View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11427_high_2 (Length: 689)

Name: NF11427_high_2
Description: NF11427
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11427_high_2
NF11427_high_2
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (20-678)||(31264104-31264773)
chr6 (179-559)||(22049424-22049815)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (186-670)||(22144698-22145194)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (192-670)||(13814587-13815076)
chr3 (195-670)||(12212515-12213003)
chr3 (53-133)||(13814446-13814526)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (179-559)||(44359809-44360200)
chr2 (400-553)||(15850956-15851109)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (33-149)||(39036140-39036253)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 563; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 563; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 678
Target Start/End: Complemental strand, 31264773 - 31264104
Alignment:
Q  20 catgattccctagattgcctcaaatgtggggactgcacaaaaatcatgtgtagaaatagtgagaacgaaactaacttgaatgaagaagcttgtcaaatat 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31264773 catgattccctagattgcctcaaatgtggggactgcacaaaaatcatgtgtagaaatagtgagaacgaaactaacttgaatgaagaagcttgtcaaatat 31264674  T
Q  120 agaaaattattcatgtatgtctcatgctatnnnnnnnnnnnntatgggttttaaaggatttcaattttcatatttctacaatggatgaagataggtatgg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31264673 agaaaattattcatgtatgtctcatgctataaaaacaaaaaatatgggttttaaaggatttcaattttcatatttctacaatggatgaagataggtatgg 31264574  T
Q  220 aattaaatgagggtttcatactttctctaagtttcaagaaacaaagtacactctagcaaaaatggtagagtgtatgggtcaagtgtgggcattggagcga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31264573 aattaaatgagggtttcatactttctctaagtttcaagaaataaagtacactctagcaaaaatggtagagtgtatgggtcaagtgtgggcattggagcga 31264474  T
Q  320 aatatgtt----------ctatgcccacccgaacaattctcagtcccaaacatgaatgaataccatagagaatgaga-tactgcatgtaagagtctagac 408  Q
    ||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31264473 aatatgtttcaatatgttctatgcccacccgaacaattctcagtcccaaacatgaatgaataccatagagaatgagaatactgcatgtaagagtctagac 31264374  T
Q  409 gtcctaggcaaattatacgttaacatggccatagaagacccaaacaacgttcatcagaagtcccaagaggcagtgatgagtcgctcaaactagtcgttaa 508  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31264373 gtcctaggaaaattatacgttaacatggccatagaagaccaaaacaacgttcatcagaagtcccaagaggcagtgatgagtcgctcaaactagtcgttaa 31264274  T
Q  509 tatcatacgtgacaagaacactcagatgcaaatttgtctcaacagaagtctgaattcaaagaaagttgaaagacatggaatagagcatctccgtaatatt 608  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31264273 tatcatacgtgacaagaacactcaaatgcaaatttgtcgcaacagaagtctgaattcaaggaaagttgaaagacatggaatagagcatctccgtaatatt 31264174  T
Q  609 ggaaagatggtaatttatccgataagtaataatttatatttatggatctcaatgttatgacttcatctca 678  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31264173 ggaaagatggtaatttatccgatgagtaataatttatatttatggatctcaatgttatgacttcatctca 31264104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 179 - 559
Target Start/End: Original strand, 22049424 - 22049815
Alignment:
Q  179 ttcaattttcatatttctacaatggatgaagataggtatggaattaaatgagggtttcatactttctctaagtttcaagaaacaaagtacactctagcaa 278  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||     
T  22049424 ttcaatgttcatttttctacaatggatgaagattggtttggaattgaatgagagtttcatgctttctctaagtttcaaggaacaaggtacactccagcag 22049523  T
