View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11424_low_1 (Length: 609)

Name: NF11424_low_1
Description: NF11424
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11424_low_1
NF11424_low_1
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (17-592)||(49207891-49208467)
chr3 (17-386)||(49212938-49213307)
chr3 (23-352)||(49191855-49192184)
chr3 (17-352)||(49188119-49188454)
chr3 (17-352)||(49202961-49203296)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (17-431)||(32592359-32592779)
chr1 (17-352)||(37030630-37030965)
chr1 (215-418)||(31527198-31527409)
chr1 (17-284)||(51824717-51824975)
chr1 (17-159)||(31527430-31527572)
chr1 (289-431)||(51824206-51824353)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (17-359)||(26756489-26756833)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 557; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 557; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 49208467 - 49207891
Alignment:
17 cagaacgcagcgaaaattgatgcagagacgaaggttattgcgatgcagagggctggagaaggtgagaaacagggaattaaagtgaggactgaagtgaaag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
49208467 cagaacgcagcgaaaattgatgcagagacgaaggttattgcgatgcagagggctggagaaggtgagaaacagggaattaaagtgaggactgaagtgaaag 49208368  T
117 tttttgagaatcaaagagaggctgaagtggctgaggctaattccgagttggctaagaagaaagctgcttggacaatggcggctcaagtggctgagcttga 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
49208367 tttttgagaatcaaagagaggctgaagtggctgaggctaattccgagttggctaagaagaaagctgcttggacaatggcggctcaagtggctgagcttga 49208268  T
217 ggctgctaaagccgtggctctaagggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttcctt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
49208267 ggctgctaaagccgtggctctaagggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttcctt 49208168  T
317 agcaaagctagtgttgaatatgacactaaggttagtccttgcaaattttacttcttctttcatttgttaattattattcaaattgttttactagcaacaa 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
49208167 agcaaagctagtgttgaatatgacactaaggttagtccttgcaaatttaacttcttctttcatttgttaattattattcaaattgttttactagcaacaa 49208068  T
417 gagtaatacttcaattacgtcgctgtaattacagt-ttttggcatacatgtcatgagaatattatatattgagatgttaaggttggactttaagtttaag 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
49208067 gagtaatacttcaattacgtcgctgtaattacagttttttggcatacatgtaatgagaatattatatattgagatgttaaggttggactttaagtttaag 49207968  T
516 ctctaggtatatgtatgaatttaacagtattttaccccctttgtgattggtttcaatatacaatagtcctacgtccg 592  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
49207967 ctctaggtatatgtatgaatttaacagtattttactccctttgtgattggtttcaatatacaatagtcctacgtccg 49207891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 17 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 49213307 - 49212938
Alignment:
17 cagaacgcagcgaaaattgatgcagagacgaaggttattgcgatgcagagggctggagaaggtgagaaacagggaattaaagtgaggactgaagtgaaag 116  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
49213307 cagaatgcagcaaaaattgatgcagagacgaaggttatagcgatgcaaagggcaggagaaagtgagaagcagggaattaaagtgagaactgaagtgaaag 49213208  T
117 tttttgagaatcaaagagaggctgaagtggctgaggctaattccgagttggctaagaagaaagctgcttggacaatggcggctcaagtggctgagcttga 216  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||  ||||    
49213207 tatttgagaatcagagagaggctgaagtggctgaggctaattcggagttggccaaaaagaaggctgcttggaccaaggcggctcaggtggctgaagttga 49213108  T
217 ggctgctaaagccgtggctctaagggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttcctt 316  Q
    |||    || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
49213107 ggcgaagaaggctgtggctctaagggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaagatgaatgctttgactacaactgagaagcttaaagctgatttactt 49213008  T
317 agcaaagctagtgttgaatatgacactaaggttagtccttgcaaattttacttcttctttcatttgttaa 386  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| | | |||||||||||||||| ||||    
