View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1141_high_4 (Length: 675)

Name: NF1141_high_4
Description: NF1141
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1141_high_4
NF1141_high_4
[»] scaffold0001 (15 HSPs)
scaffold0001 (15-594)||(15216-15794)
scaffold0001 (15-594)||(18198-18776)
scaffold0001 (66-595)||(8423-8954)
scaffold0001 (66-595)||(22155-22686)
scaffold0001 (15-664)||(13727-14374)
scaffold0001 (15-596)||(16705-17289)
scaffold0001 (15-596)||(19687-20271)
scaffold0001 (191-594)||(1-405)
scaffold0001 (211-594)||(970-1354)
scaffold0001 (234-596)||(23847-24209)
scaffold0001 (393-596)||(27504-27707)
scaffold0001 (15-43)||(8394-8422)
scaffold0001 (15-43)||(22126-22154)
scaffold0001 (626-666)||(24240-24280)
scaffold0001 (626-666)||(27738-27778)
[»] scaffold0292 (2 HSPs)
scaffold0292 (284-508)||(18369-18596)
scaffold0292 (568-596)||(18601-18629)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (105-205)||(2741754-2741854)


Alignment Details
Target: scaffold0001 (Bit Score: 462; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 462; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 594
Target Start/End: Original strand, 15216 - 15794
Alignment:
Q  15 atatatacaaacacatcgttcaattgtgataagaattgaaaaggtcgatggaaggaaagaaaccaatgaagaagataaagaggatatgtgccaaaattaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15216 atatatacaaacacatcgttcaattgtgataagaactgaaaaggccgatggaaggaaagaaaccaatgaagaatataaagaggatatgtgccaaaattaa 15315  T
Q  115 ggatggctttaaaacatcaattgtctccaataaaaaagatggaaatcaatgtatgtatgactcaacaagctatgcactgaattttgatgatatgacagat 214  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  15316 ggatggatttaaaacatcatttgtctccaataaaaaagatggaaatcaatgtatgtatgactcaataagctatgcactgaattttaatgatatgatagat 15415  T
Q  215 aaggatatagatgatggttgtccttctcaaaattttgctgctcgatttgcgccaccacttccattgaaaaataagaaaagtgagaaacaagttagcaaag 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15416 aaggatatagatgatggttgtccttctcaaaattttgctgttcgatttgcgccaccacatccattggaaaataagaaaagtgagaaacaagttagcaaag 15515  T
Q  315 aagttaaatagttttgggaatgattcatggtttgaagtatttttgttagttaggtgtctatttagtagtaagcgtttgaaattttaaactcttttcaaat 414  Q
    ||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  15516 aagctaaatagttttgtgaacgattcatggtttgaagta--tttgtgagttaggtgtctatttagtagtaagagtttgaaattttaaactcttttcaagt 15613  T
Q  415 tat-aagtttaatccctaaagagattgcaaaatagaatttattatccctattatcaataataaatttccattcactcttcttttgaagcattatttttgc 513  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  15614 tatgaagtttaatccctaaagagattgtaaaatagaatttattatccctattattaataataaatttccattcacttttcttttgaagcattattttttc 15713  T
Q  514 ccatggaaacggagttcaatccctaaagaggttgaaaaagagtcattggtgtcactattattaatgataaattccctttcc 594  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15714 ccatggtaacagagttcaatccctaaagagattgaaaaatagtcattggtgtcactattattaatgataaattccctttcc 15794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #2
Raw Score: 462; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 594
Target Start/End: Original strand, 18198 - 18776
Alignment:
Q  15 atatatacaaacacatcgttcaattgtgataagaattgaaaaggtcgatggaaggaaagaaaccaatgaagaagataaagaggatatgtgccaaaattaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  18198 atatatacaaacacatcgttcaattgtgataagaactgaaaaggccgatggaaggaaagaaaccaatgaagaatataaagaggatatgtgccaaaattaa 18297  T
Q  115 ggatggctttaaaacatcaattgtctccaataaaaaagatggaaatcaatgtatgtatgactcaacaagctatgcactgaattttgatgatatgacagat 214  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  18298 ggatggatttaaaacatcatttgtctccaataaaaaagatggaaatcaatgtatgtatgactcaataagctatgcactgaattttaatgatatgatagat 18397  T