Q  279 aaatggtagagtgtatgggtcaagtgtgggcattggagcgaaatatgt----------tctatgcccacccgaacaattctcagtcccaaacatgaatga 368  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||          |||||||||||  |||| ||||||| || ||||||||||  |    
T  22049524 aaatggtagaatgtatgggtcgagtgtgggcatttgagcgaaatatgttttaatattgtctatgcccacaagaacgattctcattcgcaaacatgaacca 22049623  T
Q  369 ataccatagagaatgag-atactgcatgtaagagtctagacgtcctaggcaaattatacgttaacatggccatagaagacccaaacaacgttcatcagaa 467  Q
    ||| | ||||||||| | |||| ||||| ||||||||  ||||| | |||||  | ||||  |||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  22049624 atatcgtagagaatgggaataccgcatggaagagtctgcacgtcttgggcaatctttacgccaacaaggccaaagaaaaccaaaacaacgttcatcagaa 22049723  T
Q  468 gtcccaagaggcagtgatgagtcgctcaaactagtcgttaatatcatacgtgacaagaacactcagatgcaaatttgtctcaacagaagtct 559  Q
     || ||||||||||| |||| |||||| |||| ||| |||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  22049724 atcacaagaggcagtaatgaatcgctcgaactggtcattaacatcatacgcaacaagaacaatcagatgcaaattcgtctcaacagatgtct 22049815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 186 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 22145194 - 22144698
Alignment:
Q  186 ttcatatttctacaatggatgaagataggtatggaattaaatgagggtttcatactttctctaagtttcaagaaacaaagtacactctagcaaaaatggt 285  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| | ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||| |||||||    
T  22145194 ttcatttttctacaatggatgaagattggtttggaattgaatgggagtttcatgctttctctaagtttcaaggaacaaggtacagtccagcagaaatggt 22145095  T
Q  286 agagtgtatgggtcaagtgtgggcattggagcgaaatatgtt----------ctatgcccacccgaacaattctcagtcccaaacatgaatgaataccat 375  Q
    ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||  |||| ||||||| || ||||||||||  |||| | |    
T  22145094 agaatgcatgggtcgagtgtgggcattggagcgaaatatgtttcaatattgtctatgcccacaagaacgattctcactcgcaaacatgaaccaatatcgt 22144995  T
Q  376 agagaatgaga-tactgcatgtaagagtctagacgtcctaggcaaattatacgttaacatggccatagaagacccaaacaacgttcatcagaagtcccaa 474  Q
    ||||| || || ||| ||||| ||||||||  ||||| |||||||  | ||||| |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| || |||    
T  22144994 agagagtgggaataccgcatggaagagtctgcacgtcttaggcaatctttacgtcaacaaggccaaagaagaccaaaacaacgttcatcagaaatcacaa 22144895  T
Q  475 gaggcagtgatgagtcgctcaaactagtcgttaatatcatacgtgacaagaacactcagatgcaaatttgtctcaacagaagtctgaattcaaagaaagt 574  Q
    ||| |||||||||||||||| |||| | | |||| ||||||||  || |||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||||| | ||||    
T  22144894 gagacagtgatgagtcgctcgaactggccattaacatcatacgcaacgagaacaatcagatgcaaattcgtctcaacaaatgtctaaattcaagggaagt 22144795  T
Q  575 tgaaagacatggaatagagcatctccgt-aatattggaaagatggtaatttatccgataagtaataatttatatttatggatctcaatgttatgact 670  Q
    ||||  || ||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  22144794 tgaattacgtggaatagagcatctccgtcaatactggacagatggtgatttatccgatgagtaataatttatatttatggttcgcaatgttatgact 22144698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 168; Significance: 1e-89; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 192 - 670
Target Start/End: Original strand, 13814587 - 13815076
Alignment:
Q  192 tttctacaatggatgaagataggtatggaattaaatgagggtttcatactttctctaagtttcaagaaacaaagtacactctagcaaaaatggtagagtg 291  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| | ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||| ||    
