View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11426_high_13 (Length: 464)

Name: NF11426_high_13
Description: NF11426
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11426_high_13
NF11426_high_13
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (2-458)||(18256208-18256661)
chr2 (2-432)||(18252907-18253338)
chr2 (6-410)||(18245807-18246210)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 18256661 - 18256208
Alignment:
Q  2 tccattgcgcgtttagatatagctgtcggtggtgttattccacttcacacacaccccggtgcttcggaagtgttggttgttattaaaggaacaatcagtg 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18256661 tccattgcacgtttagatatagccgtaggtggtgttattccacttcacacacaccccggtgcttcggaagtgttggttgttattaaaggaacaatcagtg 18256562  T
Q  102 ctggttttgtttcctctgacaatgttgtttaccttaaaacacttcacaaaggtgatgttatgatttttccacaaggattgttgcatttccaaattaatgt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18256561 ctggttttgtttcctctgacaatgttgtttaccttaaaacacttcacaaaggtgatgttatgatttttccacaaggattgttgcatttccaaattaatgt 18256462  T
Q  202 tggtggttctaatgcacttacttttaatagctttagtagtgctaatcctcgtttacagatattggattacgctttgtttgaaagcgattttccaacgaag 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18256461 tggtggttctaatgcacttacttttaatagctttagtagtgctaatcctcgtttacagatattggattacgctttgtttgaaagcgattttccaacgaag 18256362  T
Q  302 ttgattactgcaactacttttattgatcctgctgtagtgaagaagcttaagggtgttcttggaggtcgtggttaaactatgatgttattcatatgaaaga 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  18256361 ttgattactgcaactacttttattgatcctgctgtagtgaagaagcttaagggtattcttggaggtcgtggttaaattatgatgttattcatatgaaaga 18256262  T
Q  402 gtgaggaatcttcatgttactgggttttcttaatttatttgtttgtgtttgtctctg 458  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||| ||||    
T  18256261 gtgaggaatcttcatgttactggcttttct---tttatttgtttgtgtttgtttctg 18256208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 432
Target Start/End: Original strand, 18252907 - 18253338
Alignment:
Q  2 tccattgcgcgtttagatatagctgtcggtggtgttattccacttcacacacaccccggtgcttcggaagtgttggttgttattaaaggaacaatcagtg 101  Q
    |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18252907 tccattgctcgtttagatatagccgttggtggtgttattccacttcacacacaccccggtgcttcggaagtgttggttgttattaaaggaacaatcagtg 18253006  T
Q  102 ctggttttgtttcctctgacaatgttgtttaccttaaaacacttcacaaaggtgatgttatgatttttccacaaggattgttgcatttccaaattaatgt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18253007 ctggttttgtttcctctgacaatgttgtttaccttaaaacacttcacaaaggtgatgttatgatttttccacaaggattgttgcatttccaaattaatgt 18253106  T
Q  202 tggtggttctaatgcacttacttttaatagctttagtagtgctaatcctcgtttacagatattggattacgctttgtttgaaagcgattttccaacgaag 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18253107 tggtggttctaatgcacttacttttaatagctttagtagtgctaatcctcgtttacagatattggattacgctttgtttgaaagcgattttccaacgaag 18253206  T
Q  302 ttgattactgcaactacttttattgatcctgctgtagtgaagaagcttaagggtgttcttggaggtcgtggttaaactatgatgttattcatatgaaaga 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18253207 ttgattactgcaactacttttattgatcctgctgtagtgaagaagcttaagagtgttcttggaggtagtggttaaactatgatgttattcatatgaaaga 18253306  T
Q  402 gtgaggaatcttcatg-ttactgggttttctt 432  Q
     ||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  18253307 atgaggaatcttcaggattactgggttttctt 18253338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 6 - 410
Target Start/End: Original strand, 18245807 - 18246210
Alignment:
Q  6 ttgcgcgtttagatatagctgtcggtggtgttattccacttcacacacaccccggtgcttcggaagtgttggttgttattaaaggaacaatcagtgctgg 105  Q
    |||||||||||||| |||| |  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  18245807 ttgcgcgtttagatttagccgcaggtggagttattccacttcacactcaccccggtgcttcggaggtgttggttgttattcaaggaacaatctgtgctgg 18245906  T
Q  106 ttttgtttcctctgacaatgttgtttaccttaaaacacttcacaaaggtgatgttatgatttttccacaaggattgttgcatttccaaattaatgttggt 205  Q
    |||||||||||||| |||   ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||    
T  18245907 ttttgtttcctctgccaacactgtttacattaaaacactttacaaaggtgatgttatggtttttccacaaggattgttgcatttccaaattaacagtggt 18246006  T
Q  206 ggttctaatgcacttacttttaatagctttagtagtgctaatcctcgtttacagatattggattacgctttgtttgaaagcgattttccaacgaagttga 305  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||    
T  18246007 ggttctaatgcacttgcttttgttagctttagtagtgctaaccctggtttacagatattggattttgctttgtttaaaagtgattttccaacggagttga 18246106  T
Q  306 ttactgcaactacttttattgatcctgctgtagtgaagaagcttaagggtgttcttggaggtcgtggtt-aaactatgatgttattcatatgaaagagtg 404  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||  |||||||| ||    
T  18246107 ttactgcaactacttttattgatgctgctgtagtgaagaagcttaagggtgttcttggaggtagtggttaaaactatgatgttactc--atgaaagaatg 18246204  T
Q  405 aggaat 410  Q
    ||||||    
T  18246205 aggaat 18246210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University