Q  215 aaggatatagatgatggttgtccttctcaaaattttgctgctcgatttgcgccaccacttccattgaaaaataagaaaagtgagaaacaagttagcaaag 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18398 aaggatatagatgatggttgtccttctcaaaattttgctgttcgatttgcgccaccacatccattggaaaataagaaaagtgagaaacaagttagcaaag 18497  T
Q  315 aagttaaatagttttgggaatgattcatggtttgaagtatttttgttagttaggtgtctatttagtagtaagcgtttgaaattttaaactcttttcaaat 414  Q
    ||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  18498 aagctaaatagttttgtgaacgattcatggtttgaagta--tttgtgagttaggtgtctatttagtagtaagagtttgaaattttaaactcttttcaagt 18595  T
Q  415 tat-aagtttaatccctaaagagattgcaaaatagaatttattatccctattatcaataataaatttccattcactcttcttttgaagcattatttttgc 513  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  18596 tatgaagtttaatccctaaagagattgtaaaatagaatttattatccctattattaataataaatttccattcacttttcttttgaagcattattttttc 18695  T
Q  514 ccatggaaacggagttcaatccctaaagaggttgaaaaagagtcattggtgtcactattattaatgataaattccctttcc 594  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18696 ccatggtaacagagttcaatccctaaagagattgaaaaatagtcattggtgtcactattattaatgataaattccctttcc 18776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #3
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 66 - 595
Target Start/End: Original strand, 8423 - 8954
Alignment:
Q  66 aaggaaagaaaccaatgaagaagataaagaggatatgtgccaaaattaaggatggctttaaaacatcaattgtctccaataaaaaagatggaaatcaatg 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8423 aaggaaagaaaccaatgaagaagataaagaggatatgtgccaaaattaaggatggctttaaaacatcatttgtctccaataaaaaagatggaaatcaatg 8522  T
Q  166 tatgtatgactcaacaagctatgcactgaattttgatgatatgacagataaggatatagatgatggttgtccttctcaaaattttgctgctcgatttgcg 265  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8523 tatgtaagactcaacaagctatgcactggattttgatgatatgacagataaggatatagatgatggttgtccttctcaaaattttgctgctcgatttgcg 8622  T
Q  266 ccaccacttccattgaaaaataagaaaagtgagaaacaagttagcaaagaagttaaatagttttgggaatgattcatggtttgaagtatttttgttagtt 365  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8623 ccaccacatccattggaaaataagaaaagtgagaaacaagttagcaaagaagctaaatagttttgtgaacgattcatggtttgaagtatttttgtgagtt 8722  T
Q  366 aggtgtctatttagtagtaagcgtttgaaattttaaactcttttcaaattat-aagtttaatccctaaagagattgcaaaatagaatttattatccctat 464  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  8723 tggtgtctatttagtagtaagagtttgaaattttaaactcttttcaagtgataaagtttaatccttaaagatattgcaaaatagaatttattgtccctat 8822  T
Q  465 tatcaataataaatttccattcactcttcttttgaagcatta-tttttgcccatggaaacggagttcaatccctaaagaggttgaaaaagagtcattggt 563  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8823 tattaataataaatttccattcacttttcttttgaagcattatttttttcctatgggaacggagtttaatccctaaagaggttgaaaaatagtcattggt 8922  T
Q  564 gtcactattattaatgataaattccctttccc 595  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8923 gtcactattattaataataaattccctttccc 8954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #4
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 66 - 595
Target Start/End: Original strand, 22155 - 22686
Alignment:
Q  66 aaggaaagaaaccaatgaagaagataaagaggatatgtgccaaaattaaggatggctttaaaacatcaattgtctccaataaaaaagatggaaatcaatg 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22155 aaggaaagaaaccaatgaagaagataaagaggatatgtgccaaaattaaggatggctttaaaacatcatttgtctccaataaaaaagatggaaatcaatg 22254  T
Q  166 tatgtatgactcaacaagctatgcactgaattttgatgatatgacagataaggatatagatgatggttgtccttctcaaaattttgctgctcgatttgcg 265  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22255 tatgtaagactcaacaagctatgcactggattttgatgatatgacagataaggatatagatgatggttgtccttctcaaaattttgctgctcgatttgcg 22354  T