T  13814587 tttctacaatggatgaagattggtttggaattgaatgggagtttcatgctttctctaagtttcaaggaacaaagtacactccagcagaaatggtagaatg 13814686  T
Q  292 tatgggtcaagtgtgggcattggagcgaaatatgtt----------ctatgcccacccgaacaattctcagtcccaaacatgaatgaataccatagagaa 381  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||  |||| ||||||| || ||||||||||  |||| | |||||||    
T  13814687 taagggtcgagtgtgggcattggagcgaaatatgtttcaatattgtctatgcccacaagaacgattctcactcgcaaacatgaaccaatatcgtagagaa 13814786  T
Q  382 tgaga-tactgcatgtaagagtctagacgtcctaggcaaattatacgttaacatggccatagaagacccaaacaacgttcatcagaagtcccaagaggca 480  Q
    || || |||  |||| ||||||||  ||||| |||||||  | ||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||| | || || |||||| ||    
T  13814787 tgggaataccacatggaagagtctgcacgtcttaggcaatctttacgtcaacaaggccaaagaagaccaaaacaacgttcataaaaa-tcacaagagaca 13814885  T
Q  481 gtgatgagtcgctcaaactagtcgttaatatcatacgtgacaagaacactcagatgcaaatttgtctcaacagaagtctgaattcaaagaaagttgaaag 580  Q
    || ||||||||||| |||| | |  ||| ||||||||  || |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||      
T  13814886 gtaatgagtcgctcgaactggccactaacatcatacgcaacgagaacaatcagatgcaaattcgtctcaacagatgtctaaattcaagggaagttgaatt 13814985  T
Q  581 acatggaatagagcatctccgt-aatattggaaagatggtaatttatccgataagtaataatttatatttatggatctcaatgttatgact 670  Q
    || ||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  13814986 acgtggaatagagcatctccgtcaatactggatagatggtgatttatctgatgagtaataatttatacttatggttctcagtgttatgact 13815076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 195 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 12213003 - 12212515
Alignment:
Q  195 ctacaatggatgaagataggtatggaattaaatgagggttt-catactttctctaagtttcaagaaacaaagtacactctagcaaaaatggtagagtgta 293  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| | |||| ||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  12213003 ctacaatggatgaagattggtttggaattgaatgcgagttttcatgctttctctaagtttcaaggaacaaggtacactccagcagaaatggtagaatgta 12212904  T
Q  294 tgggtcaagtgtgggcattggagcgaaatatgtt----------ctatgcccacccgaacaattctcagtcccaaacatgaatgaataccatagagaatg 383  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||  |||| ||||||| || ||||||||||  |||| | |||||||||    
T  12212903 tgggtcgagtgtgggcattggagcgaaatatgtttcaatattgtctatgcccacaagaacgattctcactcgcaaacatgaaccaatatcgtagagaatg 12212804  T
Q  384 aga-tactgcatgtaagagtctagacgtcctaggcaaattatacgttaacatggccatagaagacccaaacaacgttcatcagaagtcccaagaggcagt 482  Q
     || ||| ||||| ||||||||  ||||| |||| ||  | ||| | |||| ||||| || ||||| |||||| ||||||||||| || |||||| | ||    
T  12212803 ggaataccgcatggaagagtctgcacgtcttaggaaatctttacctcaacaaggccaaagtagaccaaaacaatgttcatcagaaatcacaagagacggt 12212704  T
Q  483 gatgagtcgctcaaactagtcgttaatatcatacgtgacaagaacactcagatgcaaatttgtctcaacagaagtctgaattcaaagaaagttgaaagac 582  Q
     ||||||||||| |||| | | |||||||||||||  || |||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||  ||    
T  12212703 aatgagtcgctcgaactggccattaatatcatacgcaacgagaacaatcagatgcaaattcgtctcaacagatgtctaaattcaagggaagttgaattac 12212604  T
Q  583 atggaatagagcatctccgt-aatattggaaagatggtaatttatccgataagtaataatttatatttatggatctcaatgttatgact 670  Q
     ||||||||||||||||||| |||| | || ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12212603 gtggaatagagcatctccgtcaatactagacagatgatgatttatccgatgagtaataatttatatttatggttctcaatgttatgact 12212515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 53 - 133
