataggaatctcgaatcaatctttatgaaggaatattgtcaatacatgacgacaaagaataccccaaaactcaaaatgctt 320  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23303437 aacgtaatggcaagtaacttgttggaatctcaaaacaatctttatgaatgaatattgtcaatacatgatgacaaagaataccccaaaactcaaagtgctt 23303338  T
Q  321 ggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaatatttcac------ttctacatgattttcttca 414  Q
    | | ||| ||| ||| ||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      |||||||||||||||||||    
T  23303337 gcatctacaactaactacatcaccatctcattagactttatgcttttgtgaatgttgctccttgtaatatttcacagtaaattctacatgattttcttca 23303238  T
Q  415 caaatcttgtattgagttgccctctcaaa 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23303237 caaatcttgtattgagttgccctctcaaa 23303209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 126
Target Start/End: Original strand, 49129959 - 49130066
Alignment:
Q  19 atttaatgagtccccattagcttgcaaagcactctttggttaagtactttggagggaaattagcatagcaattagggctaagcaattgcttgacctaatt 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||  || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49129959 atttaatgagttcccattagcttgcaatgcactctttggtttagtgtttaggagggaaattagcatagtaattagggctaagcaattgcttgacctaatt 49130058  T
Q  119 agttttta 126  Q
    || |||||    
T  49130059 agctttta 49130066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 305 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 15015001 - 15014917
Alignment:
Q  305 aaaactcaaaatgcttggaactaaaaccaaccacatcacaatcacataagactttatgcttttgtgaatgttgctcattgtaata 389  Q
    |||||||||||||||| |||||| | |||||| |||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||| |||||  ||||||||    
T  15015001 aaaactcaaaatgcttagaactacatccaaccgcatcaccatcccataagactttgtgctttagtgaatcttgcttcttgtaata 15014917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University