Q  266 ccaccacttccattgaaaaataagaaaagtgagaaacaagttagcaaagaagttaaatagttttgggaatgattcatggtttgaagtatttttgttagtt 365  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22355 ccaccacatccattggaaaataagaaaagtgagaaacaagttagcaaagaagctaaatagttttgtgaacgattcatggtttgaagtatttttgtgagtt 22454  T
Q  366 aggtgtctatttagtagtaagcgtttgaaattttaaactcttttcaaattat-aagtttaatccctaaagagattgcaaaatagaatttattatccctat 464  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  22455 tggtgtctatttagtagtaagagtttgaaattttaaactcttttcaagtgataaagtttaatccttaaagatattgcaaaatagaatttattgtccctat 22554  T
Q  465 tatcaataataaatttccattcactcttcttttgaagcatta-tttttgcccatggaaacggagttcaatccctaaagaggttgaaaaagagtcattggt 563  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22555 tattaataataaatttccattcacttttcttttgaagcattatttttttcctatgggaacggagtttaatccctaaagaggttgaaaaatagtcattggt 22654  T
Q  564 gtcactattattaatgataaattccctttccc 595  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22655 gtcactattattaataataaattccctttccc 22686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #5
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 664
Target Start/End: Original strand, 13727 - 14374
Alignment:
Q  15 atatatacaaacacatcgttcaattgtgataagaattgaaaaggtcgatggaaggaaagaaaccaatgaagaagataaagaggatatgtgccaaaattaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13727 atatatacaaacacatcgttcaattgtgataagaattgaaaacgccgatggaaggaaagaaaccaatgaagaaaataaagaggatatgtgccaaaattaa 13826  T
Q  115 ggatggctttaaaacatcaattgtctccaataaaaaagatggaaatcaatgtatgtatgactcaacaagctatgcactgaattttgatgatatgacagat 214  Q
    | ||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  13827 gaatgcctttaaaacatcatttttctccaataaaaaagatggaaagcaatgtatgtatgactcaacaggctatgctctgaattttgatgatatggcagat 13926  T
Q  215 aaggatatagatgatggttgtccttctcaaaattttgctgctcgatttgcgccaccacttccattgaaaaataagaaaagtgagaaacaagttagcaaag 314  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  13927 aaggatatagatgatggttgtccatctcaaaattttgctgctcgatttgcgccaccacatccattggaaaataagaaaagt--gaaacaagttagcaaag 14024  T
Q  315 aagttaaatagttttgggaatgattcatggtttgaagtatttttgttagttaggtgtctatttagtagtaagcgtttgaaattttaaactcttttcaaat 414  Q
    ||| ||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |    
T  14025 aagctaattagttttctgaacgattcatggtttgaagtatttttgttagttaggtgtctatttagtagtaggagtttgaaattttaaactcttttcaagt 14124  T
Q  415 tat-aagtttaatccctaaagagattgcaaaatagaatttattatccctattatcaataataaatttccattcactcttcttttgaagcatta-tttttg 512  Q
    ||| ||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||     
T  14125 tataaagttcaaatcctaaagagattgcaaaatataatttattgtccctattattaataataaatttccattaacttttcttttaaagcattattttttt 14224  T
Q  513 cccatggaaacggagttcaatccctaaagaggttgaaaaagagtcattggtgtcactattattaatgataaattccctttcccannnnnnnnnataaata 612  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||         |||||||    
T  14225 tccatgggaacggagttcaatccctaaagagattgaaaaatagtcattggtgtcactattattaataataaattccttttccca--tttttttataaata 14322  T
Q  613 ttattcnnnnnnnatgggttgcgtccattgaaagtaatcctattagagtatt 664  Q
    ||||||       ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  14323 ttattctttttttatgggttccgtccattggaagtaatcgtattagagtatt 14374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #6
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 596
Target Start/End: Original strand, 16705 - 17289
Alignment:
Q  15 atatatacaaacacatcgttcaattgtgataagaattgaaaaggtcgatggaaggaaagaaaccaatgaagaagataaagaggatatgtgccaaaattaa 114  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16705 atatatacaaacacattgttcaattgtgataggaattgaaaaggccgatggaagaaaagaaaccaatgaagaagataaagaggatatgtgccaaagttaa 16804  T
Q  115 ggatggctttaaaacatcaattgtctccaataaaaaagatggaaatcaatgtatgtatgactcaacaagctatgcactgaattttgatgatatgacagat 214  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  16805 ggatggctttaaaacattatttgtctacagtaaaaaagatggaaataaatgtatgtattactcaacaagctatgctttgaattttgatgatatgacagat 16904  T
