View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11436_low_3 (Length: 772)

Name: NF11436_low_3
Description: NF11436
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11436_low_3
NF11436_low_3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-762)||(53602785-53603531)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 683; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 683; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 762
Target Start/End: Original strand, 53602785 - 53603531
Alignment:
Q  1 cttcgggattcagtcgccgatgaaaaccaactttataccccaatcatttcacaaggaaagcccccaattgctaaaatcaatggaaaatcaaaagctaaca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  53602785 cttcgggattcagtcgccgatgaaaaccaactttataccccaatcatttcacaaggaaagcccccaattgctaaaatcaacggaaaatcaaaagctaaca 53602884  T
Q  101 tgccacttttgaaagcattgagctctttaagagatataacctcctttctcaatagtaggtgtgacaattttcattcttacactattaaatttattatcta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53602885 tgccacttttgaaagcattgagctctttaagagatataacctcctttctcaatagtaggtgtgacaattttcattcttacactattaaatttattatcta 53602984  T
Q  201 ggactaattagtttatttgcttgttttgcactgtaaattggaataagtattgaagcaacaatatttacttttctgtcaaatgagatatataaccaaattt 300  Q
    |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  53602985 ggactaa---gtttatttgcttgttttgcactgtaaattggaataagtattgaagcaacaatatttacttttctatcaaatgagatatataaccaaattt 53603081  T
Q  301 ttatttctattaaaaaacttaatattattacaaagaccattacagtgccatctaccttgttgctatgaaataaattttgattaattatgtaactaaatat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53603082 ttatttctattaaaaaacttaatattatta------------cagtgccatctaccttgttgctatgaaataaattttgattaattatgtaactaaatat 53603169  T
Q  401 atttgtgtgattaataactggttttttaattacatgtgatataattgttatccatccatattctaatttgcagcaagattatcactcaagcgtcaattgt 500  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53603170 atttgtatgattaataactggtttttcaattacatgtgatataattgttatccatccatattctaatttgcagcaagattatcactcaagcgtcaattgt 53603269  T
Q  501 tgcgttcttcagcaaccttgcagatgttggccttcatggttcaatgatggtattttatgattttcaagttttatcatgtattttttaaccttaacttagt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53603270 tgcgttcttcagcaaccttgcagatgttggccttcatggttcaatgatggtatgttatgattttcaagttttatcatgtattttttaaccttaacttagt 53603369  T
Q  601 ttgtgatgccactctattttttgtgtgcagtattacttaaaggctcggtttcattttgataagaatcactttgctgacttaatgatcatttctggtattg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53603370 ttgtgatgccactctattttttgtgtgcagtattacttaaaggctcggtttcattttgataagaatcactttgctgacttaatgatcatttctggtattg 53603469  T
Q  701 cagggactgtgtcacaggtaatttttgtaagaagtgattttagttgtcaaatatcacctatg 762  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  53603470 cagggactgtgtcacaggtaatttttgtaagacgtgattttagttgtcaaatatcacctatg 53603531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University