View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11422_low_2 (Length: 713)

Name: NF11422_low_2
Description: NF11422
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11422_low_2
NF11422_low_2
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (14-695)||(5686536-5687219)
chr2 (14-694)||(5698741-5699440)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 629; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 629; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 695
Target Start/End: Original strand, 5686536 - 5687219
Alignment:
Q  14 agacaacacaggaaatccaatgactgatgaaacaggaaaccctacaacaccttttgcaatgggttcaggccacttctaccctaaaagagcatcagatcca 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5686536 agacaacacaggaaatccaatgactgatgaaacaggaaaccctacaacaccttttgcaatgggttcaggccacttctaccctaaaagagcatcagatcca 5686635  T
Q  114 ggactcatttatgatgcatcctacatggattaccttctttacctttgcaatcttaatttaacacaacacataaaccttacatataattgtccaaacccac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5686636 ggactcatttatgatgcatcctacatggattaccttctttacctttgtaatcttaatttaacacaacacataaaccttacatataattgtccaaacccac 5686735  T
Q  214 tacctcaaccatttgatctcaactatccatcaatacaaatccataaactcaattacaccaaaactataaagaggacagtgacaaatgttggtagtagcaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5686736 tacctcaaccatttgatctcaactatccatcaatacaaatccataaactcaattacaccaaaactataaagaggacagtgacaaatgttggtagtagcaa 5686835  T
Q  314 gagtgtttacaagtttattgctaatacaccaaaggaattcaacattttagccactccaaatgttctgaaatttaaacatgttggacagaaaagaaatttt 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5686836 gagtgtttacaagtttattgctaatacaccaaaggaattcaacattttagccacttcaagtgttctgaaatttaaacatgttggacagaaaaggaatttt 5686935  T
Q  414 gtcatcacagtgacagcaaataaagatcagttaccaagtaagtgtgatcctgagaattacttttttggatggtatatttggaccgacaaatatcatgttg 513  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5686936 gtcatcacagtgacagcaaatagagatcagttaccaagtaagtgtgatcctgataaatactattttggatggtatatttggaccgacaattatcatgttg 5687035  T
Q  514 taagaagtccaattgcagtgtcttttcaatgaaaaaacattatagtattcttgtactcattttcttatattgattagtttattttagtgtttgttcaaaa 613  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5687036 taagaagtccaattgcagtgtcttttcaatgaaaaaacattatagtattcttgtactcattttcttatattgattagtttattttagtgttttttcaaaa 5687135  T
Q  614 ggacaaactattagagagagtgagagacaggatcacaataaatagataagataaa--tattcttagaaatggtaggaccagatt 695  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  5687136 ggacaaactattagagagagtgagagacaggatcacaataaatagataagataaatgtattcttggaaatggtaggaccagatt 5687219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 548; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 694
Target Start/End: Original strand, 5698741 - 5699440
Alignment:
Q  14 agacaacacaggaaatccaatgactgatgaaacaggaaaccctacaacaccttttgcaatgggttcaggccacttctaccctaaaagagcatcagatcca 113  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5698741 agacaacacaggaaatccaattacagatgaaacaggaaatcctgcaacaccttttgcaatgggttcaggccacttctaccctaaaagagcatcagatcca 5698840  T
Q  114 ggactcatttatgatgcatcctacatggattaccttctttacctttgcaatcttaatttaacacaacacataaaccttacatataattgtccaaacccac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5698841 ggactcatttatgatgcatcctacatggattaccttctttacctttgtaatcttaatttaacacaacacataaaccttacatataattgtccaaacccac 5698940  T
Q  214 tacctcaaccatttgatctcaactatccatcaatacaaatccataaactcaattacaccaaaactataaagaggacagtgacaaatgttggtagtagcaa 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5698941 tacctcaaccatttgatctcaactatccatcaatacaaatccataaactcaattacaccaaaactataaagaggacagtgacaaatgttggtagtagcaa 5699040  T
Q  314 gagtgtttacaagtttattgctaatacaccaaaggaattcaacattttagccactccaaatgttctgaaatttaaacatgttggacagaaaagaaatttt 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5699041 gagtgtttacaagtttattgctaatacaccaaaggaattcaacattttagccactccaaatgttctgaaatttaaacatgttggacagaaaagaaatttt 5699140  T
Q  414 gtcatcacagtgacagcaaataaagatcagttaccaagtaagtgtgatcctgagaattacttttttggatggtatatttggaccgacaaatatcatgttg 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5699141 gtcatcacagtgacagcaaataaagatcagttaccaagtaagtgtgatcctgagaattacttttttggatggtatatttggaccgacaaatatcatgttg 5699240  T
Q  514 taagaagtccaattgcagtgtcttttcaatgaaaaaacattatagtattcttgtactcattttcttatattgattagtttattttagtgtttgtt----c 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||   |||||||||||    |    
T  5699241 taagaagtccaattgcagtgtcttttcaatgaaaaaacattatagtattcttgtactcattttcttacgttaattaattta--ctagtgtttgtttgtcc 5699338  T
Q  610 aaaaggacaaac----------tattagagagagtgagagacaggatcacaataa----atagataagataaatattcttagaa---atggtaggaccag 692  Q
     |||||||||||          |||| |||||||||||||| |||||||||||||    ||||||| |||||||||| ||||||   |||||||||||||    
T  5699339 taaaggacaaactattggagattatttgagagagtgagagataggatcacaataaatagatagataggataaatattattagaaatcatggtaggaccag 5699438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University