49213007 agcaaagctagtgttcaatatgaaactaaggttagtccatgcaactataacttcttctttcatttattaa 49212938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 23 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 49192184 - 49191855
Alignment:
23 gcagcgaaaattgatgcagagacgaaggttattgcgatgcagagggctggagaaggtgagaaacagggaattaaagtgaggactgaagtgaaagtttttg 122  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
49192184 gcagcaaaaattgatgcagagacaaagattattgcgatgcagagggctggagagggcgacaaggagggaattaaagtgaggactgaagtgaaggtttttg 49192085  T
123 agaatcaaagagaggctgaagtggctgaggctaattccgagttggctaagaagaaagctgcttggacaatggcggctcaagtggctgagcttgaggctgc 222  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||  ||||||||||    
49192084 agaatcagagagaagctgaagtggctgaggctaattctgaattggctaagaagaaagcggcttggactaaggcggctcaagtggccgaagttgaggctgc 49191985  T
223 taaagccgtggctctaagggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttccttagcaaa 322  Q
     |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
49191984 caaagccgtcgctctaagggatgctgagttacaaggtgaagttgagaggatgaatgctttgactacaactgagaagcttaaagctgagttccttagcaaa 49191885  T
323 gctagtgttgaatatgacactaaggttagt 352  Q
    ||||||||| ||||||| || |||||||||    
49191884 gctagtgttcaatatgaaaccaaggttagt 49191855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 17 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 49188454 - 49188119
Alignment:
17 cagaacgcagcgaaaattgatgcagagacgaaggttattgcgatgcagagggctggagaaggtgagaaacagggaattaaagtgaggactgaagtgaaag 116  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |    
49188454 cagaatgcagcaaaaattgatgcagagacgaaggttattgcgatgcagagagctggagagggtgagaaggagggaattaaagtgaggactgaagtgaagg 49188355  T
117 tttttgagaatcaaagagaggctgaagtggctgaggctaattccgagttggctaagaagaaagctgcttggacaatggcggctcaagtggctgagcttga 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||  | ||    
49188354 tttttgagaatcaaagagaggctgaagtggctcaagctaattctgagttggctaagaagaaagcggcttggaccaaggcggctcaggtggctgaagtcga 49188255  T
217 ggctgctaaagccgtggctctaagggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttcctt 316  Q
    |||    || || || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
49188254 ggcgaagaaggctgttgctctaagggaagctgagttgcaaggtgaagtcgagaggatgaatgcattgactacaactgagaagcttaaagctgatttactt 49188155  T
317 agcaaagctagtgttgaatatgacactaaggttagt 352  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
49188154 agcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagt 49188119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 17 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 49203296 - 49202961
Alignment:
17 cagaacgcagcgaaaattgatgcagagacgaaggttattgcgatgcagagggctggagaaggtgagaaacagggaattaaagtgaggactgaagtgaaag 116  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||  |||||||| | ||| | ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| |    
49203296 cagaatgcagcgaagattgatgcagagacaaaagttattgcactgcagaggaccggatagggtgacaaggagggaattaaagtgaggactgaagtgaagg 49203197  T
117 tttttgagaatcaaagagaggctgaagtggctgaggctaattccgagttggctaagaagaaagctgcttggacaatggcggctcaagtggctgagcttga 216  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| | ||||||||| ||||||||  ||||    
49203196 tttttgagaatcagagagaggctgaggtggctgaggctaattctgagttggctaagaagaaggcagcttggactaaggcggctcaggtggctgaagttga 49203097  T
217 ggctgctaaagccgtggctctaagggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttcctt 316  Q
    |||    || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
49203096 ggcgaagaaggccgtggctctaagggatgctgagttacaaggtgaagttgaaaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagccgagttcctt 49202997  T
317 agcaaagctagtgttgaatatgacactaaggttagt 352  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
