View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11433_low_2 (Length: 1019)

Name: NF11433_low_2
Description: NF11433
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11433_low_2
NF11433_low_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (16-1019)||(6361840-6362844)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 915; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 915; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1019
Target Start/End: Complemental strand, 6362844 - 6361840
Alignment:
Q  16 gacatcagacacttacatgcctacacaattaattacttgagtaaaccaaataattgaaagtaatcacatgtgttagtgttgcgttaatgtcgaacacaaa 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6362844 gacatcagacacttacatgcctacacaattaattacttgaataaaccacataattgaaagtaatcacatgtgttagtgttgcgttaatgtcaaacacaaa 6362745  T
Q  116 catatgttagatttaaaacacaccttcaatcagaagtatcggtgttatagagaatgagatcaactcacgttgccaatttaaagacctcgttgatggacaa 215  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  6362744 catatgttatatttgaaacacaccttcaatcagaagtatcggtgttatagggaatgagatcaactcacgttgtcaatttaaagacctcgttgatggataa 6362645  T
Q  216 ttataaatacatctgctaacattatgcgccgaaccttgacactcaactcacctataaactttctatgaaaagnnnnnnnnnn-tactaatactgttaggt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||| |||||||||    
T  6362644 ttataaatacatctgctaacattatgcgccgaaccttgacactcaactcacctataaactttctatgaaaagaaaaaaaaaaatactaatcctgttaggt 6362545  T
Q  315 tcttttagctttagtttttgttttgacttcttttctactcttgtgctaggtgaatcaaatatcaatcattggaatcaccccacattgtagaaagatactt 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6362544 tcttttagctttagtttttgttttgacttcttttctactcttgtgctaggtgaatcaaatatcaatcattggaatcaccccacattgtagaaagatactt 6362445  T
Q  415 gtggcacccaccacaacagctaccattatgaacatacaaatctggtgctgcccttttggttcttcttgaactagacattttcttcaatgtggtcccatca 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6362444 gtggcacccaccacaacagctaccattatgaacatacaaatctggtgctgcccttttggttcttcttgaactagacattttcttcaatgtggtcccatca 6362345  T
Q  515 ctgctcttgagattgtgcctatactctactgccacctgttcaaaaacttccacctcaaacatgttcagcttcattttaggattcatgtgatccctaacaa 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6362344 ctgctcttgagattgtgcctatactctactgccacttgttcaaaaacttccacctcaaacatgttcagcttcattttaggattcatgtgatccctaacaa 6362245  T
Q  615 atgcaaagggtagttgatctcttggattaaatgcctccaactcattgaacattagacatgagaaaaggttatttcctactccatgcctcctcaatattaa 714  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6362244 atgcaaagggtagttgatctcttggattaaatgcctccaactcattgaacattagacatgagaaaaggttatttcctactccatgcctcctcaatattaa 6362145  T
Q  715 tgcactgtctggtacatctgccaaagccaattgaaacaggacactttttaaacttttgtgcgcacacaacagtattagtcatggacatagttaataaaaa 814  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6362144 tgcactgtctggtacatctgccaaagccaattgaaacaggaaactttttaaacttttgtgcgcacacaacagtattagtcatggacatagttaataaaaa 6362045  T
Q  815 gtttcaaatttgatagtatcattatattgttagttgaagggtggaataagtaatctcactcttgattttaatcaactgagctaaataaacattgtgcttt 914  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6362044 gtttcaaatttgatagtatcattgtattgttagttgaagggtggaataagtaatctcactcttgattttaatcaactgagctaaataaacattgtgcttt 6361945  T
Q  915 tgtaggaattgagaattgatcactgacaatatcaaaaactagcaacaatatttttatgatcaaatggtggcgtaaaattctcatgttcattattaaaata 1014  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6361944 tgtaggaattgagaattgatcactgacaatatcaaaaactagcaacaatacttttatgatcaaatggtggcgtaaaattctcatgttcattattaaaata 6361845  T
Q  1015 atatc 1019  Q
    |||||    
T  6361844 atatc 6361840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University