View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11413_low_1 (Length: 711)
Name: NF11413_low_1
Description: NF11413
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11413_low_1 |
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| [»] chr4 (4 HSPs) |
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| [»] scaffold0581 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 630; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 630; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 25617067 - 25616374
Alignment:
| Q |
18 |
tgaggtgcaaaaaagatgttatgatcttatcaacctcattttggacacaaatcatactgtaaaagtgacaatgatgatgattttatagatcagaaaccat |
117 |
Q |
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| T |
25617067 |
tgaggtgcaaaaaagatgttatgatcttatcaacctcattttggacacaaatcatactgtaaaagtgacaatgatgatgattttatagatcagaaaccat |
25616968 |
T |
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| Q |
118 |
tttactacccacactacaatagagtattcaagtatgatcaaacactccatagagagttatagtattgttaaagcttatttgggattataatcatgttgat |
217 |
Q |
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| T |
25616967 |
tttactacccacactacaatagagtattcaagtatgatcaaacactccatagagagttatagtattgttaaagcttatttgggattataatcatgttgat |
25616868 |
T |
|
| Q |
218 |
aagataaataatatcattgttaggccttgccgagagatagttttaggtttttggaagcattcgtgcaataaactcatttatatctattaactaattggaa |
317 |
Q |
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| T |
25616867 |
aagataaataatatcattgttaggccttgccgagagatagttttaggtttttggaagcattcgtgcaataaactcatttatatctattaactaattggaa |
25616768 |
T |
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| Q |
318 |
ttttgccaatgaaatccagaaacaattagtaaacccggtaccatctactttgatgtctaatgcagtatcattcacataccatgtaaccactaaagcatca |
417 |
Q |
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| T |
25616767 |
tttcaccaatgaaatccagaaacaattagaaaacccggtaccatctactttgatgtctaatgcagtatcattcacataccatgcaaccactaaagcatca |
25616668 |
T |
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| Q |
418 |
tcaatcataacagctgcataaatcctgataattaactccgatacatggattgttcttaaacatactcttaattaatttcagtatctatttcaatctgagc |
517 |
Q |
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| T |
25616667 |
tcaatcataacagctacataaatcctgataactaactccgatacatggattgttcttaaacatactcttaattaatttcagtatctatttcaatctgagc |
25616568 |
T |
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| Q |
518 |
atatatataacagataacatatatttgttatatcagtctactaaaataacagaaagaggagcaggattttttcttggtatacccttcttggtcacaattg |
617 |
Q |
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| T |
25616567 |
atatatataacagataacatatatttgttatatcagtctactaaaataacagaaagaggagcaggattttttcttggtatacccttctttgtcacaattg |
25616468 |
T |
|
| Q |
618 |
tagctaaagtctctgcccnnnnnnnnctaacgcatactctcgagggatattttctttgtaccatctttgtcttagccacaattgttggtgcagc |
711 |
Q |
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| T |
25616467 |
tagctaacgtctctgccttttcttttctaacacatactctcgagggatattttctttgtaccatctttgtcttagccacaattgttggtgcagc |
25616374 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 386 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 25611271 - 25611124
Alignment:
| Q |
386 |
cattcacataccatgtaaccactaaagcatcatcaatcataacagctgcataaatcctgataattaactccgatacatggattgttcttaaacatactct |
485 |
Q |
| |
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| T |
25611271 |
cattcacatacaatgcaaccataaaaacaacatcaatcataacagctacataaatcctaataactaactccaatatatggattgttgttaagcatact-t |
25611173 |
T |
|
| Q |
486 |
taattaatttcagtatctatttcaatctgagcatatatataacagataa |
534 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25611172 |
taattaatctcagtatctatttcaatctgatcatatatataacagataa |
25611124 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 40 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 13299090 - 13299015
Alignment:
| Q |
40 |
gatcttatcaacctcattttggacacaaatcatactgtaaaagtgacaatgatgatgattttatagatcagaaacc |
115 |
Q |
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| T |
13299090 |
gatcttatcaagctctttgtgggcacaaagcatactgcaaaagtgacagcgatggtgattttaaagatcagaaacc |
13299015 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 71 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 13261184 - 13261127
Alignment:
| Q |
71 |
atactgtaaaagtgacaatgatgatgattttatagatcagaaaccattttactaccca |
128 |
Q |
| |
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|||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| ||| |||| |
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|
| T |
13261184 |
atactgcaaaagagacaatgatggtgatttaatagatcagaaaccttttcactgccca |
13261127 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0581 (Bit Score: 497; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0581
Description:
Target: scaffold0581; HSP #1
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 526
Target Start/End: Original strand, 5848 - 6356
Alignment:
| Q |
18 |
tgaggtgcaaaaaagatgttatgatcttatcaacctcattttggacacaaatcatactgtaaaagtgacaatgatgatgattttatagatcagaaaccat |
117 |
Q |
| |
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| T |
5848 |
tgaggtgcaaaaaagatgttatgatcttatcaacctcattttggacacaaatcatactgtaaaagtgacaataatgatgattttatagatcagaaaccat |
5947 |
T |
|
| Q |
118 |
tttactacccacactacaatagagtattcaagtatgatcaaacactccatagagagttatagtattgttaaagcttatttgggattataatcatgttgat |
217 |
Q |
| |
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| T |
5948 |
tttactacccacactacaatagagtattcaagtatgatcaaacactccatagagagttatagtattgttaaagcttatttgggattataatcatgttgat |
6047 |
T |
|
| Q |
218 |
aagataaataatatcattgttaggccttgccgagagatagttttaggtttttggaagcattcgtgcaataaactcatttatatctattaactaattggaa |
317 |
Q |
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| T |
6048 |
aagataaataatatcattgttaggccttgccgagagatagttttaggtttttggaagcattcgtgcaataaactcatttatatctattaactaattggaa |
6147 |
T |
|
| Q |
318 |
ttttgccaatgaaatccagaaacaattagtaaacccggtaccatctactttgatgtctaatgcagtatcattcacataccatgtaaccactaaagcatca |
417 |
Q |
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| T |
6148 |
tttcaccaatgaaatccagaaacaattagtaaacccggtaccatctactttgatgtctaatgcagtatcattcacataccatgtaaccactaaagcatca |
6247 |
T |
|
| Q |
418 |
tcaatcataacagctgcataaatcctgataattaactccgatacatggattgttcttaaacatactcttaattaatttcagtatctatttcaatctgagc |
517 |
Q |
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| T |
6248 |
tcaatcataacagctgcataaatcctgataattaactccgatacatggattgttcttaaacatactcttaattaatttcagtatctatttcaatctgagc |
6347 |
T |
|
| Q |
518 |
atatatata |
526 |
Q |
| |
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| T |
6348 |
atatatata |
6356 |
T |
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