View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11414_low_1 (Length: 728)

Name: NF11414_low_1
Description: NF11414
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11414_low_1
NF11414_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-717)||(3591978-3592681)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 667; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 667; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 3592681 - 3591978
Alignment:
Q  18 agttactatgcttattttaagaaatgacaatcatatttcgtcttcatggcttttatccattttttgtgctgggtaggttgtagttctaattggtggtgct 117  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3592681 agttgctatgcttattttaagaaatgacaatcatatttcgtcttcatggcttttatccattttttgtgctgggtaggttgtagttctaattggtggtgct 3592582  T
Q  118 gccagtgcggttgatatttctcgagacgtggctaccgttgctaaagaagttcatattgcagctaggtctgttgaagaagataagcttggaaagttacctg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3592581 gccagtgcggttgatatttctcgagacgtggcaaccgttgctaaagaagttcatattgcagctaggtctgttgaagaagataagcttggaaagttacctg 3592482  T
Q  218 gccatgataacatgtggcttcattctatggtaaaacttgttatttatggtgagaattagatggccatcatgacattagtatccataaacttttggataac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3592481 gccatgataacatgtggcttcattctatggtaaaacttgttatttatggtgagaattagatggccatcatgacattagtatccataaacttttggataac 3592382  T
Q  318 tgttgcttagattgtttg----atcttcttgatcttgaacaatgcagattgacagtgttcatgaagatggtgcagtggtttttaaagatggaaatgcagt 413  Q
    ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3592381 tgttgcttagattgtttggtcgatcttcttgatcttgaacaatgcagattgacagtgttcatgaagatggtgcagtggtttttaaagatggaaatgcagt 3592282  T
Q  414 tattgctgacttcattgtacattgcacagggtattcttagcattccctattagtttttcttttaaaccagtttatattgtggacttaagttttaaatcgt 513  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3592281 tatcgctgacttcattgtacattgcacagggtattcttagcattccctattagtttttcttttaaaccagttcatattgtggacttaagttttaaatcgt 3592182  T
Q  514 aaatgcggctgcaatacaaatgttttggaggaaccgcatttatcgacaatgtcaaaattgcaaagttatagcaacgacaggcacaactgcaatttaaaac 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3592181 aaatgcggctgcaatacaaatgttttggaggaaccgcatttatcgacaatgtcaaaattgcaaagttatagcaacgacaggcacaactgcaatttaaaac 3592082  T
Q  614 catgttgaggactcaaatatatttaggcataagtaacctgcaattgagacataaagtcttgcatattaactaaaagaaaaaagtgaaccaatgttgatgt 713  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3592081 catgttgaggactcaaatatatttaggcataagtaacctgcaattgagacataaagtcttgcatattaactacaagaaaaaagtgaaccaatgttgatgt 3591982  T
Q  714 ccat 717  Q
    ||||    
T  3591981 ccat 3591978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University