View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1141_high_3 (Length: 747)

Name: NF1141_high_3
Description: NF1141
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1141_high_3
NF1141_high_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (6-747)||(26754835-26755576)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 698; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 698; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 747
Target Start/End: Original strand, 26754835 - 26755576
Alignment:
Q  6 agaagcaaaggctaaagatacggacaaaaaccaccaacctaactggtttcatgaagaaatatgtacaggaagctgctgtggtgatgtaagctctcatggg 105  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  26754835 agaaccaaaggctatagatacggacaaaaaccaccaacctaactggtttcatgaagaaatatgtacaggaagctactgtggtgatgtaagctctgatggg 26754934  T
Q  106 gaacaaatggagaataatgaattgggcgattctgattcccaaggttttgaggaacagttttgtccagtcaaccataaaaaggatattggttcttctgtca 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26754935 gaacaaatggagaataatgaattgggcgattctgattcccaaggttttgaggaacagttttgtccagtcaaccataaaaaggatattggttcttctgtca 26755034  T
Q  206 tcacatgggagacagactcaaaatacaagtccttatcagacggtcctcatcgcgatatatttgaaacttcgctagatgacattcttagcaaccattatgt 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26755035 tcacatgggagacagactcaaaatacaagtccttatcagagggtcctcatcgcaatatatttgaaacgtcgctagatgacattcttagcaaccattatgt 26755134  T
Q  306 ggacattatggttgaaaaatcactgcaaggtaacaaggagaaaaatacatcttttgatgcacaacctcgggtccaggaaagcacaaatagaagcatacaa 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26755135 ggacattatggttgaaaaatcactgcaaggtaacaaggaaaaaaatacatcttttgatgcacaacctcgggtccaggaaagcacaaatagaagcatacaa 26755234  T
Q  406 actgactacctgtccaacgacacagatcatgagtatgaccaatcttatttggaagaggaaaaatttcagtgtttgacaaacacagaagataatgatagag 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26755235 actgactacctgtccaacgacacagatcatgagtatgaccaatcttatttggaagaggaaaaatttcagtgtttgacaaacacagaagataatgatagag 26755334  T
Q  506 aaaatgaaaaacatgtggaaaatgaggctggttgggcctcaatgatacttaatggagatacaattgacaatagtgatggtcacgagatctgtgaaacctg 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26755335 aaaatgaaaaacatgtggaaaatgaggctggttgtgcctcaatgatacttaatggagatacaattgacaatagtgatggtcacgggatctgtgaaacctg 26755434  T
Q  606 caagattgaagagagccgtgaagatagcaacacaaacctagagaataaggacacagaaattcaccaaaggaaccaaattccctcaactgatgtgcccgaa 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26755435 caagattgaagagagccgtgaagatagcaacacaaacctagagaataaggacacagaaattcaccaaaggaaccaaattccctcaactgatgtgcctgaa 26755534  T
Q  706 gagatcaccattatttttccggaccagctattactggaggaa 747  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26755535 gagatcaccattatttttccggaccagctattactggaggaa 26755576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University