View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11420_low_16 (Length: 314)

Name: NF11420_low_16
Description: NF11420
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11420_low_16
NF11420_low_16
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (183-309)||(14085658-14085784)
chr5 (18-165)||(14085769-14085920)
chr5 (119-193)||(14085682-14085756)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (150-226)||(12189602-12189678)
chr6 (240-285)||(12189600-12189645)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (153-285)||(15978457-15978588)
chr1 (135-285)||(22898595-22898744)
chr1 (135-199)||(15978451-15978514)
chr1 (169-285)||(22898504-22898619)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (135-279)||(16307665-16307808)
chr8 (169-285)||(16307477-16307592)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (230-277)||(19975052-19975099)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 119; Significance: 8e-61; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 183 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 14085784 - 14085658
Alignment:
Q  183 gttgagtttatgcatgaatattaatgtatatagcttctgacttgtaaatgcttatgcttgttgagtttatccatgtctttgatgcatactttgttgagtt 282  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14085784 gttgtgtttatgcatgaatattaatgtatatagcttctgacttgtaaatgcttatgcttgttgagtttatccatgtctttgatgcatactttgttgagtt 14085685  T
Q  283 tatccatattttgttgattcctatgct 309  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  14085684 tatccatattttgttgattcttatgct 14085658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 18 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 14085920 - 14085769
Alignment:
Q  18 agcttcagttttgttacttgttttttc--ttctt--ctttgtatatgtatgacaaagattattaatgtatagcttcagtttagtgattttcattttatta 113  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||   |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14085920 agcttcagttttgttacttttttttttctttcttttctttgtatatgtatgacaaagattattaatgtatagcttcagtttagtgattttcattttatta 14085821  T
Q  114 aattctatagcttctgacttattgatgcttatgttggttgagtttatgcatg 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14085820 aattctatagcttctgacttattgatgcttatgttggttgtgtttatgcatg 14085769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 119 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 14085756 - 14085682
Alignment:
Q  119 tatagcttctgacttattgatgcttatgttggttgagtttatgcatgttttttatgcatattttgttgagtttat 193  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||||| | ||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  14085756 tatagcttctgacttgtaaatgcttatgcttgttgagtttatccatgtctttgatgcatactttgttgagtttat 14085682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 49; Significance: 5e-19; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 150 - 226
Target Start/End: Original strand, 12189602 - 12189678
Alignment:
Q  150 gttgagtttatgcatgttttttatgcatattttgttgagtttatgcatgaatattaatgtatatagcttctgacttg 226  Q
    |||||||||||  |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  12189602 gttgagtttatctatgtctttgatgtatattttgttgagtttatgcatgattattaatgtctatagcttctgacttg 12189678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 240 - 285
Target Start/End: Original strand, 12189600 - 12189645
Alignment:
Q  240 ttgttgagtttatccatgtctttgatgcatactttgttgagtttat 285  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  12189600 ttgttgagtttatctatgtctttgatgtatattttgttgagtttat 12189645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000007; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 153 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 15978588 - 15978457
Alignment:
Q  153 gagtttatgcatgttttttatgcatattttgttgagtttatgcatgaatattaatgtatatagcttctgacttgtaaatgcttatgcttgttgagtttat 252  Q
    |||||||| ||||| ||| || |||||||| |||||||| ||||  | | |||||||||||||||  ||| ||||  ||||| ||| |||||||||||||    
T  15978588 gagtttatccatgtctttgatacatattttattgagtttttgcacaatttttaatgtatatagctgatgagttgttgatgctcatgtttgttgagtttat 15978489  T
Q  253 ccatgtctttgatgcatactttgttgagtttat 285  Q
    | |||| ||||  ||| | ||||||||||||||    
T  15978488 ctatgtttttg-ggcacattttgttgagtttat 15978457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 135 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 22898744 - 22898595
Alignment:
Q  135 ttgatgcttatgttggttgagtttatgcatgttttttatgcatattttgttgagtttatgcatgaatattaatgtatatagcttctgacttgtaaatgct 234  Q
    |||||||| ||| | ||||||||||| ||||  ||| ||||| | |||||| | ||||||||||| | ||||||  ||| ||| |||| | ||  |||||    
T  22898744 ttgatgctcatgcttgttgagtttattcatggctttgatgcacactttgttaaatttatgcatgatttttaatgcctatggctgctgagtcgtttatgct 22898645  T
Q  235 tatgcttgttgagtttatccatgtctttgatgcatactttgttgagtttat 285  Q
     ||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||    
T  22898644 catgtttgctgattttatccatgtcttt-atgcacactttgttgaatttat 22898595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 135 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 15978514 - 15978451
Alignment:
Q  135 ttgatgcttatgttggttgagtttatgcatgttttttatgcatattttgttgagtttatgcatga 199  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||    
T  15978514 ttgatgctcatgtttgttgagtttatctatgtttttgg-gcacattttgttgagtttatgcatga 15978451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 169 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 22898619 - 22898504
Alignment:
Q  169 tttatgcatattttgttgagtttatgcatgaatattaatgtatatagcttctgacttgtaaatgcttatgcttgttgagtttatccatgtctttgatgca 268  Q
    |||||||| | |||||||| ||||||||||| | ||||||  ||| ||| |||| || |  ||||| ||| ||| ||| ||| ||||||||||| |||||    
T  22898619 tttatgcacactttgttgaatttatgcatgacttttaatggctatggctgctgagttttttatgctcatgtttgctgattttttccatgtcttt-atgca 22898521  T
Q  269 tactttgttgagtttat 285  Q
     |||||||||| |||||    
T  22898520 cactttgttgaatttat 22898504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 135 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 16307808 - 16307665
Alignment:
Q  135 ttgatgcttatgttggttgagtttatgcatgttttttatgcatattttgttgagtttatgcatgaatattaatgtatatagcttctgacttgtaaatgct 234  Q
    |||||||| ||| | ||||||||||| ||||  ||| ||||| | |||||| | ||||||||||| | ||||||  ||| ||| |||| ||||  |||||    
T  16307808 ttgatgctaatgcttgttgagtttattcatggctttgatgcacactttgttaaatttatgcatgatttttaatgcctatggctgctgagttgtttatgct 16307709  T
Q  235 tatgcttgttgagtttatccatgtctttgatgcatactttgttga 279  Q
     ||| ||| ||| |||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  16307708 catgtttgctgattttatctatgtcttt-atgcacactttgttga 16307665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 169 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 16307592 - 16307477
Alignment:
Q  169 tttatgcatattttgttgagtttatgcatgaatattaatgtatatagcttctgacttgtaaatgcttatgcttgttgagtttatccatgtctttgatgca 268  Q
    |||||||| | |||||||| ||||||||||| | ||||||  ||||||| |||| || |  ||||| ||  ||| ||| ||| ||||||||||| |||||    
T  16307592 tttatgcacactttgttgaatttatgcatgacttttaatggctatagctgctgagttttgtatgctcatatttgctgattttttccatgtcttt-atgca 16307494  T
Q  269 tactttgttgagtttat 285  Q
     |||||||||| |||||    
T  16307493 cactttgttgaatttat 16307477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000007; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 230 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 19975099 - 19975052
Alignment:
Q  230 atgcttatgcttgttgagtttatccatgtctttgatgcatactttgtt 277  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||    
T  19975099 atgctcatgcttgttgagtttattcatggctttgatgcacactttgtt 19975052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University