Target Start/End: Original strand, 13814446 - 13814526
Alignment:
Q  53 tgcacaaaaatcatgtgtagaaatagtgagaacgaaactaacttgaatgaagaagcttgtcaaatatagaaaattattcat 133  Q
    |||||| | |||||||||| ||| |||||||| |||| ||| |  |||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  13814446 tgcacatatatcatgtgtataaacagtgagaaggaaattaattgaaatgataaagtttgtcaaagatagaaaattattcat 13814526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 141; Significance: 1e-73; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 179 - 559
Target Start/End: Original strand, 44359809 - 44360200
Alignment:
Q  179 ttcaattttcatatttctacaatggatgaagataggtatggaattaaatgagggtttcatactttctctaagtttcaagaaacaaagtacactctagcaa 278  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||     
T  44359809 ttcaatgttcatttttctacaatggatgaagattggtttggaattgaatgagagtttcatgctttctctaagtttcaaggaacaaggtacactccagcag 44359908  T
Q  279 aaatggtagagtgtatgggtcaagtgtgggcattggagcgaaatatgt----------tctatgcccacccgaacaattctcagtcccaaacatgaatga 368  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||          |||||||||||  |||| ||||||| || ||||||||||  |    
T  44359909 aaatggtagaatgtatgggtcgagtgtgggcatttgagcgaaatatgttttaatattgtctatgcccacaagaacgattctcattcgcaaacatgaacca 44360008  T
Q  369 ataccatagagaatgag-atactgcatgtaagagtctagacgtcctaggcaaattatacgttaacatggccatagaagacccaaacaacgttcatcagaa 467  Q
    ||| | ||||||||| | |||| ||||| ||||||||  ||||| | |||||  | ||||  |||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  44360009 atatcgtagagaatgggaataccgcatggaagagtctgcacgtcttgggcaatctttacgccaacaaggccaaagaaaaccaaaacaacgttcatcagaa 44360108  T
Q  468 gtcccaagaggcagtgatgagtcgctcaaactagtcgttaatatcatacgtgacaagaacactcagatgcaaatttgtctcaacagaagtct 559  Q
     || ||||||||||| |||| |||||| |||| ||| |||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  44360109 atcacaagaggcagtaatgaatcgctcgaactggtcattaacatcatacgcaacaagaacaatcagatgcaaattcgtctcaacagatgtct 44360200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 400 - 553
Target Start/End: Original strand, 15850956 - 15851109
Alignment:
Q  400 agtctagacgtcctaggcaaattatacgttaacatggccatagaagacccaaacaacgttcatcagaagtcccaagaggcagtgatgagtcgctcaaact 499  Q
    |||||| ||||| |||| ||| | ||||| |||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||| || |||| ||||||||||| ||||    
T  15850956 agtctacacgtcttaggaaaactttacgtcaacaaggccaaagaagaccaaaacaacgttcataagaagttccaaaagacagtaatgagtcgctcgaact 15851055  T
Q  500 agtcgttaatatcatacgtgacaagaacactcagatgcaaatttgtctcaacag 553  Q
       | |||| |||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15851056 caccattaacatcatacacaacaagaacaatcagatgcaaatttgtctcaacag 15851109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 33 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 39036253 - 39036140
Alignment:
Q  33 attgcctcaaatgtggggactgcacaaaaatcatgtgtagaaatagtgagaacgaaactaacttgaatgaagaagcttgtcaaatatagaaaattattca 132  Q
    ||||||||| |||| || | |||||| |||  ||| |||||||||||||||| || ||||| | ||||   |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  39036253 attgcctcagatgtaggcattgcacagaaaatatgcgtagaaatagtgagaaggagactaattggaat---gaagtttgtcaaatatagaaaatcattca 39036157  T
Q  133 tgtatgtctcatgctat 149  Q
      |||  ||||||||||    
T  39036156 cctataactcatgctat 39036140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University