49202996 agcaaagctagtgttcaatatgaaactaaggttagt 49202961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 17 - 431
Target Start/End: Original strand, 32592359 - 32592779
Alignment:
17 cagaacgcagcgaaaattgatgcagagacgaaggttattgcgatgcagagggctggagaaggtgagaaacagggaattaaagtgaggactgaagtgaaag 116  Q
    ||||| ||||| |||||| | || ||||||||  ||||||| |||||||||||||||||  |||| ||  ||||| ||| ||| |||||||||||||| |    
32592359 cagaatgcagcaaaaattaacgcggagacgaaaattattgctatgcagagggctggagagagtgacaaggagggatttagagttaggactgaagtgaagg 32592458  T
117 tttttgagaatcaaagagaggctgaagtggctgaggctaattccgagttggctaagaagaaagctgcttggacaatggcggctcaagtggctgagcttga 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||  | ||    
32592459 tttttgagaatcaaagagaggctgaagtggctgagtctaattctgagttggcgaagaagaaagcggcttggactaaggcggctcaagtggctgaagtcga 32592558  T
217 ggctgctaaagccgtggctctaagggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttcctt 316  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
32592559 agctgctaaagctgtggctctaagggaagctgagttgcagggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttactt 32592658  T
317 agcaaagctagtgttgaatatgacactaaggttagtccttgcaaattttacttcttctttcatttgtta------attattattcaaattgttttactag 410  Q
    ||||||||||||||| | ||||| || ||||||||||| ||||||| | ||  |||||||||||| |||      |||||||||||||||| ||||||||    
32592659 agcaaagctagtgttcagtatgaaaccaaggttagtccatgcaaatataaccccttctttcatttattagttattattattattcaaattggtttactag 32592758  T
411 caacaagagtaatacttcaat 431  Q
    |||||| | ||||||||||||    
32592759 caacaatattaatacttcaat 32592779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 17 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 37030965 - 37030630
Alignment:
17 cagaacgcagcgaaaattgatgcagagacgaaggttattgcgatgcagagggctggagaaggtgagaaacagggaattaaagtgaggactgaagtgaaag 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
37030965 cagaatgcagcgaaaattgatgcagagacgaaggttattgcaatgcagagagctggagagggtgagaaggagggaattaaagtgaggactgaagtgaaag 37030866  T
117 tttttgagaatcaaagagaggctgaagtggctgaggctaattccgagttggctaagaagaaagctgcttggacaatggcggctcaagtggctgagcttga 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||  | ||    
37030865 tttttgagaatcaaagagaggctgaagtggctcaagctaattctgagttggctaagaagaaagcggcttggaccaaggcggctcaggtggctgaagtcga 37030766  T
217 ggctgctaaagccgtggctctaagggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttcctt 316  Q
    |||    || || |||   ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||    
37030765 ggcgaagaaggctgtgaaactaagggaagctgagttacaaggtgaagttgagaggatgaatgcattgactactactgaaaagcttaaagcagagttcctt 37030666  T
317 agcaaagctagtgttgaatatgacactaaggttagt 352  Q
    ||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
37030665 agcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagt 37030630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 215 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 31527409 - 31527198
Alignment:
215 gaggctgctaaagccgtggctctaagggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttcc 314  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
31527409 gaggctgctaaagctgtggctctaagggaagctgagttgcagggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttac 31527310  T
315 ttagcaaagctagtgttgaatatgacactaaggttagtccttgcaaattttacttcttc--tttcatttgtta------attattattcaaattgtttta 406  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||| | ||| ||||  |||||||| |||      |||||||||||| ||||||||    
31527309 ttagcaaagctagtgttgagtatgaaaccaaggttagtccatgcaaatataactccttcaatttcatttattaattattattattattcaatttgtttta 31527210  T
407 ctagcaacaaga 418  Q
    ||||||||||||    
31527209 ctagcaacaaga 31527198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 17 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 51824975 - 51824717