Q  215 aaggatatagatgatggttgtccttctcaaaattttgctgctcgatttgcgccaccacttccattgaaaaataagaaaagtgagaaacaagttagcaaag 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  16905 aaggatatagatgatggttgtccttctcaaaattttgctgctcgatttgcgccaccacatccattggaaaataagaaaagtgagtcacaagttagcaaag 17004  T
Q  315 aagttaaatagttttgggaatgattcatggtttgaagtatttttgttagttaggtgtctatttagtagtaagcgtttgaaattttaaactcttttcaaat 414  Q
    ||| | |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||| |    
T  17005 aagcttaatagttttgtgaacgattcatggtttgaagtatttttgtgagttaggtgtttatttagtcgtaagagtgtgaaattttaaaatcttttcaagt 17104  T
Q  415 tataa-gtttaatccctaaagagattgcaaaatagaatttattatccctattatcaataataaatttccattcactcttcttttgaagcatta--ttttt 511  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  |||||    
T  17105 tataatgtttaatccctaaagagaatgcaaaatagaatttattgtccctattattaataataaatttcctttcacttttcttttgaagcattattttttt 17204  T
Q  512 gcccatggaaacggagttcaatccctaaagaggttgaaaaagagtcattggtgtcactattattaatgataaattccctttccca 596  Q
      |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  17205 ttccatgggaacggagttcaatccctaaagagattgaaaaatagtcattggtgtcactattattaataataaattccttttccca 17289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #7
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 596
Target Start/End: Original strand, 19687 - 20271
Alignment:
Q  15 atatatacaaacacatcgttcaattgtgataagaattgaaaaggtcgatggaaggaaagaaaccaatgaagaagataaagaggatatgtgccaaaattaa 114  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19687 atatatacaaacacattgttcaattgtgataggaattgaaaaggccgatggaagaaaagaaaccaatgaagaagataaagaggatatgtgccaaagttaa 19786  T
Q  115 ggatggctttaaaacatcaattgtctccaataaaaaagatggaaatcaatgtatgtatgactcaacaagctatgcactgaattttgatgatatgacagat 214  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  19787 ggatggctttaaaacattatttgtctacagtaaaaaagatggaaataaatgtatgtattactcaacaagctatgctttgaattttgatgatatgacagat 19886  T
Q  215 aaggatatagatgatggttgtccttctcaaaattttgctgctcgatttgcgccaccacttccattgaaaaataagaaaagtgagaaacaagttagcaaag 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  19887 aaggatatagatgatggttgtccttctcaaaattttgctgctcgatttgcgccaccacatccattggaaaataagaaaagtgagtcacaagttagcaaag 19986  T
Q  315 aagttaaatagttttgggaatgattcatggtttgaagtatttttgttagttaggtgtctatttagtagtaagcgtttgaaattttaaactcttttcaaat 414  Q
    ||| | |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||| |    
T  19987 aagcttaatagttttgtgaacgattcatggtttgaagtatttttgtgagttaggtgtttatttagtcgtaagagtgtgaaattttaaaatcttttcaagt 20086  T
Q  415 tataa-gtttaatccctaaagagattgcaaaatagaatttattatccctattatcaataataaatttccattcactcttcttttgaagcatta--ttttt 511  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||  |||||    
T  20087 tataatgtttaatccctaaagagaatgcaaaatagaatttattgtccctattattaataataaatttcctttcacttttcttttgaagcattattttttt 20186  T
Q  512 gcccatggaaacggagttcaatccctaaagaggttgaaaaagagtcattggtgtcactattattaatgataaattccctttccca 596  Q
      |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  20187 ttccatgggaacggagttcaatccctaaagagattgaaaaatagtcattggtgtcactattattaataataaattccttttccca 20271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #8
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 191 - 594
Target Start/End: Original strand, 1 - 405
Alignment:
Q  191 ctgaattttgatgatatgacagataaggatatagatgatggttgtccttctcaaaattttgctgctcgatttgcgccaccacttccattgaaaaataaga 290  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  1 ctgaattttgatgatatgatagataaggatatagatgatggttgtccatctcaaaattttgctgctcgatttgcgccaccacatccattggaaaataaga 100  T
