View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11428_low_7 (Length: 402)

Name: NF11428_low_7
Description: NF11428
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11428_low_7
NF11428_low_7
[»] scaffold1268 (1 HSPs)
scaffold1268 (162-391)||(2004-2233)
[»] scaffold1267 (1 HSPs)
scaffold1267 (162-391)||(2004-2233)
[»] scaffold2116 (1 HSPs)
scaffold2116 (162-391)||(838-1067)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-374)||(35754694-35755067)
chr3 (1-391)||(35774817-35775207)
chr3 (1-373)||(35848598-35848970)
chr3 (1-373)||(35866269-35866641)
[»] scaffold0891 (1 HSPs)
scaffold0891 (1-303)||(2972-3274)
[»] scaffold2086 (1 HSPs)
scaffold2086 (1-137)||(1-137)
[»] scaffold1996 (1 HSPs)
scaffold1996 (1-137)||(1-137)


Alignment Details
Target: scaffold1268 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: scaffold1268
Description:

Target: scaffold1268; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 162 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 2233 - 2004
Alignment:
Q  162 tcaggaaagtgcctaccaagcatgtgaagtggaccaatgtcatatatgttagggtttttggccctaagggtgtcaagtgcttcaccttccaattcttcaa 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2233 tcaggaaagtgcctaccaagcatgtgaagtggaccaatgtcatatatgttagggtttttggccctaagggtgtcaagtgcttcaccttccaattcttcaa 2134  T
Q  262 atgtgttgattataatcattgatgatcttaaacaattgtgtgctttagaaccttggaaattaaacattacatcatttagatctgtgattcttatgaagct 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2133 atgtgttgattataatcattgatgatcttaaacaattgtgtgctttagaaccttggaaattaaacattacatcatttagatctgtgattcttatgaagct 2034  T
Q  362 tggaaggtcttttcggctaatatctttcat 391  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2033 tggaaggtcttttaggctaatatctttcat 2004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1267 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: scaffold1267
Description:

Target: scaffold1267; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 162 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 2233 - 2004
Alignment:
Q  162 tcaggaaagtgcctaccaagcatgtgaagtggaccaatgtcatatatgttagggtttttggccctaagggtgtcaagtgcttcaccttccaattcttcaa 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2233 tcaggaaagtgcctaccaagcatgtgaagtggaccaatgtcatatatgttagggtttttggccctaagggtgtcaagtgcttcaccttccaattcttcaa 2134  T
Q  262 atgtgttgattataatcattgatgatcttaaacaattgtgtgctttagaaccttggaaattaaacattacatcatttagatctgtgattcttatgaagct 361  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2133 atgtgttgattataatcattgatgatcttaaacaattgtgtgctttagaaccttggaaattaaacattacatcatttagatctgtgattcttatgaagct 2034  T
Q  362 tggaaggtcttttcggctaatatctttcat 391  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2033 tggaaggtcttttaggctaatatctttcat 2004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold2116 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: scaffold2116
Description:

Target: scaffold2116; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 162 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 1067 - 838
Alignment:
Q  162 tcaggaaagtgcctaccaagcatgtgaagtggaccaatgtcatatatgttagggtttttggccctaagggtgtcaagtgcttcaccttccaattcttcaa 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1067 tcaggaaagtgcctaccaagcatgtgaagtggaccaatgtcatatatgttagggtttttggccctaagggtgtcaagtgcttcaccttccaattcatcaa 968  T
Q  262 atgtgttgattataatcattgatgatcttaaacaattgtgtgctttagaaccttggaaattaaacattacatcatttagatctgtgattcttatgaagct 361  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  967 aagtgttgattataatcattgatgatcttatacaattttgtgcttcagaaccttggaaattaaacattacatcatttagatctgtgattcttatgaagct 868  T
Q  362 tggaaggtcttttcggctaatatctttcat 391  Q
    |||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  867 tggaagatcttttagtctaatatctttcat 838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 374
Target Start/End: Original strand, 35754694 - 35755067
Alignment:
Q  1 ttccccaagcaaattctttcaattgatgatttgccataacagctatacttccataattaacatataggactgagcaaggtttccattgattcaaccatgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| || ||||||||||||||| || |  ||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  35754694 ttccccaagcaaattctttcaagtgatgatctgtcataacagttacacttccataattaacgtacaaaactgagcaaggtttccatttattcaaccattt 35754793  T
Q  101 tatgcattctgggtcagatttccatagactcgaaccaattgccgtaaacccatgttccttctcaggaaagtgcctaccaagcatgtgaagtggaccaatg 200  Q
    | |||||||| |||||  |||||||| ||| |||||| ||||| |||| ||||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  35754794 tgtgcattctaggtcacttttccataaacttgaaccatttgccttaaaaccatgttcctttttaggaaagttgctaccaagcatgtgaagtggaccaatg 35754893  T
Q  201 tcatatatgttagggtttttggccctaagggtgtcaagtgcttcaccttccaattcttcaaatgtgttgattataatcattgatgatcttaaacaattgt 300  Q
      |||||||||||||||||||| | |||| ||  |||   ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| || |    
T  35754894 ctatatatgttagggtttttggtcttaagtgtagcaatgacttcatcttctaattcttcaaatgtgttgattataattgttgatgatctcaaacagtttt 35754993  T
Q  301 gtgctttagaaccttggaaattaaacattacatcatttagatctgtgattcttatgaagcttggaaggtctttt 374  Q
    |||  | ||||||   ||||| |||||| | |||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  35754994 gtgactcagaacccatgaaatcaaacataatatcatttagatcagtgactctcatgaagcttggaaggtctttt 35755067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 391
Target Start/End: Original strand, 35774817 - 35775207
Alignment:
Q  1 ttccccaagcaaattctttcaattgatgatttgccataacagctatacttccataattaacatataggactgagcaaggtttccattgattcaaccatgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| | |||||||| |    
T  35774817 ttccccaagcaaattctttcaagtgatgatttgtcataacagttatacttccataattaatatatagtactgagcaaggttcccatttactcaaccattt 35774916  T
Q  101 tatgcattctgggtcagatttccatagactcgaaccaattgccgtaaacccatgttccttctcaggaaagtgcctaccaagcatgtgaagtggaccaatg 200  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||| |||| ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||  || ||||||    
T  35774917 tatacattccgggtcagatttccataaactcgaaccacttgctttaaaaccattttctttctcaggaaaatgtctaccaagcatgtgaatcgggccaatg 35775016  T
Q  201 tcatatatgttagggtttttggccctaagggtgtcaagtgcttcaccttccaattcttcaaatgtgttgattataatcattgatgatcttaaacaattgt 300  Q
      ||||||||| || || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || | ||| || || ||  | |||||||| |||||||| |    
T  35775017 ctatatatgtttggattgttggccctaagggtgtcaagggtttcaccttccaattcttcgaacgagttaatgattattgtcgatgatctcaaacaatttt 35775116  T
Q  301 gtgctttagaaccttggaaattaaacattacatcatttagatctgtgattcttatgaagcttggaaggtcttttcggctaatatctttcat 391  Q
    |||  |  || ||    |||| |||||  | |||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| | || |||||||||||    
T  35775117 gtgtctcggagcccacaaaatcaaacaaaatatcacttagatcggtgattctcatgaagcttggaagatcttttagtctgatatctttcat 35775207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 373
Target Start/End: Original strand, 35848598 - 35848970
Alignment:
Q  1 ttccccaagcaaattctttcaattgatgatttgccataacagctatacttccataattaacatataggactgagcaaggtttccattgattcaaccatgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||| | |||||||| |    
T  35848598 ttccccaagcaaattctttcaagtgatgatctgtcataacagttatacttccgtaattaatatatagtactgagccaggttcccatttactcaaccattt 35848697  T
Q  101 tatgcattctgggtcagatttccatagactcgaaccaattgccgtaaacccatgttccttctcaggaaagtgcctaccaagcatgtgaagtggaccaatg 200  Q
    ||||||||| | ||||  |||||| | ||| |||||| |||| | ||| || | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35848698 tatgcattcagagtcatttttccaaaaacttgaaccacttgctgcaaaaccgttttctttctcaggaaaatgcctaccaagcatgtgaagtgggccaatg 35848797  T
Q  201 tcatatatgttagggtttttggccctaagggtgtcaagtgcttcaccttccaattcttcaaatgtgttgattataatcattgatgatcttaaacaattgt 300  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||   ||||||||| | ||||||      
T  35848798 ctatatatgttagggtttttggccctaagggtgtccagggcttcaccttctaattcttcaaatgtgttaatgatgattgctgatgatctcacacaatttg 35848897  T
Q  301 gtgctttagaaccttggaaattaaacattacatcatttagatctgtgattcttatgaagcttggaaggtcttt 373  Q
    |||  | |  ||    ||||| |||||| | |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  35848898 gtggctcaacacaaaagaaatcaaacataatatcatttagatcggtgactctcatgaagcttggaaggtcttt 35848970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 373
Target Start/End: Original strand, 35866269 - 35866641
Alignment:
Q  1 ttccccaagcaaattctttcaattgatgatttgccataacagctatacttccataattaacatataggactgagcaaggtttccattgattcaaccatgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||| | |||||||| |    
T  35866269 ttccccaagcaaattctttcaagtgatgatctgtcataacagttatacttccgtaattaatatatagtactgagccaggttcccatttactcaaccattt 35866368  T
Q  101 tatgcattctgggtcagatttccatagactcgaaccaattgccgtaaacccatgttccttctcaggaaagtgcctaccaagcatgtgaagtggaccaatg 200  Q
    ||||||||| | ||||  |||||| | ||| |||||| |||| | ||| || | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35866369 tatgcattcagagtcatttttccaaaaacttgaaccacttgctgcaaaaccgttttctttctcaggaaaatgcctaccaagcatgtgaagtgggccaatg 35866468  T
Q  201 tcatatatgttagggtttttggccctaagggtgtcaagtgcttcaccttccaattcttcaaatgtgttgattataatcattgatgatcttaaacaattgt 300  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||   ||||||||| | ||||||      
T  35866469 ctatatatgttagggtttttggccctaagggtgtccagggcttcaccttctaattcttcaaatgtgttaatgatgattgctgatgatctcacacaatttg 35866568  T
Q  301 gtgctttagaaccttggaaattaaacattacatcatttagatctgtgattcttatgaagcttggaaggtcttt 373  Q
    |||  | |  ||    ||||| |||||| | |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  35866569 gtggctcaacacaaaagaaatcaaacataatatcatttagatcagtgactctcatgaagcttggaaggtcttt 35866641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0891 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 1)
Name: scaffold0891
Description:

Target: scaffold0891; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 3274 - 2972
Alignment:
Q  1 ttccccaagcaaattctttcaattgatgatttgccataacagctatacttccataattaacatataggactgagcaaggtttccattgattcaaccatgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| | |||||||| |    
T  3274 ttccccaagcaaattctttcaagtgatgatttgtcataacagttatacttccataattaatatatagtactgagcaaggttcccatttactcaaccattt 3175  T
Q  101 tatgcattctgggtcagatttccatagactcgaaccaattgccgtaaacccatgttccttctcaggaaagtgcctaccaagcatgtgaagtggaccaatg 200  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||| || | ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||  || ||||||    
T  3174 tatacattccgggtcagatttccataaactcgaaccacttgctttaaaacctttttctttctcaggaaaatgtctaccaagcatgtgaatcgggccaatg 3075  T
Q  201 tcatatatgttagggtttttggccctaagggtgtcaagtgcttcaccttccaattcttcaaatgtgttgattataatcattgatgatcttaaacaattgt 300  Q
      ||||||||| || || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||| || || ||  | |||||||| |||||||| |    
T  3074 ctatatatgtttggattgttggccctaagggtgtcaagggtttcaccttccaattcttcgaacgtgttaatgattattgtcgatgatctcaaacaatttt 2975  T
Q  301 gtg 303  Q
    |||    
T  2974 gtg 2972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold2086 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 1)
Name: scaffold2086
Description:

Target: scaffold2086; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 137 - 1
Alignment:
Q  1 ttccccaagcaaattctttcaattgatgatttgccataacagctatacttccataattaacatataggactgagcaaggtttccattgattcaaccatgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||  | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  137 ttccccaagcaaattctttcaagtggtgatcagtcataacagttacacttccataattaacatataggactgagcaaggttcccattgattcaaccatgt 38  T
Q  101 tatgcattctgggtcagatttccatagactcgaacca 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37 tatgcattctgggtcagatttccatagactcgaacca 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1996 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 1)
Name: scaffold1996
Description:

Target: scaffold1996; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 137 - 1
Alignment:
Q  1 ttccccaagcaaattctttcaattgatgatttgccataacagctatacttccataattaacatataggactgagcaaggtttccattgattcaaccatgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||  | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  137 ttccccaagcaaattctttcaagtggtgatcagtcataacagttacacttccataattaacatataggactgagcaaggttcccattgattcaaccatgt 38  T
Q  101 tatgcattctgggtcagatttccatagactcgaacca 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37 tatgcattctgggtcagatttccatagactcgaacca 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University