Alignment:
17 cagaacgcagcgaaaattgatgcagagacgaaggttattgcgatgcagagggctggagaaggtgagaaacagggaattaaagtgaggactgaagtgaaag 116  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || | ||  ||||| ||| ||| |||||||||||||| |    
51824975 cagaatgcagcaaaaattgacgcagagacgaaagttattgcgatgcagagggctggagagagtaacaaggagggatttagagttaggactgaagtgaagg 51824876  T
117 tttttgagaatcaaagagaggctgaagtggctgaggctaattccgagttggctaagaagaaagctgcttggacaatggcggctcaagtggctgagcttga 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||         |||||| || |||||||| | ||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||| |  ||||    
51824875 tttttgagaatcaaagagaggctga---------ggctaactctgagttggcgatgaagaaagcggcttggactaaggctgctcaagtggctcaagttga 51824785  T
217 ggctgctaaagccgtggctctaagggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaggatgaatgctttga 284  Q
    |||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
51824784 ggctgctaaatctgtggttctaagggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaagatgaatgctttga 51824717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 31527572 - 31527430
Alignment:
17 cagaacgcagcgaaaattgatgcagagacgaaggttattgcgatgcagagggctggagaaggtgagaaacagggaattaaagtgaggactgaagtgaaag 116  Q
    ||||| ||||| |||||||| || ||||||||  ||||||| |||||||||||||||||  |||| ||  ||||| ||| ||| |||||||||||||| |    
31527572 cagaatgcagcaaaaattgacgcggagacgaaaattattgctatgcagagggctggagagagtgacaaggagggatttagagttaggactgaagtgaagg 31527473  T
117 tttttgagaatcaaagagaggctgaagtggctgaggctaattc 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
31527472 tttttgagaatcaaagagaggctgaagtggctgaggctaattc 31527430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 289 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 51824353 - 51824206
Alignment:
289 tactgagaagcttaaagctgatttccttagcaaagctagtgttgaatatgacactaagg-----ttagtccttgcaaattttacttc-ttctttcatttg 382  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||     ||||||| ||||||| | ||| | ||| || ||||     
51824353 tactgagaagcttaaagctgatttacttagcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagtttagtccatgcaaatataactcctttcatttattta 51824254  T
383 ttaattattattcaaattgttttactagcaacaagagtaatacttcaat 431  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
51824253 tt-attattattcaaattgttttactagcaacaagattaatacttcaat 51824206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 184; Significance: 3e-99; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 17 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 26756833 - 26756489
Alignment:
17 cagaacgcagcgaaaattgatgcagagacgaaggttattgcgatgcagagggctggagaaggtgagaaacagggaattaaagtgaggactgaagtgaaag 116  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| | ||||||  | | ||||||||| |||||||||||||| |    
26756833 cagaatgcagcgaaaattgatgcagagacgaaagtcattgcgacgcagagggctggagaggctgagaaggaagaaattaaagttaggactgaagtgaagg 26756734  T
117 tttttgagaatcaaagagaggctgaagtggctgaggctaattccgagttggctaagaagaaagctgcttggacaatggcggctcaagtggctgagcttga 216  Q
    ||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |||||  ||||    
26756733 tttttgagaataagagagaggctgaggtggccgaggctaattccgagttgactaagaagaaagcggcttggactaaggcggctcaagtcgctgaagttga 26756634  T
217 ggctgctaaagccgtggctctaagggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttcc-- 314  Q
    |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||      
26756633 ggctgctaaagctgtggcccttagggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaggatgaatgctttgactaccactgagaagcttaaacctgagttccta 26756534  T
315 -ttagcaaagctagtgttgaatatgacactaaggttagtccttgca 359  Q
     |||| |||||||||| |  |||||| || ||||||||||| ||||    
26756533 attagtaaagctagtg-tacatatgaaaccaaggttagtccatgca 26756489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University