Q  291 aaagtgagaaacaagttagcaaagaagttaaatagttttgggaatgattcatggtttgaagtatttttgttagttaggtgtctatttagtagtaagcgtt 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  101 aaagtgagaaacaagttagcaaagaagctaaatagtttagtgaacgattcatggtttgaagtatttttgtgagttaggtgtctatttagtagtaagagtt 200  T
Q  391 tgaaattttaaactcttttcaaattat-aagtttaatccctaaagagattgcaaaatagaatttattatccctattatcaataataaatttccattcact 489  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  201 tgaaattttaaactcttttcaagttatgaagtttaatccctaaagagattgaaaaatagaatttattatccctattattaataattaatttccattcact 300  T
Q  490 cttcttttgaagcattatttttgcccatggaaacggagttcaatccctaaagaggttgaaaaagagtcattggtgtcactattattaatgataaattccc 589  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  301 tttcttttgaagcattattttttcccatgggaacggagttcaatccctaaagaggttgaaaaatagtcattggtgtcactattattaatgataaattccc 400  T
Q  590 tttcc 594  Q
    |||||    
T  401 tttcc 405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #9
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 211 - 594
Target Start/End: Original strand, 970 - 1354
Alignment:
Q  211 agataaggatatagatgatggttgtccttctcaaaattttgctgctcgatttgcgccaccacttccattgaaaaataagaaaagtgagaaacaagttagc 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  970 agataaggatatagatgatggttgtccatctcaaaattttgctgctcgatttgcgccaccacatccattggaaaataagaaaagtgagaaacaagttagc 1069  T
Q  311 aaagaagttaaatagttttgggaatgattcatggtttgaagtatttttgttagttaggtgtctatttagtagtaagcgtttgaaattttaaactcttttc 410  Q
    ||||||| |||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1070 aaagaagctaaatagtttggtgaacgattcatggtttgaagtatttttgtgagttaggtgtctatttagtagtaagagtttgaaattttaaactcttttc 1169  T
Q  411 aaattat-aagtttaatccctaaagagattgcaaaatagaatttattatccctattatcaataataaatttccattcactcttcttttgaagcattattt 509  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1170 aagttatgaagtttaatccctaaagagattgcaaaatagaatttattatccctattattaataattaatttccattcacttttcttttgaagcattattt 1269  T
Q  510 ttgcccatggaaacggagttcaatccctaaagaggttgaaaaagagtcattggtgtcactattattaatgataaattccctttcc 594  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1270 tttcccatgggaacggagttcaatccctaaagaggttgaaaaatagtcattggtgtcactattattaatgataaattccctttcc 1354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #10
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 234 - 596
Target Start/End: Original strand, 23847 - 24209
Alignment:
Q  234 gtccttctcaaaattttgctgctcgatttgcgccaccacttccattgaaaaataagaaaagtgagaaacaagttagcaaagaagttaaatagttttggga 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  23847 gtccttctcaaaattttgctgctcgatttgcgccaccacatccattggaaaataagaaaagtgaaaaacatgttagcaaagaagctaaatagttttgtga 23946  T
Q  334 atgattcatggtttgaagtatttttgttagttaggtgtctatttagtagtaagcgtttgaaattttaaactcttttcaaattat-aagtttaatccctaa 432  Q
    | |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  23947 acgattcatggtttgaagtattttagtgagttaggtgtctatttagtagaaagaatttgaaattttaaactcttttcaagttataaagtttaatccctaa 24046  T
Q  433 agagattgcaaaatagaatttattatccctattatcaataataaatttccattcactcttcttttgaagcattatttttgcccatggaaacggagttcaa 532  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| | ||||||||||||    
T  24047 agagattgcaaaatataatttattatccctattattaataataaatttccattcacttttcttttgaagcattattttt-tccatcggaacggagttcaa 24145  T
Q  533 tccctaaagaggttgaaaaagagtcattggtgtcactattattaatgataaattccctttccca 596  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  24146 tccctaaagaggttgaaaaatagtcattggtgtcactgttattaataataaattccctttccca 24209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #11
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 393 - 596
Target Start/End: Original strand, 27504 - 27707
Alignment:
Q  393 aaattttaaactcttttcaaattataa-gtttaatccctaaagagattgcaaaatagaatttattatccctattatcaataataaatttccattcactct 491  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  27504 aaattttaaactcttttcaagttataaagtttaatccctaaagagattgcaaaatataatttattggtcctattattaataataaatttccattcacttt 27603  T
Q  492 tcttttgaagcattatttttgcccatggaaacggagttcaatccctaaagaggttgaaaaagagtcattggtgtcactattattaatgataaattccctt 591  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  27604 tcttttgaagcattattttt-tccatcggaacggagttcaatccctaaagaggttgaaaaatagtcattggtgtcactgttattaataataaattccctt 27702  T
Q  592 tccca 596  Q
    |||||    
T  27703 tccca 27707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 15 - 43
Target Start/End: Original strand, 8394 - 8422
Alignment:
Q  15 atatatacaaacacatcgttcaattgtga 43  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8394 atatatacaaacacatcgttcaattgtga 8422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 15 - 43
Target Start/End: Original strand, 22126 - 22154
Alignment:
Q  15 atatatacaaacacatcgttcaattgtga 43  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22126 atatatacaaacacatcgttcaattgtga 22154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 626 - 666
Target Start/End: Original strand, 24240 - 24280
Alignment:
Q  626 atgggttgcgtccattgaaagtaatcctattagagtattat 666  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  24240 atgggttccgtccattggaagtaatcgtattagagtattat 24280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 626 - 666
Target Start/End: Original strand, 27738 - 27778
Alignment:
Q  626 atgggttgcgtccattgaaagtaatcctattagagtattat 666  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  27738 atgggttccgtccattggaagtaatcgtattagagtattat 27778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0292 (Bit Score: 172; Significance: 4e-92; HSPs: 2)
Name: scaffold0292
Description:

Target: scaffold0292; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 284 - 508
Target Start/End: Original strand, 18369 - 18596
Alignment:
Q  284 aataagaaaagtgagaaacaagttagcaaagaa-gttaaatagttttgggaatgattcatggtttgaagtatttttgttagttaggtgtctatttagtag 382  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18369 aataagaaaagtgagaaacaagttagcaaagaaagctaaatagttttgtgaacgattcatggtttgaagtatttttgtgagttaggtgtctatttagtag 18468  T
Q  383 taagcgtttgaaattttaaactcttttcaaattat-aagtttaatccctaaagagattgcaaaatagaatttattatccctattatcaataataaatttc 481  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  18469 taagagtttgaaattttaaactcttttcaagttataaagtttaatccctaaagagattgcaaaatagaatttattatccctattattaataataaatttc 18568  T
Q  482 cattcactcttc-ttttgaagcattatt 508  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||    
T  18569 cattcacttttctttttgaagcattatt 18596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0292; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 568 - 596
Target Start/End: Original strand, 18601 - 18629
Alignment:
Q  568 ctattattaatgataaattccctttccca 596  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18601 ctattattaatgataaattccctttccca 18629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000009; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 105 - 205
Target Start/End: Original strand, 2741754 - 2741854
Alignment:
Q  105 ccaaaattaaggatggctttaaaacatcaattgtctccaataaaaaagatggaaatcaatgtatgtatgactcaacaagctatgcactgaattttgatga 204  Q
    ||||||||||||| || || || |||||| |||||||||| || |||| ||||||||||| |  |||||||| |  || ||||  ||| |||||||||||    
T  2741754 ccaaaattaaggagggtttgaagacatcatttgtctccaacaagaaagttggaaatcaatttcagtatgacttagaaaactatcaactaaattttgatga 2741853  T
Q  205 t 205  Q
    |    
T  2741854 t 2741854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University